alg/glseqbrowser.cpp

   1 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3
   4 #include <math.h>
   5 #include <iostream>
   6 #include <sstream>
   7 #include <stdexcept>
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser()
  12   : border_width(25),
  13     cur_ortho(400.0, 0.0, 600.0, 0.0),
  14     viewport_size(600, 400),
  15     viewport_center((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/2+cur_ortho.left),
  16     zoom_level(2),
  17     color_mapper(),
  18     track_container()
  19 {
  20 }
  21
  22 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser& gt)
  23   : border_width(gt.border_width),
  24     cur_ortho(gt.cur_ortho),
  25     viewport_size(gt.viewport_size),
  26     viewport_center(gt.viewport_center),
  27     zoom_level(gt.zoom_level),
  28     color_mapper(gt.color_mapper),
  29     track_container(gt.track_container),
  30     path_segments(gt.path_segments)
  31 {
  32 }
  33
  34 void GlSeqBrowser::initializeGL()
  35 {
  36   glEnable(GL_DEPTH_TEST);
  37   glClearColor(1.0, 1.0, 1.0, 0.0);
  38   glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  39   glShadeModel(GL_FLAT);
  40 }
  41
  42 void GlSeqBrowser::resizeGL(int width, int height)
  43 {
  44   viewport_size.x = width;
  45   viewport_size.y = height;
  46   glViewport(0, 0, (GLsizei)width, (GLsizei)height);
  47   update_viewport(viewport_center, zoom_level);
  48 }
  49
  50 void GlSeqBrowser::paintGL() const
  51 {
  52   glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT|GL_DEPTH_BUFFER_BIT);
  53
  54   glPushMatrix();
  55   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
  56   glLoadIdentity();
  57   glOrtho(cur_ortho.left, cur_ortho.right,
  58           cur_ortho.bottom, cur_ortho.top,
  59           -50.0, 50);
  60
  61   draw();
  62
  63   glPopMatrix();
  64   glFlush();
  65 }
  66
  67 void GlSeqBrowser::processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize, const rect<float>& r)
  68 {
  69   GLuint *ptr;
  70   GLuint names;
  71   GLuint consumed_names = 0;
  72   float z1;
  73   float z2;
  74   GLuint objtype;
  75   GLuint objid;
  76   GLuint path_index = 0;
  77   GLuint pair_key_0 = 0;
  78   GLuint pair_key_1 = 0;
  79   TrackRegion track;
  80
  81   selected_paths.clear();
  82   selected_tracks.clear();
  83
  84   ptr = (GLuint *) buffer;
  85   if (hits > 0)
  86     selectedMode = true;
  87   for (GLuint i=0; i < hits; ++i)
  88   {
  89     if ((i + 5) > bufsize) {
  90       std::clog << "*** selection overflow***" << std::endl;
  91     } else {
  92       consumed_names = 0;
  93       names = *ptr++;
  94       z1 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  95       z2 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  96       objtype = *ptr++; ++consumed_names;
  97       switch (objtype) {
  98         case MussaSegment:
  99           path_index = *ptr++; ++consumed_names;
 100           pair_key_0 = *ptr++; ++consumed_names;
 101           pair_key_1 = *ptr++; ++consumed_names;
 102           if (path_index < path_segments.size()) {
 103             segment_key k(pair_key_0, pair_key_1);
 104             pair_segment_map::iterator psm_i;
 105             psm_i = path_segments[path_index].find(k);
 106             if (psm_i != path_segments[path_index].end()) {
 107               Segment &seg = psm_i->second;
 108               selected_paths.insert(seg.path_ids.begin(), seg.path_ids.end());
 109             }
 110             // else something else is wrong
 111           } else {
 112             // something wasn't right
 113             clog << "invalid path_index " << path_index
 114                  << " should have been [0,"<<path_segments.size()
 115                  << ") " << endl;
 116           }
 117           break;
 118         case MussaTrack:
 119         {
 120           objid = *ptr++; ++consumed_names;
 121
 122           int left = track_container[objid]->leftbase(r.left);
 123           int right = track_container[objid]->rightbase(r.right);
 124           // the static_cast should be ok, since basepairs line up on
 125           // integral values
 126           //TrackRegion track(objid, left, right);
 127           track.set(objid, left, right);
 128           selected_tracks.push_back(track);
 129           //clog << "selected track " << objid
 130           //     << "(" << left << ", " << right << ")" << endl;
 131         }
 132         break;
 133         default:
 134           cout << "unknown type " << objtype << " ";
 135           for(; consumed_names < names; ++consumed_names) {
 136             cout << consumed_names << "," << *ptr++ << " ";
 137           }
 138           cout << endl;
 139           break;
 140       }
 141     }
 142   }
 143 }
 144
 145 void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right)
 146 {
 147   GLfloat x_scale = cur_ortho.width()/((float)viewport_size.x);
 148   GLfloat y_scale = cur_ortho.height()/((float)viewport_size.y);
 149   GLfloat x_left = cur_ortho.left + (left*x_scale);
 150   GLfloat x_right = cur_ortho.left + (right * x_scale);
 151
 152   if (top > bottom) {
 153     // woah, someone gave us a rectangle with the origin in the lower left
 154     int temp = top;
 155     bottom = top;
 156     top = temp;
 157   }
 158   // swap the orientation of canvas coordinates
 159   GLfloat y_top = cur_ortho.top-(bottom*y_scale);
 160   GLfloat y_bottom = cur_ortho.top - top * y_scale;
 161   selectedRegion = rect<float>(y_top, x_left, y_bottom, x_right);
 162
 163   // hopefully this will make a buffer big enough to receive
 164   // everything being selected
 165   //const size_t pathz_count = mussaAnalysis->paths().refined_pathz.size();
 166   //const GLuint select_buf_size = 1 + 5 * (pathz_count + sequences.size());
 167   const GLuint select_buf_size = 500000;
 168   GLuint selectBuf[select_buf_size];
 169   glSelectBuffer(select_buf_size, selectBuf);
 170   GLint hits;
 171
 172   (void)glRenderMode(GL_SELECT);
 173   glPushMatrix();
 174   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
 175   glLoadIdentity();
 176   glOrtho(x_left, x_right, y_top, y_bottom, -50.0, 50.0);
 177   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 178   glLoadIdentity();
 179
 180   draw();
 181
 182   glFlush();
 183   glPopMatrix();
 184   hits = glRenderMode(GL_RENDER);
 185   processSelection(hits, selectBuf, select_buf_size, selectedRegion);
 186 }
 187
 188 float GlSeqBrowser::border() const
 189 {
 190   return border_width;
 191 }
 192
 193 float GlSeqBrowser::left() const
 194 {
 195   float left;
 196   if (track_container.size() == 0)
 197   {
 198     return cur_ortho.left;
 199   } else {
 200     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 201     left = (*track_i)->x();
 202     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i)
 203     {
 204       if ((*track_i)->x() < left) {
 205         left = (*track_i)->x();
 206       }
 207     }
 208     return left-border_width;
 209   }
 210 }
 211
 212 float GlSeqBrowser::right() const
 213 {
 214   float right;
 215   if (track_container.size() == 0) {
 216     return cur_ortho.right;
 217   } else {
 218     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 219     right = (*track_i)->right();
 220     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i) {
 221       if ((*track_i)->right() > right)
 222         right = (*track_i)->right();
 223     }
 224     return right+border_width;
 225   }
 226 }
 227
 228 float GlSeqBrowser::get_pixel_width() const
 229 {
 230   GLint viewport[4];
 231   glGetIntegerv(GL_VIEWPORT, viewport);
 232   GLint vp_width = viewport[3]; // grab the viewport width
 233
 234   return round((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/vp_width);
 235 }
 236
 237 void GlSeqBrowser::setViewportCenter(float x)
 238 {
 239   update_viewport(x, zoom_level);
 240   viewport_center = x;
 241 }
 242
 243 float GlSeqBrowser::viewportLeft() const
 244 {
 245   return cur_ortho.left;
 246 }
 247
 248 float GlSeqBrowser::viewportCenter() const
 249 {
 250   return viewport_center;
 251 }
 252
 253 float GlSeqBrowser::viewportRight() const
 254 {
 255   return cur_ortho.right;
 256 }
 257
 258 float GlSeqBrowser::viewportHeight() const
 259 {
 260   return cur_ortho.top - cur_ortho.bottom;
 261 }
 262
 263 float GlSeqBrowser::viewportWidth() const
 264 {
 265   return cur_ortho.right - cur_ortho.left;
 266 }
 267
 268 int GlSeqBrowser::viewportPixelHeight() const
 269 {
 270   return viewport_size.y;
 271 }
 272
 273 int GlSeqBrowser::viewportPixelWidth() const
 274 {
 275   return viewport_size.x;
 276 }
 277
 278 double GlSeqBrowser::zoomOut()
 279 {
 280
 281   if (right() - left() > 0) {
 282     cur_ortho.left = left();
 283     cur_ortho.right = right();
 284     zoom_level =  (right() - left()) / (double)viewport_size.x;
 285     return zoom_level;
 286   } else {
 287     // made up number representing 50 bp / pixel
 288     return 50.0;
 289   }
 290 }
 291
 292 double GlSeqBrowser::zoomToSequence()
 293 {
 294   // (experimentally determined zoom level)
 295   const double friendly_zoom = 0.10;
 296   setZoom(friendly_zoom);
 297   return friendly_zoom;
 298 }
 299
 300 void GlSeqBrowser::setZoom(double new_zoom)
 301 {
 302   update_viewport(viewport_center, new_zoom);
 303   zoom_level = new_zoom;
 304 }
 305
 306 double GlSeqBrowser::zoom() const
 307 {
 308   return zoom_level;
 309 }
 310
 311 void GlSeqBrowser::setColorMapper(AnnotationColorsRef cm)
 312 {
 313   color_mapper = cm;
 314 }
 315
 316 const AnnotationColorsRef GlSeqBrowser::colorMapper()
 317 {
 318   return color_mapper;
 319 }
 320
 321 void GlSeqBrowser::clear()
 322 {
 323   clear_selection();
 324   clear_links();
 325   path_segments.clear();
 326   track_container.clear();
 327 }
 328
 329 void GlSeqBrowser::clear_selection()
 330 {
 331   selectedMode = false;
 332   selectedRegion.clear();
 333   selected_paths.clear();
 334   selected_tracks.clear();
 335 }
 336
 337 void GlSeqBrowser::push_sequence(const Sequence& s)
 338 {
 339   GlSequenceRef gs(new GlSequence(s, color_mapper));
 340   push_sequence(gs);
 341 }
 342
 343 void GlSeqBrowser::push_sequence(SequenceRef s)
 344 {
 345   GlSequenceRef gs(new GlSequence(*s, color_mapper));
 346   push_sequence(gs);
 347 }
 348
 349 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequence gs)
 350 {
 351   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 352   push_sequence(new_gs);
 353 }
 354
 355 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequenceRef gs)
 356 {
 357   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 358   // mark where the sequence is
 359   new_gs->add_annotations_for_defined_sequence(draw_track);
 360
 361   clear_links();
 362   track_container.push_back(new_gs);
 363   update_layout();
 364   if (track_container.size() > 1)
 365     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 366 }
 367
 368 const std::vector<GlSequenceRef >& GlSeqBrowser::sequences() const
 369 {
 370   return track_container;
 371 }
 372
 373 void GlSeqBrowser::clear_links()
 374 {
 375   path_segments.clear();
 376   for (int i = track_container.size()-1; i > 0; --i)
 377   {
 378     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 379   }
 380   pathid = 0;
 381 }
 382
 383 void
 384 GlSeqBrowser::link(const vector<int>& path, const vector<bool>& rc, int length)
 385 {
 386   if (path.size() < 2) {
 387     // should i throw an error instead?
 388     return;
 389   }
 390   if (path.size() != track_container.size() ) {
 391     stringstream msg;
 392     msg << "Path size [" << path.size() << "] and track size ["
 393         << track_container.size() << "] don't match" << endl;
 394     throw mussa_error(msg.str());
 395   }
 396   if (path.size() != rc.size()) {
 397     throw runtime_error("path and reverse compliment must be the same length");
 398   }
 399   vector<int>::const_iterator path_i = path.begin();
 400   vector<bool>::const_iterator rc_i = rc.begin();
 401   int track_i = 0;
 402   int prev_x = *path_i; ++path_i;
 403   bool prev_rc = *rc_i; ++rc_i;
 404   while (path_i != path.end() and rc_i != rc.end())
 405   {
 406     segment_key p(prev_x, *path_i);
 407     pair_segment_map::iterator found_segment = path_segments[track_i].find(p);
 408     if (found_segment == path_segments[track_i].end()) {
 409       // not already found
 410       float y1 = track_container[track_i]->y();
 411             y1 -= track_container[track_i]->height()/2;
 412       float y2 = track_container[track_i+1]->y();
 413             y2 += track_container[track_i+1]->height()/2;
 414
 415       bool rcFlag = (prev_rc or *rc_i) and !(prev_rc and *rc_i);
 416       Segment s(prev_x, y1, *path_i, y2, rcFlag, length);
 417       s.path_ids.insert(pathid);
 418       path_segments[track_i][p] = s;
 419     } else {
 420       //found
 421       found_segment->second.path_ids.insert(pathid);
 422       // make each segment the size of the largest of any link between these
 423       // two bases
 424       if (found_segment->second.length < length) {
 425         found_segment->second.length = length;
 426       }
 427     }
 428     prev_x = *path_i;
 429     prev_rc = *rc_i;
 430     ++track_i;
 431     ++path_i;
 432     ++rc_i;
 433   }
 434   // pathid is reset by push_sequence
 435   ++pathid;
 436 }
 437
 438 void GlSeqBrowser::setSelectedPaths(std::vector<int> paths)
 439 {
 440   selected_paths.clear();
 441   for(std::vector<int>::iterator itor = paths.begin();
 442       itor != paths.end();
 443       ++itor)
 444   {
 445     selected_paths.insert(*itor);
 446   }
 447 }
 448
 449 const set<int>& GlSeqBrowser::selectedPaths() const
 450 {
 451   return selected_paths;
 452 }
 453
 454 void GlSeqBrowser::appendSelectedTrack(GLuint track, int start, int stop)
 455 {
 456   selected_tracks.push_back(TrackRegion(track, start, stop));
 457 }
 458
 459 list<TrackRegion> GlSeqBrowser::selectedTracks() const
 460 {
 461   return selected_tracks;
 462 }
 463
 464 //! copy sequence from selected track using formating function
 465 template<class Item>
 466 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracks(std::list<Item>& result,
 467              Item (*formatter)(const Sequence& s, int left, int right))
 468 {
 469   size_t base_pairs_copied = 0;
 470   result.clear();
 471
 472   for(selected_track_iterator track_i = selected_tracks.begin();
 473       track_i != selected_tracks.end();
 474       ++track_i)
 475   {
 476     int track_index = track_i->track_id;
 477     if (track_index >= track_container.size()) {
 478       // should this be an exception instead?
 479       clog << "track " << track_index << " > " << track_container.size()
 480            << endl;
 481     } else {
 482       // we should be safe
 483       Sequence seq(*track_container[track_index]);
 484       result.push_back(formatter(seq, track_i->left, track_i->right));
 485       base_pairs_copied += max(track_i->right-track_i->left, 0);
 486     }
 487   }
 488   return base_pairs_copied;
 489 }
 490
 491 //! copy sequence from selected tracks as FASTA sequences
 492 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsFasta(std::string& copy_buffer)
 493 {
 494   std::list<std::string> result;
 495   struct AsFasta {
 496     static string formatter(const Sequence& seq, int left, int right)
 497     {
 498       stringstream s;
 499       s << ">" << seq.get_fasta_header()
 500         << "|" << "subregion=" << left << "-" << right+1
 501         << std::endl
 502         << seq.subseq(left, right-left+1) << std::endl;
 503       return s.str();
 504     }
 505   };
 506   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsFasta::formatter);
 507   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 508   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 509        result_i != result.end();
 510        ++result_i)
 511   {
 512     copy_buffer.append(*result_i);
 513   }
 514   return base_pairs_copied;
 515 }
 516
 517 //! copy sequence from selected tracks as new sequences
 518 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSequences(std::list<Sequence>& result)
 519 {
 520   struct AsSequence {
 521     static Sequence formatter(const Sequence& seq,
 522                               int left,
 523                               int right)
 524     {
 525       return seq.subseq(left, right-left+1);
 526     }
 527   };
 528   return copySelectedTracks(result, AsSequence::formatter);
 529 }
 530
 531 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 532     std::list<SequenceLocation>& result)
 533 {
 534   struct AsSeqLocation {
 535     static SequenceLocation formatter(const Sequence& seq,
 536                                       int left,
 537                                       int right)
 538     {
 539       return SequenceLocation(seq, left, right);
 540     }
 541   };
 542   return copySelectedTracks(result, AsSeqLocation::formatter);
 543 }
 544
 545 //! copy sequence from selected tracks as plain sequences
 546 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsString(std::string& copy_buffer)
 547 {
 548   std::list<string> result;
 549   struct AsString {
 550     static string formatter(const Sequence& seq,
 551                             int left,
 552                             int right)
 553     {
 554       stringstream s;
 555       s << seq.subseq(left, right-left+1);
 556       return s.str();
 557     }
 558   };
 559
 560   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsString::formatter);
 561   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 562   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 563        result_i != result.end();
 564        ++result_i)
 565   {
 566     copy_buffer.append(*result_i);
 567   }
 568   return base_pairs_copied;
 569 }
 570
 571 void GlSeqBrowser::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 572 {
 573   if (paths.size() != track_container.size()) {
 574     throw mussa_error("Path length didn't match the number of sequences");
 575   }
 576
 577   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 578   {
 579     // -15 = shift more to the left
 580     track_container[track_i]->setX((viewport_center-15) - paths[track_i]);
 581   }
 582 }
 583
 584 void GlSeqBrowser::update_viewport(float center, double new_zoom)
 585 {
 586   // limit how close we can get
 587   if (new_zoom < 0.01) {
 588     new_zoom = 0.01;
 589   }
 590   double new_width = (new_zoom * (float)viewport_size.x);
 591   cur_ortho.left = center-new_width/2.0;
 592   cur_ortho.right = center+new_width/2.0;
 593 }
 594
 595 void GlSeqBrowser::update_layout()
 596 {
 597   typedef std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator glseq_itor_type;
 598   float available_height = (float)cur_ortho.top - 2 * (float)border_width;
 599   float max_base_pairs = 0;
 600   size_t track_count = track_container.size();
 601
 602   if (track_count > 1) {
 603     // we have several sequences
 604     float track_spacing = available_height / (track_count-1);
 605     float y = available_height + (float)border_width;
 606     for(glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 607         seq_i != track_container.end();
 608         ++seq_i, y-=track_spacing)
 609     {
 610       (*seq_i)->setX(0);
 611       (*seq_i)->setY(y);
 612       if ((*seq_i)->size() > max_base_pairs)
 613         max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 614     }
 615   } else if (track_count == 1) {
 616     // center the single track
 617     glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 618     (*seq_i)->setX(0);
 619     (*seq_i)->setY(viewport_size.x /2);
 620     max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 621   } else {
 622     // nothing to do as we're empty
 623     return;
 624   }
 625   cur_ortho.right = max_base_pairs + border_width;
 626   cur_ortho.left = -border_width;
 627   cur_ortho.top = viewport_size.x;
 628   cur_ortho.bottom = 0;
 629   viewport_center = (cur_ortho.width()/2) + cur_ortho.left;
 630   zoomOut();
 631 }
 632
 633 void GlSeqBrowser::draw() const
 634 {
 635   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 636   glInitNames();
 637   glPushName(MussaSegment);
 638   draw_segments();
 639   glLoadName(MussaTrack);
 640   draw_tracks();
 641   glPopName();
 642   // a selection shouldn't have a glName associated with it
 643   draw_selection();
 644 }
 645
 646 void GlSeqBrowser::draw_selection() const
 647 {
 648   // draw selection box
 649   glEnable(GL_BLEND);
 650   glDepthMask(GL_FALSE);
 651   if (selectedMode) {
 652     glColor4f(0.6, 0.6, 0.6, 0.9);
 653     glRectf(selectedRegion.left, selectedRegion.top,
 654             selectedRegion.right, selectedRegion.bottom);
 655   }
 656   glDepthMask(GL_TRUE);
 657   glDisable(GL_BLEND);
 658 }
 659
 660 void GlSeqBrowser::draw_tracks() const
 661 {
 662   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 663   {
 664     glPushName(track_i);
 665     track_container[track_i]->draw(cur_ortho.left, cur_ortho.right);
 666     glPopName();
 667   }
 668 }
 669
 670 void GlSeqBrowser::draw_segments() const
 671 {
 672   glLineWidth(1);
 673   glEnable(GL_BLEND);
 674   glDepthMask(GL_FALSE);
 675   const float zdepth = -1.0;
 676   const float min_segment_width = max((float)(1.0), get_pixel_width());
 677
 678   // each vector contains path_segment_maps of all the connections
 679   // between this track and the next
 680   path_segment_map_vector::const_iterator psmv_i;
 681   for(psmv_i = path_segments.begin();
 682       psmv_i != path_segments.end();
 683       ++psmv_i)
 684   {
 685     path_segment_map_vector::difference_type path_index;
 686     path_index = psmv_i - path_segments.begin();
 687     // these maps contain the pair index (used so we dont keep drawing the
 688     // same segment) and the actual segment structure.
 689     pair_segment_map::const_iterator psm_i;
 690     for(psm_i = psmv_i->begin();
 691         psm_i != psmv_i->end();
 692         ++psm_i)
 693     {
 694       // grab the index into our segment map
 695       const segment_key& key = psm_i->first;
 696       // the second element of our map pair is a segment
 697       const Segment &s = psm_i->second;
 698       // need to do something so we can detect our selection
 699       vector<int> selected;
 700       set_intersection(selected_paths.begin(), selected_paths.end(),
 701                        s.path_ids.begin(), s.path_ids.end(),
 702                        back_inserter(selected));
 703
 704       if (not s.reversed) {
 705         // forward
 706         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 707           glColor4f(1.0, 0.0, 0.0, 1.0);
 708         } else {
 709           glColor4f(1.0, 0.7, 0.7, 0.4);
 710         }
 711       } else {
 712         // reverse
 713         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 714           glColor4f(0.0, 0.0, 1.0, 1.0);
 715         } else {
 716           glColor4f(0.7, 0.7, 1.0, 0.4);
 717         }
 718       }
 719       // save the multipart name for our segment
 720       glPushName(path_index); glPushName(key.first); glPushName(key.second);
 721       float seq_start_x = s.start.x
 722                         + track_container[path_index]->x();
 723       float seq_end_x = s.end.x
 724                       + track_container[path_index+1]->x();
 725       if (s.length <= min_segment_width) {
 726         // use lines for elements of length <=1 or < 1 pixel.
 727         // and try to center the line
 728         const float offset = s.length * 0.5;
 729         glBegin(GL_LINES);
 730           glVertex3f(seq_start_x+offset, s.start.y, -1);
 731           glVertex3f(seq_end_x  +offset, s.end.y, -1);
 732         glEnd();
 733       } else {
 734         // otherwise use quads
 735         // compute length
 736         float seq_start_x_length = s.start.x
 737                                  + s.length
 738                                  + track_container[path_index]->x();
 739         float seq_end_x_length = s.end.x
 740                                + s.length
 741                                + track_container[path_index+1]->x();
 742         glBegin(GL_QUADS);
 743           glVertex3f(seq_start_x, s.start.y, zdepth);
 744           glVertex3f(seq_end_x, s.end.y, zdepth);
 745           glVertex3f(seq_end_x_length, s.end.y, zdepth);
 746           glVertex3f(seq_start_x_length, s.start.y, zdepth);
 747         glEnd();
 748       }
 749       // clear the names
 750       glPopName(); glPopName(); glPopName();
 751     }
 752   }
 753   glDepthMask(GL_TRUE);
 754   glDisable(GL_BLEND);
 755 }