alg/glseqbrowser.cpp

   1 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
   2 #include "mussa_exceptions.hpp"
   3
   4 #include <math.h>
   5 #include <iostream>
   6 #include <sstream>
   7 #include <stdexcept>
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser()
  12   : border_width(25),
  13     cur_ortho(400.0, 0.0, 600.0, 0.0),
  14     viewport_size(600, 400),
  15     viewport_center((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/2+cur_ortho.left),
  16     zoom_level(2),
  17     color_mapper(),
  18     track_container()
  19 {
  20 }
  21
  22 GlSeqBrowser::GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser& gt)
  23   : border_width(gt.border_width),
  24     cur_ortho(gt.cur_ortho),
  25     viewport_size(gt.viewport_size),
  26     viewport_center(gt.viewport_center),
  27     zoom_level(gt.zoom_level),
  28     color_mapper(gt.color_mapper),
  29     track_container(gt.track_container),
  30     path_segments(gt.path_segments)
  31 {
  32 }
  33
  34 void GlSeqBrowser::initializeGL()
  35 {
  36   glEnable(GL_DEPTH_TEST);
  37   glClearColor(1.0, 1.0, 1.0, 0.0);
  38   glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
  39   glShadeModel(GL_FLAT);
  40 }
  41
  42 void GlSeqBrowser::resizeGL(int width, int height)
  43 {
  44   viewport_size.x = width;
  45   viewport_size.y = height;
  46   glViewport(0, 0, (GLsizei)width, (GLsizei)height);
  47   update_viewport(viewport_center, zoom_level);
  48 }
  49
  50 void GlSeqBrowser::paintGL() const
  51 {
  52   glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT|GL_DEPTH_BUFFER_BIT);
  53
  54   glPushMatrix();
  55   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
  56   glLoadIdentity();
  57   glOrtho(cur_ortho.left, cur_ortho.right,
  58           cur_ortho.bottom, cur_ortho.top,
  59           -50.0, 50);
  60
  61   draw();
  62
  63   glPopMatrix();
  64   glFlush();
  65 }
  66
  67 void GlSeqBrowser::processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize, const rect<float>& r)
  68 {
  69   GLuint *ptr;
  70   GLuint names;
  71   GLuint consumed_names = 0;
  72   float z1;
  73   float z2;
  74   GLuint objtype;
  75   GLuint objid;
  76   GLuint path_index = 0;
  77   GLuint pair_key_0 = 0;
  78   GLuint pair_key_1 = 0;
  79   TrackRegion track;
  80
  81   selected_paths.clear();
  82   selected_tracks.clear();
  83
  84   ptr = (GLuint *) buffer;
  85   if (hits > 0)
  86     selectedMode = true;
  87   for (GLuint i=0; i < hits; ++i)
  88   {
  89     if ((i + 5) > bufsize) {
  90       std::clog << "*** selection overflow***" << std::endl;
  91     } else {
  92       consumed_names = 0;
  93       names = *ptr++;
  94       z1 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  95       z2 = ((float)*ptr++)/0x7fffffff;
  96       objtype = *ptr++; ++consumed_names;
  97       switch (objtype) {
  98         case MussaSegment:
  99           path_index = *ptr++; ++consumed_names;
 100           pair_key_0 = *ptr++; ++consumed_names;
 101           pair_key_1 = *ptr++; ++consumed_names;
 102           if (path_index < path_segments.size()) {
 103             segment_key k(pair_key_0, pair_key_1);
 104             pair_segment_map::iterator psm_i;
 105             psm_i = path_segments[path_index].find(k);
 106             if (psm_i != path_segments[path_index].end()) {
 107               Segment &seg = psm_i->second;
 108               selected_paths.insert(seg.path_ids.begin(), seg.path_ids.end());
 109             }
 110             // else something else is wrong
 111           } else {
 112             // something wasn't right
 113             clog << "invalid path_index " << path_index
 114                  << " should have been [0,"<<path_segments.size()
 115                  << ") " << endl;
 116           }
 117           break;
 118         case MussaTrack:
 119         {
 120           objid = *ptr++; ++consumed_names;
 121
 122           int left = track_container[objid]->leftbase(r.left);
 123           int right = track_container[objid]->rightbase(r.right);
 124           // the static_cast should be ok, since basepairs line up on
 125           // integral values
 126           //TrackRegion track(objid, left, right);
 127           track.set(objid, left, right);
 128           selected_tracks.push_back(track);
 129           //clog << "selected track " << objid
 130           //     << "(" << left << ", " << right << ")" << endl;
 131         }
 132         break;
 133         default:
 134           cout << "unknown type " << objtype << " ";
 135           for(; consumed_names < names; ++consumed_names) {
 136             cout << consumed_names << "," << *ptr++ << " ";
 137           }
 138           cout << endl;
 139           break;
 140       }
 141     }
 142   }
 143 }
 144
 145 void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right)
 146 {
 147   GLfloat x_scale = cur_ortho.width()/((float)viewport_size.x);
 148   GLfloat y_scale = cur_ortho.height()/((float)viewport_size.y);
 149   GLfloat x_left = cur_ortho.left + (left*x_scale);
 150   GLfloat x_right = cur_ortho.left + (right * x_scale);
 151
 152   if (top > bottom) {
 153     // woah, someone gave us a rectangle with the origin in the lower left
 154     int temp = top;
 155     bottom = top;
 156     top = temp;
 157   }
 158   // swap the orientation of canvas coordinates
 159   GLfloat y_top = cur_ortho.top-(bottom*y_scale);
 160   GLfloat y_bottom = cur_ortho.top - top * y_scale;
 161   selectedRegion = rect<float>(y_top, x_left, y_bottom, x_right);
 162
 163   // hopefully this will make a buffer big enough to receive
 164   // everything being selected
 165   //const size_t pathz_count = mussaAnalysis->paths().refined_pathz.size();
 166   //const GLuint select_buf_size = 1 + 5 * (pathz_count + sequences.size());
 167   const GLuint select_buf_size = 500000;
 168   GLuint selectBuf[select_buf_size];
 169   glSelectBuffer(select_buf_size, selectBuf);
 170   GLint hits;
 171
 172   (void)glRenderMode(GL_SELECT);
 173   glPushMatrix();
 174   glMatrixMode(GL_PROJECTION);
 175   glLoadIdentity();
 176   glOrtho(x_left, x_right, y_top, y_bottom, -50.0, 50.0);
 177   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 178   glLoadIdentity();
 179
 180   draw();
 181
 182   glFlush();
 183   glPopMatrix();
 184   hits = glRenderMode(GL_RENDER);
 185   processSelection(hits, selectBuf, select_buf_size, selectedRegion);
 186 }
 187
 188 float GlSeqBrowser::border() const
 189 {
 190   return border_width;
 191 }
 192
 193 float GlSeqBrowser::left() const
 194 {
 195   float left;
 196   if (track_container.size() == 0)
 197   {
 198     return cur_ortho.left;
 199   } else {
 200     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 201     left = (*track_i)->x();
 202     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i)
 203     {
 204       if ((*track_i)->x() < left) {
 205         left = (*track_i)->x();
 206       }
 207     }
 208     return left-border_width;
 209   }
 210 }
 211
 212 float GlSeqBrowser::right() const
 213 {
 214   float right;
 215   if (track_container.size() == 0) {
 216     return cur_ortho.right;
 217   } else {
 218     vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::const_iterator track_i = track_container.begin();
 219     right = (*track_i)->right();
 220     for( ; track_i != track_container.end(); ++track_i) {
 221       if ((*track_i)->right() > right)
 222         right = (*track_i)->right();
 223     }
 224     return right+border_width;
 225   }
 226 }
 227
 228 float GlSeqBrowser::get_pixel_width() const
 229 {
 230   GLint viewport[4];
 231   glGetIntegerv(GL_VIEWPORT, viewport);
 232   GLint vp_width = viewport[3]; // grab the viewport width
 233
 234   return round((cur_ortho.right-cur_ortho.left)/vp_width);
 235 }
 236
 237 void GlSeqBrowser::setViewportCenter(float x)
 238 {
 239   update_viewport(x, zoom_level);
 240   viewport_center = x;
 241 }
 242
 243 float GlSeqBrowser::viewportLeft() const
 244 {
 245   return cur_ortho.left;
 246 }
 247
 248 float GlSeqBrowser::viewportCenter() const
 249 {
 250   return viewport_center;
 251 }
 252
 253 float GlSeqBrowser::viewportRight() const
 254 {
 255   return cur_ortho.right;
 256 }
 257
 258 float GlSeqBrowser::viewportHeight() const
 259 {
 260   return cur_ortho.top - cur_ortho.bottom;
 261 }
 262
 263 float GlSeqBrowser::viewportWidth() const
 264 {
 265   return cur_ortho.right - cur_ortho.left;
 266 }
 267
 268 double GlSeqBrowser::zoomOut()
 269 {
 270
 271   if (right() - left() > 0) {
 272     cur_ortho.left = left();
 273     cur_ortho.right = right();
 274     zoom_level =  (right() - left()) / (double)viewport_size.x;
 275     return zoom_level;
 276   } else {
 277     // made up number representing 50 bp / pixel
 278     return 50.0;
 279   }
 280 }
 281
 282 double GlSeqBrowser::zoomToSequence()
 283 {
 284   // (experimentally determined zoom level)
 285   const double friendly_zoom = 0.10;
 286   setZoom(friendly_zoom);
 287   return friendly_zoom;
 288 }
 289
 290 void GlSeqBrowser::setZoom(double new_zoom)
 291 {
 292   update_viewport(viewport_center, new_zoom);
 293   zoom_level = new_zoom;
 294 }
 295
 296 double GlSeqBrowser::zoom() const
 297 {
 298   return zoom_level;
 299 }
 300
 301 void GlSeqBrowser::setColorMapper(boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
 302 {
 303   color_mapper = cm;
 304 }
 305
 306 const AnnotationColors& GlSeqBrowser::colorMapper()
 307 {
 308   return *color_mapper;
 309 }
 310
 311 void GlSeqBrowser::clear()
 312 {
 313   clear_selection();
 314   clear_links();
 315   path_segments.clear();
 316   track_container.clear();
 317 }
 318
 319 void GlSeqBrowser::clear_selection()
 320 {
 321   selectedMode = false;
 322   selectedRegion.clear();
 323   selected_paths.clear();
 324   selected_tracks.clear();
 325 }
 326
 327 void GlSeqBrowser::push_sequence(const Sequence& s)
 328 {
 329   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(s));
 330   GlSequence gs(seq_copy, color_mapper);
 331   push_sequence(gs);
 332 }
 333
 334
 335 void GlSeqBrowser::push_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> s)
 336 {
 337   boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(s, color_mapper));
 338   push_sequence(gs);
 339 }
 340
 341 void GlSeqBrowser::push_sequence(GlSequence gs)
 342 {
 343   boost::shared_ptr<GlSequence> new_gs(new GlSequence(gs));
 344   push_sequence(new_gs);
 345 }
 346
 347 void GlSeqBrowser::push_sequence(boost::shared_ptr<GlSequence> gs)
 348 {
 349   clear_links();
 350   track_container.push_back(gs);
 351   update_layout();
 352   if (track_container.size() > 1)
 353     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 354 }
 355
 356 const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& GlSeqBrowser::sequences() const
 357 {
 358   return track_container;
 359 }
 360
 361 void GlSeqBrowser::clear_links()
 362 {
 363   path_segments.clear();
 364   for (int i = track_container.size()-1; i > 0; --i)
 365   {
 366     path_segments.push_back(pair_segment_map());
 367   }
 368   pathid = 0;
 369 }
 370
 371 void
 372 GlSeqBrowser::link(const vector<int>& path, const vector<bool>& rc, int length)
 373 {
 374   if (path.size() < 2) {
 375     // should i throw an error instead?
 376     return;
 377   }
 378   if (path.size() != track_container.size() ) {
 379     stringstream msg;
 380     msg << "Path size [" << path.size() << "] and track size ["
 381         << track_container.size() << "] don't match" << endl;
 382     throw mussa_error(msg.str());
 383   }
 384   if (path.size() != rc.size()) {
 385     throw runtime_error("path and reverse compliment must be the same length");
 386   }
 387   vector<int>::const_iterator path_i = path.begin();
 388   vector<bool>::const_iterator rc_i = rc.begin();
 389   int track_i = 0;
 390   int prev_x = *path_i; ++path_i;
 391   bool prev_rc = *rc_i; ++rc_i;
 392   while (path_i != path.end() and rc_i != rc.end())
 393   {
 394     segment_key p(prev_x, *path_i);
 395     pair_segment_map::iterator found_segment = path_segments[track_i].find(p);
 396     if (found_segment == path_segments[track_i].end()) {
 397       // not already found
 398       float y1 = track_container[track_i]->y();
 399             y1 -= track_container[track_i]->height()/2;
 400       float y2 = track_container[track_i+1]->y();
 401             y2 += track_container[track_i+1]->height()/2;
 402
 403       bool rcFlag = (prev_rc or *rc_i) and !(prev_rc and *rc_i);
 404       Segment s(prev_x, y1, *path_i, y2, rcFlag, length);
 405       s.path_ids.insert(pathid);
 406       path_segments[track_i][p] = s;
 407     } else {
 408       //found
 409       found_segment->second.path_ids.insert(pathid);
 410       // make each segment the size of the largest of any link between these
 411       // two bases
 412       if (found_segment->second.length < length) {
 413         found_segment->second.length = length;
 414       }
 415     }
 416     prev_x = *path_i;
 417     prev_rc = *rc_i;
 418     ++track_i;
 419     ++path_i;
 420     ++rc_i;
 421   }
 422   // pathid is reset by push_sequence
 423   ++pathid;
 424 }
 425
 426 void GlSeqBrowser::setSelectedPaths(std::vector<int> paths)
 427 {
 428   selected_paths.clear();
 429   for(std::vector<int>::iterator itor = paths.begin();
 430       itor != paths.end();
 431       ++itor)
 432   {
 433     selected_paths.insert(*itor);
 434   }
 435 }
 436
 437 const set<int>& GlSeqBrowser::selectedPaths() const
 438 {
 439   return selected_paths;
 440 }
 441
 442 void GlSeqBrowser::appendSelectedTrack(GLuint track, int start, int stop)
 443 {
 444   selected_tracks.push_back(TrackRegion(track, start, stop));
 445 }
 446
 447 list<TrackRegion> GlSeqBrowser::selectedTracks() const
 448 {
 449   return selected_tracks;
 450 }
 451
 452 //! copy sequence from selected track using formating function
 453 template<class Item>
 454 void GlSeqBrowser::copySelectedTracks(std::list<Item>& result,
 455              Item (*formatter)(boost::shared_ptr<Sequence> s,
 456                                int left,
 457                                int right))
 458 {
 459   result.clear();
 460
 461   for(selected_track_iterator track_i = selected_tracks.begin();
 462       track_i != selected_tracks.end();
 463       ++track_i)
 464   {
 465     int track_index = track_i->track_id;
 466     if (track_index >= track_container.size()) {
 467       // should this be an exception instead?
 468       clog << "track " << track_index << " > " << track_container.size()
 469            << endl;
 470     } else {
 471       // we should be safe
 472       boost::shared_ptr<Sequence> seq = track_container[track_index]->sequence();
 473       result.push_back(formatter(seq, track_i->left, track_i->right));
 474     }
 475   }
 476 }
 477
 478 //! copy sequence from selected tracks as FASTA sequences
 479 void GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsFasta(std::string& copy_buffer)
 480 {
 481   std::list<std::string> result;
 482   struct AsFasta {
 483     static string formatter(boost::shared_ptr<Sequence> seq,
 484                             int left,
 485                             int right)
 486     {
 487       stringstream s;
 488       s << ">" << seq->get_fasta_header()
 489         << "|" << "subregion=" << left << "-" << right+1
 490         << std::endl
 491         << seq->subseq(left, right-left+1) << std::endl;
 492       return s.str();
 493     }
 494   };
 495   copySelectedTracks(result, AsFasta::formatter);
 496   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 497   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 498        result_i != result.end();
 499        ++result_i)
 500   {
 501     copy_buffer.append(*result_i);
 502   }
 503 }
 504
 505 //! copy sequence from selected tracks as new sequences
 506 void GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSequences(std::list<Sequence>& result)
 507 {
 508   struct AsSequence {
 509     static Sequence formatter(boost::shared_ptr<Sequence> seq,
 510                               int left,
 511                               int right)
 512     {
 513       return seq->subseq(left, right-left+1);
 514     }
 515   };
 516   copySelectedTracks(result, AsSequence::formatter);
 517 }
 518
 519 void GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 520     std::list<SequenceLocation>& result)
 521 {
 522   struct AsSeqLocation {
 523     static SequenceLocation formatter(boost::shared_ptr<Sequence> seq,
 524                                       int left,
 525                                       int right)
 526     {
 527       return SequenceLocation(seq, left, right);
 528     }
 529   };
 530   copySelectedTracks(result, AsSeqLocation::formatter);
 531 }
 532
 533 //! copy sequence from selected tracks as plain sequences
 534 void GlSeqBrowser::copySelectedTracksAsString(std::string& copy_buffer)
 535 {
 536   std::list<string> result;
 537   struct AsString {
 538     static string formatter(boost::shared_ptr<Sequence> seq,
 539                             int left,
 540                             int right)
 541     {
 542       stringstream s;
 543       s << seq->subseq(left, right-left+1) << std::endl;
 544       return s.str();
 545     }
 546   };
 547
 548   copySelectedTracks(result, AsString::formatter);
 549   // I wish there was some way to use for_each and bind here
 550   for (list<string>::iterator result_i = result.begin();
 551        result_i != result.end();
 552        ++result_i)
 553   {
 554     copy_buffer.append(*result_i);
 555   }
 556
 557 }
 558
 559 void GlSeqBrowser::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 560 {
 561   if (paths.size() != track_container.size()) {
 562     throw mussa_error("Path length didn't match the number of sequences");
 563   }
 564
 565   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 566   {
 567     // -15 = shift more to the left
 568     track_container[track_i]->setX((viewport_center-15) - paths[track_i]);
 569   }
 570 }
 571
 572 void GlSeqBrowser::update_viewport(float center, double new_zoom)
 573 {
 574   // limit how close we can get
 575   if (new_zoom < 0.01) {
 576     new_zoom = 0.01;
 577   }
 578   double new_width = (new_zoom * (float)viewport_size.x);
 579   cur_ortho.left = center-new_width/2.0;
 580   cur_ortho.right = center+new_width/2.0;
 581 }
 582
 583 void GlSeqBrowser::update_layout()
 584 {
 585   typedef std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator glseq_itor_type;
 586   float available_height = (float)cur_ortho.top - 2 * (float)border_width;
 587   float max_base_pairs = 0;
 588   size_t track_count = track_container.size();
 589
 590   if (track_count > 1) {
 591     // we have several sequences
 592     float track_spacing = available_height / (track_count-1);
 593     float y = available_height + (float)border_width;
 594     for(glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 595         seq_i != track_container.end();
 596         ++seq_i, y-=track_spacing)
 597     {
 598       (*seq_i)->setX(0);
 599       (*seq_i)->setY(y);
 600       if ((*seq_i)->size() > max_base_pairs)
 601         max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 602     }
 603   } else if (track_count == 1) {
 604     // center the single track
 605     glseq_itor_type seq_i = track_container.begin();
 606     (*seq_i)->setX(0);
 607     (*seq_i)->setY(viewport_size.x /2);
 608     max_base_pairs = (*seq_i)->size();
 609   } else {
 610     // nothing to do as we're empty
 611     return;
 612   }
 613   cur_ortho.right = max_base_pairs + border_width;
 614   cur_ortho.left = -border_width;
 615   cur_ortho.top = viewport_size.x;
 616   cur_ortho.bottom = 0;
 617   viewport_center = (cur_ortho.width()/2) + cur_ortho.left;
 618   zoomOut();
 619 }
 620
 621 void GlSeqBrowser::draw() const
 622 {
 623   glMatrixMode(GL_MODELVIEW);
 624   glInitNames();
 625   glPushName(MussaSegment);
 626   draw_segments();
 627   glLoadName(MussaTrack);
 628   draw_tracks();
 629   glPopName();
 630   // a selection shouldn't have a glName associated with it
 631   draw_selection();
 632 }
 633
 634 void GlSeqBrowser::draw_selection() const
 635 {
 636   // draw selection box
 637   glEnable(GL_BLEND);
 638   glDepthMask(GL_FALSE);
 639   if (selectedMode) {
 640     glColor4f(0.6, 0.6, 0.6, 0.9);
 641     glRectf(selectedRegion.left, selectedRegion.top,
 642             selectedRegion.right, selectedRegion.bottom);
 643   }
 644   glDepthMask(GL_TRUE);
 645   glDisable(GL_BLEND);
 646 }
 647
 648 void GlSeqBrowser::draw_tracks() const
 649 {
 650   for(size_t track_i = 0; track_i != track_container.size(); ++track_i)
 651   {
 652     glPushName(track_i);
 653     track_container[track_i]->draw(cur_ortho.left, cur_ortho.right);
 654     glPopName();
 655   }
 656 }
 657
 658 void GlSeqBrowser::draw_segments() const
 659 {
 660   glLineWidth(1);
 661   glEnable(GL_BLEND);
 662   glDepthMask(GL_FALSE);
 663   const float zdepth = -1.0;
 664   const float min_segment_width = max((float)(1.0), get_pixel_width());
 665
 666   // each vector contains path_segment_maps of all the connections
 667   // between this track and the next
 668   path_segment_map_vector::const_iterator psmv_i;
 669   for(psmv_i = path_segments.begin();
 670       psmv_i != path_segments.end();
 671       ++psmv_i)
 672   {
 673     path_segment_map_vector::difference_type path_index;
 674     path_index = psmv_i - path_segments.begin();
 675     // these maps contain the pair index (used so we dont keep drawing the
 676     // same segment) and the actual segment structure.
 677     pair_segment_map::const_iterator psm_i;
 678     for(psm_i = psmv_i->begin();
 679         psm_i != psmv_i->end();
 680         ++psm_i)
 681     {
 682       // grab the index into our segment map
 683       const segment_key& key = psm_i->first;
 684       // the second element of our map pair is a segment
 685       const Segment &s = psm_i->second;
 686       // need to do something so we can detect our selection
 687       vector<int> selected;
 688       set_intersection(selected_paths.begin(), selected_paths.end(),
 689                        s.path_ids.begin(), s.path_ids.end(),
 690                        back_inserter(selected));
 691
 692       if (not s.reversed) {
 693         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 694           glColor4f(1.0, 0.0, 0.0, 1.0);
 695         } else {
 696           glColor4f(1.0, 0.7, 0.7, 0.4);
 697         }
 698       } else {
 699         if (selected_paths.size() == 0 or selected.size() > 0) {
 700           glColor4f(0.0, 0.0, 1.0, 1.0);
 701         } else {
 702           glColor4f(0.7, 0.7, 1.0, 0.4);
 703         }
 704       }
 705       // save the multipart name for our segment
 706       glPushName(path_index); glPushName(key.first); glPushName(key.second);
 707       float seq_start_x = s.start.x
 708                         + track_container[path_index]->x();
 709       float seq_end_x = s.end.x
 710                       + track_container[path_index+1]->x();
 711       if (s.length <= min_segment_width) {
 712         // use lines for elements of length <=1 or < 1 pixel.
 713         // and try to center the line
 714         const float offset = s.length * 0.5;
 715         glBegin(GL_LINES);
 716           glVertex3f(seq_start_x+offset, s.start.y, -1);
 717           glVertex3f(seq_end_x  +offset, s.end.y, -1);
 718         glEnd();
 719       } else {
 720         // otherwise use quads
 721         // compute length
 722         float seq_start_x_length = s.start.x
 723                                  + s.length
 724                                  + track_container[path_index]->x();
 725         float seq_end_x_length = s.end.x
 726                                + s.length
 727                                + track_container[path_index+1]->x();
 728         glBegin(GL_QUADS);
 729           glVertex3f(seq_start_x, s.start.y, zdepth);
 730           glVertex3f(seq_end_x, s.end.y, zdepth);
 731           glVertex3f(seq_end_x_length, s.end.y, zdepth);
 732           glVertex3f(seq_start_x_length, s.start.y, zdepth);
 733         glEnd();
 734       }
 735       // clear the names
 736       glPopName(); glPopName(); glPopName();
 737     }
 738   }
 739   glDepthMask(GL_TRUE);
 740   glDisable(GL_BLEND);
 741 }