alg/motif_parser.hpp

   1 #ifndef MOTIF_PARSER_HPP_
   2 #define MOTIF_PARSER_HPP_
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6
   7 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   8
   9 #include "alg/mussa.hpp"
  10 #include "alg/annotation_colors.hpp"
  11
  12 namespace motif_parser {
  13   // Helper functor to append created motifs to our Mussa analysis
  14   class ParsedMotifs {
  15   public:
  16     ParsedMotifs(Mussa::motif_set& motifs_,
  17                  boost::shared_ptr<AnnotationColors> color_mapper_);
  18
  19     void parse(const std::string &data);
  20   private:
  21     friend struct push_name;
  22     friend struct push_sequence;
  23     friend struct push_channel;
  24     friend struct push_motif;
  25
  26     std::string sequence;
  27     std::string name;
  28     std::vector<float> channels;
  29
  30     Mussa::motif_set& motifs;
  31     boost::shared_ptr<AnnotationColors> color_mapper;
  32   };
  33
  34   struct push_name {
  35     push_name(ParsedMotifs *p);
  36     template<typename Iterator>
  37     void operator()(Iterator, Iterator) const;
  38   private:
  39     ParsedMotifs *parsed;
  40   };
  41   struct push_sequence {
  42     push_sequence(ParsedMotifs *p);
  43     template<typename Iterator>
  44     void operator()(Iterator, Iterator) const;
  45   private:
  46     ParsedMotifs *parsed;
  47   };
  48   struct push_channel {
  49     push_channel(ParsedMotifs *p);
  50     void operator()(float) const;
  51   private:
  52     ParsedMotifs *parsed;
  53   };
  54   struct push_motif {
  55     push_motif(ParsedMotifs *p);
  56     template<typename Iterator>
  57     void operator()(Iterator, Iterator) const;
  58   private:
  59     ParsedMotifs *parsed;
  60   };
  61 };
  62
  63 #endif /*MOTIF_PARSER_HPP_*/