alg/motif_parser.cpp

   1 #include "mussa_exceptions.hpp"
   2 #include "alphabet.hpp"
   3 #include "motif_parser.hpp"
   4 #include "seq.hpp"
   5
   6 #include <boost/spirit/core.hpp>
   7 #include <boost/spirit/actor/push_back_actor.hpp>
   8 #include <boost/spirit/iterator/file_iterator.hpp>
   9 #include <boost/spirit/utility/chset.hpp>
  10 namespace spirit = boost::spirit;
  11
  12 #include <sstream>
  13 #include <stdexcept>
  14
  15 motif_parser::push_channel::push_channel( motif_parser::ParsedMotifs *parsed_ ) :
  16   parsed(parsed_)
  17 {
  18 }
  19
  20 void motif_parser::push_channel::operator()(float f) const
  21 {
  22   parsed->channels.push_back(f);
  23 }
  24
  25 motif_parser::push_sequence::push_sequence( ParsedMotifs *parsed_) :
  26   parsed(parsed_)
  27 {
  28 }
  29
  30 template<typename Iterator>
  31 void motif_parser::push_sequence::operator()(
  32   Iterator start,
  33   Iterator end) const
  34 {
  35   std::copy(start, end, std::back_inserter(parsed->sequence));
  36 }
  37
  38 motif_parser::push_name::push_name( ParsedMotifs *parsed_) :
  39   parsed(parsed_)
  40 {
  41 }
  42
  43 template<typename Iterator>
  44 void motif_parser::push_name::operator()(
  45   Iterator start,
  46   Iterator end) const
  47 {
  48   std::copy(start, end, std::back_inserter(parsed->name));
  49 }
  50
  51 motif_parser::push_motif::push_motif( ParsedMotifs *parsed_) :
  52   parsed(parsed_) {}
  53
  54 template<typename Iterator>
  55 void motif_parser::push_motif::operator()(
  56   Iterator start,
  57   Iterator end) const
  58 {
  59   float red, green, blue, alpha;
  60   Sequence seq(parsed->sequence, nucleic_alphabet);
  61   seq.set_fasta_header(parsed->name);
  62
  63   alpha = 1.0;
  64   switch (parsed->channels.size()) {
  65     case 4:
  66       alpha = parsed->channels[3];
  67       // note fall through.
  68   case 3:
  69     red = parsed->channels[0];
  70     green = parsed->channels[1];
  71     blue = parsed->channels[2];
  72     break;
  73   default:
  74     throw std::runtime_error("wrong number of channels");
  75     break;
  76   }
  77   Color c(red, green, blue, alpha);
  78   std::string motif_subseq(seq.begin(), seq.end());
  79   parsed->color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif_subseq, c);
  80   parsed->motifs.insert(seq);
  81
  82   parsed->sequence.clear();
  83   parsed->name.clear();
  84   parsed->channels.clear();
  85 }
  86
  87 motif_parser::ParsedMotifs::ParsedMotifs(
  88   Mussa::motif_set& motifs_,
  89   boost::shared_ptr<AnnotationColors> color_mapper_) :
  90   motifs(motifs_),
  91   color_mapper(color_mapper_)
  92 {
  93 }
  94
  95 void motif_parser::ParsedMotifs::parse(const std::string &data)
  96 {
  97   const char *alphabet = Alphabet::nucleic_cstr;
  98
  99   // parse our string
 100   spirit::parse_info<std::string::const_iterator> result;
 101   result = spirit::parse(data.begin(), data.end(),
 102      *(
 103        (
 104         (
 105          (+spirit::chset<>(alphabet))[motif_parser::push_sequence(this)] >>
 106          +spirit::space_p
 107         ) >>
 108         !(
 109           (
 110             // names can either be letter followed by non-space characters
 111             (spirit::alpha_p >> *spirit::graph_p)[motif_parser::push_name(this)]
 112             |
 113             // or a quoted string
 114             (
 115              spirit::ch_p('"') >>
 116                (+(~spirit::ch_p('"')))[motif_parser::push_name(this)] >>
 117              spirit::ch_p('"')
 118             )
 119           ) >> +spirit::space_p
 120         ) >>
 121         spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p >>
 122         spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p >>
 123         spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p >>
 124         !(spirit::real_p[motif_parser::push_channel(this)] >> +spirit::space_p)
 125        )[push_motif(this)]
 126      ));
 127   if (not result.full) {
 128     std::stringstream msg;
 129     msg << "Error at character " << result.length;
 130     // erase our potentially broken motif list
 131     motifs.clear();
 132     throw motif_load_error(msg.str());
 133   }
 134 }