Disable debug messages for each scanned eland file pattern
authorDiane Trout <diane@caltech.edu>
Sat, 30 Jun 2012 03:23:43 +0000 (20:23 -0700)
committerDiane Trout <diane@caltech.edu>
Sat, 30 Jun 2012 03:23:43 +0000 (20:23 -0700)
Given how many places I'm looking for the eland files the debug
messages were getting way too noisy.

htsworkflow/pipelines/eland.py

index e63eab643b8257ec7e370f9b844ebd8388364cf7..0d8d753f0cd6ce45ae82561281275f35239a424b 100644 (file)
@@ -673,14 +673,10 @@ class ELAND(object):
             self.results[end][lane_id] = lane
 
 def check_for_eland_file(basedir, pattern, lane_id, end):
-   #if end is None:
-   #   full_lane_id = lane_id
-   #else:
-   #   full_lane_id = "%d_%d" % ( lane_id, end )
    eland_files = []
    eland_pattern = pattern % (lane_id, end)
    eland_re = re.compile(eland_pattern)
-   LOGGER.debug("Eland pattern: %s" %(eland_pattern,))
+   #LOGGER.debug("Eland pattern: %s" %(eland_pattern,))
    for filename in os.listdir(basedir):
        if eland_re.match(filename):
            LOGGER.info('found eland file %s' % (filename,))