alg/glseqbrowser.cpp

   1 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3
   4 #include <math.h>
   5 #include <iostream>
   6 #include <sstream>
   7 #include <stdexcept>
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser()
  12   : border_width(25),
  13     cur_ortho(400.0, 0.0, 600.0, 0.0),
  14     viewport_size(600, 400),
  15     viewport_center((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/2+cur_ortho.left),
  16     zoom_level(2),
  17     color_mapper(),
  18     track_container()
  19 {
  20 }
  21
  22 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser& gt)
  23   : border_width(gt.border_width),
  24     cur_ortho(gt.cur_ortho),
  25     viewport_size(gt.viewport_size),
  26     viewport_center(gt.viewport_center),
  27     zoom_level(gt.zoom_level),
  28     color_mapper(gt.color_mapper),
  29     track_container(gt.track_container),
  30     path_segments(gt.path_segments)
  31 {
  32 }
  33
  34 void GlSeqBrowser::initializeGL()
  35 {
  36   glEnable(GL_DEPTH_TEST);
  37   glClearColor(1.0, 1.0, 1.0, 0.0);
  38   glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  39   glShadeModel(GL_FLAT);
  40 }
  41
  42 void GlSeqBrowser::resizeGL(int width, int height)
  43 {
  44   viewport_size.x = width;
  45   viewport_size.y = height;
  46   glViewport(0, 0, (GLsizei)width, (GLsizei)height);
  47   update_viewport(viewport_center, zoom_level);
  48 }
  49
  50 void GlSeqBrowser::paintGL() const
  51 {
  52   glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT|GL_DEPTH_BUFFER_BIT);
  53
  54   glPushMatrix();
  55   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
  56   glLoadIdentity();
  57   glOrtho(cur_ortho.left, cur_ortho.right,
  58           cur_ortho.bottom, cur_ortho.top,
  59           -50.0, 50);
  60
  61   draw();
  62
  63   glPopMatrix();
  64   glFlush();
  65 }
  66
  67 void GlSeqBrowser::processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize, const rect<float>& r)
  68 {
  69   GLuint *ptr;
  70   GLuint names;
  71   GLuint consumed_names = 0;
  72   float z1;
  73   float z2;
  74   GLuint objtype;
  75   GLuint objid;
  76   GLuint path_index = 0;
  77   GLuint pair_key_0 = 0;
  78   GLuint pair_key_1 = 0;
  79   TrackRegion track;
  80
  81   selected_paths.clear();
  82   selected_tracks.clear();
  83
  84   ptr = (GLuint *) buffer;
  85   if (hits > 0)
  86     selectedMode = true;
  87   for (GLuint i=0; i < hits; ++i)
  88   {
  89     if ((i + 5) > bufsize) {
  90       std::clog << "*** selection overflow***" << std::endl;
  91     } else {
  92       consumed_names = 0;
  93       names = *ptr++;
  94       z1 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  95       z2 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  96       objtype = *ptr++; ++consumed_names;
  97       switch (objtype) {
  98         case MussaSegment:
  99           path_index = *ptr++; ++consumed_names;
 100           pair_key_0 = *ptr++; ++consumed_names;
 101           pair_key_1 = *ptr++; ++consumed_names;
 102           if (path_index < path_segments.size()) {
 103             segment_key k(pair_key_0, pair_key_1);
 104             pair_segment_map::iterator psm_i;
 105             psm_i = path_segments[path_index].find(k);
 106             if (psm_i != path_segments[path_index].end()) {
 107               Segment &seg = psm_i->second;
 108               selected_paths.insert(seg.path_ids.begin(), seg.path_ids.end());
 109             }
 110             // else something else is wrong
 111           } else {
 112             // something wasn't right
 113             clog << "invalid path_index " << path_index
 114                  << " should have been [0,"<<path_segments.size()
 115                  << ") " << endl;
 116           }
 117           break;
 118         case MussaTrack:
 119         {
 120           objid = *ptr++; ++consumed_names;
 121
 122           int left = track_container[objid]->leftbase(r.left);
 123           int right = track_container[objid]->rightbase(r.right);
 124           // the static_cast should be ok, since basepairs line up on
 125           // integral values
 126           //TrackRegion track(objid, left, right);
 127           track.set(objid, left, right);
 128           selected_tracks.push_back(track);
 129           //clog << "selected track " << objid
 130           //     << "(" << left << ", " << right << ")" << endl;
 131         }
 132         break;
 133         default:
 134           cout << "unknown type " << objtype << " ";
 135           for(; consumed_names < names; ++consumed_names) {
 136             cout << consumed_names << "," << *ptr++ << " ";
 137           }
 138           cout << endl;
 139           break;
 140       }
 141     }
 142   }
 143 }
 144
 145 void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right)
 146 {
 147   GLfloat x_left = viewportXtoWorldX(left);
 148   GLfloat x_right = viewportXtoWorldX(right);cur_ortho.left;
 149
 150   if (top > bottom) {
 151     // woah, someone gave us a rectangle with the origin in the lower left
 152     int temp = top;
 153     bottom = top;
 154     top = temp;
 155   }
 156   // swap the orientation of canvas coordinates
 157   GLfloat y_top = viewportYtoWorldY(bottom);
 158   GLfloat y_bottom = viewportYtoWorldY(top);
 159   selectedRegion = rect<float>(y_top, x_left, y_bottom, x_right);
 160
 161   // hopefully this will make a buffer big enough to receive
 162   // everything being selected
 163   //const size_t pathz_count = mussaAnalysis->paths().refined_pathz.size();
 164   //const GLuint select_buf_size = 1 + 5 * (pathz_count + sequences.size());
 165   const GLuint select_buf_size = 500000;
 166   GLuint selectBuf[select_buf_size];
 167   glSelectBuffer(select_buf_size, selectBuf);
 168   GLint hits;
 169
 170   (void)glRenderMode(GL_SELECT);
 171   glPushMatrix();
 172   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
 173   glLoadIdentity();
 174   glOrtho(x_left, x_right, y_top, y_bottom, -50.0, 50.0);
 175   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 176   glLoadIdentity();
 177
 178   draw();
 179
 180   glFlush();
 181   glPopMatrix();
 182   hits = glRenderMode(GL_RENDER);
 183   processSelection(hits, selectBuf, select_buf_size, selectedRegion);
 184 }
 185
 186 void GlSeqBrowser::clearSelection()
 187 {
 188   selected_paths.clear();
 189   selected_tracks.clear();
 190   selectedMode = false;
 191 }
 192
 193 float GlSeqBrowser::border() const
 194 {
 195   return border_width;
 196 }
 197
 198 float GlSeqBrowser::left() const
 199 {
 200   float left;
 201   if (track_container.size() == 0)
 202   {
 203     return cur_ortho.left;
 204   } else {
 205     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 206     left = (*track_i)->x();
 207     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i)
 208     {
 209       if ((*track_i)->x() < left) {
 210         left = (*track_i)->x();
 211       }
 212     }
 213     return left-border_width;
 214   }
 215 }
 216
 217 float GlSeqBrowser::right() const
 218 {
 219   float right;
 220   if (track_container.size() == 0) {
 221     return cur_ortho.right;
 222   } else {
 223     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 224     right = (*track_i)->right();
 225     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i) {
 226       if ((*track_i)->right() > right)
 227         right = (*track_i)->right();
 228     }
 229     return right+border_width;
 230   }
 231 }
 232
 233 float GlSeqBrowser::get_pixel_width() const
 234 {
 235   GLint viewport[4];
 236   glGetIntegerv(GL_VIEWPORT, viewport);
 237   GLint vp_width = viewport[3]; // grab the viewport width
 238
 239   return round((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/vp_width);
 240 }
 241
 242 void GlSeqBrowser::setViewportCenter(float x)
 243 {
 244   update_viewport(x, zoom_level);
 245   viewport_center = x;
 246 }
 247
 248 float GlSeqBrowser::viewportLeft() const
 249 {
 250   return cur_ortho.left;
 251 }
 252
 253 float GlSeqBrowser::viewportCenter() const
 254 {
 255   return viewport_center;
 256 }
 257
 258 float GlSeqBrowser::viewportRight() const
 259 {
 260   return cur_ortho.right;
 261 }
 262
 263 float GlSeqBrowser::viewportHeight() const
 264 {
 265   return cur_ortho.top - cur_ortho.bottom;
 266 }
 267
 268 float GlSeqBrowser::viewportWidth() const
 269 {
 270   return cur_ortho.right - cur_ortho.left;
 271 }
 272
 273 int GlSeqBrowser::viewportPixelHeight() const
 274 {
 275   return viewport_size.y;
 276 }
 277
 278 int GlSeqBrowser::viewportPixelWidth() const
 279 {
 280   return viewport_size.x;
 281 }
 282
 283 double GlSeqBrowser::zoomOut()
 284 {
 285
 286   if (right() - left() > 0) {
 287     cur_ortho.left = left();
 288     cur_ortho.right = right();
 289     zoom_level =  (right() - left()) / (double)viewport_size.x;
 290     return zoom_level;
 291   } else {
 292     // made up number representing 50 bp / pixel
 293     return 50.0;
 294   }
 295 }
 296
 297 double GlSeqBrowser::zoomToSequence()
 298 {
 299   // (experimentally determined zoom level)
 300   const double friendly_zoom = 0.10;
 301   setZoom(friendly_zoom);
 302   return friendly_zoom;
 303 }
 304
 305 void GlSeqBrowser::setZoom(double new_zoom)
 306 {
 307   update_viewport(viewport_center, new_zoom);
 308   zoom_level = new_zoom;
 309 }
 310
 311 double GlSeqBrowser::zoom() const
 312 {
 313   return zoom_level;
 314 }
 315
 316 void GlSeqBrowser::setColorMapper(AnnotationColorsRef cm)
 317 {
 318   color_mapper = cm;
 319 }
 320
 321 const AnnotationColorsRef GlSeqBrowser::colorMapper()
 322 {
 323   return color_mapper;
 324 }
 325
 326 void GlSeqBrowser::clear()
 327 {
 328   clear_selection();
 329   clear_links();
 330   path_segments.clear();
 331   track_container.clear();
 332 }
 333
 334 void GlSeqBrowser::clear_selection()
 335 {
 336   selectedMode = false;
 337   selectedRegion.clear();
 338   selected_paths.clear();
 339   selected_tracks.clear();
 340 }
 341
 342 void GlSeqBrowser::push_sequence(const Sequence& s)
 343 {
 344   GlSequenceRef gs(new GlSequence(s, color_mapper));
 345   push_sequence(gs);
 346 }
 347
 348 void GlSeqBrowser::push_sequence(SequenceRef s)
 349 {
 350   GlSequenceRef gs(new GlSequence(*s, color_mapper));
 351   push_sequence(gs);
 352 }
 353
 354 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequence gs)
 355 {
 356   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 357   push_sequence(new_gs);
 358 }
 359
 360 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequenceRef gs)
 361 {
 362   ColorRef default_color(GlSequence::default_gene_color());
 363   GlSequenceRef new_gs(new GlSequence(gs));
 364   new_gs->update_annotation_draw_function("gene", draw_narrow_track, default_color);
 365   // mark where the sequence is
 366   new_gs->add_annotations_for_defined_sequence(draw_summarized_track);
 367
 368   clear_links();
 369   track_container.push_back(new_gs);
 370   update_layout();
 371   if (track_container.size() > 1)
 372     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 373 }
 374
 375 const std::vector<GlSequenceRef >& GlSeqBrowser::sequences() const
 376 {
 377   return track_container;
 378 }
 379
 380 void GlSeqBrowser::clear_links()
 381 {
 382   path_segments.clear();
 383   for (int i = track_container.size()-1; i > 0; --i)
 384   {
 385     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 386   }
 387   pathid = 0;
 388 }
 389
 390 void
 391 GlSeqBrowser::link(const vector<int>& path, const vector<bool>& rc, int length)
 392 {
 393   if (path.size() < 2) {
 394     // should i throw an error instead?
 395     return;
 396   }
 397   if (path.size() != track_container.size() ) {
 398     stringstream msg;
 399     msg << "Path size [" << path.size() << "] and track size ["
 400         << track_container.size() << "] don't match" << endl;
 401     throw mussa_error(msg.str());
 402   }
 403   if (path.size() != rc.size()) {
 404     throw runtime_error("path and reverse compliment must be the same length");
 405   }
 406   vector<int>::const_iterator path_i = path.begin();
 407   vector<bool>::const_iterator rc_i = rc.begin();
 408   int track_i = 0;
 409   int prev_x = *path_i; ++path_i;
 410   bool prev_rc = *rc_i; ++rc_i;
 411   while (path_i != path.end() and rc_i != rc.end())
 412   {
 413     segment_key p(prev_x, *path_i);
 414     pair_segment_map::iterator found_segment = path_segments[track_i].find(p);
 415     if (found_segment == path_segments[track_i].end()) {
 416       // not already found
 417       float y1 = track_container[track_i]->y();
 418             y1 -= track_container[track_i]->height()/2;
 419       float y2 = track_container[track_i+1]->y();
 420             y2 += track_container[track_i+1]->height()/2;
 421
 422       bool rcFlag = (prev_rc or *rc_i) and !(prev_rc and *rc_i);
 423       Segment s(prev_x, y1, *path_i, y2, rcFlag, length);
 424       s.path_ids.insert(pathid);
 425       path_segments[track_i][p] = s;
 426     } else {
 427       //found
 428       found_segment->second.path_ids.insert(pathid);
 429       // make each segment the size of the largest of any link between these
 430       // two bases
 431       if (found_segment->second.length < length) {
 432         found_segment->second.length = length;
 433       }
 434     }
 435     prev_x = *path_i;
 436     prev_rc = *rc_i;
 437     ++track_i;
 438     ++path_i;
 439     ++rc_i;
 440   }
 441   // pathid is reset by push_sequence
 442   ++pathid;
 443 }
 444
 445 void GlSeqBrowser::setSelectedPaths(std::vector<int> paths)
 446 {
 447   selected_paths.clear();
 448   for(std::vector<int>::iterator itor = paths.begin();
 449       itor != paths.end();
 450       ++itor)
 451   {
 452     selected_paths.insert(*itor);
 453   }
 454 }
 455
 456 const set<int>& GlSeqBrowser::selectedPaths() const
 457 {
 458   return selected_paths;
 459 }
 460
 461 void GlSeqBrowser::appendSelectedTrack(GLuint track, int start, int stop)
 462 {
 463   selected_tracks.push_back(TrackRegion(track, start, stop));
 464 }
 465
 466 list<TrackRegion> GlSeqBrowser::selectedTracks() const
 467 {
 468   return selected_tracks;
 469 }
 470
 471 //! copy sequence from selected track using formating function
 472 template<class Item>
 473 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracks(std::list<Item>& result,
 474              Item (*formatter)(const Sequence& s, int left, int right))
 475 {
 476   size_t base_pairs_copied = 0;
 477   result.clear();
 478
 479   for(selected_track_iterator track_i = selected_tracks.begin();
 480       track_i != selected_tracks.end();
 481       ++track_i)
 482   {
 483     int track_index = track_i->track_id;
 484     if (track_index >= track_container.size()) {
 485       // should this be an exception instead?
 486       clog << "track " << track_index << " > " << track_container.size()
 487            << endl;
 488     } else {
 489       // we should be safe
 490       Sequence seq(*track_container[track_index]);
 491       result.push_back(formatter(seq, track_i->left, track_i->right));
 492       base_pairs_copied += max(track_i->right-track_i->left, 0);
 493     }
 494   }
 495   return base_pairs_copied;
 496 }
 497
 498 //! copy sequence from selected tracks as FASTA sequences
 499 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsFasta(std::string& copy_buffer)
 500 {
 501   std::list<std::string> result;
 502   struct AsFasta {
 503     static string formatter(const Sequence& seq, int left, int right)
 504     {
 505       stringstream s;
 506       s << ">" << seq.get_fasta_header()
 507         << "|" << "subregion=" << left << "-" << right+1
 508         << std::endl
 509         << seq.subseq(left, right-left+1) << std::endl;
 510       return s.str();
 511     }
 512   };
 513   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsFasta::formatter);
 514   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 515   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 516        result_i != result.end();
 517        ++result_i)
 518   {
 519     copy_buffer.append(*result_i);
 520   }
 521   return base_pairs_copied;
 522 }
 523
 524 //! copy sequence from selected tracks as new sequences
 525 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSequences(std::list<Sequence>& result)
 526 {
 527   struct AsSequence {
 528     static Sequence formatter(const Sequence& seq,
 529                               int left,
 530                               int right)
 531     {
 532       return seq.subseq(left, right-left+1);
 533     }
 534   };
 535   return copySelectedTracks(result, AsSequence::formatter);
 536 }
 537
 538 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 539     std::list<SequenceLocation>& result)
 540 {
 541   struct AsSeqLocation {
 542     static SequenceLocation formatter(const Sequence& seq,
 543                                       int left,
 544                                       int right)
 545     {
 546       return SequenceLocation(seq, left, right);
 547     }
 548   };
 549   return copySelectedTracks(result, AsSeqLocation::formatter);
 550 }
 551
 552 //! copy sequence from selected tracks as plain sequences
 553 size_t GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsString(std::string& copy_buffer)
 554 {
 555   std::list<string> result;
 556   struct AsString {
 557     static string formatter(const Sequence& seq,
 558                             int left,
 559                             int right)
 560     {
 561       stringstream s;
 562       s << seq.subseq(left, right-left+1);
 563       return s.str();
 564     }
 565   };
 566
 567   size_t base_pairs_copied = copySelectedTracks(result, AsString::formatter);
 568   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 569   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 570        result_i != result.end();
 571        ++result_i)
 572   {
 573     copy_buffer.append(*result_i);
 574   }
 575   return base_pairs_copied;
 576 }
 577
 578 void GlSeqBrowser::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 579 {
 580   if (paths.size() != track_container.size()) {
 581     throw mussa_error("Path length didn't match the number of sequences");
 582   }
 583
 584   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 585   {
 586     // -15 = shift more to the left
 587     track_container[track_i]->setX((viewport_center-15) - paths[track_i]);
 588   }
 589 }
 590
 591 void GlSeqBrowser::update_viewport(float center, double new_zoom)
 592 {
 593   // limit how close we can get
 594   if (new_zoom < 0.01) {
 595     new_zoom = 0.01;
 596   }
 597   double new_width = (new_zoom * (float)viewport_size.x);
 598   cur_ortho.left = center-new_width/2.0;
 599   cur_ortho.right = center+new_width/2.0;
 600 }
 601
 602 void GlSeqBrowser::update_layout()
 603 {
 604   typedef std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator glseq_itor_type;
 605   float available_height = (float)cur_ortho.top - 2 * (float)border_width;
 606   float max_base_pairs = 0;
 607   size_t track_count = track_container.size();
 608
 609   if (track_count > 1) {
 610     // we have several sequences
 611     float track_spacing = available_height / (track_count-1);
 612     float y = available_height + (float)border_width;
 613     for(glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 614         seq_i != track_container.end();
 615         ++seq_i, y-=track_spacing)
 616     {
 617       (*seq_i)->setX(0);
 618       (*seq_i)->setY(y);
 619       if ((*seq_i)->size() > max_base_pairs)
 620         max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 621     }
 622   } else if (track_count == 1) {
 623     // center the single track
 624     glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 625     (*seq_i)->setX(0);
 626     (*seq_i)->setY(viewport_size.x /2);
 627     max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 628   } else {
 629     // nothing to do as we're empty
 630     return;
 631   }
 632   cur_ortho.right = max_base_pairs + border_width;
 633   cur_ortho.left = -border_width;
 634   cur_ortho.top = viewport_size.x;
 635   cur_ortho.bottom = 0;
 636   viewport_center = (cur_ortho.width()/2) + cur_ortho.left;
 637   zoomOut();
 638 }
 639
 640 void GlSeqBrowser::draw() const
 641 {
 642   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 643   glInitNames();
 644   glPushName(MussaSegment);
 645   draw_segments();
 646   glLoadName(MussaTrack);
 647   draw_tracks();
 648   glPopName();
 649   // a selection shouldn't have a glName associated with it
 650   draw_selection();
 651 }
 652
 653 void GlSeqBrowser::draw_selection() const
 654 {
 655   // draw selection box
 656   glEnable(GL_BLEND);
 657   glDepthMask(GL_FALSE);
 658   if (selectedMode) {
 659     glColor4f(0.6, 0.6, 0.6, 0.9);
 660     glRectf(selectedRegion.left, selectedRegion.top,
 661             selectedRegion.right, selectedRegion.bottom);
 662   }
 663   glDepthMask(GL_TRUE);
 664   glDisable(GL_BLEND);
 665 }
 666
 667 void GlSeqBrowser::draw_tracks() const
 668 {
 669   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 670   {
 671     glPushName(track_i);
 672     track_container[track_i]->draw(cur_ortho.left, cur_ortho.right);
 673     glPopName();
 674   }
 675 }
 676
 677 void GlSeqBrowser::draw_segments() const
 678 {
 679   glLineWidth(1);
 680   glEnable(GL_BLEND);
 681   glDepthMask(GL_FALSE);
 682   const float zdepth = -1.0;
 683   const float min_segment_width = max((float)(1.0), get_pixel_width());
 684
 685   // each vector contains path_segment_maps of all the connections
 686   // between this track and the next
 687   path_segment_map_vector::const_iterator psmv_i;
 688   for(psmv_i = path_segments.begin();
 689       psmv_i != path_segments.end();
 690       ++psmv_i)
 691   {
 692     path_segment_map_vector::difference_type path_index;
 693     path_index = psmv_i - path_segments.begin();
 694     // these maps contain the pair index (used so we dont keep drawing the
 695     // same segment) and the actual segment structure.
 696     pair_segment_map::const_iterator psm_i;
 697     for(psm_i = psmv_i->begin();
 698         psm_i != psmv_i->end();
 699         ++psm_i)
 700     {
 701       // grab the index into our segment map
 702       const segment_key& key = psm_i->first;
 703       // the second element of our map pair is a segment
 704       const Segment &s = psm_i->second;
 705       // need to do something so we can detect our selection
 706       vector<int> selected;
 707       set_intersection(selected_paths.begin(), selected_paths.end(),
 708                        s.path_ids.begin(), s.path_ids.end(),
 709                        back_inserter(selected));
 710
 711       if (not s.reversed) {
 712         // forward
 713         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 714           glColor4f(1.0, 0.0, 0.0, 1.0);
 715         } else {
 716           glColor4f(1.0, 0.7, 0.7, 0.4);
 717         }
 718       } else {
 719         // reverse
 720         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 721           glColor4f(0.0, 0.0, 1.0, 1.0);
 722         } else {
 723           glColor4f(0.7, 0.7, 1.0, 0.4);
 724         }
 725       }
 726       // save the multipart name for our segment
 727       glPushName(path_index); glPushName(key.first); glPushName(key.second);
 728       float seq_start_x = s.start.x
 729                         + track_container[path_index]->x();
 730       float seq_end_x = s.end.x
 731                       + track_container[path_index+1]->x();
 732       if (s.length <= min_segment_width) {
 733         // use lines for elements of length <=1 or < 1 pixel.
 734         // and try to center the line
 735         const float offset = s.length * 0.5;
 736         glBegin(GL_LINES);
 737           glVertex3f(seq_start_x+offset, s.start.y, -1);
 738           glVertex3f(seq_end_x  +offset, s.end.y, -1);
 739         glEnd();
 740       } else {
 741         // otherwise use quads
 742         // compute length
 743         float seq_start_x_length = s.start.x
 744                                  + s.length
 745                                  + track_container[path_index]->x();
 746         float seq_end_x_length = s.end.x
 747                                + s.length
 748                                + track_container[path_index+1]->x();
 749         glBegin(GL_QUADS);
 750           glVertex3f(seq_start_x, s.start.y, zdepth);
 751           glVertex3f(seq_end_x, s.end.y, zdepth);
 752           glVertex3f(seq_end_x_length, s.end.y, zdepth);
 753           glVertex3f(seq_start_x_length, s.start.y, zdepth);
 754         glEnd();
 755       }
 756       // clear the names
 757       glPopName(); glPopName(); glPopName();
 758     }
 759   }
 760   glDepthMask(GL_TRUE);
 761   glDisable(GL_BLEND);
 762 }