alg/glseqbrowser.cpp

   1 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3
   4 #include <math.h>
   5 #include <iostream>
   6 #include <sstream>
   7 #include <stdexcept>
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser()
  12   : border_width(25),
  13     cur_ortho(400.0, 0.0, 600.0, 0.0),
  14     viewport_size(600, 400),
  15     viewport_center((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/2+cur_ortho.left),
  16     zoom_level(2),
  17     color_mapper(),
  18     track_container()
  19 {
  20 }
  21
  22 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser& gt)
  23   : border_width(gt.border_width),
  24     cur_ortho(gt.cur_ortho),
  25     viewport_size(gt.viewport_size),
  26     viewport_center(gt.viewport_center),
  27     zoom_level(gt.zoom_level),
  28     color_mapper(gt.color_mapper),
  29     track_container(gt.track_container),
  30     path_segments(gt.path_segments)
  31 {
  32 }
  33
  34 void GlSeqBrowser::initializeGL()
  35 {
  36   glEnable(GL_DEPTH_TEST);
  37   glClearColor(1.0, 1.0, 1.0, 0.0);
  38   glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  39   glShadeModel(GL_FLAT);
  40 }
  41
  42 void GlSeqBrowser::resizeGL(int width, int height)
  43 {
  44   viewport_size.x = width;
  45   viewport_size.y = height;
  46   glViewport(0, 0, (GLsizei)width, (GLsizei)height);
  47   update_viewport(viewport_center, zoom_level);
  48 }
  49
  50 void GlSeqBrowser::paintGL() const
  51 {
  52   glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT|GL_DEPTH_BUFFER_BIT);
  53
  54   glPushMatrix();
  55   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
  56   glLoadIdentity();
  57   glOrtho(cur_ortho.left, cur_ortho.right,
  58           cur_ortho.bottom, cur_ortho.top,
  59           -50.0, 50);
  60
  61   draw();
  62
  63   glPopMatrix();
  64   glFlush();
  65 }
  66
  67 void GlSeqBrowser::processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize, const rect<float>& r)
  68 {
  69   GLuint *ptr;
  70   GLuint names;
  71   GLuint consumed_names = 0;
  72   float z1;
  73   float z2;
  74   GLuint objtype;
  75   GLuint objid;
  76   GLuint path_index = 0;
  77   GLuint pair_key_0 = 0;
  78   GLuint pair_key_1 = 0;
  79   TrackRegion track;
  80
  81   selected_paths.clear();
  82   selected_tracks.clear();
  83
  84   ptr = (GLuint *) buffer;
  85   if (hits > 0)
  86     selectedMode = true;
  87   for (GLuint i=0; i < hits; ++i)
  88   {
  89     if ((i + 5) > bufsize) {
  90       std::clog << "*** selection overflow***" << std::endl;
  91     } else {
  92       consumed_names = 0;
  93       names = *ptr++;
  94       z1 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  95       z2 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  96       objtype = *ptr++; ++consumed_names;
  97       switch (objtype) {
  98         case MussaSegment:
  99           path_index = *ptr++; ++consumed_names;
 100           pair_key_0 = *ptr++; ++consumed_names;
 101           pair_key_1 = *ptr++; ++consumed_names;
 102           if (path_index < path_segments.size()) {
 103             segment_key k(pair_key_0, pair_key_1);
 104             pair_segment_map::iterator psm_i;
 105             psm_i = path_segments[path_index].find(k);
 106             if (psm_i != path_segments[path_index].end()) {
 107               Segment &seg = psm_i->second;
 108               selected_paths.insert(seg.path_ids.begin(), seg.path_ids.end());
 109             }
 110             // else something else is wrong
 111           } else {
 112             // something wasn't right
 113             clog << "invalid path_index " << path_index
 114                  << " should have been [0,"<<path_segments.size()
 115                  << ") " << endl;
 116           }
 117           break;
 118         case MussaTrack:
 119         {
 120           objid = *ptr++; ++consumed_names;
 121
 122           int left = track_container[objid]->leftbase(r.left);
 123           int right = track_container[objid]->rightbase(r.right);
 124           // the static_cast should be ok, since basepairs line up on
 125           // integral values
 126           //TrackRegion track(objid, left, right);
 127           track.set(objid, left, right);
 128           selected_tracks.push_back(track);
 129           //clog << "selected track " << objid
 130           //     << "(" << left << ", " << right << ")" << endl;
 131         }
 132         break;
 133         default:
 134           cout << "unknown type " << objtype << " ";
 135           for(; consumed_names < names; ++consumed_names) {
 136             cout << consumed_names << "," << *ptr++ << " ";
 137           }
 138           cout << endl;
 139           break;
 140       }
 141     }
 142   }
 143 }
 144
 145 void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right)
 146 {
 147   GLfloat x_scale = cur_ortho.width()/((float)viewport_size.x);
 148   GLfloat y_scale = cur_ortho.height()/((float)viewport_size.y);
 149   GLfloat x_left = cur_ortho.left + (left*x_scale);
 150   GLfloat x_right = cur_ortho.left + (right * x_scale);
 151
 152   if (top > bottom) {
 153     // woah, someone gave us a rectangle with the origin in the lower left
 154     int temp = top;
 155     bottom = top;
 156     top = temp;
 157   }
 158   // swap the orientation of canvas coordinates
 159   GLfloat y_top = cur_ortho.top-(bottom*y_scale);
 160   GLfloat y_bottom = cur_ortho.top - top * y_scale;
 161   selectedRegion = rect<float>(y_top, x_left, y_bottom, x_right);
 162
 163   // hopefully this will make a buffer big enough to receive
 164   // everything being selected
 165   //const size_t pathz_count = mussaAnalysis->paths().refined_pathz.size();
 166   //const GLuint select_buf_size = 1 + 5 * (pathz_count + sequences.size());
 167   const GLuint select_buf_size = 500000;
 168   GLuint selectBuf[select_buf_size];
 169   glSelectBuffer(select_buf_size, selectBuf);
 170   GLint hits;
 171
 172   (void)glRenderMode(GL_SELECT);
 173   glPushMatrix();
 174   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
 175   glLoadIdentity();
 176   glOrtho(x_left, x_right, y_top, y_bottom, -50.0, 50.0);
 177   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 178   glLoadIdentity();
 179
 180   draw();
 181
 182   glFlush();
 183   glPopMatrix();
 184   hits = glRenderMode(GL_RENDER);
 185   processSelection(hits, selectBuf, select_buf_size, selectedRegion);
 186 }
 187
 188 void GlSeqBrowser::clearSelection()
 189 {
 190   selected_paths.clear();
 191   selected_tracks.clear();
 192   selectedMode = false;
 193 }
 194
 195 float GlSeqBrowser::border() const
 196 {
 197   return border_width;
 198 }
 199
 200 float GlSeqBrowser::left() const
 201 {
 202   float left;
 203   if (track_container.size() == 0)
 204   {
 205     return cur_ortho.left;
 206   } else {
 207     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 208     left = (*track_i)->x();
 209     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i)
 210     {
 211       if ((*track_i)->x() < left) {
 212         left = (*track_i)->x();
 213       }
 214     }
 215     return left-border_width;
 216   }
 217 }
 218
 219 float GlSeqBrowser::right() const
 220 {
 221   float right;
 222   if (track_container.size() == 0) {
 223     return cur_ortho.right;
 224   } else {
 225     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 226     right = (*track_i)->right();
 227     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i) {
 228       if ((*track_i)->right() > right)
 229         right = (*track_i)->right();
 230     }
 231     return right+border_width;
 232   }
 233 }
 234
 235 float GlSeqBrowser::get_pixel_width() const
 236 {
 237   GLint viewport[4];
 238   glGetIntegerv(GL_VIEWPORT, viewport);
 239   GLint vp_width = viewport[3]; // grab the viewport width
 240
 241   return round((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/vp_width);
 242 }
 243
 244 void GlSeqBrowser::setViewportCenter(float x)
 245 {
 246   update_viewport(x, zoom_level);
 247   viewport_center = x;
 248 }
 249
 250 float GlSeqBrowser::viewportLeft() const
 251 {
 252   return cur_ortho.left;
 253 }
 254
 255 float GlSeqBrowser::viewportCenter() const
 256 {
 257   return viewport_center;
 258 }
 259
 260 float GlSeqBrowser::viewportRight() const
 261 {
 262   return cur_ortho.right;
 263 }
 264
 265 float GlSeqBrowser::viewportHeight() const
 266 {
 267   return cur_ortho.top - cur_ortho.bottom;
 268 }
 269
 270 float GlSeqBrowser::viewportWidth() const
 271 {
 272   return cur_ortho.right - cur_ortho.left;
 273 }
 274
 275 int GlSeqBrowser::viewportPixelHeight() const
 276 {
 277   return viewport_size.y;
 278 }
 279
 280 int GlSeqBrowser::viewportPixelWidth() const
 281 {
 282   return viewport_size.x;
 283 }
 284
 285 double GlSeqBrowser::zoomOut()
 286 {
 287
 288   if (right() - left() > 0) {
 289     cur_ortho.left = left();
 290     cur_ortho.right = right();
 291     zoom_level =  (right() - left()) / (double)viewport_size.x;
 292     return zoom_level;
 293   } else {
 294     // made up number representing 50 bp / pixel
 295     return 50.0;
 296   }
 297 }
 298
 299 double GlSeqBrowser::zoomToSequence()
 300 {
 301   // (experimentally determined zoom level)
 302   const double friendly_zoom = 0.10;
 303   setZoom(friendly_zoom);
 304   return friendly_zoom;
 305 }
 306
 307 void GlSeqBrowser::setZoom(double new_zoom)
 308 {
 309   update_viewport(viewport_center, new_zoom);
 310   zoom_level = new_zoom;
 311 }
 312
 313 double GlSeqBrowser::zoom() const
 314 {
 315   return zoom_level;
 316 }
 317
 318 void GlSeqBrowser::setColorMapper(AnnotationColorsRef cm)
 319 {
 320   color_mapper = cm;
 321 }
 322
 323 const AnnotationColorsRef GlSeqBrowser::colorMapper()
 324 {
 325   return color_mapper;
 326 }
 327
 328 void GlSeqBrowser::clear()
 329 {
 330   clear_selection();
 331   clear_links();
 332   path_segments.clear();
 333   track_container.clear();
 334 }
 335
 336 void GlSeqBrowser::clear_selection()
 337 {
 338   selectedMode = false;
 339   selectedRegion.clear();
 340   selected_paths.clear();
 341   selected_tracks.clear();
 342 }
 343
 344 void GlSeqBrowser::push_sequence(const Sequence& s)
 345 {
 346   GlSequenceRef gs(new GlSequence(s, color_mapper));
 347   push_sequence(gs);
 348 }
 349
 350 void GlSeqBrowser::push_sequence(SequenceRef s)
 351 {
 352   GlSequenceRef gs(new GlSequence(*s, color_mapper));
 353   push_sequence(gs);
 354 }
 355
 356 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequence gs)
 357 {
 358   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 359   push_sequence(new_gs);
 360 }
 361
 362 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequenceRef gs)
 363 {
 364   ColorRef default_color(GlSequence::default_gene_color());
 365   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 366   new_gs->update_annotation_draw_function("gene", draw_narrow_track, default_color);
 367   // mark where the sequence is
 368   new_gs->add_annotations_for_defined_sequence(draw_summarized_track);
 369
 370   clear_links();
 371   track_container.push_back(new_gs);
 372   update_layout();
 373   if (track_container.size() > 1)
 374     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 375 }
 376
 377 const std::vector<GlSequenceRef >& GlSeqBrowser::sequences() const
 378 {
 379   return track_container;
 380 }
 381
 382 void GlSeqBrowser::clear_links()
 383 {
 384   path_segments.clear();
 385   for (int i = track_container.size()-1; i > 0; --i)
 386   {
 387     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 388   }
 389   pathid = 0;
 390 }
 391
 392 void
 393 GlSeqBrowser::link(const vector<int>& path, const vector<bool>& rc, int length)
 394 {
 395   if (path.size() < 2) {
 396     // should i throw an error instead?
 397     return;
 398   }
 399   if (path.size() != track_container.size() ) {
 400     stringstream msg;
 401     msg << "Path size [" << path.size() << "] and track size ["
 402         << track_container.size() << "] don't match" << endl;
 403     throw mussa_error(msg.str());
 404   }
 405   if (path.size() != rc.size()) {
 406     throw runtime_error("path and reverse compliment must be the same length");
 407   }
 408   vector<int>::const_iterator path_i = path.begin();
 409   vector<bool>::const_iterator rc_i = rc.begin();
 410   int track_i = 0;
 411   int prev_x = *path_i; ++path_i;
 412   bool prev_rc = *rc_i; ++rc_i;
 413   while (path_i != path.end() and rc_i != rc.end())
 414   {
 415     segment_key p(prev_x, *path_i);
 416     pair_segment_map::iterator found_segment = path_segments[track_i].find(p);
 417     if (found_segment == path_segments[track_i].end()) {
 418       // not already found
 419       float y1 = track_container[track_i]->y();
 420             y1 -= track_container[track_i]->height()/2;
 421       float y2 = track_container[track_i+1]->y();
 422             y2 += track_container[track_i+1]->height()/2;
 423
 424       bool rcFlag = (prev_rc or *rc_i) and !(prev_rc and *rc_i);
 425       Segment s(prev_x, y1, *path_i, y2, rcFlag, length);
 426       s.path_ids.insert(pathid);
 427       path_segments[track_i][p] = s;
 428     } else {
 429       //found
 430       found_segment->second.path_ids.insert(pathid);
 431       // make each segment the size of the largest of any link between these
 432       // two bases
 433       if (found_segment->second.length < length) {
 434         found_segment->second.length = length;
 435       }
 436     }
 437     prev_x = *path_i;
 438     prev_rc = *rc_i;
 439     ++track_i;
 440     ++path_i;
 441     ++rc_i;
 442   }
 443   // pathid is reset by push_sequence
 444   ++pathid;
 445 }
 446
 447 void GlSeqBrowser::setSelectedPaths(std::vector<int> paths)
 448 {
 449   selected_paths.clear();
 450   for(std::vector<int>::iterator itor = paths.begin();
 451       itor != paths.end();
 452       ++itor)
 453   {
 454     selected_paths.insert(*itor);
 455   }
 456 }
 457
 458 const set<int>& GlSeqBrowser::selectedPaths() const
 459 {
 460   return selected_paths;
 461 }
 462
 463 void GlSeqBrowser::appendSelectedTrack(GLuint track, int start, int stop)
 464 {
 465   selected_tracks.push_back(TrackRegion(track, start, stop));
 466 }
 467
 468 list<TrackRegion> GlSeqBrowser::selectedTracks() const
 469 {
 470   return selected_tracks;
 471 }
 472
 473 //! copy sequence from selected track using formating function
 474 template<class Item>
 475 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracks(std::list<Item>& result,
 476              Item (*formatter)(const Sequence& s, int left, int right))
 477 {
 478   size_t base_pairs_copied = 0;
 479   result.clear();
 480
 481   for(selected_track_iterator track_i = selected_tracks.begin();
 482       track_i != selected_tracks.end();
 483       ++track_i)
 484   {
 485     int track_index = track_i->track_id;
 486     if (track_index >= track_container.size()) {
 487       // should this be an exception instead?
 488       clog << "track " << track_index << " > " << track_container.size()
 489            << endl;
 490     } else {
 491       // we should be safe
 492       Sequence seq(*track_container[track_index]);
 493       result.push_back(formatter(seq, track_i->left, track_i->right));
 494       base_pairs_copied += max(track_i->right-track_i->left, 0);
 495     }
 496   }
 497   return base_pairs_copied;
 498 }
 499
 500 //! copy sequence from selected tracks as FASTA sequences
 501 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsFasta(std::string& copy_buffer)
 502 {
 503   std::list<std::string> result;
 504   struct AsFasta {
 505     static string formatter(const Sequence& seq, int left, int right)
 506     {
 507       stringstream s;
 508       s << ">" << seq.get_fasta_header()
 509         << "|" << "subregion=" << left << "-" << right+1
 510         << std::endl
 511         << seq.subseq(left, right-left+1) << std::endl;
 512       return s.str();
 513     }
 514   };
 515   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsFasta::formatter);
 516   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 517   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 518        result_i != result.end();
 519        ++result_i)
 520   {
 521     copy_buffer.append(*result_i);
 522   }
 523   return base_pairs_copied;
 524 }
 525
 526 //! copy sequence from selected tracks as new sequences
 527 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSequences(std::list<Sequence>& result)
 528 {
 529   struct AsSequence {
 530     static Sequence formatter(const Sequence& seq,
 531                               int left,
 532                               int right)
 533     {
 534       return seq.subseq(left, right-left+1);
 535     }
 536   };
 537   return copySelectedTracks(result, AsSequence::formatter);
 538 }
 539
 540 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 541     std::list<SequenceLocation>& result)
 542 {
 543   struct AsSeqLocation {
 544     static SequenceLocation formatter(const Sequence& seq,
 545                                       int left,
 546                                       int right)
 547     {
 548       return SequenceLocation(seq, left, right);
 549     }
 550   };
 551   return copySelectedTracks(result, AsSeqLocation::formatter);
 552 }
 553
 554 //! copy sequence from selected tracks as plain sequences
 555 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsString(std::string& copy_buffer)
 556 {
 557   std::list<string> result;
 558   struct AsString {
 559     static string formatter(const Sequence& seq,
 560                             int left,
 561                             int right)
 562     {
 563       stringstream s;
 564       s << seq.subseq(left, right-left+1);
 565       return s.str();
 566     }
 567   };
 568
 569   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsString::formatter);
 570   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 571   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 572        result_i != result.end();
 573        ++result_i)
 574   {
 575     copy_buffer.append(*result_i);
 576   }
 577   return base_pairs_copied;
 578 }
 579
 580 void GlSeqBrowser::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 581 {
 582   if (paths.size() != track_container.size()) {
 583     throw mussa_error("Path length didn't match the number of sequences");
 584   }
 585
 586   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 587   {
 588     // -15 = shift more to the left
 589     track_container[track_i]->setX((viewport_center-15) - paths[track_i]);
 590   }
 591 }
 592
 593 void GlSeqBrowser::update_viewport(float center, double new_zoom)
 594 {
 595   // limit how close we can get
 596   if (new_zoom < 0.01) {
 597     new_zoom = 0.01;
 598   }
 599   double new_width = (new_zoom * (float)viewport_size.x);
 600   cur_ortho.left = center-new_width/2.0;
 601   cur_ortho.right = center+new_width/2.0;
 602 }
 603
 604 void GlSeqBrowser::update_layout()
 605 {
 606   typedef std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator glseq_itor_type;
 607   float available_height = (float)cur_ortho.top - 2 * (float)border_width;
 608   float max_base_pairs = 0;
 609   size_t track_count = track_container.size();
 610
 611   if (track_count > 1) {
 612     // we have several sequences
 613     float track_spacing = available_height / (track_count-1);
 614     float y = available_height + (float)border_width;
 615     for(glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 616         seq_i != track_container.end();
 617         ++seq_i, y-=track_spacing)
 618     {
 619       (*seq_i)->setX(0);
 620       (*seq_i)->setY(y);
 621       if ((*seq_i)->size() > max_base_pairs)
 622         max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 623     }
 624   } else if (track_count == 1) {
 625     // center the single track
 626     glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 627     (*seq_i)->setX(0);
 628     (*seq_i)->setY(viewport_size.x /2);
 629     max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 630   } else {
 631     // nothing to do as we're empty
 632     return;
 633   }
 634   cur_ortho.right = max_base_pairs + border_width;
 635   cur_ortho.left = -border_width;
 636   cur_ortho.top = viewport_size.x;
 637   cur_ortho.bottom = 0;
 638   viewport_center = (cur_ortho.width()/2) + cur_ortho.left;
 639   zoomOut();
 640 }
 641
 642 void GlSeqBrowser::draw() const
 643 {
 644   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 645   glInitNames();
 646   glPushName(MussaSegment);
 647   draw_segments();
 648   glLoadName(MussaTrack);
 649   draw_tracks();
 650   glPopName();
 651   // a selection shouldn't have a glName associated with it
 652   draw_selection();
 653 }
 654
 655 void GlSeqBrowser::draw_selection() const
 656 {
 657   // draw selection box
 658   glEnable(GL_BLEND);
 659   glDepthMask(GL_FALSE);
 660   if (selectedMode) {
 661     glColor4f(0.6, 0.6, 0.6, 0.9);
 662     glRectf(selectedRegion.left, selectedRegion.top,
 663             selectedRegion.right, selectedRegion.bottom);
 664   }
 665   glDepthMask(GL_TRUE);
 666   glDisable(GL_BLEND);
 667 }
 668
 669 void GlSeqBrowser::draw_tracks() const
 670 {
 671   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 672   {
 673     glPushName(track_i);
 674     track_container[track_i]->draw(cur_ortho.left, cur_ortho.right);
 675     glPopName();
 676   }
 677 }
 678
 679 void GlSeqBrowser::draw_segments() const
 680 {
 681   glLineWidth(1);
 682   glEnable(GL_BLEND);
 683   glDepthMask(GL_FALSE);
 684   const float zdepth = -1.0;
 685   const float min_segment_width = max((float)(1.0), get_pixel_width());
 686
 687   // each vector contains path_segment_maps of all the connections
 688   // between this track and the next
 689   path_segment_map_vector::const_iterator psmv_i;
 690   for(psmv_i = path_segments.begin();
 691       psmv_i != path_segments.end();
 692       ++psmv_i)
 693   {
 694     path_segment_map_vector::difference_type path_index;
 695     path_index = psmv_i - path_segments.begin();
 696     // these maps contain the pair index (used so we dont keep drawing the
 697     // same segment) and the actual segment structure.
 698     pair_segment_map::const_iterator psm_i;
 699     for(psm_i = psmv_i->begin();
 700         psm_i != psmv_i->end();
 701         ++psm_i)
 702     {
 703       // grab the index into our segment map
 704       const segment_key& key = psm_i->first;
 705       // the second element of our map pair is a segment
 706       const Segment &s = psm_i->second;
 707       // need to do something so we can detect our selection
 708       vector<int> selected;
 709       set_intersection(selected_paths.begin(), selected_paths.end(),
 710                        s.path_ids.begin(), s.path_ids.end(),
 711                        back_inserter(selected));
 712
 713       if (not s.reversed) {
 714         // forward
 715         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 716           glColor4f(1.0, 0.0, 0.0, 1.0);
 717         } else {
 718           glColor4f(1.0, 0.7, 0.7, 0.4);
 719         }
 720       } else {
 721         // reverse
 722         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 723           glColor4f(0.0, 0.0, 1.0, 1.0);
 724         } else {
 725           glColor4f(0.7, 0.7, 1.0, 0.4);
 726         }
 727       }
 728       // save the multipart name for our segment
 729       glPushName(path_index); glPushName(key.first); glPushName(key.second);
 730       float seq_start_x = s.start.x
 731                         + track_container[path_index]->x();
 732       float seq_end_x = s.end.x
 733                       + track_container[path_index+1]->x();
 734       if (s.length <= min_segment_width) {
 735         // use lines for elements of length <=1 or < 1 pixel.
 736         // and try to center the line
 737         const float offset = s.length * 0.5;
 738         glBegin(GL_LINES);
 739           glVertex3f(seq_start_x+offset, s.start.y, -1);
 740           glVertex3f(seq_end_x  +offset, s.end.y, -1);
 741         glEnd();
 742       } else {
 743         // otherwise use quads
 744         // compute length
 745         float seq_start_x_length = s.start.x
 746                                  + s.length
 747                                  + track_container[path_index]->x();
 748         float seq_end_x_length = s.end.x
 749                                + s.length
 750                                + track_container[path_index+1]->x();
 751         glBegin(GL_QUADS);
 752           glVertex3f(seq_start_x, s.start.y, zdepth);
 753           glVertex3f(seq_end_x, s.end.y, zdepth);
 754           glVertex3f(seq_end_x_length, s.end.y, zdepth);
 755           glVertex3f(seq_start_x_length, s.start.y, zdepth);
 756         glEnd();
 757       }
 758       // clear the names
 759       glPopName(); glPopName(); glPopName();
 760     }
 761   }
 762   glDepthMask(GL_TRUE);
 763   glDisable(GL_BLEND);
 764 }