alg/glseqbrowser.hpp

   1 #ifndef _GLTRACKS_H_
   2 #define _GLTRACKS_H_
   3
   4 #include <map>
   5 #include <set>
   6 #include <vector>
   7
   8 #include "alg/annotation_colors.hpp"
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10 #include "alg/glsequence.hpp"
  11
  12 //! Manage rendering a collection of glSequences
  13 class GlSeqBrowser
  14 {
  15 public:
  16   GlSeqBrowser();
  17   GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser&);
  18
  19   //! setup the opengl canvas
  20   void initializeGL();
  21   //! called when our screen canvas is resized
  22   void resizeGL(int width, int height);
  23   //! render our scene
  24   void paintGL() const;
  25
  26   //! select a region (using canvas coordinates)
  27   void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right);
  28
  29   //! border size
  30   float border() const;
  31
  32   //! max world left coordinate
  33   float left() const;
  34   //! max world right coordinate
  35   float right() const;
  36
  37   void setViewportCenter(float x);
  38   float viewportLeft() const;
  39   float viewportCenter() const;
  40   float viewportRight() const;
  41   float viewportHeight() const;
  42   float viewportWidth() const;
  43
  44   //! zoom out far enough to show the full size of the sequence
  45   int zoomOut();
  46   //! set the current zoom level in (base pairs / pix ) * 100
  47   /*! a zoomlevel of 1 is .01 base pairs per pixel or a rather exploded
  48    *  100 pixels per base pair
  49    */
  50   void setZoom(int zoom_level);
  51   //! returns the current zoom level
  52   int zoom() const;
  53
  54   void setColorMapper(AnnotationColors& cm);
  55   AnnotationColors& colorMapper();
  56
  57   //! clear our tracks and connections
  58   void clear();
  59
  60   //! add a sequence to the back of our track container
  61   void push_sequence(const Sequence &s);
  62   //! add a glsequence to the back of our track container
  63   void push_sequence(GlSequence &s);
  64   //! return our track container
  65   const std::vector<GlSequence>& sequences() const;
  66
  67   //! clear all the line segments between all the sequences
  68   void clear_links();
  69   //! define a path
  70   void link(const std::vector<int>& path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  71   //! returns the index of pathids based on order added by link
  72   const std::set<int>& selectedPaths() const;
  73   //! center the provided path in the current viewport
  74   void centerOnPath(const std::vector<int>&);
  75
  76   //! Provide a logical name for a type discriminator for our glName stack
  77   enum FeatureType { MussaTrack, MussaSegment };
  78
  79   //! a useful point class
  80   template<class T> struct point {
  81     T x;
  82     T y;
  83
  84     point(T x_, T y_):x(x_), y(y_) {}
  85   };
  86
  87   //! a useful rectangle, where 0,0 is in the lower left
  88   template<class T> struct rect {
  89     T top;
  90     T left;
  91     T bottom;
  92     T right;
  93
  94     rect() {}
  95     rect(T t, T l, T b, T r) : top(t), left(l), bottom(b), right(r) {}
  96     T width() { return right - left; }
  97     T height() { return top - bottom; }
  98   };
  99
 100   struct Segment
 101   {
 102     point<float> start;
 103     point<float> end;
 104     bool reversed;
 105     std::set<int> path_ids;
 106
 107     Segment() : start(0.0, 0.0), end(0.0, 0.0) {}
 108     Segment(float x1, float y1, float x2, float y2, bool isRC)
 109       : start(x1, y1), end(x2, y2), reversed(isRC) {}
 110   };
 111
 112   //! data structure holding our line segments
 113   /*! the vector is of size track_container.size()-1
 114    *  it's indexed by the pair x1, x2 (the two x coordinates between
 115    *  the two tracks
 116    */
 117   typedef std::pair<int, int> segment_key;
 118   typedef std::map<segment_key, Segment> pair_segment_map;
 119   typedef std::vector<pair_segment_map> path_segment_map_vector;
 120   path_segment_map_vector path_segments;
 121 private:
 122   //! recalculate the viewable world
 123   /*! depending on the size of our canvas, our zoom level and
 124    *  how far we've been offset
 125    */
 126   void update_viewport(float center, int new_zoom);
 127
 128   //! determine where all the tracks should be placed
 129   void update_layout();
 130
 131   //! convert opengl selections into the list of paths we should highlight
 132   void processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize);
 133
 134   //! master scene drawing function
 135   /*! draw is broken out for the opengl selection code
 136    */
 137   void draw() const;
 138   //! draw glsequence tracks
 139   void draw_tracks() const;
 140   //! draw line segments between tracks
 141   void draw_segments() const;
 142   //! draw selection box
 143   void draw_selection() const;
 144
 145   //! number of pixels to reserve around the edges of our canvas
 146   const int border_width;
 147   //! the current viewable region (world coord)
 148   rect<float> cur_ortho;
 149   //! how many pixels our viewport is (screen coord)
 150   point<int> viewport_size;
 151   //! the center of our current viewport (world coord) (used for scrollbar)
 152   float viewport_center;
 153   int zoom_level;
 154   AnnotationColors color_mapper;
 155   //! container of all the GlSequences loaded into our scene
 156   std::vector<GlSequence> track_container;
 157   //! counter for each path added to us via connect
 158   int pathid;
 159
 160 protected:
 161   //! where to draw our box
 162   rect<float> selectedRegion;
 163   //! true if we have a selection
 164   bool selectedMode;
 165   //! indicate which paths are selected
 166   std::set<int> selected_paths;
 167   //! which track is selected (it only makes sense to have one track selected).
 168   std::set<int> selected_tracks;
 169
 170 };
 171 #endif