alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  17 namespace fs = boost::filesystem;
  18
  19 #include <iostream>
  20 #include <sstream>
  21
  22 #include "mussa_exceptions.hpp"
  23 #include "alg/mussa.hpp"
  24 #include "alg/flp.hpp"
  25
  26 using namespace std;
  27
  28
  29 Mussa::Mussa()
  30 {
  31   clear();
  32   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  33           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  34 }
  35
  36 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  37   : analysis_name(m.analysis_name),
  38     window(m.window),
  39     threshold(m.threshold),
  40     soft_thres(m.soft_thres),
  41     ana_mode(m.ana_mode),
  42     win_append(m.win_append),
  43     thres_append(m.thres_append),
  44     motif_sequences(m.motif_sequences),
  45     color_mapper(m.color_mapper)
  46 {
  47   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  48           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  49 }
  50
  51 // set all parameters to null state
  52 void
  53 Mussa::clear()
  54 {
  55   analysis_name = "";
  56   ana_mode = TransitiveNway;
  57   window = 0;
  58   threshold = 0;
  59   soft_thres = 0;
  60   win_append = false;
  61   thres_append = false;
  62   motif_sequences.clear();
  63   color_mapper.clear();
  64   the_paths.clear();
  65 }
  66
  67 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
  68 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
  69 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
  70 void
  71 Mussa::set_name(string a_name)
  72 {
  73   analysis_name = a_name;
  74 }
  75
  76 string Mussa::get_name()
  77 {
  78   return analysis_name;
  79 }
  80
  81 int
  82 Mussa::size() const
  83 {
  84   if (the_seqs.size() > 0)
  85     return the_seqs.size();
  86   else
  87     return 0;
  88 }
  89
  90 void
  91 Mussa::set_window(int a_window)
  92 {
  93   window = a_window;
  94 }
  95
  96 int Mussa::get_window() const
  97 {
  98   return window;
  99 }
 100
 101 void
 102 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 103 {
 104   threshold = a_threshold;
 105   if (a_threshold > soft_thres)
 106     soft_thres = a_threshold;
 107 }
 108
 109 int Mussa::get_threshold() const
 110 {
 111   return threshold;
 112 }
 113
 114 void
 115 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 116 {
 117   if (new_threshold < threshold) {
 118     soft_thres = threshold;
 119   } else if (new_threshold > window) {
 120     soft_thres = window;
 121   } else {
 122     soft_thres = new_threshold;
 123   }
 124 }
 125
 126 int Mussa::get_soft_threshold() const
 127 {
 128   return soft_thres;
 129 }
 130
 131 void
 132 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 133 {
 134   ana_mode = new_ana_mode;
 135 }
 136
 137 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 138 {
 139   return ana_mode;
 140 }
 141
 142 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 143 {
 144   switch (ana_mode)
 145   {
 146   case TransitiveNway:
 147     return string("Transitive");
 148     break;
 149   case RadialNway:
 150     return string("Radial");
 151     break;
 152   case EntropyNway:
 153     return string("Entropy");
 154     break;
 155   case RecursiveNway:
 156     return string("[deprecated] Recursive");
 157     break;
 158   default:
 159     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 160     break;
 161   }
 162 }
 163
 164 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 165 {
 166   return the_paths;
 167 }
 168
 169 //template <class IteratorT>
 170 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 171 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 172                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 173                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 174                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 175 {
 176   const vector<Sequence>& raw_seq = the_seqs;
 177   ConservedPath::path_type aligned_path;
 178   size_t i2, i3;
 179   int x_start, x_end;
 180   int window_length, win_i;
 181   int rc_1 = 0;
 182   int rc_2 = 0;
 183   vector<bool> rc_list;
 184   bool full_match;
 185   vector<bool> matched;
 186   int align_counter;
 187
 188   align_counter = 0;
 189   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 190   {
 191     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 192     window_length = a_path.window_size;
 193     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 194     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 195
 196     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 197     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 198     {
 199       aligned_path.clear();
 200       // determine which exact base pairs match between the sequences
 201       full_match = true;
 202       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 203       {
 204         // assume not rc as most likely, adjust below
 205         rc_1 = 0;
 206         rc_2 = 0;
 207         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 208         if (a_path[i2] < 0)
 209           rc_1 = window_length-1;
 210         if (a_path[i2+1] < 0)
 211           rc_2 = window_length-1;
 212
 213         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 214         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 215
 216         // RC case handling
 217         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 218         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 219         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 220         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 221           if(!(( (raw_seq[i2][x_start]=='A')&&(raw_seq[i2+1][x_end]=='T')) ||
 222                 ((raw_seq[i2][x_start]=='T')&&(raw_seq[i2+1][x_end]=='A')) ||
 223                 ((raw_seq[i2][x_start]=='G')&&(raw_seq[i2+1][x_end]=='C')) ||
 224                 ((raw_seq[i2][x_start]=='C')&&(raw_seq[i2+1][x_end]=='G'))) )
 225           {
 226             full_match = false;
 227           } else {
 228             aligned_path.push_back(x_start);
 229           }
 230         }
 231         else
 232         { // forward match
 233           if (!( (raw_seq[i2][x_start] == raw_seq[i2+1][x_end]) &&
 234                 (raw_seq[i2][x_start] != 'N') &&
 235                 (raw_seq[i2+1][x_end] != 'N') ) ) {
 236             full_match = false;
 237           } else {
 238             aligned_path.push_back(x_start);
 239           }
 240         }
 241       }
 242       // grab the last part of our path, assuming we matched
 243       if (full_match)
 244         aligned_path.push_back(x_end);
 245
 246       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 247         result.push_back(aligned_path);
 248         reversed.push_back(rc_list);
 249       }
 250     }
 251     align_counter++;
 252   }
 253 }
 254
 255
 256 // takes a string and sets it as the next seq
 257 void
 258 Mussa::add_a_seq(string a_seq)
 259 {
 260   Sequence aSeq(a_seq);
 261   the_seqs.push_back(aSeq);
 262 }
 263
 264 const vector<Sequence>&
 265 Mussa::sequences() const
 266 {
 267   return the_seqs;
 268 }
 269
 270 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 271                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end)
 272 {
 273   Sequence aseq;
 274   aseq.load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 275   if ( not annot_file.empty() ) {
 276     aseq.load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 277   }
 278   the_seqs.push_back(aseq);
 279 }
 280
 281 void
 282 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 283 {
 284   fs::ifstream para_file;
 285   string file_data_line;
 286   string param, value;
 287   fs::path annot_file;
 288   int split_index, fasta_index;
 289   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 290   bool seq_params, did_seq;
 291   string err_msg;
 292   bool parsing_path;
 293   string::size_type new_index, dir_index;
 294
 295   // initialize values
 296   clear();
 297
 298   // if file was opened, read the parameter values
 299   if (fs::exists(para_file_path))
 300   {
 301     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 302
 303     // what directory is the mupa file in?
 304     fs::path file_path_base = para_file_path.branch_path();
 305
 306     // setup loop by getting file's first line
 307     getline(para_file,file_data_line);
 308     split_index = file_data_line.find(" ");
 309     param = file_data_line.substr(0,split_index);
 310     value = file_data_line.substr(split_index+1);
 311
 312     while (!para_file.eof())
 313     {
 314       did_seq = false;
 315       if (param == "ANA_NAME")
 316         analysis_name = value;
 317       else if (param == "APPEND_WIN")
 318         win_append = true;
 319       else if (param == "APPEND_THRES")
 320         thres_append = true;
 321       else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 322         ; // ignore sequence_num now
 323       else if (param == "WINDOW")
 324         window = atoi(value.c_str());
 325       else if (param == "THRESHOLD")
 326         threshold = atoi(value.c_str());
 327       else if (param == "SEQUENCE")
 328       {
 329         fs::path seq_file = file_path_base / value;
 330         //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 331         fasta_index = 1;
 332         annot_file = "";
 333         sub_seq_start = 0;
 334         sub_seq_end = 0;
 335         seq_params = true;
 336
 337         while ((!para_file.eof()) && seq_params)
 338         {
 339           getline(para_file,file_data_line);
 340           split_index = file_data_line.find(" ");
 341           param = file_data_line.substr(0,split_index);
 342           value = file_data_line.substr(split_index+1);
 343
 344           if (param == "FASTA_INDEX")
 345             fasta_index = atoi(value.c_str());
 346           else if (param == "ANNOTATION")
 347             annot_file = file_path_base / value;
 348           else if (param == "SEQ_START")
 349             sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 350           else if (param == "SEQ_END")
 351           {
 352             sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 353           }
 354           //ignore empty lines or that start with '#'
 355           else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 356           else seq_params = false;
 357         }
 358         load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 359                       sub_seq_end);
 360         did_seq = true;
 361       }
 362       //ignore empty lines or that start with '#'
 363       else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 364       else
 365       {
 366         clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 367         clog << param << "\n";
 368       }
 369
 370       if (!did_seq)
 371       {
 372         getline(para_file,file_data_line);
 373         split_index = file_data_line.find(" ");
 374         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 375         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 376         did_seq = false;
 377       }
 378     }
 379
 380     para_file.close();
 381
 382     soft_thres = threshold;
 383     //cout << "nway mupa: analysis_name = " << analysis_name
 384     //     << " window = " << window
 385     //     << " threshold = " << threshold << endl;
 386   }
 387   // no file was loaded, signal error
 388   else
 389   {
 390     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 391   }
 392 }
 393
 394
 395 void
 396 Mussa::analyze()
 397 {
 398   time_t t1, t2, begin, end;
 399   double seqloadtime, seqcomptime, nwaytime, savetime, totaltime;
 400
 401   begin = time(NULL);
 402
 403   t1 = time(NULL);
 404
 405   if (the_seqs.size() < 2) {
 406     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 407                                "do an analysis.");
 408   }
 409   //cout << "nway ana: seq_num = " << the_seqs.size() << endl;
 410
 411   t2 = time(NULL);
 412   seqloadtime = difftime(t2, t1);
 413
 414   t1 = time(NULL);
 415   seqcomp();
 416   t2 = time(NULL);
 417   seqcomptime = difftime(t2, t1);
 418
 419   t1 = time(NULL);
 420   the_paths.setup(window, threshold);
 421   nway();
 422   t2 = time(NULL);
 423   nwaytime = difftime(t2, t1);
 424
 425   t1 = time(NULL);
 426   save();
 427   t2 = time(NULL);
 428   savetime = difftime(t2, t1);
 429
 430   end = time(NULL);
 431   totaltime = difftime(end, begin);
 432
 433   //cout << "seqload\tseqcomp\tnway\tsave\ttotal\n";
 434   //cout << seqloadtime << "\t";
 435   //cout << seqcomptime << "\t";
 436   //cout << nwaytime << "\t";
 437   //cout << savetime << "\t";
 438   //cout << totaltime << "\n";
 439 }
 440
 441 void
 442 Mussa::seqcomp()
 443 {
 444   vector<int> seq_lens;
 445   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 446   FLPs dummy_comp;
 447   string save_file_string;
 448
 449   empty_FLP_vector.clear();
 450   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 451   {
 452     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 453     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 454       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 455   }
 456   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 457     seq_lens.push_back(the_seqs[i].size());
 458   }
 459   int seqcomps_done = 0;
 460   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 461   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 462
 463   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 464     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 465     {
 466       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 467       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 468       all_comps[i][i2].seqcomp(the_seqs[i], the_seqs[i2], false);
 469       all_comps[i][i2].seqcomp(the_seqs[i], the_seqs[i2].rev_comp(),true);
 470       ++seqcomps_done;
 471       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 472     }
 473 }
 474
 475 void
 476 Mussa::nway()
 477 {
 478   vector<string> some_Seqs;
 479
 480   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 481
 482   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 483     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 484   }
 485   else if (ana_mode == RadialNway) {
 486     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 487   }
 488   else if (ana_mode == EntropyNway)
 489   {
 490     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 491     some_Seqs.clear();
 492     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 493     {
 494       some_Seqs.push_back(the_seqs[i]);
 495     }
 496
 497     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 498     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 499   }
 500
 501   // old recursive transitive analysis function
 502   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 503     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 504
 505   the_paths.simple_refine();
 506 }
 507
 508 void
 509 Mussa::save()
 510 {
 511   string save_name;
 512   fs::path flp_filepath;
 513   fs::fstream save_file;
 514   ostringstream append_info;
 515   int dir_create_status;
 516
 517   if (not analysis_name.empty()) {
 518     // not sure why, but gotta close file each time since can't pass
 519     // file streams
 520     save_name = analysis_name;
 521
 522     // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 523     if (win_append)
 524     {
 525       append_info.str("");
 526       append_info <<  "_w" << window;
 527       save_name += append_info.str();
 528     }
 529
 530     if (thres_append)
 531     {
 532       append_info.str("");
 533       append_info <<  "_t" << threshold;
 534       save_name += append_info.str();
 535     }
 536     fs::path save_path( save_name);
 537
 538     if (not fs::exists(save_path)) {
 539       fs::create_directory(save_path);
 540     }
 541     // save sequence and annots to a special mussa file
 542     save_file.open(save_path / (save_name+".museq"), ios::out);
 543     save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 544
 545     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 546     {
 547       the_seqs[i].save(save_file);
 548     }
 549
 550     save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 551     save_file.close();
 552
 553     // save nway paths to its mussa save file
 554     the_paths.save(save_path / (save_name + ".muway"));
 555
 556     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 557       for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 558       {
 559         append_info.str("");
 560         append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 561         all_comps[i][i2].save(save_path/(save_name+append_info.str()+".flp"));
 562       }
 563   }
 564 }
 565
 566 void
 567 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 568 {
 569   the_paths.save(save_path);
 570 }
 571
 572 void
 573 Mussa::load(fs::path ana_file)
 574 {
 575   int i, i2;
 576   fs::path file_path_base;
 577   fs::path a_file_path;
 578   fs::path ana_path(ana_file);
 579   bool parsing_path;
 580   Sequence tmp_seq;
 581   string err_msg;
 582   ostringstream append_info;
 583   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 584   FLPs dummy_comp;
 585
 586   //cout << "ana_file name " << ana_file.string() << endl;
 587   analysis_name = ana_path.leaf();
 588   //cout << " ana_name " << analysis_name << endl;
 589   file_path_base =  ana_path.branch_path() / analysis_name;
 590   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".muway");
 591   //cout << " loading museq: " << a_file_path.string() << endl;
 592   the_paths.load(a_file_path);
 593   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 594   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 595   window = the_paths.get_window();
 596   threshold = the_paths.get_threshold();
 597   soft_thres = threshold;
 598
 599   int seq_num = the_paths.sequence_count();
 600
 601   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".museq");
 602
 603   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 604   for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 605   {
 606     tmp_seq.clear();
 607     //cout << "mussa_class: loading museq frag... " << a_file_path.string() << endl;
 608     tmp_seq.load_museq(a_file_path, i);
 609     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 610   }
 611
 612   empty_FLP_vector.clear();
 613   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 614   {
 615     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 616     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 617       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 618   }
 619
 620   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 621   {
 622     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 623     {
 624       append_info.str("");
 625       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 626       //cout << append_info.str() << endl;
 627       a_file_path = file_path_base / append_info.str();
 628       //cout << "path " << a_file_path.string() << endl;
 629       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 630       //cout << "real size = " << all_comps[i][i2].size() << endl;
 631     }
 632   }
 633 }
 634
 635
 636 void
 637 Mussa::save_old()
 638 {
 639   fs::fstream save_file;
 640
 641   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 642
 643   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 644     save_file << the_seqs[i] << endl;
 645
 646   save_file << window << endl;
 647   save_file.close();
 648   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 649   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 650   the_paths.save_old(analysis_name);
 651 }
 652
 653
 654 void
 655 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 656 {
 657   fstream save_file;
 658   string file_data_line;
 659   int i, space_split_i, comma_split_i;
 660   vector<int> loaded_path;
 661   string node_pair, node;
 662   Sequence a_seq;
 663
 664   int seq_num = s_num;
 665   the_paths.setup(0, 0);
 666   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 667
 668   // currently loads old mussa format
 669
 670   // get sequences
 671   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 672   {
 673     getline(save_file, file_data_line);
 674     a_seq = file_data_line;
 675     the_seqs.push_back(a_seq);
 676   }
 677
 678   // get window size
 679   getline(save_file, file_data_line);
 680   window = atoi(file_data_line.c_str());
 681   // get paths
 682
 683   while (!save_file.eof())
 684   {
 685     loaded_path.clear();
 686     getline(save_file, file_data_line);
 687     if (file_data_line != "")
 688     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 689     {
 690       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 691       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 692       //cout << "np= " << node_pair;
 693       comma_split_i = node_pair.find(",");
 694       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 695       //cout << "n= " << node << " ";
 696       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 697       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 698     }
 699     //cout << endl;
 700     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 701     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 702   }
 703   save_file.close();
 704
 705   //the_paths.save("tmp.save");
 706 }
 707
 708 void Mussa::add_motifs(const vector<string>& motifs,
 709                        const vector<Color>& colors)
 710 {
 711   if (motifs.size() != colors.size()) {
 712     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 713   }
 714
 715   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 716   {
 717     motif_sequences.insert(motifs[i]);
 718     color_mapper.appendInstanceColor("motif", motifs[i], colors[i]);
 719   }
 720   update_sequences_motifs();
 721 }
 722
 723 // I mostly split the ifstream out so I can use a stringstream to test it.
 724 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 725 {
 726   string seq;
 727   float red;
 728   float green;
 729   float blue;
 730
 731   while(in.good())
 732   {
 733     in >> seq >> red >> green >> blue;
 734     // if we couldn't read this line 'cause we're like at the end of the file
 735     // try to exit the loop
 736     if (!in.good())
 737       break;
 738     try {
 739       seq = Sequence::motif_normalize(seq);
 740     } catch(motif_normalize_error e) {
 741       clog << "unable to parse " << seq << " skipping" << endl;
 742       clog << e.what() << endl;
 743       continue;
 744     }
 745     if (red < 0.0 or red > 1.0) {
 746       clog << "invalid red value " << red << ". must be in range [0..1]"
 747            << endl;
 748       continue;
 749     }
 750     if (green < 0.0 or green > 1.0) {
 751       clog << "invalid green value " << green << ". must be in range [0..1]"
 752            << endl;
 753       continue;
 754     }
 755     if (blue < 0.0 or blue > 1.0) {
 756       clog << "invalid blue value " << blue << ". must be in range [0..1]"
 757            << endl;
 758       continue;
 759     }
 760     if (motif_sequences.find(seq) == motif_sequences.end()) {
 761       // sequence wasn't found
 762       motif_sequences.insert(seq);
 763       Color c(red, green, blue);
 764       color_mapper.appendInstanceColor("motif", seq, c);
 765     } else {
 766       clog << "sequence " << seq << " was already defined skipping"
 767            << endl;
 768       continue;
 769     }
 770   }
 771   update_sequences_motifs();
 772 }
 773
 774 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 775 {
 776   fs::ifstream f;
 777   f.open(filename, ifstream::in);
 778   load_motifs(f);
 779 }
 780
 781 void Mussa::update_sequences_motifs()
 782 {
 783   // once we've loaded all the motifs from the file,
 784   // lets attach them to the sequences
 785   for(vector<Sequence>::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 786       seq_i != the_seqs.end();
 787       ++seq_i)
 788   {
 789     // clear out old motifs
 790     seq_i->clear_motifs();
 791     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 792     for(set<string>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 793         motif_i != motif_sequences.end();
 794         ++motif_i)
 795     {
 796       seq_i->add_motif(*motif_i);
 797     }
 798   }
 799 }
 800
 801 const set<string>& Mussa::motifs() const
 802 {
 803   return motif_sequences;
 804 }
 805
 806 AnnotationColors& Mussa::colorMapper()
 807 {
 808   return color_mapper;
 809 }