alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  17 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  18 namespace fs = boost::filesystem;
  19
  20 #include <iostream>
  21 #include <sstream>
  22
  23 #include "mussa_exceptions.hpp"
  24
  25 #include "flp.hpp"
  26 #include "io.hpp"
  27 #include "mussa.hpp"
  28 #include "motif_parser.hpp"
  29
  30 using namespace std;
  31
  32
  33 Mussa::Mussa()
  34   : color_mapper(new AnnotationColors)
  35 {
  36   clear();
  37   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
  38           this, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)));
  39 }
  40
  41 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  42   : analysis_name(m.analysis_name),
  43     window(m.window),
  44     threshold(m.threshold),
  45     soft_thres(m.soft_thres),
  46     ana_mode(m.ana_mode),
  47     win_append(m.win_append),
  48     thres_append(m.thres_append),
  49     motif_sequences(m.motif_sequences),
  50     color_mapper(m.color_mapper),
  51     analysis_path(m.analysis_path),
  52     dirty(m.dirty)
  53 {
  54   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)),
  55           this, SIGNAL(progress(const QString&, int, int)));
  56 }
  57
  58 MussaRef Mussa::init()
  59 {
  60   boost::shared_ptr<Mussa> m(new Mussa());
  61   return m;
  62 }
  63
  64 boost::filesystem::path Mussa::get_analysis_path() const
  65 {
  66   return analysis_path;
  67 }
  68
  69 void Mussa::set_analysis_path(boost::filesystem::path pathname)
  70 {
  71   analysis_path = pathname;
  72 }
  73
  74 // set all parameters to null state
  75 void
  76 Mussa::clear()
  77 {
  78   analysis_name = "";
  79   ana_mode = TransitiveNway;
  80   window = 0;
  81   threshold = 0;
  82   soft_thres = 0;
  83   win_append = false;
  84   thres_append = false;
  85   motif_sequences.clear();
  86   if(color_mapper) color_mapper->clear();
  87   the_seqs.clear();
  88   the_paths.clear();
  89   analysis_path = fs::path();
  90   set_dirty(false);
  91 }
  92
  93 void Mussa::set_append_window(bool v)
  94 {
  95   win_append = v;
  96 }
  97
  98 bool Mussa::get_append_window()
  99 {
 100   return win_append;
 101 }
 102
 103 void Mussa::set_append_threshold(bool v)
 104 {
 105   thres_append = v;
 106 }
 107
 108 bool Mussa::get_append_threshold()
 109 {
 110   return thres_append;
 111 }
 112
 113 void Mussa::set_dirty(bool new_state)
 114 {
 115   if (dirty != new_state) {
 116     dirty = new_state;
 117     emit isModified(dirty);
 118   }
 119 }
 120
 121 bool Mussa::is_dirty() const
 122 {
 123   return dirty;
 124 }
 125
 126 bool Mussa::empty() const
 127 {
 128   return the_seqs.empty();
 129 }
 130
 131
 132 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
 133 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
 134 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
 135 void
 136 Mussa::set_name(string a_name)
 137 {
 138   analysis_name = a_name;
 139   set_dirty(true);
 140 }
 141
 142 string Mussa::get_name() const
 143 {
 144   return analysis_name;
 145 }
 146
 147 string Mussa::get_title() const
 148 {
 149   fs::path analysis_path = get_analysis_path();
 150   if (not analysis_path.empty()) {
 151     return analysis_path.native_file_string();
 152   } else if (get_name().size() > 0) {
 153     return get_name();
 154   } else {
 155     return std::string("Unnamed");
 156   }
 157 }
 158
 159 int
 160 Mussa::size() const
 161 {
 162   if (the_seqs.size() > 0)
 163     return the_seqs.size();
 164   else
 165     return 0;
 166 }
 167
 168 void
 169 Mussa::set_window(int a_window)
 170 {
 171   window = a_window;
 172   set_dirty(true);
 173 }
 174
 175 int Mussa::get_window() const
 176 {
 177   return window;
 178 }
 179
 180 void
 181 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 182 {
 183   threshold = a_threshold;
 184   set_dirty(true);
 185   if (a_threshold > soft_thres) {
 186     soft_thres = a_threshold;
 187   }
 188 }
 189
 190 int Mussa::get_threshold() const
 191 {
 192   return threshold;
 193 }
 194
 195 void
 196 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 197 {
 198   if (new_threshold < threshold) {
 199     soft_thres = threshold;
 200   } else if (new_threshold > window) {
 201     soft_thres = window;
 202   } else {
 203     soft_thres = new_threshold;
 204   }
 205 }
 206
 207 int Mussa::get_soft_threshold() const
 208 {
 209   return soft_thres;
 210 }
 211
 212 void
 213 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 214 {
 215   ana_mode = new_ana_mode;
 216   set_dirty(true);
 217 }
 218
 219 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 220 {
 221   return ana_mode;
 222 }
 223
 224 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 225 {
 226   switch (ana_mode)
 227   {
 228   case TransitiveNway:
 229     return string("Transitive");
 230     break;
 231   case RadialNway:
 232     return string("Radial");
 233     break;
 234   case EntropyNway:
 235     return string("Entropy");
 236     break;
 237   case RecursiveNway:
 238     return string("[deprecated] Recursive");
 239     break;
 240   default:
 241     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 242     break;
 243   }
 244 }
 245
 246 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 247 {
 248   return the_paths;
 249 }
 250
 251 //template <class IteratorT>
 252 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 253 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 254                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 255                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 256                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 257 {
 258   const vector_sequence_type& raw_seq = the_seqs;
 259   ConservedPath::path_type aligned_path;
 260   size_t i2, i3;
 261   int x_start, x_end;
 262   int window_length, win_i;
 263   int rc_1 = 0;
 264   int rc_2 = 0;
 265   vector<bool> rc_list;
 266   bool full_match;
 267   vector<bool> matched;
 268   int align_counter;
 269
 270   align_counter = 0;
 271   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 272   {
 273     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 274     window_length = a_path.window_size;
 275     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 276     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 277
 278     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 279     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 280     {
 281       aligned_path.clear();
 282       // determine which exact base pairs match between the sequences
 283       full_match = true;
 284       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 285       {
 286         // assume not rc as most likely, adjust below
 287         rc_1 = 0;
 288         rc_2 = 0;
 289         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 290         if (a_path[i2] < 0)
 291           rc_1 = window_length-1;
 292         if (a_path[i2+1] < 0)
 293           rc_2 = window_length-1;
 294
 295         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 296         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 297
 298         boost::shared_ptr<Sequence> cur(raw_seq[i2]) ;
 299         boost::shared_ptr<Sequence> next(raw_seq[i2+1]);
 300         // RC case handling
 301         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 302         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 303         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 304         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 305           if(!(( ((*cur)[x_start]=='A')&&((*next)[x_end]=='T')) ||
 306                 (((*cur)[x_start]=='T')&&((*next)[x_end]=='A')) ||
 307                 (((*cur)[x_start]=='G')&&((*next)[x_end]=='C')) ||
 308                 (((*cur)[x_start]=='C')&&((*next)[x_end]=='G'))) )
 309           {
 310             full_match = false;
 311           } else {
 312             aligned_path.push_back(x_start);
 313           }
 314         }
 315         else
 316         { // forward match
 317           if (!( ((*cur)[x_start] == (*next)[x_end]) &&
 318                 ((*cur)[x_start] != 'N') && ((*next)[x_end] != 'N') ) ) {
 319             full_match = false;
 320           } else {
 321             aligned_path.push_back(x_start);
 322           }
 323         }
 324       }
 325       // grab the last part of our path, assuming we matched
 326       if (full_match)
 327         aligned_path.push_back(x_end);
 328
 329       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 330         result.push_back(aligned_path);
 331         reversed.push_back(rc_list);
 332       }
 333     }
 334     align_counter++;
 335   }
 336 }
 337
 338
 339 void Mussa::append_sequence(const Sequence& a_seq)
 340 {
 341   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(a_seq));
 342   the_seqs.push_back(seq_copy);
 343   set_dirty(true);
 344 }
 345
 346 void Mussa::append_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> a_seq)
 347 {
 348   the_seqs.push_back(a_seq);
 349   set_dirty(true);
 350 }
 351
 352
 353 const vector<SequenceRef>&
 354 Mussa::sequences() const
 355 {
 356   return the_seqs;
 357 }
 358
 359 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 360                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end,
 361                           std::string *name)
 362 {
 363   boost::shared_ptr<Sequence> aseq(new Sequence);
 364   aseq->load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 365   if ( not annot_file.empty() ) {
 366     aseq->load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 367   }
 368   if (name != 0 and name->size() > 0 ) {
 369     aseq->set_species(*name);
 370   }
 371   the_seqs.push_back(aseq);
 372   set_dirty(true);
 373 }
 374
 375 void Mussa::load_mupa_file(std::string para_file_path) {
 376   load_mupa_file(boost::filesystem::path(para_file_path));
 377 }
 378
 379 void
 380 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 381 {
 382   if (not fs::exists(para_file_path))
 383   {
 384     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 385   } else if (fs::is_directory(para_file_path)) {
 386     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is a directory.");
 387   } else if (fs::is_empty(para_file_path)) {
 388     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is empty");
 389   } else  {
 390     // what directory is the mupa file in?
 391     fs::path file_path_base( para_file_path.branch_path()) ;
 392
 393     fs::ifstream para_file;
 394     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 395
 396     load_mupa_stream(para_file, file_path_base);
 397     para_file.close();
 398   }
 399 }
 400
 401 void
 402 Mussa::load_mupa_stream(std::istream& para_file, fs::path& file_path_base)
 403 {
 404   bool error_occured = false;
 405   string file_data_line;
 406   string param, value;
 407   fs::path annot_file;
 408   int split_index, fasta_index;
 409   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 410   bool seq_params, did_seq;
 411   string err_msg;
 412   bool parsing_path;
 413   string::size_type new_index, dir_index;
 414
 415   // initialize values
 416   clear();
 417
 418   // setup loop by getting file's first line
 419   getline(para_file, file_data_line);
 420   split_index = file_data_line.find(" ");
 421   param = file_data_line.substr(0,split_index);
 422   value = file_data_line.substr(split_index+1);
 423
 424   while (para_file)
 425   {
 426     did_seq = false;
 427     if (param == "ANA_NAME")
 428       analysis_name = value;
 429     else if (param == "APPEND_WIN")
 430       win_append = true;
 431     else if (param == "APPEND_THRES")
 432       thres_append = true;
 433     else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 434       ; // ignore sequence_num now
 435     else if (param == "WINDOW")
 436       window = atoi(value.c_str());
 437     else if (param == "THRESHOLD")
 438       threshold = atoi(value.c_str());
 439     else if (param == "SEQUENCE")
 440     {
 441       fs::path seq_file = file_path_base / value;
 442       //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 443       fasta_index = 1;
 444       annot_file = "";
 445       sub_seq_start = 0;
 446       sub_seq_end = 0;
 447       seq_params = true;
 448
 449       while (para_file && seq_params)
 450       {
 451         multiplatform_getline(para_file,file_data_line);
 452         split_index = file_data_line.find(" ");
 453         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 454         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 455
 456         if (param == "FASTA_INDEX")
 457           fasta_index = atoi(value.c_str());
 458         else if (param == "ANNOTATION")
 459           annot_file = file_path_base / value;
 460         else if (param == "SEQ_START")
 461           sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 462         else if (param == "SEQ_END")
 463         {
 464           sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 465         }
 466         //ignore empty lines or that start with '#'
 467         else if ((param == "") || (param == "#")) {
 468           // pass
 469         } else {
 470           seq_params = false;
 471         }
 472       }
 473       load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 474                     sub_seq_end);
 475       did_seq = true;
 476     }
 477     //ignore empty lines or that start with '#'
 478     else if ( (param.size() == 0) || (param[0] == '#'))
 479     {} // pass
 480     else
 481     {
 482       clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 483       clog << param << "\n";
 484       error_occured = true;
 485     }
 486
 487     if (!did_seq)
 488     {
 489       multiplatform_getline(para_file,file_data_line);
 490       split_index = file_data_line.find(" ");
 491       param = file_data_line.substr(0,split_index);
 492       value = file_data_line.substr(split_index+1);
 493       did_seq = false;
 494     }
 495   }
 496
 497   if (error_occured) {
 498     throw mussa_load_error("Error parsing MUPA file");
 499   }
 500   soft_thres = threshold;
 501   // no file was loaded, signal error
 502   set_dirty(true);
 503 }
 504
 505
 506 void
 507 Mussa::analyze()
 508 {
 509   if (the_seqs.size() < 2) {
 510     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 511                                "do an analysis.");
 512   }
 513
 514   seqcomp();
 515   the_paths.setup(window, threshold);
 516   nway();
 517 }
 518
 519 void
 520 Mussa::seqcomp()
 521 {
 522   vector<int> seq_lens;
 523   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 524   FLPs dummy_comp;
 525   string save_file_string;
 526
 527   empty_FLP_vector.clear();
 528   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 529   {
 530     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 531     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 532       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 533   }
 534   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 535     seq_lens.push_back(the_seqs[i]->size());
 536   }
 537   int seqcomps_done = 0;
 538   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 539   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 540
 541   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 542     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 543     {
 544       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 545       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 546       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], *the_seqs[i2], false);
 547       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], the_seqs[i2]->rev_comp(),true);
 548       ++seqcomps_done;
 549       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 550     }
 551 }
 552
 553 void
 554 Mussa::nway()
 555 {
 556
 557   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 558
 559   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 560     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 561   }
 562   else if (ana_mode == RadialNway) {
 563     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 564   }
 565   else if (ana_mode == EntropyNway)
 566   {
 567     vector<Sequence> some_Seqs;
 568     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 569     some_Seqs.clear();
 570     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 571     {
 572       some_Seqs.push_back(*the_seqs[i]);
 573     }
 574
 575     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 576     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 577   }
 578
 579   // old recursive transitive analysis function
 580   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 581     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 582
 583   the_paths.simple_refine();
 584 }
 585
 586 void
 587 Mussa::save(fs::path save_path)
 588 {
 589   fs::fstream save_file;
 590   ostringstream append_info;
 591   int dir_create_status;
 592
 593   if (save_path.empty()) {
 594     if (not analysis_path.empty()) {
 595       save_path = analysis_path;
 596     } else if (not analysis_name.empty()) {
 597       std::string save_name = analysis_name;
 598        // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 599        if (win_append) {
 600         append_info.str("");
 601         append_info <<  "_w" << window;
 602         save_name += append_info.str();
 603       }
 604
 605       if (thres_append) {
 606         append_info.str("");
 607         append_info <<  "_t" << threshold;
 608         save_name += append_info.str();
 609       }
 610       save_path = save_name;
 611     } else {
 612       throw mussa_save_error("Need filename or analysis name to save");
 613     }
 614   }
 615
 616   if (not fs::exists(save_path)) {
 617     fs::create_directory(save_path);
 618   }
 619
 620   std::string basename = save_path.leaf();
 621   fs::path museq(basename + ".museq", fs::native);
 622
 623   // save sequence and annots to a special mussa file
 624   save_file.open(save_path / museq, ios::out);
 625   save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 626
 627   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 628   {
 629     the_seqs[i]->save(save_file);
 630   }
 631
 632   save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 633   save_file.close();
 634
 635   // if we have any motifs, save them.
 636   if (motif_sequences.size()) {
 637     fs::path mtl(basename + ".mtl", fs::native);
 638     save_motifs(save_path / mtl);
 639   }
 640
 641   // save nway paths to its mussa save file
 642   fs::path muway(basename + ".muway", fs::native);
 643   the_paths.save(save_path / muway);
 644
 645   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 646     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 647     {
 648       append_info.str("");
 649       append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 650       fs::path flp(basename+append_info.str()+".flp", fs::native);
 651       all_comps[i][i2].save(save_path / flp);
 652     }
 653   }
 654
 655   set_dirty(false);
 656   analysis_path = save_path;
 657 }
 658
 659 void
 660 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 661 {
 662   the_paths.save(save_path);
 663 }
 664
 665 void
 666 Mussa::load(fs::path ana_file)
 667 {
 668   int i, i2;
 669   fs::path file_path_base;
 670   fs::path a_file_path;
 671   fs::path ana_path(ana_file);
 672   bool parsing_path;
 673   string err_msg;
 674   ostringstream append_info;
 675   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 676   FLPs dummy_comp;
 677
 678
 679   //--------------------------------------------------------
 680   // Load Muway
 681   //--------------------------------------------------------
 682   analysis_path = ana_file;
 683   analysis_name = ana_path.leaf();
 684   fs::path muway(analysis_name+".muway", fs::native);
 685   a_file_path = analysis_path / muway;
 686   the_paths.load(a_file_path);
 687   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 688   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 689   window = the_paths.get_window();
 690   threshold = the_paths.get_threshold();
 691   soft_thres = the_paths.get_soft_threshold();
 692
 693
 694   //--------------------------------------------------------
 695   // Load Sequence
 696   //--------------------------------------------------------
 697   //int seq_num = the_paths.sequence_count();
 698
 699   fs::path museq(analysis_name + ".museq", fs::native);
 700   a_file_path = analysis_path / museq;
 701
 702   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 703   /*for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 704   {
 705     boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq(new Sequence);
 706     tmp_seq->load_museq(a_file_path, i);
 707     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 708   }*/
 709
 710   i = 1;
 711   //int seq_num = 0;
 712   boost::filesystem::fstream load_museq_fs;
 713   load_museq_fs.open(a_file_path, std::ios::in);
 714   boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq;
 715   while (1)
 716   {
 717     tmp_seq = Sequence::load_museq(load_museq_fs);
 718
 719     if (tmp_seq)
 720     {
 721       the_seqs.push_back(tmp_seq);
 722     }
 723     else
 724     {
 725       break;
 726     }
 727
 728
 729     //safe guard in case of an infinate loop.
 730     //FIXME: If mussa can handle a comparison of 10000 sequences
 731     // in the future, then this code should be fixed.
 732     if (i == 10000)
 733     {
 734       throw mussa_load_error(" Run away sequence load!");
 735     }
 736     i++;
 737   }
 738   load_museq_fs.close();
 739
 740   //--------------------------------------------------------
 741   // Load Motifs
 742   //--------------------------------------------------------
 743   fs::path mtl(analysis_name + ".mtl", fs::native);
 744   fs::path motif_file = analysis_path / mtl;
 745   if (fs::exists(motif_file)) {
 746     load_motifs(motif_file);
 747   }
 748
 749   vector<Sequence>::size_type seq_num = the_seqs.size();
 750   empty_FLP_vector.clear();
 751   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 752   {
 753     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 754     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 755       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 756   }
 757
 758
 759   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 760   {
 761     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 762     {
 763       append_info.str("");
 764       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 765       //clog << append_info.str() << endl;
 766       fs::path flp(append_info.str(), fs::native);
 767       a_file_path = analysis_path / flp;
 768       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 769     }
 770   }
 771 }
 772
 773 void
 774 Mussa::save_old()
 775 {
 776   fs::fstream save_file;
 777
 778   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 779
 780   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 781     save_file << *(the_seqs[i]) << endl;
 782
 783   save_file << window << endl;
 784   save_file.close();
 785   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 786   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 787   the_paths.save_old(analysis_name);
 788 }
 789
 790
 791 void
 792 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 793 {
 794   fstream save_file;
 795   string file_data_line;
 796   int i, space_split_i, comma_split_i;
 797   vector<int> loaded_path;
 798   string node_pair, node;
 799   Sequence a_seq;
 800
 801   int seq_num = s_num;
 802   the_paths.setup(0, 0);
 803   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 804
 805   // currently loads old mussa format
 806
 807   // get sequences
 808   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 809   {
 810     getline(save_file, file_data_line);
 811     boost::shared_ptr<Sequence> a_seq(new Sequence(file_data_line));
 812     the_seqs.push_back(a_seq);
 813   }
 814
 815   // get window size
 816   getline(save_file, file_data_line);
 817   window = atoi(file_data_line.c_str());
 818   // get paths
 819
 820   while (!save_file.eof())
 821   {
 822     loaded_path.clear();
 823     getline(save_file, file_data_line);
 824     if (file_data_line != "")
 825     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 826     {
 827       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 828       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 829       //cout << "np= " << node_pair;
 830       comma_split_i = node_pair.find(",");
 831       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 832       //cout << "n= " << node << " ";
 833       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 834       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 835     }
 836     //cout << endl;
 837     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 838     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 839   }
 840   save_file.close();
 841
 842   //the_paths.save("tmp.save");
 843 }
 844
 845 void Mussa::add_motif(const Sequence& motif, const Color& color)
 846 {
 847   motif_sequences.insert(motif);
 848   color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif.get_sequence(), color);
 849   set_dirty(true);
 850 }
 851
 852 void Mussa::set_motifs(const vector<Sequence>& motifs,
 853                        const vector<Color>& colors)
 854 {
 855   if (motifs.size() != colors.size()) {
 856     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 857   }
 858
 859   motif_sequences.clear();
 860   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 861   {
 862     add_motif(motifs[i], colors[i]);
 863   }
 864   update_sequences_motifs();
 865 }
 866
 867 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 868 {
 869   fs::ifstream f;
 870   f.open(filename, ifstream::in);
 871   load_motifs(f);
 872 }
 873
 874 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 875 {
 876   std::string data;
 877   const char *alphabet = Alphabet::dna_cstr;
 878   motif_parser::ParsedMotifs parsed_motifs(motif_sequences, color_mapper);
 879
 880   // slurp our data into a string
 881   std::streamsize bytes_read = 1;
 882   while (in.good() and bytes_read) {
 883     const std::streamsize bufsiz=512;
 884     char buf[bufsiz];
 885     bytes_read = in.readsome(buf, bufsiz);
 886     data.append(buf, buf+bytes_read);
 887   }
 888   parsed_motifs.parse(data);
 889   update_sequences_motifs();
 890 }
 891
 892 void Mussa::save_motifs(fs::path filename)
 893 {
 894   fs::ofstream out_stream;
 895   out_stream.open(filename, ofstream::out);
 896   save_motifs(out_stream);
 897 }
 898
 899 void Mussa::save_motifs(std::ostream& out)
 900 {
 901   for(motif_set::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 902       motif_i != motif_sequences.end();
 903       ++motif_i)
 904   {
 905     out << motif_i->get_sequence() << " ";
 906     if (motif_i->get_name().size() > 0) {
 907       out << "\"" << motif_i->get_name() << "\" ";
 908     }
 909     out << color_mapper->lookup("motif", motif_i->get_sequence());
 910     out << std::endl;
 911   }
 912 }
 913
 914 void Mussa::update_sequences_motifs()
 915 {
 916   // once we've loaded all the motifs from the file,
 917   // lets attach them to the sequences
 918   for(vector<SequenceRef >::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 919       seq_i != the_seqs.end();
 920       ++seq_i)
 921   {
 922     // clear out old motifs
 923     (*seq_i)->clear_motifs();
 924     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 925     for(set<Sequence>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 926         motif_i != motif_sequences.end();
 927         ++motif_i)
 928     {
 929       (*seq_i)->add_motif(*motif_i);
 930     }
 931   }
 932 }
 933
 934 const set<Sequence>& Mussa::motifs() const
 935 {
 936   return motif_sequences;
 937 }
 938
 939 boost::shared_ptr<AnnotationColors> Mussa::colorMapper()
 940 {
 941   return color_mapper;
 942 }