alg/alphabet.cpp

   1 #include <stdexcept>
   2
   3 #include "alg/alphabet.hpp"
   4
   5 // some standard dna alphabets
   6 // Include nl (\012), and cr (\015) to make sequence parsing eol
   7 // convention independent.
   8 const char *Alphabet::reduced_dna_cstr = "AaCcGgTtNn\012\015";
   9 const char *Alphabet::reduced_rna_cstr = "AaCcGgUuNn\012\015";
  10 const char *Alphabet::reduced_nucleic_cstr = "AaCcGgTtUuNn\012\015";
  11 //! this is the general iupac alphabet for nucleotides
  12 const char *Alphabet::nucleic_cstr =
  13   "AaCcGgTtUuRrYyMmKkSsWwBbDdHhVvNn-~.?\012\015";
  14 //! the protein alphabet
  15 const char *Alphabet::protein_cstr =
  16   "AaCcDdEeFfGgHhIiKkLlMmNnPpQqRrSsTtVvWwYy\012\015";
  17 const char *Alphabet::empty_cstr = "";
  18
  19 const Alphabet& Alphabet::reduced_dna_alphabet() {
  20   static Alphabet *a = new Alphabet(reduced_dna_cstr);
  21   return *a;
  22 }
  23 const Alphabet& Alphabet::reduced_rna_alphabet() {
  24   static Alphabet *a = new Alphabet(reduced_rna_cstr);
  25   return *a;
  26 }
  27 const Alphabet& Alphabet::reduced_nucleic_alphabet() {
  28   static Alphabet *a = new Alphabet(reduced_nucleic_cstr);
  29   return *a;
  30 }
  31 const Alphabet& Alphabet::nucleic_alphabet() {
  32   static Alphabet *a = new Alphabet(nucleic_cstr);
  33   return *a;
  34 }
  35 const Alphabet& Alphabet::protein_alphabet() {
  36   static Alphabet *a = new Alphabet(protein_cstr);
  37   return *a;
  38 }
  39 const Alphabet& Alphabet::empty_alphabet() {
  40   static Alphabet *a = new Alphabet(empty_cstr);
  41   return *a;
  42 }
  43
  44 Alphabet::Alphabet(const char *a) :
  45   alphabet(a)
  46 {
  47   alphabet_set.insert(alphabet.begin(), alphabet.end());
  48 }
  49
  50 void Alphabet::assign(const Alphabet& a)
  51 {
  52   alphabet = a.alphabet;
  53   alphabet_set.clear();
  54   alphabet_set.insert(alphabet.begin(), alphabet.end());
  55 }
  56
  57 bool operator==(const Alphabet& x, const Alphabet& y)
  58 {
  59   return x.alphabet == y.alphabet;
  60 }
  61
  62 std::ostream& operator<<(std::ostream& out, const Alphabet& a)
  63 {
  64   out << a.alphabet;
  65 }
  66
  67 bool Alphabet::exists(const char c) const
  68 {
  69   return (alphabet_set.find(c) != alphabet_set.end());
  70 }
  71
  72 const Alphabet& Alphabet::get_alphabet(AlphabetRef alpha)
  73 {
  74   switch (alpha) {
  75     case ::reduced_dna_alphabet:
  76       return Alphabet::reduced_dna_alphabet();
  77     case ::reduced_rna_alphabet:
  78       return Alphabet::reduced_rna_alphabet();
  79     case ::reduced_nucleic_alphabet:
  80       return Alphabet::reduced_nucleic_alphabet();
  81     case ::nucleic_alphabet:
  82       return Alphabet::nucleic_alphabet();
  83     case ::protein_alphabet:
  84       return Alphabet::protein_alphabet();
  85     default:
  86       throw std::runtime_error("unrecognized alphabet type");
  87       break;
  88   }
  89 }