htsworkflow/util/conversion.py

   1 """
   2 Miscellaneous, more refined type casting functions
   3 """
   4
   5 def unicode_or_none(value):
   6     """
   7     Convert value to unicode if its not none.
   8     """
   9     if value is None:
  10         return None
  11     else:
  12         return str(value)
  13
  14 def parse_flowcell_id(flowcell_id):
  15     """
  16     Return flowcell id and any status encoded in the id
  17
  18     We stored the status information in the flowcell id name.
  19     this was dumb, but database schemas are hard to update.
  20     """
  21     fields = flowcell_id.split()
  22     fcid = None
  23     status = None
  24     if len(fields) > 0:
  25         fcid = fields[0]
  26     if len(fields) > 1:
  27         status = fields[1]
  28     return fcid, status
  29
  30 def parse_slice(slice_text):
  31     if slice_text is None or len(slice_text) == 0:
  32         return slice(None)
  33
  34     slice_data = []
  35     for element in slice_text.split(':'):
  36         if len(element) == 0:
  37             element = None
  38         else:
  39             element = int(element)
  40         slice_data.append(element)
  41
  42     return slice(*slice_data)
  43
  44