alg/glseqbrowser.hpp

   1 #ifndef _GLTRACKS_H_
   2 #define _GLTRACKS_H_
   3
   4 #include <map>
   5 #include <set>
   6 #include <vector>
   7
   8 #include "alg/annotation_colors.hpp"
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10 #include "alg/glsequence.hpp"
  11
  12 //! Manage rendering a collection of glSequences
  13 class GlSeqBrowser
  14 {
  15 public:
  16   GlSeqBrowser();
  17   GlSeqBrowser(const GlSeqBrowser&);
  18
  19   //! setup the opengl canvas
  20   void initializeGL();
  21   //! called when our screen canvas is resized
  22   void resizeGL(int width, int height);
  23   //! render our scene
  24   void paintGL() const;
  25
  26   //! select a region (using canvas coordinates)
  27   void GlSeqBrowser::selectRegion(int top, int left, int bottom, int right);
  28
  29   //! border size
  30   float border() const;
  31
  32   //! max world left coordinate
  33   float left() const;
  34   //! max world right coordinate
  35   float right() const;
  36
  37   void setViewportCenter(float x);
  38   float viewportLeft() const;
  39   float viewportCenter() const;
  40   float viewportRight() const;
  41   float viewportHeight() const;
  42   float viewportWidth() const;
  43
  44   //! zoom out far enough to show the full size of the sequence
  45   int zoomOut();
  46   //! zoom in to a reasonable sequence view
  47   int zoomToSequence();
  48   //! set the current zoom level in (base pairs / pix ) * 100
  49   /*! a zoomlevel of 1 is .01 base pairs per pixel or a rather exploded
  50    *  100 pixels per base pair
  51    */
  52   void setZoom(int zoom_level);
  53   //! returns the current zoom level
  54   int zoom() const;
  55
  56   void setColorMapper(AnnotationColors& cm);
  57   AnnotationColors& colorMapper();
  58
  59   //! clear our tracks and connections
  60   void clear();
  61
  62   //! add a sequence to the back of our track container
  63   void push_sequence(const Sequence &s);
  64   //! add a glsequence to the back of our track container
  65   void push_sequence(GlSequence &s);
  66   //! return our track container
  67   const std::vector<GlSequence>& sequences() const;
  68
  69   //! clear all the line segments between all the sequences
  70   void clear_links();
  71   //! define a path
  72   void link(const std::vector<int>& path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  73   //! returns the index of pathids based on order added by link
  74   const std::set<int>& selectedPaths() const;
  75   //! center the provided path in the current viewport
  76   void centerOnPath(const std::vector<int>&);
  77
  78   //! Provide a logical name for a type discriminator for our glName stack
  79   enum FeatureType { MussaTrack, MussaSegment };
  80
  81   //! a useful point class
  82   template<class T> struct point {
  83     T x;
  84     T y;
  85
  86     point(T x_, T y_):x(x_), y(y_) {}
  87   };
  88
  89   //! a useful rectangle, where 0,0 is in the lower left
  90   template<class T> struct rect {
  91     T top;
  92     T left;
  93     T bottom;
  94     T right;
  95
  96     rect() {}
  97     rect(T t, T l, T b, T r) : top(t), left(l), bottom(b), right(r) {}
  98     T width() { return right - left; }
  99     T height() { return top - bottom; }
 100   };
 101
 102   struct Segment
 103   {
 104     point<float> start;
 105     point<float> end;
 106     bool reversed;
 107     std::set<int> path_ids;
 108
 109     Segment() : start(0.0, 0.0), end(0.0, 0.0) {}
 110     Segment(float x1, float y1, float x2, float y2, bool isRC)
 111       : start(x1, y1), end(x2, y2), reversed(isRC) {}
 112   };
 113
 114   //! data structure holding our line segments
 115   /*! the vector is of size track_container.size()-1
 116    *  it's indexed by the pair x1, x2 (the two x coordinates between
 117    *  the two tracks
 118    */
 119   typedef std::pair<int, int> segment_key;
 120   typedef std::map<segment_key, Segment> pair_segment_map;
 121   typedef std::vector<pair_segment_map> path_segment_map_vector;
 122   path_segment_map_vector path_segments;
 123 private:
 124   //! recalculate the viewable world
 125   /*! depending on the size of our canvas, our zoom level and
 126    *  how far we've been offset
 127    */
 128   void update_viewport(float center, int new_zoom);
 129
 130   //! determine where all the tracks should be placed
 131   void update_layout();
 132
 133   //! convert opengl selections into the list of paths we should highlight
 134   void processSelection(GLuint hits, GLuint buffer[], GLuint bufsize);
 135
 136   //! master scene drawing function
 137   /*! draw is broken out for the opengl selection code
 138    */
 139   void draw() const;
 140   //! draw glsequence tracks
 141   void draw_tracks() const;
 142   //! draw line segments between tracks
 143   void draw_segments() const;
 144   //! draw selection box
 145   void draw_selection() const;
 146
 147   //! number of pixels to reserve around the edges of our canvas
 148   const int border_width;
 149   //! the current viewable region (world coord)
 150   rect<float> cur_ortho;
 151   //! how many pixels our viewport is (screen coord)
 152   point<int> viewport_size;
 153   //! the center of our current viewport (world coord) (used for scrollbar)
 154   float viewport_center;
 155   int zoom_level;
 156   AnnotationColors color_mapper;
 157   //! container of all the GlSequences loaded into our scene
 158   std::vector<GlSequence> track_container;
 159   //! counter for each path added to us via connect
 160   int pathid;
 161
 162 protected:
 163   //! where to draw our box
 164   rect<float> selectedRegion;
 165   //! true if we have a selection
 166   bool selectedMode;
 167   //! indicate which paths are selected
 168   std::set<int> selected_paths;
 169   //! which track is selected (it only makes sense to have one track selected).
 170   std::set<int> selected_tracks;
 171
 172 };
 173 #endif