alg/glseqbrowser.cpp

   1 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3
   4 #include <math.h>
   5 #include <iostream>
   6 #include <sstream>
   7 #include <stdexcept>
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser()
  12   : border_width(25),
  13     cur_ortho(400.0, 0.0, 600.0, 0.0),
  14     viewport_size(600, 400),
  15     viewport_center((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/2+cur_ortho.left),
  16     zoom_level(2),
  17     color_mapper(),
  18     track_container()
  19 {
  20 }
  21
  22 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser& gt)
  23   : border_width(gt.border_width),
  24     cur_ortho(gt.cur_ortho),
  25     viewport_size(gt.viewport_size),
  26     viewport_center(gt.viewport_center),
  27     zoom_level(gt.zoom_level),
  28     color_mapper(gt.color_mapper),
  29     track_container(gt.track_container),
  30     path_segments(gt.path_segments)
  31 {
  32 }
  33
  34 void GlSeqBrowser::initializeGL()
  35 {
  36   glEnable(GL_DEPTH_TEST);
  37   glClearColor(1.0, 1.0, 1.0, 0.0);
  38   glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  39   glShadeModel(GL_FLAT);
  40 }
  41
  42 void GlSeqBrowser::resizeGL(int width, int height)
  43 {
  44   viewport_size.x = width;
  45   viewport_size.y = height;
  46   glViewport(0, 0, (GLsizei)width, (GLsizei)height);
  47   update_viewport(viewport_center, zoom_level);
  48 }
  49
  50 void GlSeqBrowser::paintGL() const
  51 {
  52   glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT|GL_DEPTH_BUFFER_BIT);
  53
  54   glPushMatrix();
  55   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
  56   glLoadIdentity();
  57   glOrtho(cur_ortho.left, cur_ortho.right,
  58           cur_ortho.bottom, cur_ortho.top,
  59           -50.0, 50);
  60
  61   draw();
  62
  63   glPopMatrix();
  64   glFlush();
  65 }
  66
  67 void GlSeqBrowser::processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize, const rect<float>& r)
  68 {
  69   GLuint *ptr;
  70   GLuint names;
  71   GLuint consumed_names = 0;
  72   float z1;
  73   float z2;
  74   GLuint objtype;
  75   GLuint objid;
  76   GLuint path_index = 0;
  77   GLuint pair_key_0 = 0;
  78   GLuint pair_key_1 = 0;
  79   TrackRegion track;
  80
  81   selected_paths.clear();
  82   selected_tracks.clear();
  83
  84   ptr = (GLuint *) buffer;
  85   if (hits > 0)
  86     selectedMode = true;
  87   for (GLuint i=0; i < hits; ++i)
  88   {
  89     if ((i + 5) > bufsize) {
  90       std::clog << "*** selection overflow***" << std::endl;
  91     } else {
  92       consumed_names = 0;
  93       names = *ptr++;
  94       z1 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  95       z2 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  96       objtype = *ptr++; ++consumed_names;
  97       switch (objtype) {
  98         case MussaSegment:
  99           path_index = *ptr++; ++consumed_names;
 100           pair_key_0 = *ptr++; ++consumed_names;
 101           pair_key_1 = *ptr++; ++consumed_names;
 102           if (path_index < path_segments.size()) {
 103             segment_key k(pair_key_0, pair_key_1);
 104             pair_segment_map::iterator psm_i;
 105             psm_i = path_segments[path_index].find(k);
 106             if (psm_i != path_segments[path_index].end()) {
 107               Segment &seg = psm_i->second;
 108               selected_paths.insert(seg.path_ids.begin(), seg.path_ids.end());
 109             }
 110             // else something else is wrong
 111           } else {
 112             // something wasn't right
 113             clog << "invalid path_index " << path_index
 114                  << " should have been [0,"<<path_segments.size()
 115                  << ") " << endl;
 116           }
 117           break;
 118         case MussaTrack:
 119         {
 120           objid = *ptr++; ++consumed_names;
 121
 122           int left = track_container[objid]->leftbase(r.left);
 123           int right = track_container[objid]->rightbase(r.right);
 124           // the static_cast should be ok, since basepairs line up on
 125           // integral values
 126           //TrackRegion track(objid, left, right);
 127           track.set(objid, left, right);
 128           selected_tracks.push_back(track);
 129           //clog << "selected track " << objid
 130           //     << "(" << left << ", " << right << ")" << endl;
 131         }
 132         break;
 133         default:
 134           cout << "unknown type " << objtype << " ";
 135           for(; consumed_names < names; ++consumed_names) {
 136             cout << consumed_names << "," << *ptr++ << " ";
 137           }
 138           cout << endl;
 139           break;
 140       }
 141     }
 142   }
 143 }
 144
 145 void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right)
 146 {
 147   GLfloat x_scale = cur_ortho.width()/((float)viewport_size.x);
 148   GLfloat y_scale = cur_ortho.height()/((float)viewport_size.y);
 149   GLfloat x_left = cur_ortho.left + (left*x_scale);
 150   GLfloat x_right = cur_ortho.left + (right * x_scale);
 151
 152   if (top > bottom) {
 153     // woah, someone gave us a rectangle with the origin in the lower left
 154     int temp = top;
 155     bottom = top;
 156     top = temp;
 157   }
 158   // swap the orientation of canvas coordinates
 159   GLfloat y_top = cur_ortho.top-(bottom*y_scale);
 160   GLfloat y_bottom = cur_ortho.top - top * y_scale;
 161   selectedRegion = rect<float>(y_top, x_left, y_bottom, x_right);
 162
 163   // hopefully this will make a buffer big enough to receive
 164   // everything being selected
 165   //const size_t pathz_count = mussaAnalysis->paths().refined_pathz.size();
 166   //const GLuint select_buf_size = 1 + 5 * (pathz_count + sequences.size());
 167   const GLuint select_buf_size = 500000;
 168   GLuint selectBuf[select_buf_size];
 169   glSelectBuffer(select_buf_size, selectBuf);
 170   GLint hits;
 171
 172   (void)glRenderMode(GL_SELECT);
 173   glPushMatrix();
 174   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
 175   glLoadIdentity();
 176   glOrtho(x_left, x_right, y_top, y_bottom, -50.0, 50.0);
 177   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 178   glLoadIdentity();
 179
 180   draw();
 181
 182   glFlush();
 183   glPopMatrix();
 184   hits = glRenderMode(GL_RENDER);
 185   processSelection(hits, selectBuf, select_buf_size, selectedRegion);
 186 }
 187
 188 float GlSeqBrowser::border() const
 189 {
 190   return border_width;
 191 }
 192
 193 float GlSeqBrowser::left() const
 194 {
 195   float left;
 196   if (track_container.size() == 0)
 197   {
 198     return cur_ortho.left;
 199   } else {
 200     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 201     left = (*track_i)->x();
 202     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i)
 203     {
 204       if ((*track_i)->x() < left) {
 205         left = (*track_i)->x();
 206       }
 207     }
 208     return left-border_width;
 209   }
 210 }
 211
 212 float GlSeqBrowser::right() const
 213 {
 214   float right;
 215   if (track_container.size() == 0) {
 216     return cur_ortho.right;
 217   } else {
 218     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 219     right = (*track_i)->right();
 220     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i) {
 221       if ((*track_i)->right() > right)
 222         right = (*track_i)->right();
 223     }
 224     return right+border_width;
 225   }
 226 }
 227
 228 float GlSeqBrowser::get_pixel_width() const
 229 {
 230   GLint viewport[4];
 231   glGetIntegerv(GL_VIEWPORT, viewport);
 232   GLint vp_width = viewport[3]; // grab the viewport width
 233
 234   return round((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/vp_width);
 235 }
 236
 237 void GlSeqBrowser::setViewportCenter(float x)
 238 {
 239   update_viewport(x, zoom_level);
 240   viewport_center = x;
 241 }
 242
 243 float GlSeqBrowser::viewportLeft() const
 244 {
 245   return cur_ortho.left;
 246 }
 247
 248 float GlSeqBrowser::viewportCenter() const
 249 {
 250   return viewport_center;
 251 }
 252
 253 float GlSeqBrowser::viewportRight() const
 254 {
 255   return cur_ortho.right;
 256 }
 257
 258 float GlSeqBrowser::viewportHeight() const
 259 {
 260   return cur_ortho.top - cur_ortho.bottom;
 261 }
 262
 263 float GlSeqBrowser::viewportWidth() const
 264 {
 265   return cur_ortho.right - cur_ortho.left;
 266 }
 267
 268 int GlSeqBrowser::viewportPixelHeight() const
 269 {
 270   return viewport_size.y;
 271 }
 272
 273 int GlSeqBrowser::viewportPixelWidth() const
 274 {
 275   return viewport_size.x;
 276 }
 277
 278 double GlSeqBrowser::zoomOut()
 279 {
 280
 281   if (right() - left() > 0) {
 282     cur_ortho.left = left();
 283     cur_ortho.right = right();
 284     zoom_level =  (right() - left()) / (double)viewport_size.x;
 285     return zoom_level;
 286   } else {
 287     // made up number representing 50 bp / pixel
 288     return 50.0;
 289   }
 290 }
 291
 292 double GlSeqBrowser::zoomToSequence()
 293 {
 294   // (experimentally determined zoom level)
 295   const double friendly_zoom = 0.10;
 296   setZoom(friendly_zoom);
 297   return friendly_zoom;
 298 }
 299
 300 void GlSeqBrowser::setZoom(double new_zoom)
 301 {
 302   update_viewport(viewport_center, new_zoom);
 303   zoom_level = new_zoom;
 304 }
 305
 306 double GlSeqBrowser::zoom() const
 307 {
 308   return zoom_level;
 309 }
 310
 311 void GlSeqBrowser::setColorMapper(boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
 312 {
 313   color_mapper = cm;
 314 }
 315
 316 const AnnotationColors& GlSeqBrowser::colorMapper()
 317 {
 318   return *color_mapper;
 319 }
 320
 321 void GlSeqBrowser::clear()
 322 {
 323   clear_selection();
 324   clear_links();
 325   path_segments.clear();
 326   track_container.clear();
 327 }
 328
 329 void GlSeqBrowser::clear_selection()
 330 {
 331   selectedMode = false;
 332   selectedRegion.clear();
 333   selected_paths.clear();
 334   selected_tracks.clear();
 335 }
 336
 337 void GlSeqBrowser::push_sequence(const Sequence& s)
 338 {
 339   GlSequenceRef gs(new GlSequence(s, color_mapper));
 340   push_sequence(gs);
 341 }
 342
 343 void GlSeqBrowser::push_sequence(SequenceRef s)
 344 {
 345   GlSequenceRef gs(new GlSequence(*s, color_mapper));
 346   push_sequence(gs);
 347 }
 348
 349 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequence gs)
 350 {
 351   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 352   push_sequence(new_gs);
 353 }
 354
 355 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequenceRef gs)
 356 {
 357   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 358   clear_links();
 359   track_container.push_back(new_gs);
 360   update_layout();
 361   if (track_container.size() > 1)
 362     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 363 }
 364
 365 const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& GlSeqBrowser::sequences() const
 366 {
 367   return track_container;
 368 }
 369
 370 void GlSeqBrowser::clear_links()
 371 {
 372   path_segments.clear();
 373   for (int i = track_container.size()-1; i > 0; --i)
 374   {
 375     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 376   }
 377   pathid = 0;
 378 }
 379
 380 void
 381 GlSeqBrowser::link(const vector<int>& path, const vector<bool>& rc, int length)
 382 {
 383   if (path.size() < 2) {
 384     // should i throw an error instead?
 385     return;
 386   }
 387   if (path.size() != track_container.size() ) {
 388     stringstream msg;
 389     msg << "Path size [" << path.size() << "] and track size ["
 390         << track_container.size() << "] don't match" << endl;
 391     throw mussa_error(msg.str());
 392   }
 393   if (path.size() != rc.size()) {
 394     throw runtime_error("path and reverse compliment must be the same length");
 395   }
 396   vector<int>::const_iterator path_i = path.begin();
 397   vector<bool>::const_iterator rc_i = rc.begin();
 398   int track_i = 0;
 399   int prev_x = *path_i; ++path_i;
 400   bool prev_rc = *rc_i; ++rc_i;
 401   while (path_i != path.end() and rc_i != rc.end())
 402   {
 403     segment_key p(prev_x, *path_i);
 404     pair_segment_map::iterator found_segment = path_segments[track_i].find(p);
 405     if (found_segment == path_segments[track_i].end()) {
 406       // not already found
 407       float y1 = track_container[track_i]->y();
 408             y1 -= track_container[track_i]->height()/2;
 409       float y2 = track_container[track_i+1]->y();
 410             y2 += track_container[track_i+1]->height()/2;
 411
 412       bool rcFlag = (prev_rc or *rc_i) and !(prev_rc and *rc_i);
 413       Segment s(prev_x, y1, *path_i, y2, rcFlag, length);
 414       s.path_ids.insert(pathid);
 415       path_segments[track_i][p] = s;
 416     } else {
 417       //found
 418       found_segment->second.path_ids.insert(pathid);
 419       // make each segment the size of the largest of any link between these
 420       // two bases
 421       if (found_segment->second.length < length) {
 422         found_segment->second.length = length;
 423       }
 424     }
 425     prev_x = *path_i;
 426     prev_rc = *rc_i;
 427     ++track_i;
 428     ++path_i;
 429     ++rc_i;
 430   }
 431   // pathid is reset by push_sequence
 432   ++pathid;
 433 }
 434
 435 void GlSeqBrowser::setSelectedPaths(std::vector<int> paths)
 436 {
 437   selected_paths.clear();
 438   for(std::vector<int>::iterator itor = paths.begin();
 439       itor != paths.end();
 440       ++itor)
 441   {
 442     selected_paths.insert(*itor);
 443   }
 444 }
 445
 446 const set<int>& GlSeqBrowser::selectedPaths() const
 447 {
 448   return selected_paths;
 449 }
 450
 451 void GlSeqBrowser::appendSelectedTrack(GLuint track, int start, int stop)
 452 {
 453   selected_tracks.push_back(TrackRegion(track, start, stop));
 454 }
 455
 456 list<TrackRegion> GlSeqBrowser::selectedTracks() const
 457 {
 458   return selected_tracks;
 459 }
 460
 461 //! copy sequence from selected track using formating function
 462 template<class Item>
 463 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracks(std::list<Item>& result,
 464              Item (*formatter)(const Sequence& s, int left, int right))
 465 {
 466   size_t base_pairs_copied = 0;
 467   result.clear();
 468
 469   for(selected_track_iterator track_i = selected_tracks.begin();
 470       track_i != selected_tracks.end();
 471       ++track_i)
 472   {
 473     int track_index = track_i->track_id;
 474     if (track_index >= track_container.size()) {
 475       // should this be an exception instead?
 476       clog << "track " << track_index << " > " << track_container.size()
 477            << endl;
 478     } else {
 479       // we should be safe
 480       Sequence seq(*track_container[track_index]);
 481       result.push_back(formatter(seq, track_i->left, track_i->right));
 482       base_pairs_copied += max(track_i->right-track_i->left, 0);
 483     }
 484   }
 485   return base_pairs_copied;
 486 }
 487
 488 //! copy sequence from selected tracks as FASTA sequences
 489 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsFasta(std::string& copy_buffer)
 490 {
 491   std::list<std::string> result;
 492   struct AsFasta {
 493     static string formatter(const Sequence& seq, int left, int right)
 494     {
 495       stringstream s;
 496       s << ">" << seq.get_fasta_header()
 497         << "|" << "subregion=" << left << "-" << right+1
 498         << std::endl
 499         << seq.subseq(left, right-left+1) << std::endl;
 500       return s.str();
 501     }
 502   };
 503   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsFasta::formatter);
 504   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 505   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 506        result_i != result.end();
 507        ++result_i)
 508   {
 509     copy_buffer.append(*result_i);
 510   }
 511   return base_pairs_copied;
 512 }
 513
 514 //! copy sequence from selected tracks as new sequences
 515 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSequences(std::list<Sequence>& result)
 516 {
 517   struct AsSequence {
 518     static Sequence formatter(const Sequence& seq,
 519                               int left,
 520                               int right)
 521     {
 522       return seq.subseq(left, right-left+1);
 523     }
 524   };
 525   return copySelectedTracks(result, AsSequence::formatter);
 526 }
 527
 528 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 529     std::list<SequenceLocation>& result)
 530 {
 531   struct AsSeqLocation {
 532     static SequenceLocation formatter(const Sequence& seq,
 533                                       int left,
 534                                       int right)
 535     {
 536       return SequenceLocation(seq, left, right);
 537     }
 538   };
 539   return copySelectedTracks(result, AsSeqLocation::formatter);
 540 }
 541
 542 //! copy sequence from selected tracks as plain sequences
 543 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsString(std::string& copy_buffer)
 544 {
 545   std::list<string> result;
 546   struct AsString {
 547     static string formatter(const Sequence& seq,
 548                             int left,
 549                             int right)
 550     {
 551       stringstream s;
 552       s << seq.subseq(left, right-left+1);
 553       return s.str();
 554     }
 555   };
 556
 557   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsString::formatter);
 558   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 559   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 560        result_i != result.end();
 561        ++result_i)
 562   {
 563     copy_buffer.append(*result_i);
 564   }
 565   return base_pairs_copied;
 566 }
 567
 568 void GlSeqBrowser::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 569 {
 570   if (paths.size() != track_container.size()) {
 571     throw mussa_error("Path length didn't match the number of sequences");
 572   }
 573
 574   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 575   {
 576     // -15 = shift more to the left
 577     track_container[track_i]->setX((viewport_center-15) - paths[track_i]);
 578   }
 579 }
 580
 581 void GlSeqBrowser::update_viewport(float center, double new_zoom)
 582 {
 583   // limit how close we can get
 584   if (new_zoom < 0.01) {
 585     new_zoom = 0.01;
 586   }
 587   double new_width = (new_zoom * (float)viewport_size.x);
 588   cur_ortho.left = center-new_width/2.0;
 589   cur_ortho.right = center+new_width/2.0;
 590 }
 591
 592 void GlSeqBrowser::update_layout()
 593 {
 594   typedef std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator glseq_itor_type;
 595   float available_height = (float)cur_ortho.top - 2 * (float)border_width;
 596   float max_base_pairs = 0;
 597   size_t track_count = track_container.size();
 598
 599   if (track_count > 1) {
 600     // we have several sequences
 601     float track_spacing = available_height / (track_count-1);
 602     float y = available_height + (float)border_width;
 603     for(glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 604         seq_i != track_container.end();
 605         ++seq_i, y-=track_spacing)
 606     {
 607       (*seq_i)->setX(0);
 608       (*seq_i)->setY(y);
 609       if ((*seq_i)->size() > max_base_pairs)
 610         max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 611     }
 612   } else if (track_count == 1) {
 613     // center the single track
 614     glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 615     (*seq_i)->setX(0);
 616     (*seq_i)->setY(viewport_size.x /2);
 617     max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 618   } else {
 619     // nothing to do as we're empty
 620     return;
 621   }
 622   cur_ortho.right = max_base_pairs + border_width;
 623   cur_ortho.left = -border_width;
 624   cur_ortho.top = viewport_size.x;
 625   cur_ortho.bottom = 0;
 626   viewport_center = (cur_ortho.width()/2) + cur_ortho.left;
 627   zoomOut();
 628 }
 629
 630 void GlSeqBrowser::draw() const
 631 {
 632   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 633   glInitNames();
 634   glPushName(MussaSegment);
 635   draw_segments();
 636   glLoadName(MussaTrack);
 637   draw_tracks();
 638   glPopName();
 639   // a selection shouldn't have a glName associated with it
 640   draw_selection();
 641 }
 642
 643 void GlSeqBrowser::draw_selection() const
 644 {
 645   // draw selection box
 646   glEnable(GL_BLEND);
 647   glDepthMask(GL_FALSE);
 648   if (selectedMode) {
 649     glColor4f(0.6, 0.6, 0.6, 0.9);
 650     glRectf(selectedRegion.left, selectedRegion.top,
 651             selectedRegion.right, selectedRegion.bottom);
 652   }
 653   glDepthMask(GL_TRUE);
 654   glDisable(GL_BLEND);
 655 }
 656
 657 void GlSeqBrowser::draw_tracks() const
 658 {
 659   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 660   {
 661     glPushName(track_i);
 662     track_container[track_i]->draw(cur_ortho.left, cur_ortho.right);
 663     glPopName();
 664   }
 665 }
 666
 667 void GlSeqBrowser::draw_segments() const
 668 {
 669   glLineWidth(1);
 670   glEnable(GL_BLEND);
 671   glDepthMask(GL_FALSE);
 672   const float zdepth = -1.0;
 673   const float min_segment_width = max((float)(1.0), get_pixel_width());
 674
 675   // each vector contains path_segment_maps of all the connections
 676   // between this track and the next
 677   path_segment_map_vector::const_iterator psmv_i;
 678   for(psmv_i = path_segments.begin();
 679       psmv_i != path_segments.end();
 680       ++psmv_i)
 681   {
 682     path_segment_map_vector::difference_type path_index;
 683     path_index = psmv_i - path_segments.begin();
 684     // these maps contain the pair index (used so we dont keep drawing the
 685     // same segment) and the actual segment structure.
 686     pair_segment_map::const_iterator psm_i;
 687     for(psm_i = psmv_i->begin();
 688         psm_i != psmv_i->end();
 689         ++psm_i)
 690     {
 691       // grab the index into our segment map
 692       const segment_key& key = psm_i->first;
 693       // the second element of our map pair is a segment
 694       const Segment &s = psm_i->second;
 695       // need to do something so we can detect our selection
 696       vector<int> selected;
 697       set_intersection(selected_paths.begin(), selected_paths.end(),
 698                        s.path_ids.begin(), s.path_ids.end(),
 699                        back_inserter(selected));
 700
 701       if (not s.reversed) {
 702         // forward
 703         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 704           glColor4f(1.0, 0.0, 0.0, 1.0);
 705         } else {
 706           glColor4f(1.0, 0.7, 0.7, 0.4);
 707         }
 708       } else {
 709         // reverse
 710         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 711           glColor4f(0.0, 0.0, 1.0, 1.0);
 712         } else {
 713           glColor4f(0.7, 0.7, 1.0, 0.4);
 714         }
 715       }
 716       // save the multipart name for our segment
 717       glPushName(path_index); glPushName(key.first); glPushName(key.second);
 718       float seq_start_x = s.start.x
 719                         + track_container[path_index]->x();
 720       float seq_end_x = s.end.x
 721                       + track_container[path_index+1]->x();
 722       if (s.length <= min_segment_width) {
 723         // use lines for elements of length <=1 or < 1 pixel.
 724         // and try to center the line
 725         const float offset = s.length * 0.5;
 726         glBegin(GL_LINES);
 727           glVertex3f(seq_start_x+offset, s.start.y, -1);
 728           glVertex3f(seq_end_x  +offset, s.end.y, -1);
 729         glEnd();
 730       } else {
 731         // otherwise use quads
 732         // compute length
 733         float seq_start_x_length = s.start.x
 734                                  + s.length
 735                                  + track_container[path_index]->x();
 736         float seq_end_x_length = s.end.x
 737                                + s.length
 738                                + track_container[path_index+1]->x();
 739         glBegin(GL_QUADS);
 740           glVertex3f(seq_start_x, s.start.y, zdepth);
 741           glVertex3f(seq_end_x, s.end.y, zdepth);
 742           glVertex3f(seq_end_x_length, s.end.y, zdepth);
 743           glVertex3f(seq_start_x_length, s.start.y, zdepth);
 744         glEnd();
 745       }
 746       // clear the names
 747       glPopName(); glPopName(); glPopName();
 748     }
 749   }
 750   glDepthMask(GL_TRUE);
 751   glDisable(GL_BLEND);
 752 }