htsworkflow/pipelines/__init__.py

   1 """
   2 Provide code to interact with the vendor tools to produce useable "raw" data.
   3
   4 the illumina sub-package contains components to interact with the Illumina provided
   5 GAPipeline
   6 """
   7 import lxml.etree as ElementTree
   8
   9 EUROPEAN_STRPTIME = "%d-%m-%Y"
  10 EUROPEAN_DATE_RE = "([0-9]{1,2}-[0-9]{1,2}-[0-9]{4,4})"
  11 VERSION_RE = "([0-9\.]+)"
  12 USER_RE = "([a-zA-Z0-9]+)"
  13 LANES_PER_FLOWCELL = 8
  14 LANE_LIST = list(range(1, LANES_PER_FLOWCELL + 1))
  15