alg/alphabet.cpp

   1 #include "alg/alphabet.hpp"
   2
   3 // some standard dna alphabets
   4 // Include nl (\012), and cr (\015) to make sequence parsing eol
   5 // convention independent.
   6 const Alphabet Alphabet::reduced_dna_alphabet("AaCcGgTtNn\012\015");
   7 const Alphabet Alphabet::reduced_rna_alphabet("AaCcGgUuNn\012\015");
   8 const Alphabet Alphabet::reduced_nucleic_alphabet("AaCcGgTtUuNn\012\015");
   9 //! this is the general iupac alphabet for nucleotides
  10 const Alphabet Alphabet::nucleic_alphabet(
  11   "AaCcGgTtUuRrYyMmKkSsWwBbDdHhVvNn-~.?\012\015"
  12 );
  13 //! the protein alphabet
  14 const Alphabet Alphabet::protein_alphabet(
  15   "AaCcDdEeFfGgHhIiKkLlMmNnPpQqRrSsTtVvWwYy\012\015"
  16 );
  17
  18 Alphabet::Alphabet(const char *a) :
  19   alphabet(a)
  20 {
  21   alphabet_set.insert(alphabet.begin(), alphabet.end());
  22 }
  23
  24 void Alphabet::assign(const Alphabet& a)
  25 {
  26   alphabet = a.alphabet;
  27   alphabet_set.clear();
  28   alphabet_set.insert(alphabet.begin(), alphabet.end());
  29 }
  30
  31 const char *Alphabet::c_str() const
  32 {
  33   alphabet.c_str();
  34 }
  35
  36 bool Alphabet::exists(const char c) const
  37 {
  38   return (alphabet_set.find(c) != alphabet_set.end());
  39 }