samplebc/samples/models.py

   1 from django.db import models
   2
   3 # Create your models here.
   4
   5 EXP_TYPES = [('RNASeq', 'RNASeq'),
   6              ('ChIPSeq','ChIPSeq'),
   7              ('DeNovoSeq','DeNovoSeq'),
   8              ('MethylSeq','MethylSeq')]
   9 FREEZER_BUILDINGS = [('Kerckhoff', 'Kerckhoff')]
  10
  11
  12 class Owner(models.Model):
  13     name = models.CharField(max_length=32)
  14
  15     def __unicode__(self):
  16         return u'%s' % (self.name)
  17
  18
  19 class Freezer(models.Model):
  20     name = models.CharField(max_length=256)
  21     building = models.CharField(max_length=256, choices=FREEZER_BUILDINGS,
  22                                 default=FREEZER_BUILDINGS[0][0])
  23     loc_desc = models.CharField(max_length=256, blank=True, null=True)
  24     temperature = models.FloatField(help_text='Celsius')
  25
  26     uuid = models.CharField(max_length=32, unique=True)
  27
  28     def __unicode__(self):
  29         return u'%s (%s; %sC)' % (self.name, self.building, self.temperature)
  30
  31     @models.permalink
  32     def get_absolute_url(self):
  33         return ('samplebc.samples.views.freezer_summary', [str(self.uuid)])
  34
  35
  36 class SampleType(models.Model):
  37     name = models.CharField(max_length=256)
  38
  39     def __unicode__(self):
  40         return u'%s' % (self.name)
  41
  42
  43 class Container(models.Model):
  44     name = models.CharField(max_length=256)
  45     sample_type = models.ManyToManyField(SampleType)
  46     max_items = models.IntegerField()
  47     freezer = models.ForeignKey(Freezer)
  48
  49     uuid = models.CharField(max_length=32, unique=True)
  50
  51     def __unicode__(self):
  52         return u'%s (spc: %s)' % (self.name, self.space_available())
  53
  54     @models.permalink
  55     def get_absolute_url(self):
  56         return ('samplebc.samples.views.container_summary', [str(self.uuid)])
  57
  58     def space_available(self):
  59         """
  60         returns the space available for the container
  61         """
  62         return (self.max_items - self.sample_set.count())
  63
  64
  65 class Sample(models.Model):
  66     name = models.CharField(max_length=256)
  67     sampleid = models.CharField(max_length=64, unique=True)
  68     sample_type = models.ForeignKey(SampleType)
  69     owner = models.ForeignKey(Owner)
  70     # Concentration in ng/ul
  71     concentration = models.FloatField(help_text='ng/ul', blank=True, null=True)
  72     volume = models.FloatField(help_text='ul', blank=True, null=True)
  73     container = models.ForeignKey(Container, blank=True, null=True)
  74
  75     def __unicode__(self):
  76         return u's|%s|%s' % (self.sampleid, self.owner.name)
  77
  78     @models.permalink
  79     def get_absolute_url(self):
  80         return ('samplebc.samples.views.sample_summary', [str(self.sampleid)])