htsworkflow/util/queuecommands.py

   1 """
   2 Run up to N simultanous jobs from provided of commands
   3 """
   4
   5 import logging
   6 import os
   7 from subprocess import PIPE
   8 import subprocess
   9 import select
  10 import sys
  11 import time
  12
  13 LOGGER = logging.getLogger(__name__)
  14
  15 class QueueCommands(object):
  16     """
  17     Queue up N commands from cmd_list, launching more jobs as the first
  18     finish.
  19     """
  20
  21     def __init__(self, cmd_list, N=0, cwd=None, env=None):
  22         """
  23         cmd_list is a list of elements suitable for subprocess
  24         N is the  number of simultanious processes to run.
  25         0 is all of them.
  26
  27         WARNING: this will not work on windows
  28         (It depends on being able to pass local file descriptors to the
  29         select call with isn't supported by the Win32 API)
  30         """
  31         self.to_run = cmd_list[:]
  32         self.running = {}
  33         self.N = N
  34         self.cwd = cwd
  35         self.env = env
  36
  37     def under_process_limit(self):
  38         """
  39         are we still under the total number of allowable jobs?
  40         """
  41         if self.N == 0:
  42             return True
  43
  44         if len(self.running) < self.N:
  45             return True
  46
  47         return False
  48
  49     def start_jobs(self):
  50         """
  51         Launch jobs until we have the maximum allowable running
  52         (or have run out of jobs)
  53         """
  54         while (len(self.to_run) > 0) and self.under_process_limit():
  55             LOGGER.info('%d left to run', len(self.to_run))
  56             cmd = self.to_run.pop(0)
  57             p = subprocess.Popen(cmd,
  58                                  stdout=PIPE,
  59                                  shell=True,
  60                                  cwd=self.cwd,
  61                                  env=self.env)
  62             self.running[p.stdout] = p
  63             LOGGER.info("Created process %d from %s" % (p.pid, str(cmd)))
  64
  65     def run(self):
  66         """
  67         run up to N jobs until we run out of jobs
  68         """
  69         LOGGER.debug('using %s as cwd' % (self.cwd,))
  70
  71         # to_run slowly gets consumed by start_jobs
  72         while len(self.to_run) > 0 or len(self.running) > 0:
  73             # fill any empty spots in our job queue
  74             self.start_jobs()
  75
  76             # build a list of file descriptors
  77             # fds=file desciptors
  78             fds = [ x.stdout for x in list(self.running.values())]
  79
  80             # wait for something to finish
  81             # wl= write list, xl=exception list (not used so get bad names)
  82             read_list, wl, xl = select.select(fds, [], fds, 1 )
  83
  84             # for everything that might have finished...
  85             for pending_fd in read_list:
  86                 pending = self.running[pending_fd]
  87                 # if it really did finish, remove it from running jobs
  88                 if pending.poll() is not None:
  89                     LOGGER.info("Process %d finished [%d]",
  90                                 pending.pid, pending.returncode)
  91                     del self.running[pending_fd]
  92                 else:
  93                     # It's still running, but there's some output
  94                     buffer = pending_fd.readline()
  95                     buffer = buffer.strip()
  96                     msg = "%d:(%d) %s" %(pending.pid, len(buffer), buffer)
  97                     LOGGER.debug(msg)