htsworkflow/pipelines/test/testdata/s_1_0001_score.txt

   1 # Lane 1 : Tile 1 : Raw : Read 1
   2 4685939 bases of sequence found
   3 55933 were errors
   4 8532 were blanks
   5  1.20 percent error rate
   6  0.18 percent blank rate
   7
   8 unique alignments : 126647 (total score 15145668)
   9 cycles : 37
  10
  11 Breakdown of errors by cycle
  12 Cycle:  Err pc: Blank pc:
  13 1        0.87    0.17
  14 2        1.60    0.08
  15 3        1.56    0.06
  16 4        1.38    0.06
  17 5        1.36    0.07
  18 6        1.48    0.06
  19 7        0.98    0.06
  20 8        0.92    0.06
  21 9        1.01    0.06
  22 10       1.03    0.07
  23 11       1.02    0.06
  24 12       0.89    0.06
  25 13       0.88    0.07
  26 14       0.84    0.05
  27 15       0.91    0.08
  28 16       0.87    0.06
  29 17       0.96    0.05
  30 18       0.94    0.06
  31 19       1.04    0.06
  32 20       0.95    0.07
  33 21       0.90    0.07
  34 22       0.86    0.07
  35 23       0.99    0.13
  36 24       0.96    0.08
  37 25       0.96    0.08
  38 26       0.99    0.09
  39 27       1.03    0.18
  40 28       1.08    0.18
  41 29       1.07    0.26
  42 30       1.16    0.33
  43 31       1.28    0.40
  44 32       1.25    0.44
  45 33       1.64    0.54
  46 34       2.03    0.58
  47 35       2.00    0.64
  48 36       2.14    0.67
  49 37       2.45    0.61
  50
  51 Error rate relative to reference base (including blanks)
  52 (Given a reference base, what is it sequenced as?)
  53
  54 Really: Read As:
  55         N pc    A pc    C pc    G pc    T pc
  56 A        0.18   97.92    1.25    0.39    0.26
  57 C        0.18    0.23   98.95    0.23    0.41
  58 G        0.18    0.29    0.27   98.80    0.47
  59 T        0.19    0.17    0.51    0.23   98.89
  60
  61 Error rate relative to reference base (excluding blanks)
  62 (Given a reference base, what is it sequenced as?)
  63
  64 Really: Read As:
  65         A pc    C pc    G pc    T pc
  66 A       98.09    1.25    0.39    0.26
  67 C        0.23   99.13    0.23    0.41
  68 G        0.30    0.27   98.97    0.47
  69 T        0.17    0.51    0.23   99.08
  70
  71 Error rate relative to sequenced base (excluding ref blanks)
  72 (Given a sequenced base, what was it really?)
  73
  74 Read As:        Really:
  75         A pc    C pc    G pc    T pc
  76 N       26.16   24.03   23.42   26.39
  77 A       99.34    0.22    0.28    0.17
  78 C        1.35   97.86    0.26    0.52
  79 G        0.42    0.23   99.12    0.24
  80 T        0.28    0.40    0.46   98.87
  81
  82 Breakdown of errors by nucleotide
  83 Read As:        Really:
  84         A ct    C ct    G ct    T ct
  85 N       2232    2050    1998    2252
  86 A       1212263 2648    3363    2039
  87 C       15505   1122933 3028    6007
  88 G       4789    2561    1127774 2713
  89 T       3268    4651    5361    1158477
  90
  91
  92 Full breakdown of errors by cycle and nucleotide
  93 Cycle:  Read As:        Really:
  94                 A ct    C ct    G ct    T ct
  95 1       N       71      39      54      50
  96 1       A       43465   56      120     66
  97 1       C       218     26692   40      80
  98 1       G       127     55      30058   33
  99 1       T       87      129     92      25115
 100 2       N       37      14      29      23
 101 2       A       42361   37      101     58
 102 2       C       1165    21533   73      159
 103 2       G       113     36      33301   58
 104 2       T       58      65      100     27326
 105 3       N       16      26      15      16
 106 3       A       33739   44      75      56
 107 3       C       1037    30720   97      230
 108 3       G       104     25      27687   47
 109 3       T       76      98      85      32454
 110 4       N       25      19      20      15
 111 4       A       30345   31      66      53
 112 4       C       894     31174   102     178
 113 4       G       116     29      33502   45
 114 4       T       79      88      67      29799
 115 5       N       28      21      20      22
 116 5       A       33797   35      72      39
 117 5       C       911     28790   77      206
 118 5       G       113     29      31399   55
 119 5       T       66      65      59      30843
 120 6       N       20      20      17      19
 121 6       A       33160   29      83      34
 122 6       C       1079    31888   103     209
 123 6       G       103     29      31820   35
 124 6       T       53      60      59      27827
 125 7       N       19      28      12      23
 126 7       A       32652   45      76      52
 127 7       C       430     30112   52      174
 128 7       G       105     30      30067   56
 129 7       T       68      77      75      32494
 130 8       N       22      18      19      17
 131 8       A       31797   43      86      42
 132 8       C       366     30009   65      159
 133 8       G       119     44      31022   62
 134 8       T       45      76      60      32576
 135 9       N       23      20      18      18
 136 9       A       31177   45      74      39
 137 9       C       468     31812   68      210
 138 9       G       111     27      30382   53
 139 9       T       54      67      61      31920
 140 10      N       23      15      21      26
 141 10      A       33538   45      76      53
 142 10      C       540     31637   69      166
 143 10      G       94      31      30435   37
 144 10      T       42      85      67      29647
 145 11      N       18      24      21      19
 146 11      A       32806   36      69      42
 147 11      C       493     31165   72      179
 148 11      G       101     26      31285   60
 149 11      T       51      82      74      30024
 150 12      N       19      20      24      19
 151 12      A       31974   34      76      36
 152 12      C       394     31650   70      132
 153 12      G       101     31      30855   43
 154 12      T       56      73      76      30964
 155 13      N       21      23      22      19
 156 13      A       32914   43      80      50
 157 13      C       313     30538   55      144
 158 13      G       90      34      30189   41
 159 13      T       63      76      120     31812
 160 14      N       18      21      15      14
 161 14      A       32945   45      69      33
 162 14      C       275     30682   60      137
 163 14      G       109     35      30134   37
 164 14      T       62      100     98      31758
 165 15      N       26      27      29      25
 166 15      A       32344   43      64      57
 167 15      C       329     31087   63      152
 168 15      G       115     29      30187   49
 169 15      T       71      83      95      31772
 170 16      N       18      14      20      19
 171 16      A       32614   52      73      36
 172 16      C       270     30913   66      105
 173 16      G       98      46      30058   39
 174 16      T       68      97      147     31894
 175 17      N       18      18      17      9
 176 17      A       32326   46      72      45
 177 17      C       343     30336   88      174
 178 17      G       91      50      30262   40
 179 17      T       62      88      117     32445
 180 18      N       24      16      13      18
 181 18      A       32009   46      89      46
 182 18      C       309     31234   66      152
 183 18      G       90      44      30280   41
 184 18      T       62      112     130     31866
 185 19      N       24      18      10      21
 186 19      A       31978   31      83      38
 187 19      C       541     30946   69      151
 188 19      G       91      22      30591   45
 189 19      T       57      103     81      31747
 190 20      N       25      20      17      21
 191 20      A       32248   38      71      42
 192 20      C       359     30888   87      134
 193 20      G       103     30      30297   51
 194 20      T       63      105     120     31928
 195 21      N       21      23      23      16
 196 21      A       32187   68      68      39
 197 21      C       222     31121   66      122
 198 21      G       101     57      30279   46
 199 21      T       78      129     142     31839
 200 22      N       23      21      24      18
 201 22      A       32377   53      62      37
 202 22      C       244     31011   64      123
 203 22      G       118     42      30392   49
 204 22      T       78      86      131     31694
 205 23      N       35      41      38      45
 206 23      A       32161   46      73      47
 207 23      C       352     30770   65      158
 208 23      G       91      45      30185   53
 209 23      T       75      118     133     32116
 210 24      N       27      24      27      22
 211 24      A       31942   61      69      35
 212 24      C       235     31056   76      160
 213 24      G       100     67      30020   55
 214 24      T       78      122     163     32308
 215 25      N       25      26      21      35
 216 25      A       32196   59      99      48
 217 25      C       254     30607   69      160
 218 25      G       89      45      30383   62
 219 25      T       72      117     141     32139
 220 26      N       27      34      34      25
 221 26      A       32311   49      71      35
 222 26      C       340     30453   70      150
 223 26      G       113     44      30371   64
 224 26      T       81      110     125     32140
 225 27      N       61      48      64      55
 226 27      A       31843   49      86      56
 227 27      C       294     30725   74      158
 228 27      G       128     55      30388   74
 229 27      T       85      122     122     32160
 230 28      N       72      49      50      59
 231 28      A       31897   71      89      41
 232 28      C       257     30705   79      126
 233 28      G       128     74      30361   81
 234 28      T       96      138     181     32093
 235 29      N       85      83      74      90
 236 29      A       32231   73      63      45
 237 29      C       259     30448   79      121
 238 29      G       138     83      30203   88
 239 29      T       102     142     161     32079
 240 30      N       108     97      95      123
 241 30      A       31826   102     75      47
 242 30      C       223     30650   87      155
 243 30      G       123     103     30269   92
 244 30      T       86      148     218     32020
 245 31      N       140     121     101     145
 246 31      A       31705   113     96      52
 247 31      C       221     30503   94      161
 248 31      G       143     107     30476   107
 249 31      T       117     177     224     31844
 250 32      N       148     137     133     142
 251 32      A       32084   128     76      50
 252 32      C       215     30236   94      164
 253 32      G       150     118     30292   112
 254 32      T       112     184     179     31893
 255 33      N       188     147     160     191
 256 33      A       31353   150     134     86
 257 33      C       272     30280   118     191
 258 33      G       215     120     30432   129
 259 33      T       156     220     281     31821
 260 34      N       189     175     174     198
 261 34      A       31795   188     148     94
 262 34      C       274     30016   127     157
 263 34      G       260     217     30039   138
 264 34      T       195     298     460     31499
 265 35      N       196     199     192     224
 266 35      A       31483   201     179     130
 267 35      C       309     29892   111     202
 268 35      G       217     223     30127   195
 269 35      T       175     273     305     31808
 270 36      N       208     214     210     217
 271 36      A       31091   189     181     140
 272 36      C       396     30610   116     226
 273 36      G       265     230     29924   219
 274 36      T       205     251     268     31481
 275 37      N       184     190     165     234
 276 37      A       31592   224     219     140
 277 37      C       404     30044   197     242
 278 37      G       316     249     29822   222
 279 37      T       234     287     344     31332
 280
 281 Error rate relative to reference by cycle/nucleotide
 282 Cycle:  Read As:        Really:
 283                 A prp   C prp   G prp   T prp
 284 @1      N        0.002   0.001   0.002   0.002
 285 @1      A        0.989   0.002   0.004   0.003
 286 @1      C        0.005   0.990   0.001   0.003
 287 @1      G        0.003   0.002   0.990   0.001
 288 @1      T        0.002   0.005   0.003   0.991
 289 @2      N        0.001   0.001   0.001   0.001
 290 @2      A        0.969   0.002   0.003   0.002
 291 @2      C        0.027   0.993   0.002   0.006
 292 @2      G        0.003   0.002   0.991   0.002
 293 @2      T        0.001   0.003   0.003   0.989
 294 @3      N        0.000   0.001   0.001   0.000
 295 @3      A        0.965   0.001   0.003   0.002
 296 @3      C        0.030   0.994   0.003   0.007
 297 @3      G        0.003   0.001   0.990   0.001
 298 @3      T        0.002   0.003   0.003   0.989
 299 @4      N        0.001   0.001   0.001   0.000
 300 @4      A        0.965   0.001   0.002   0.002
 301 @4      C        0.028   0.995   0.003   0.006
 302 @4      G        0.004   0.001   0.992   0.001
 303 @4      T        0.003   0.003   0.002   0.990
 304 @5      N        0.001   0.001   0.001   0.001
 305 @5      A        0.968   0.001   0.002   0.001
 306 @5      C        0.026   0.995   0.002   0.007
 307 @5      G        0.003   0.001   0.993   0.002
 308 @5      T        0.002   0.002   0.002   0.990
 309 @6      N        0.001   0.001   0.001   0.001
 310 @6      A        0.964   0.001   0.003   0.001
 311 @6      C        0.031   0.996   0.003   0.007
 312 @6      G        0.003   0.001   0.992   0.001
 313 @6      T        0.002   0.002   0.002   0.989
 314 @7      N        0.001   0.001   0.000   0.001
 315 @7      A        0.981   0.001   0.003   0.002
 316 @7      C        0.013   0.994   0.002   0.005
 317 @7      G        0.003   0.001   0.993   0.002
 318 @7      T        0.002   0.003   0.002   0.991
 319 @8      N        0.001   0.001   0.001   0.001
 320 @8      A        0.983   0.001   0.003   0.001
 321 @8      C        0.011   0.994   0.002   0.005
 322 @8      G        0.004   0.001   0.993   0.002
 323 @8      T        0.001   0.003   0.002   0.991
 324 @9      N        0.001   0.001   0.001   0.001
 325 @9      A        0.979   0.001   0.002   0.001
 326 @9      C        0.015   0.995   0.002   0.007
 327 @9      G        0.003   0.001   0.993   0.002
 328 @9      T        0.002   0.002   0.002   0.990
 329 @10     N        0.001   0.000   0.001   0.001
 330 @10     A        0.980   0.001   0.002   0.002
 331 @10     C        0.016   0.994   0.002   0.006
 332 @10     G        0.003   0.001   0.992   0.001
 333 @10     T        0.001   0.003   0.002   0.991
 334 @11     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 335 @11     A        0.980   0.001   0.002   0.001
 336 @11     C        0.015   0.995   0.002   0.006
 337 @11     G        0.003   0.001   0.993   0.002
 338 @11     T        0.002   0.003   0.002   0.990
 339 @12     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 340 @12     A        0.982   0.001   0.002   0.001
 341 @12     C        0.012   0.995   0.002   0.004
 342 @12     G        0.003   0.001   0.992   0.001
 343 @12     T        0.002   0.002   0.002   0.993
 344 @13     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 345 @13     A        0.985   0.001   0.003   0.002
 346 @13     C        0.009   0.994   0.002   0.004
 347 @13     G        0.003   0.001   0.991   0.001
 348 @13     T        0.002   0.002   0.004   0.992
 349 @14     N        0.001   0.001   0.000   0.000
 350 @14     A        0.986   0.001   0.002   0.001
 351 @14     C        0.008   0.993   0.002   0.004
 352 @14     G        0.003   0.001   0.992   0.001
 353 @14     T        0.002   0.003   0.003   0.993
 354 @15     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 355 @15     A        0.984   0.001   0.002   0.002
 356 @15     C        0.010   0.994   0.002   0.005
 357 @15     G        0.003   0.001   0.992   0.002
 358 @15     T        0.002   0.003   0.003   0.991
 359 @16     N        0.001   0.000   0.001   0.001
 360 @16     A        0.986   0.002   0.002   0.001
 361 @16     C        0.008   0.993   0.002   0.003
 362 @16     G        0.003   0.001   0.990   0.001
 363 @16     T        0.002   0.003   0.005   0.994
 364 @17     N        0.001   0.001   0.001   0.000
 365 @17     A        0.984   0.002   0.002   0.001
 366 @17     C        0.010   0.993   0.003   0.005
 367 @17     G        0.003   0.002   0.990   0.001
 368 @17     T        0.002   0.003   0.004   0.992
 369 @18     N        0.001   0.001   0.000   0.001
 370 @18     A        0.985   0.001   0.003   0.001
 371 @18     C        0.010   0.993   0.002   0.005
 372 @18     G        0.003   0.001   0.990   0.001
 373 @18     T        0.002   0.004   0.004   0.992
 374 @19     N        0.001   0.001   0.000   0.001
 375 @19     A        0.978   0.001   0.003   0.001
 376 @19     C        0.017   0.994   0.002   0.005
 377 @19     G        0.003   0.001   0.992   0.001
 378 @19     T        0.002   0.003   0.003   0.992
 379 @20     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 380 @20     A        0.983   0.001   0.002   0.001
 381 @20     C        0.011   0.994   0.003   0.004
 382 @20     G        0.003   0.001   0.990   0.002
 383 @20     T        0.002   0.003   0.004   0.992
 384 @21     N        0.001   0.001   0.001   0.000
 385 @21     A        0.987   0.002   0.002   0.001
 386 @21     C        0.007   0.991   0.002   0.004
 387 @21     G        0.003   0.002   0.990   0.001
 388 @21     T        0.002   0.004   0.005   0.993
 389 @22     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 390 @22     A        0.986   0.002   0.002   0.001
 391 @22     C        0.007   0.994   0.002   0.004
 392 @22     G        0.004   0.001   0.991   0.002
 393 @22     T        0.002   0.003   0.004   0.993
 394 @23     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 395 @23     A        0.983   0.001   0.002   0.001
 396 @23     C        0.011   0.992   0.002   0.005
 397 @23     G        0.003   0.001   0.990   0.002
 398 @23     T        0.002   0.004   0.004   0.991
 399 @24     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 400 @24     A        0.986   0.002   0.002   0.001
 401 @24     C        0.007   0.991   0.003   0.005
 402 @24     G        0.003   0.002   0.989   0.002
 403 @24     T        0.002   0.004   0.005   0.992
 404 @25     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 405 @25     A        0.987   0.002   0.003   0.001
 406 @25     C        0.008   0.992   0.002   0.005
 407 @25     G        0.003   0.001   0.989   0.002
 408 @25     T        0.002   0.004   0.005   0.991
 409 @26     N        0.001   0.001   0.001   0.001
 410 @26     A        0.983   0.002   0.002   0.001
 411 @26     C        0.010   0.992   0.002   0.005
 412 @26     G        0.003   0.001   0.990   0.002
 413 @26     T        0.002   0.004   0.004   0.992
 414 @27     N        0.002   0.002   0.002   0.002
 415 @27     A        0.982   0.002   0.003   0.002
 416 @27     C        0.009   0.991   0.002   0.005
 417 @27     G        0.004   0.002   0.989   0.002
 418 @27     T        0.003   0.004   0.004   0.989
 419 @28     N        0.002   0.002   0.002   0.002
 420 @28     A        0.983   0.002   0.003   0.001
 421 @28     C        0.008   0.989   0.003   0.004
 422 @28     G        0.004   0.002   0.987   0.002
 423 @28     T        0.003   0.004   0.006   0.991
 424 @29     N        0.003   0.003   0.002   0.003
 425 @29     A        0.982   0.002   0.002   0.001
 426 @29     C        0.008   0.988   0.003   0.004
 427 @29     G        0.004   0.003   0.988   0.003
 428 @29     T        0.003   0.005   0.005   0.989
 429 @30     N        0.003   0.003   0.003   0.004
 430 @30     A        0.983   0.003   0.002   0.001
 431 @30     C        0.007   0.986   0.003   0.005
 432 @30     G        0.004   0.003   0.985   0.003
 433 @30     T        0.003   0.005   0.007   0.987
 434 @31     N        0.004   0.004   0.003   0.004
 435 @31     A        0.981   0.004   0.003   0.002
 436 @31     C        0.007   0.983   0.003   0.005
 437 @31     G        0.004   0.003   0.983   0.003
 438 @31     T        0.004   0.006   0.007   0.986
 439 @32     N        0.005   0.004   0.004   0.004
 440 @32     A        0.981   0.004   0.002   0.002
 441 @32     C        0.007   0.982   0.003   0.005
 442 @32     G        0.005   0.004   0.984   0.003
 443 @32     T        0.003   0.006   0.006   0.986
 444 @33     N        0.006   0.005   0.005   0.006
 445 @33     A        0.974   0.005   0.004   0.003
 446 @33     C        0.008   0.979   0.004   0.006
 447 @33     G        0.007   0.004   0.978   0.004
 448 @33     T        0.005   0.007   0.009   0.982
 449 @34     N        0.006   0.006   0.006   0.006
 450 @34     A        0.972   0.006   0.005   0.003
 451 @34     C        0.008   0.972   0.004   0.005
 452 @34     G        0.008   0.007   0.971   0.004
 453 @34     T        0.006   0.010   0.015   0.982
 454 @35     N        0.006   0.006   0.006   0.007
 455 @35     A        0.972   0.007   0.006   0.004
 456 @35     C        0.010   0.971   0.004   0.006
 457 @35     G        0.007   0.007   0.975   0.006
 458 @35     T        0.005   0.009   0.010   0.977
 459 @36     N        0.006   0.007   0.007   0.007
 460 @36     A        0.967   0.006   0.006   0.004
 461 @36     C        0.012   0.972   0.004   0.007
 462 @36     G        0.008   0.007   0.975   0.007
 463 @36     T        0.006   0.008   0.009   0.975
 464 @37     N        0.006   0.006   0.005   0.007
 465 @37     A        0.965   0.007   0.007   0.004
 466 @37     C        0.012   0.969   0.006   0.008
 467 @37     G        0.010   0.008   0.970   0.007
 468 @37     T        0.007   0.009   0.011   0.974
 469
 470 Information Content By Cycle
 471         Bases this cycle                Bases so far
 472 Cycle:  Equiv info:     Align:  Total:  Equiv info:     Align:  Total:
 473 ~1      121135.20       126433  221956  121135.20       126433  221956
 474 ~2      118981.66       126544  220204  240116.88       252977  442160
 475 ~3      118709.06       126574  219216  358825.94       379551  661376
 476 ~4      119387.88       126568  218313  478213.81       506119  879689
 477 ~5      119571.18       126556  217983  597785.00       632675  1097672
 478 ~6      119189.21       126571  217603  716974.19       759246  1315275
 479 ~7      120874.08       126565  217439  837848.25       885811  1532714
 480 ~8      121116.88       126571  217155  958965.12       1012382 1749869
 481 ~9      120779.02       126568  216903  1079744.12      1138950 1966772
 482 ~10     120721.09       126562  217060  1200465.25      1265512 2183832
 483 ~11     120762.78       126565  217584  1321228.00      1392077 2401416
 484 ~12     121319.63       126565  217610  1442547.62      1518642 2619026
 485 ~13     121292.62       126562  217564  1563840.25      1645204 2836590
 486 ~14     121490.08       126579  217562  1685330.38      1771783 3054152
 487 ~15     121105.89       126540  217267  1806436.25      1898323 3271419
 488 ~16     121309.71       126576  216955  1927746.00      2024899 3488374
 489 ~17     120892.80       126585  216878  2048638.75      2151484 3705252
 490 ~18     120964.48       126576  216864  2169603.25      2278060 3922116
 491 ~19     120717.50       126574  216842  2290320.75      2404634 4138958
 492 ~20     120936.81       126564  216644  2411257.50      2531198 4355602
 493 ~21     121079.27       126564  216639  2532336.75      2657762 4572241
 494 ~22     121315.66       126561  216490  2653652.50      2784323 4788731
 495 ~23     120625.85       126488  216289  2774278.25      2910811 5005020
 496 ~24     120734.09       126547  216482  2895012.25      3037358 5221502
 497 ~25     120758.35       126540  216381  3015770.50      3163898 5437883
 498 ~26     120670.38       126527  216482  3136441.00      3290425 5654365
 499 ~27     120291.03       126419  216156  3256732.00      3416844 5870521
 500 ~28     120022.73       126417  216128  3376754.75      3543261 6086649
 501 ~29     119949.20       126315  215933  3496704.00      3669576 6302582
 502 ~30     119421.66       126224  215800  3616125.75      3795800 6518382
 503 ~31     118718.27       126140  215620  3734844.00      3921940 6734002
 504 ~32     118778.77       126087  215509  3853622.75      4048027 6949511
 505 ~33     116782.13       125958  215248  3970405.00      4173985 7164759
 506 ~34     115034.91       125905  215123  4085440.00      4299890 7379882
 507 ~35     114996.52       125830  214997  4200436.50      4425720 7594879
 508 ~36     114382.40       125792  214951  4314819.00      4551512 7809830
 509 ~37     113076.75       125868  215037  4427896.00      4677380 8024867
 510
 511 The 30 most common words with 2 blanks or less:
 512 Ranking Occurrences     Words
 513 1       411     GTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGT
 514 2       382     TGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTG
 515 3       324     TGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTG
 516 4       271     GTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGT
 517 5       239     GTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGT
 518 6       234     AACACAACACAACACAACACAACACAACACAACACAA
 519 7       214     ACAACACAACACAACACAACACAACACAACACAACAC
 520 8       209     CACAACACAACACAACACAACACAACACAACACAACA
 521 9       206     AAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAA
 522 10      203     AGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAG CAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACA
 523 11      201     CAACACAACACAACACAACACAACACAACACAACACA
 524 12      200     ACACAACACAACACAACACAACACAACACAACACAAC
 525 13      170     ACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGAC
 526 14      152     TGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTG
 527 15      149     AGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAG
 528 16      142     AGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAG
 529 17      135     CTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCT
 530 18      118     AAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAA
 531 19      117     GACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGACAAGA
 532 20      103     TTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTGTGTT
 533 21      102     GAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGA
 534 22      100     GAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGA
 535 23      80      TTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTT TTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTT
 536 24      76      TCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTCTTGTC
 537 25      53      CTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCT
 538 26      47      CTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCT
 539 27      42      TCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTC
 540 28      37      TCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTC
 541 29      36      GTCATGTCTTGTCATGTCTTGTCATGTCTTGTCATGT
 542 30      35      CATGTCTTGTCATGTCTTGTCATGTCTTGTCATGTCT
 543
 544 The 30 most common blank patterns (N=any nonblank character)
 545 Ranking Occurrences     Words
 546 1       209206  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 547 2       2010    N....................................
 548 3       1020    NN...................................
 549 4       727     NNN..................................
 550 5       472     NNNN.................................
 551 6       441     .....................................
 552 7       422     NNNNN................................
 553 8       376     .NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 554 9       206     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.......
 555 10      191     .NNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 556 11      181     NNNNNNNN..NNNNN......................
 557 12      180     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.N
 558 13      162     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.........
 559 14      160     N.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN......
 560 15      158     NNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 561 16      157     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNN
 562 17      153     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNN
 563 18      152     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNN
 564 19      150     NNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN....
 565 20      148     NNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 566 21      146     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNN
 567 22      145     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNN
 568 23      144     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.
 569 24      143     NNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNN
 570 25      142     NNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 571 26      141     NNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNN
 572 27      140     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNN
 573 28      139     NNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNN
 574 29      137     NNNNNNNNNNN.NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 575 30      136     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN.NNNNNNNNN
 576
 577 Log likelihood scores
 578 Cycle:  Read As:        Really:
 579                 A       C       G       T
 580 >1      N       -30     -65     -47     -51
 581 >1      A       225     -289    -256    -282
 582 >1      C       -208    189     -282    -252
 583 >1      G       -237    -273    214     -296
 584 >1      T       -246    -229    -243    191
 585 >2      N       -25     -80     -40     -54
 586 >2      A       233     -306    -262    -286
 587 >2      C       -127    118     -249    -215
 588 >2      G       -247    -296    220     -276
 589 >2      T       -267    -262    -243    208
 590 >3      N       -55     -25     -58     -55
 591 >3      A       228     -288    -265    -278
 592 >3      C       -147    135     -251    -214
 593 >3      G       -242    -304    219     -277
 594 >3      T       -263    -252    -258    209
 595 >4      N       -33     -49     -46     -63
 596 >4      A       230     -299    -266    -275
 597 >4      C       -154    142     -249    -225
 598 >4      G       -246    -306    224     -287
 599 >4      T       -257    -253    -265    210
 600 >5      N       -35     -52     -55     -49
 601 >5      A       236     -298    -267    -293
 602 >5      C       -150    138     -258    -216
 603 >5      G       -244    -303    220     -275
 604 >5      T       -267    -267    -272    221
 605 >6      N       -44     -44     -54     -47
 606 >6      A       235     -305    -260    -299
 607 >6      C       -147    136     -250    -219
 608 >6      G       -249    -304    227     -296
 609 >6      T       -272    -266    -267    220
 610 >7      N       -52     -28     -76     -40
 611 >7      A       227     -286    -263    -279
 612 >7      C       -184    166     -277    -224
 613 >7      G       -245    -300    219     -273
 614 >7      T       -268    -262    -263    216
 615 >8      N       -38     -50     -47     -54
 616 >8      A       226     -287    -256    -288
 617 >8      C       -191    170     -267    -228
 618 >8      G       -241    -285    213     -270
 619 >8      T       -286    -263    -273    225
 620 >9      N       -38     -46     -53     -53
 621 >9      A       229     -284    -262    -290
 622 >9      C       -183    162     -267    -218
 623 >9      G       -243    -305    220     -276
 624 >9      T       -277    -267    -272    224
 625 >10     N       -43     -66     -48     -35
 626 >10     A       228     -287    -264    -280
 627 >10     C       -177    161     -267    -228
 628 >10     G       -251    -299    227     -291
 629 >10     T       -285    -254    -264    218
 630 >11     N       -55     -38     -46     -52
 631 >11     A       234     -296    -267    -289
 632 >11     C       -180    162     -264    -224
 633 >11     G       -249    -308    222     -271
 634 >11     T       -277    -256    -261    216
 635 >12     N       -52     -49     -38     -52
 636 >12     A       234     -297    -262    -294
 637 >12     C       -190    172     -266    -238
 638 >12     G       -248    -299    224     -285
 639 >12     T       -274    -262    -261    217
 640 >13     N       -48     -43     -45     -54
 641 >13     A       227     -288    -261    -282
 642 >13     C       -199    177     -275    -233
 643 >13     G       -252    -295    226     -286
 644 >13     T       -270    -262    -242    208
 645 >14     N       -44     -34     -54     -58
 646 >14     A       235     -286    -267    -300
 647 >14     C       -205    181     -271    -235
 648 >14     G       -244    -293    222     -291
 649 >14     T       -271    -250    -251    208
 650 >15     N       -49     -47     -42     -51
 651 >15     A       229     -287    -270    -275
 652 >15     C       -197    175     -269    -231
 653 >15     G       -242    -301    219     -279
 654 >15     T       -265    -258    -252    210
 655 >16     N       -46     -60     -40     -43
 656 >16     A       230     -279    -265    -295
 657 >16     C       -206    184     -267    -247
 658 >16     G       -248    -281    221     -288
 659 >16     T       -267    -251    -233    200
 660 >17     N       -38     -38     -42     -77
 661 >17     A       229     -284    -265    -285
 662 >17     C       -195    170     -254    -224
 663 >17     G       -252    -278    222     -288
 664 >17     T       -272    -256    -244    208
 665 >18     N       -29     -53     -64     -46
 666 >18     A       224     -284    -255    -284
 667 >18     C       -200    177     -268    -231
 668 >18     G       -252    -283    223     -287
 669 >18     T       -271    -245    -239    202
 670 >19     N       -30     -48     -79     -39
 671 >19     A       232     -301    -258    -292
 672 >19     C       -176    160     -266    -232
 673 >19     G       -252    -314    228     -283
 674 >19     T       -274    -249    -259    211
 675 >20     N       -36     -49     -58     -47
 676 >20     A       232     -293    -265    -288
 677 >20     C       -193    172     -255    -236
 678 >20     G       -246    -300    221     -277
 679 >20     T       -270    -248    -242    204
 680 >21     N       -47     -41     -41     -62
 681 >21     A       226     -267    -267    -291
 682 >21     C       -214    188     -267    -241
 683 >21     G       -247    -272    217     -282
 684 >21     T       -261    -239    -235    196
 685 >22     N       -43     -49     -41     -57
 686 >22     A       232     -278    -271    -294
 687 >22     C       -210    185     -269    -240
 688 >22     G       -241    -286    216     -279
 689 >22     T       -261    -256    -238    203
 690 >23     N       -54     -45     -50     -40
 691 >23     A       228     -284    -264    -283
 692 >23     C       -194    172     -268    -229
 693 >23     G       -252    -282    220     -275
 694 >23     T       -263    -243    -238    199
 695 >24     N       -43     -50     -43     -54
 696 >24     A       228     -272    -266    -296
 697 >24     C       -212    181     -261    -229
 698 >24     G       -247    -265    213     -273
 699 >24     T       -262    -242    -229    194
 700 >25     N       -51     -49     -61     -31
 701 >25     A       219     -273    -251    -282
 702 >25     C       -208    180     -265    -228
 703 >25     G       -253    -283    219     -269
 704 >25     T       -265    -244    -236    198
 705 >26     N       -53     -40     -40     -57
 706 >26     A       231     -282    -265    -296
 707 >26     C       -195    173     -264    -231
 708 >26     G       -243    -284    213     -267
 709 >26     T       -260    -246    -241    200
 710 >27     N       -43     -57     -40     -49
 711 >27     A       222     -281    -256    -275
 712 >27     C       -202    176     -262    -229
 713 >27     G       -237    -274    207     -261
 714 >27     T       -258    -242    -242    199
 715 >28     N       -34     -56     -55     -46
 716 >28     A       220     -265    -255    -289
 717 >28     C       -208    182     -259    -239
 718 >28     G       -237    -261    203     -257
 719 >28     T       -252    -237    -225    188
 720 >29     N       -46     -47     -54     -42
 721 >29     A       225     -264    -271    -285
 722 >29     C       -207    182     -259    -240
 723 >29     G       -234    -256    199     -253
 724 >29     T       -250    -235    -230    189
 725 >30     N       -46     -52     -53     -38
 726 >30     A       215     -249    -262    -283
 727 >30     C       -214    181     -255    -230
 728 >30     G       -239    -247    197     -252
 729 >30     T       -257    -233    -217    185
 730 >31     N       -41     -50     -60     -39
 731 >31     A       208     -245    -252    -278
 732 >31     C       -214    180     -251    -228
 733 >31     G       -233    -245    193     -245
 734 >31     T       -244    -225    -215    178
 735 >32     N       -44     -48     -50     -46
 736 >32     A       210     -240    -262    -281
 737 >32     C       -215    180     -251    -227
 738 >32     G       -230    -241    190     -243
 739 >32     T       -245    -224    -225    182
 740 >33     N       -42     -56     -51     -41
 741 >33     A       192     -232    -237    -256
 742 >33     C       -205    171     -241    -220
 743 >33     G       -215    -240    181     -237
 744 >33     T       -231    -216    -205    168
 745 >34     N       -46     -50     -50     -43
 746 >34     A       186     -223    -233    -253
 747 >34     C       -204    173     -237    -228
 748 >34     G       -206    -214    168     -234
 749 >34     T       -221    -203    -184    151
 750 >35     N       -49     -48     -50     -41
 751 >35     A       179     -219    -224    -238
 752 >35     C       -199    168     -243    -217
 753 >35     G       -214    -213    167     -219
 754 >35     T       -226    -207    -202    162
 755 >36     N       -48     -47     -48     -46
 756 >36     A       178     -222    -223    -235
 757 >36     C       -189    161     -243    -213
 758 >36     G       -205    -212    162     -214
 759 >36     T       -219    -210    -207    163
 760 >37     N       -50     -48     -56     -36
 761 >37     A       173     -215    -216    -235
 762 >37     C       -187    155     -219    -210
 763 >37     G       -198    -208    157     -213
 764 >37     T       -213    -204    -196    155
 765
 766 Cumulative errors by cycle
 767 Cycle:  1       2       3       4       5
 768 !1      125330  126433  126433  126433  126433
 769 !2      123478  126485  126544  126544  126544
 770 !3      121621  126432  126574  126574  126574
 771 !4      119966  126327  126568  126568  126568
 772 !5      118395  126151  126556  126556  126556
 773 !6      116747  125952  126571  126571  126571
 774 !7      115677  125775  126565  126565  126565
 775 !8      114666  125627  126571  126571  126571
 776 !9      113563  125445  126568  126568  126568
 777 !10     112449  125247  126562  126562  126562
 778 !11     111387  125030  126565  126565  126565
 779 !12     110462  124835  126565  126565  126565
 780 !13     109545  124634  126562  126562  126562
 781 !14     108713  124442  126579  126579  126579
 782 !15     107751  124171  126540  126540  126540
 783 !16     106931  123971  126576  126576  126576
 784 !17     106010  123696  126585  126585  126585
 785 !18     105106  123393  126576  126576  126576
 786 !19     104133  123046  126574  126574  126574
 787 !20     103248  122711  126564  126564  126564
 788 !21     102436  122390  126564  126564  126564
 789 !22     101656  122077  126561  126561  126561
 790 !23     100677  121658  126488  126488  126488
 791 !24     99884   121345  126547  126547  126547
 792 !25     99045   120962  126540  126540  126540
 793 !26     98191   120538  126527  126527  126527
 794 !27     97267   119962  126419  126419  126419
 795 !28     96397   119475  126417  126417  126417
 796 !29     95473   118877  126315  126315  126315
 797 !30     94545   118189  126224  126224  126224
 798 !31     93562   117440  126140  126140  126140
 799 !32     92682   116663  126087  126087  126087
 800 !33     91764   115889  125385  125958  125958
 801 !34     90677   115109  124668  125814  125905
 802 !35     89710   114249  123991  125563  125801
 803 !36     88756   113426  123311  125289  125699
 804 !37     87838   112643  122629  125025  125655
 805
 806
 807