Tag latest live version before the SCHEMA CHANGE that turns library_id
back into the primary key for the samples_library table.

Figure out the absolute path to the runfolder for passing to the post_run
command

Also use the javascript dual panel choice box for tags.

In some cases test_retrive_config will attempt to normalize None as a url
which doesn't work so well.

So this patch just returns the None and lets the problem
get sorted out elsewhere.

Use raw_id_fields for the library ID in the Flowcell Lane Inline form
this provides a vastly superior choice for searching a large number of
database entries.

I also grouped the various Lane form customization elements together
as I was tired of scrolling up and down in the file.

Add the ability not to build srf files.

This requires that you specify the 'site name' as a flag to turn
on creating the srf files.Add the ability not to build srf files.

Add an account number field to a library. (Note SCHEMA CHANGE)

We need some way to charge groups for our services, so it keeping
track of what account to use.

This does require a minor schema change.
alter table samples_library add column "account_number" varchar(100) NULL;

Add a bread crumb to the send started email page.

I modified the base template to re-include the default place for
a bread crumb, and added a bit of test code to make sure the bread crumb
is actually present.

Remove spurious print

Test that the email notification actually generates some emails.

I discovered that django when run in a test environment will store
email messages sent in django.core.mail.outbox, so I could make sure
that when the "run started" send email is clicked, it actually creates
some messages. (Though my current test, is just that the body is non-zero).

Use eland_extended or eland_pair instead of eland for ANALYSIS type
this required splitting up my analysis suffix for sequencing and
aligning code.

Also forcing lanes that have no available genome to be sequencing
changed part of a retrive_config test case.

Default to sequencing if we don't have a genome for the provided
species.
Also I added some additional logging messages to make it easier
to se what's going on with retrieve config.

Test the updated version of extract results that builds srf files.

Of course this means you need illumina2srf for the code to work.
Perhaps I should add something to skip that test if its missing.

Add building srf files to runfolder as part of --extract-results
This required splitting the srf code out from the srf script
into a new module in htsworkflow/pipelines/srf.py

Modify hdquery to not die when being imported on non-linux systems.
(Makes nosetests --with-doctests work better)

The config file should also set the SEQUENCE_FORMAT
(also I forgot to change a .getcode() to .code

HttpRequest.getcode doesn't exist in python 2.4, use .code instead

Implement a client side config file generator.
This downloads the flowcell information json block and then
creates a gerald config file with it.
This version will also look for a "post_run" entry in the
htsworkflow.ini config file for a script that should be
inserted into the config file to be run when make ends.

Print library.library_id instead of the flowcell.library_id.
The first is the library_id string we assign to libraries,
the second is the foriegn key linking to the library primary key.
(yes they're both named library_id... it makes it confusing.)

Return species information as part of the flowcell json information.
Additionally instead of using django authentication use an apikey
for authenticating access to the json data.

Currently the apikey is just a value stored in the settings.py file
(DEFAULT_API_KEY), but in the future could be linked to users.

Put a stub species_json in, as I'd listed it in the samples/urls.py
this implementation just always returns 404

Allow grabbing library information via json.
Also make sure that we refer to libraries by our official "library_id"
instead of django's primary key library.id. I needed alter what was being
returned by the flowcell json code in order to support this.

Add a /config/<fcid>/json url that returns information about a flowcell
this includes test code that verifies the underlying dictionary
representing the flowcell is correct, as well as testing that we
can retrieve data from the url only if we're logged in.

Now I need to implement something similar for sharing information
about libraries.

Django really wanted a 404 template.
So here is an insanely basic 404 template.
Someone should fix it, but at least know I'm getting 404s and not
tracebacks

Force addition of HTSUser object if someone is creating an auth_users object

Replace some prints with logging.info messages and
replace the call to HTTPError.reason with HTTPError.code and HTTPError.msg
as those seem to be available in python 2.6

Fix ticket:145 this patch includes the tar.bz2 extension in the scores pattern.
Also for good measure I check for tar.gz and .tgz. This'll
help avoid the problem of something else showing up in the directory
that matches the pattern scores*, like scores.tar.bz2.md5

Apparently I should've rendered the emails in plain text.
Also lorian wanted to include the cluster estimate in the email.

None is better than a baddly munged string for when we don't know the cluster/tile value

Don't crash if there are no lane result summary entries when rendering
output by not looking inside the empty dictionary.

Report if the Summary.htm file is missing the Lane Results Summary block.

Remove spurious pring debugging statements as they make mod_wsgi very sad

wsgi print error fixed.

remove spurious debug print statement

Report who the site managers are for the BCC
also include the affiliations email as one of the entities being notified
about a library.

Added control_lane column to Flowcell.
 * updated upgrade_v0.2.6_to_v0.3.py script to update flowcell table.

No printing allowed; fixed.

Now adding a user adds the key linking the htsuser object to the auth_user object.

(I overrode the user admin class and two supporting forms.)

Implemented custom templates by inventory type using PrinterTemplate object.
  * bcmagic app now has a Printer object which stores useable printers
  * PrinterTemplate links Item Type, Printer, and Template together.
  * Templates now stored in db in PrinterTemplate object.

Implement a send started email feature.

The UI is linked to from the admin page by overriding the django
admin change_form for experments/flowcell to include an new link
in the object-tools block.

The actual page is implemented as a custom view. Its designed to
render the emails to a preview page, and then, at the bottom
of the page there's a button to actually send the emails.

It'll re-load the page but with a small status message about
what happened with the email in question.

Additionally this requires that users be attached to affiliations
and that users have email addresses.

I forgot we were also going to extract an email address from the
affiliation as well, if it was set.

Reorder imports in model to make me happy.
(stdlib -> large dependencies -> app specific parts)

Update user db when doing update.

Use hasattr instead of checking for django version number to check
for the new admin.site.urls (django 1.1 compatibility)

Finished removing bcprinter module by moving what little code there
was to the bcmagic module. Removed app from settings. Fixed major bug
that I just created (and fixed) that caused only admin views to work.

Moved bcprinter.util to bcmagic.util.

Moved bcprinter/util.py to bcmagic/util.py

Hard Drive Shell label made by Lorian; templatized by me.

Admin compatibility for changes in Django >= 1.1.

Forgot to update one request to request.REQUEST variable lookup

Convert stanford/hudson alpha's updStatus to work with django 1.0.2's
WSGIRequest objects.

(Mostly this means accessing request.REQUEST instead of just request)

Also I changed the user restriction from 'rami' to is_superuser, as for
some reason the user variable attached to the request is an actual django
user.

Update hudson alpha's eland config file generator to work with the
lane table.

Update eland_config generator to work with the new seperate lane table

Update Rami's flowcell report to work with our new seperate lane table.

Add a custom (inherited) user object named HTSUser to the samples table.
This is so I can attach users (and their email addresses) to the
affiliation object.

Fix code where the python str() function had been overridden with a
string named str.

Lorian's request for a thin comment field implemented.

Lorian's requested filter by status; requires at least 2 status types.

New way of accessing pM for a lane in _summary_stats

Lane number fix for _summary_stats function and library_to_flowcells view

New lane model patch for library_to_flowcells view.

Converted Brandon's scripts into a single python script that doesn't require
a previous version to run. It may however still require running syncdb.

It also improves on my first attempt of just using straight SQL to split the
flowcell into flowcell + lanes table in that now all the lanes for a single flowcell
are all next to each other.

Move Brandon's upgrade script in with all the other upgrade scripts.

Making it more clear what the script does.

Script for conversion of db; start of fixes brought on by changes to the db.

print killing wsgi; minor fix.

New Lane Table migration progress.

Barcode Magic Initial Data

Minor update.

Lorian supplied quick fix for 32 char UUIDs.

Lorian requested item search box

ReadPreps can also use the netcopy complete flags which causes problems
so I needed to force the "completion file" to be only checked in the root
of the runfolder.

Moved from ext-3.0-rc2 to ext-3.0.0.

Allow specifying the we're finished sequencing file in the config file.
(Currently the default is netcopy_complete.txt, but that might not be a good
choice).

While I was in there I changed it to catch the current event, and set a
completed flag in the event instead of just directly sending the
sequencingFinished message.

I also put some effort into trying to only send startCopy messages for
things that look like runfolders, both by not sending a copy message
for the root of the watch directory and by checking to see if the
top level directory that contains the event looks kind of like a runfolder
name. (AKA "[0-9]{6}_" )

Lorian requested save_as feature in admin interface.

Prototype of bcmagic search plugin.
 * Works for inventory item object.

Adding ReagentLibrary & ReagentFlowcell tables in Inventory App.

Attempted linking to archived hard drive.

Attempted linking to archived hard drive.

Update to item summary now displays Long Term Storage information if exists.

Updated inventory to support display of inventory items based on uuid/barcode_id scans.

Made Diane's suggest json problem fix for python 2.5/2.6 support... now using simplejson for <= python 2.5.

Added a subtle but useful | to the toolbar

Added a subtle but useful | to the toolbar

NOTE: settings.py update:
  Will need to include a section as follows to ini file:

[bcprinter]
printer1_host=<ip_address>
printer1_port=9100
printer2_host=<ip_address>
printer2_port=9100

Added a simple way to print out a label on inventory item summary
page. Needs major improvement on this page, but went for getting
labels printed to start with.

Disabled menu selection when not logged in.

Added start of inventory summary view and cleaned up inventory template location

Add LibraryType option, (this will probably require a dump/reload)

And you'll probably need to do it before updating to this version of the
database

Change the cluster station default to the current working cluster station.

Allow cellline and conditition to be blank [ticket:115] [ticket:105]
However this requires a dump and reload of the database to work.

This saves the data as a django 'fixture'
python manage.py dumpdata samples > /tmp/sampledata.json
python manage.py sqlreset samples | sqlite3 [path to db]
python manage.py loadddata /tmp/sampledata.json

Auto resizing for grids based on collapsing and resizing of other components

Provide a dummy eland result lane class if there's nothing appropriate in the xml
files. Though this produces blank records in the library page, at least the
program doesn't crash.

Behold the power of ExtJS grids! Muhahaha! =o)

auto height test.

two json modules... one for 2.5, one for 2.6... util that just works.

Start of inventory app page.

Activating bcmagic model & initial data.

Pulling in barcode magic from sample tracker and starting to update it to use ExtJS

Libraries Detail View integrated.

Fixed dynamic east panel code

CSS fix broke non-library index views; fix for fix.