Makefile

   1 #CFLAGS=-ftemplate-depth-20
   2 CFLAGS=-O -Winline -ftemplate-depth-20
   3 # -ggdb
   4 LDFLAGS= -lfltk
   5
   6 # this is what's needed on titus's redhat machine
   7 # tho he may have things setup oddly to accomodate his development setup
   8 #LDFLAGS= -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11
   9
  10
  11 #all: seqcomp
  12
  13 sequence.o : sequence.cc sequence.hh
  14         g++ $(CFLAGS) -c sequence.cc
  15
  16 flp.o : flp.cc flp.hh
  17         g++ $(CFLAGS) -c flp.cc
  18
  19 flp_seqcomp.o : flp_seqcomp.cc flp.hh
  20         g++ $(CFLAGS) -c flp_seqcomp.cc
  21
  22 seqcomp : seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
  23         g++ $(CFLAGS) -o seqcomp seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
  24
  25 mussa_nway.o : mussa_nway.cc mussa_nway.hh
  26         g++ $(CFLAGS) -c mussa_nway.cc
  27
  28 mussa_gui_seq.o : mussa_gui_seq.cc mussa_gui_seq.hh
  29         g++ $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq.cc
  30
  31 mussa_gui_conn.o : mussa_gui_conn.cc mussa_gui_conn.hh
  32         g++ $(CFLAGS) -c mussa_gui_conn.cc
  33
  34 mussa_class.o : mussa_class.cc mussa_class.hh
  35         g++ $(CFLAGS) -c mussa_class.cc
  36
  37 mussa : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o mussa_nway.o mussa_gui_seq.o mussa_gui_conn.o mussa_class.o mussa.cc
  38         g++ $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc mussa_class.o mussa_gui_conn.o mussa_gui_seq.o mussa_nway.o flp_seqcomp.o flp.o sequence.o  $(LDFLAGS)
  39
  40
  41
  42 annot_test : sequence.o annot_test.cc
  43         g++ $(CFLAGS) -o annot_test annot_test.cc sequence.o
  44
  45
  46 #match_list_type.o : modules/match_list_type.c modules/match_list_type.h \
  47 #               modules/seqcomp_defs.h
  48 #       gcc $(CFLAGS) -c modules/match_list_type.c
  49
  50 #match_list_head_type.o : modules/match_list_head_type.c \
  51 #               modules/match_list_head_type.h modules/seqcomp_defs.h
  52 #       gcc $(CFLAGS) -c modules/match_list_head_type.c
  53
  54 #result_type.o : modules/result_type.c modules/result_type.h \
  55 #                modules/seqcomp_defs.h
  56 #       gcc $(CFLAGS) -c modules/result_type.c
  57
  58 #compare.o : modules/compare.c modules/compare.h \
  59 #                modules/seqcomp_defs.h
  60 #       gcc $(CFLAGS) -c modules/compare.c
  61
  62 #seqcomp : seqcomp.c modules/seqcomp_defs.h sequence_type.o match_list_type.o \
  63 #                match_list_head_type.o result_type.o compare.o
  64 #       gcc $(LDFLAGS) -o seqcomp seqcomp.c sequence_type.o match_list_type.o \
  65 #               match_list_head_type.o result_type.o compare.o