alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  17 namespace fs = boost::filesystem;
  18
  19 #include <iostream>
  20 #include <sstream>
  21
  22 #include "mussa_exceptions.hpp"
  23 #include "alg/mussa.hpp"
  24 #include "alg/flp.hpp"
  25
  26 using namespace std;
  27
  28
  29 Mussa::Mussa()
  30   : color_mapper(new AnnotationColors)
  31 {
  32   clear();
  33   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  34           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  35 }
  36
  37 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  38   : analysis_name(m.analysis_name),
  39     window(m.window),
  40     threshold(m.threshold),
  41     soft_thres(m.soft_thres),
  42     ana_mode(m.ana_mode),
  43     win_append(m.win_append),
  44     thres_append(m.thres_append),
  45     motif_sequences(m.motif_sequences),
  46     color_mapper(m.color_mapper)
  47 {
  48   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  49           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  50 }
  51
  52 // set all parameters to null state
  53 void
  54 Mussa::clear()
  55 {
  56   analysis_name = "";
  57   ana_mode = TransitiveNway;
  58   window = 0;
  59   threshold = 0;
  60   soft_thres = 0;
  61   win_append = false;
  62   thres_append = false;
  63   motif_sequences.clear();
  64   if(color_mapper) color_mapper->clear();
  65   the_paths.clear();
  66 }
  67
  68 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
  69 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
  70 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
  71 void
  72 Mussa::set_name(string a_name)
  73 {
  74   analysis_name = a_name;
  75 }
  76
  77 string Mussa::get_name()
  78 {
  79   return analysis_name;
  80 }
  81
  82 int
  83 Mussa::size() const
  84 {
  85   if (the_seqs.size() > 0)
  86     return the_seqs.size();
  87   else
  88     return 0;
  89 }
  90
  91 void
  92 Mussa::set_window(int a_window)
  93 {
  94   window = a_window;
  95 }
  96
  97 int Mussa::get_window() const
  98 {
  99   return window;
 100 }
 101
 102 void
 103 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 104 {
 105   threshold = a_threshold;
 106   if (a_threshold > soft_thres)
 107     soft_thres = a_threshold;
 108 }
 109
 110 int Mussa::get_threshold() const
 111 {
 112   return threshold;
 113 }
 114
 115 void
 116 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 117 {
 118   if (new_threshold < threshold) {
 119     soft_thres = threshold;
 120   } else if (new_threshold > window) {
 121     soft_thres = window;
 122   } else {
 123     soft_thres = new_threshold;
 124   }
 125 }
 126
 127 int Mussa::get_soft_threshold() const
 128 {
 129   return soft_thres;
 130 }
 131
 132 void
 133 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 134 {
 135   ana_mode = new_ana_mode;
 136 }
 137
 138 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 139 {
 140   return ana_mode;
 141 }
 142
 143 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 144 {
 145   switch (ana_mode)
 146   {
 147   case TransitiveNway:
 148     return string("Transitive");
 149     break;
 150   case RadialNway:
 151     return string("Radial");
 152     break;
 153   case EntropyNway:
 154     return string("Entropy");
 155     break;
 156   case RecursiveNway:
 157     return string("[deprecated] Recursive");
 158     break;
 159   default:
 160     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 161     break;
 162   }
 163 }
 164
 165 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 166 {
 167   return the_paths;
 168 }
 169
 170 //template <class IteratorT>
 171 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 172 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 173                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 174                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 175                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 176 {
 177   const vector_sequence_type& raw_seq = the_seqs;
 178   ConservedPath::path_type aligned_path;
 179   size_t i2, i3;
 180   int x_start, x_end;
 181   int window_length, win_i;
 182   int rc_1 = 0;
 183   int rc_2 = 0;
 184   vector<bool> rc_list;
 185   bool full_match;
 186   vector<bool> matched;
 187   int align_counter;
 188
 189   align_counter = 0;
 190   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 191   {
 192     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 193     window_length = a_path.window_size;
 194     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 195     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 196
 197     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 198     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 199     {
 200       aligned_path.clear();
 201       // determine which exact base pairs match between the sequences
 202       full_match = true;
 203       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 204       {
 205         // assume not rc as most likely, adjust below
 206         rc_1 = 0;
 207         rc_2 = 0;
 208         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 209         if (a_path[i2] < 0)
 210           rc_1 = window_length-1;
 211         if (a_path[i2+1] < 0)
 212           rc_2 = window_length-1;
 213
 214         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 215         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 216
 217         boost::shared_ptr<Sequence> cur(raw_seq[i2]) ;
 218         boost::shared_ptr<Sequence> next(raw_seq[i2+1]);
 219         // RC case handling
 220         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 221         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 222         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 223         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 224           if(!(( ((*cur)[x_start]=='A')&&((*next)[x_end]=='T')) ||
 225                 (((*cur)[x_start]=='T')&&((*next)[x_end]=='A')) ||
 226                 (((*cur)[x_start]=='G')&&((*next)[x_end]=='C')) ||
 227                 (((*cur)[x_start]=='C')&&((*next)[x_end]=='G'))) )
 228           {
 229             full_match = false;
 230           } else {
 231             aligned_path.push_back(x_start);
 232           }
 233         }
 234         else
 235         { // forward match
 236           if (!( ((*cur)[x_start] == (*next)[x_end]) &&
 237                 ((*cur)[x_start] != 'N') && ((*next)[x_end] != 'N') ) ) {
 238             full_match = false;
 239           } else {
 240             aligned_path.push_back(x_start);
 241           }
 242         }
 243       }
 244       // grab the last part of our path, assuming we matched
 245       if (full_match)
 246         aligned_path.push_back(x_end);
 247
 248       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 249         result.push_back(aligned_path);
 250         reversed.push_back(rc_list);
 251       }
 252     }
 253     align_counter++;
 254   }
 255 }
 256
 257
 258 void Mussa::append_sequence(const Sequence& a_seq)
 259 {
 260   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(a_seq));
 261   the_seqs.push_back(seq_copy);
 262 }
 263
 264 void Mussa::append_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> a_seq)
 265 {
 266   the_seqs.push_back(a_seq);
 267 }
 268
 269
 270 const vector<boost::shared_ptr<Sequence> >&
 271 Mussa::sequences() const
 272 {
 273   return the_seqs;
 274 }
 275
 276 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 277                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end,
 278                           std::string *name)
 279 {
 280   boost::shared_ptr<Sequence> aseq(new Sequence);
 281   aseq->load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 282   if ( not annot_file.empty() ) {
 283     aseq->load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 284   }
 285   if (name != 0 and name->size() > 0 ) {
 286     aseq->set_species(*name);
 287   }
 288   the_seqs.push_back(aseq);
 289 }
 290
 291 void
 292 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 293 {
 294   fs::ifstream para_file;
 295   string file_data_line;
 296   string param, value;
 297   fs::path annot_file;
 298   int split_index, fasta_index;
 299   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 300   bool seq_params, did_seq;
 301   string err_msg;
 302   bool parsing_path;
 303   string::size_type new_index, dir_index;
 304
 305   // initialize values
 306   clear();
 307
 308   // if file was opened, read the parameter values
 309   if (fs::exists(para_file_path))
 310   {
 311     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 312
 313     // what directory is the mupa file in?
 314     fs::path file_path_base = para_file_path.branch_path();
 315
 316     // setup loop by getting file's first line
 317     getline(para_file,file_data_line);
 318     split_index = file_data_line.find(" ");
 319     param = file_data_line.substr(0,split_index);
 320     value = file_data_line.substr(split_index+1);
 321
 322     while (!para_file.eof())
 323     {
 324       did_seq = false;
 325       if (param == "ANA_NAME")
 326         analysis_name = value;
 327       else if (param == "APPEND_WIN")
 328         win_append = true;
 329       else if (param == "APPEND_THRES")
 330         thres_append = true;
 331       else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 332         ; // ignore sequence_num now
 333       else if (param == "WINDOW")
 334         window = atoi(value.c_str());
 335       else if (param == "THRESHOLD")
 336         threshold = atoi(value.c_str());
 337       else if (param == "SEQUENCE")
 338       {
 339         fs::path seq_file = file_path_base / value;
 340         //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 341         fasta_index = 1;
 342         annot_file = "";
 343         sub_seq_start = 0;
 344         sub_seq_end = 0;
 345         seq_params = true;
 346
 347         while ((!para_file.eof()) && seq_params)
 348         {
 349           getline(para_file,file_data_line);
 350           split_index = file_data_line.find(" ");
 351           param = file_data_line.substr(0,split_index);
 352           value = file_data_line.substr(split_index+1);
 353
 354           if (param == "FASTA_INDEX")
 355             fasta_index = atoi(value.c_str());
 356           else if (param == "ANNOTATION")
 357             annot_file = file_path_base / value;
 358           else if (param == "SEQ_START")
 359             sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 360           else if (param == "SEQ_END")
 361           {
 362             sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 363           }
 364           //ignore empty lines or that start with '#'
 365           else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 366           else seq_params = false;
 367         }
 368         load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 369                       sub_seq_end);
 370         did_seq = true;
 371       }
 372       //ignore empty lines or that start with '#'
 373       else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 374       else
 375       {
 376         clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 377         clog << param << "\n";
 378       }
 379
 380       if (!did_seq)
 381       {
 382         getline(para_file,file_data_line);
 383         split_index = file_data_line.find(" ");
 384         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 385         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 386         did_seq = false;
 387       }
 388     }
 389
 390     para_file.close();
 391
 392     soft_thres = threshold;
 393     //cout << "nway mupa: analysis_name = " << analysis_name
 394     //     << " window = " << window
 395     //     << " threshold = " << threshold << endl;
 396   }
 397   // no file was loaded, signal error
 398   else
 399   {
 400     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 401   }
 402 }
 403
 404
 405 void
 406 Mussa::analyze()
 407 {
 408   time_t t1, t2, begin, end;
 409   double seqloadtime, seqcomptime, nwaytime, savetime, totaltime;
 410
 411   begin = time(NULL);
 412
 413   t1 = time(NULL);
 414
 415   if (the_seqs.size() < 2) {
 416     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 417                                "do an analysis.");
 418   }
 419   //cout << "nway ana: seq_num = " << the_seqs.size() << endl;
 420
 421   t2 = time(NULL);
 422   seqloadtime = difftime(t2, t1);
 423
 424   t1 = time(NULL);
 425   seqcomp();
 426   t2 = time(NULL);
 427   seqcomptime = difftime(t2, t1);
 428
 429   t1 = time(NULL);
 430   the_paths.setup(window, threshold);
 431   nway();
 432   t2 = time(NULL);
 433   nwaytime = difftime(t2, t1);
 434
 435   t1 = time(NULL);
 436   save();
 437   t2 = time(NULL);
 438   savetime = difftime(t2, t1);
 439
 440   end = time(NULL);
 441   totaltime = difftime(end, begin);
 442
 443   //cout << "seqload\tseqcomp\tnway\tsave\ttotal\n";
 444   //cout << seqloadtime << "\t";
 445   //cout << seqcomptime << "\t";
 446   //cout << nwaytime << "\t";
 447   //cout << savetime << "\t";
 448   //cout << totaltime << "\n";
 449 }
 450
 451 void
 452 Mussa::seqcomp()
 453 {
 454   vector<int> seq_lens;
 455   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 456   FLPs dummy_comp;
 457   string save_file_string;
 458
 459   empty_FLP_vector.clear();
 460   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 461   {
 462     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 463     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 464       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 465   }
 466   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 467     seq_lens.push_back(the_seqs[i]->size());
 468   }
 469   int seqcomps_done = 0;
 470   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 471   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 472
 473   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 474     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 475     {
 476       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 477       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 478       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], *the_seqs[i2], false);
 479       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], the_seqs[i2]->rev_comp(),true);
 480       ++seqcomps_done;
 481       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 482     }
 483 }
 484
 485 void
 486 Mussa::nway()
 487 {
 488
 489   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 490
 491   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 492     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 493   }
 494   else if (ana_mode == RadialNway) {
 495     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 496   }
 497   else if (ana_mode == EntropyNway)
 498   {
 499     vector<string> some_Seqs;
 500     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 501     some_Seqs.clear();
 502     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 503     {
 504       some_Seqs.push_back(*the_seqs[i]);
 505     }
 506
 507     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 508     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 509   }
 510
 511   // old recursive transitive analysis function
 512   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 513     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 514
 515   the_paths.simple_refine();
 516 }
 517
 518 void
 519 Mussa::save()
 520 {
 521   string save_name;
 522   fs::path flp_filepath;
 523   fs::fstream save_file;
 524   ostringstream append_info;
 525   int dir_create_status;
 526
 527   if (not analysis_name.empty()) {
 528     // not sure why, but gotta close file each time since can't pass
 529     // file streams
 530     save_name = analysis_name;
 531
 532     // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 533     if (win_append)
 534     {
 535       append_info.str("");
 536       append_info <<  "_w" << window;
 537       save_name += append_info.str();
 538     }
 539
 540     if (thres_append)
 541     {
 542       append_info.str("");
 543       append_info <<  "_t" << threshold;
 544       save_name += append_info.str();
 545     }
 546     fs::path save_path( save_name);
 547
 548     if (not fs::exists(save_path)) {
 549       fs::create_directory(save_path);
 550     }
 551     // save sequence and annots to a special mussa file
 552     save_file.open(save_path / (save_name+".museq"), ios::out);
 553     save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 554
 555     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 556     {
 557       the_seqs[i]->save(save_file);
 558     }
 559
 560     save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 561     save_file.close();
 562
 563     // save nway paths to its mussa save file
 564     the_paths.save(save_path / (save_name + ".muway"));
 565
 566     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 567       for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 568       {
 569         append_info.str("");
 570         append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 571         all_comps[i][i2].save(save_path/(save_name+append_info.str()+".flp"));
 572       }
 573   }
 574 }
 575
 576 void
 577 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 578 {
 579   the_paths.save(save_path);
 580 }
 581
 582 void
 583 Mussa::load(fs::path ana_file)
 584 {
 585   int i, i2;
 586   fs::path file_path_base;
 587   fs::path a_file_path;
 588   fs::path ana_path(ana_file);
 589   bool parsing_path;
 590   string err_msg;
 591   ostringstream append_info;
 592   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 593   FLPs dummy_comp;
 594
 595   //cout << "ana_file name " << ana_file.string() << endl;
 596   analysis_name = ana_path.leaf();
 597   //cout << " ana_name " << analysis_name << endl;
 598   file_path_base =  ana_path.branch_path() / analysis_name;
 599   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".muway");
 600   //cout << " loading museq: " << a_file_path.string() << endl;
 601   the_paths.load(a_file_path);
 602   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 603   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 604   window = the_paths.get_window();
 605   threshold = the_paths.get_threshold();
 606   soft_thres = threshold;
 607
 608   int seq_num = the_paths.sequence_count();
 609
 610   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".museq");
 611
 612   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 613   for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 614   {
 615     boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq(new Sequence);
 616     //cout << "mussa_class: loading museq frag... " << a_file_path.string() << endl;
 617     tmp_seq->load_museq(a_file_path, i);
 618     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 619   }
 620
 621   empty_FLP_vector.clear();
 622   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 623   {
 624     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 625     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 626       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 627   }
 628
 629   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 630   {
 631     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 632     {
 633       append_info.str("");
 634       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 635       //cout << append_info.str() << endl;
 636       a_file_path = file_path_base / append_info.str();
 637       //cout << "path " << a_file_path.string() << endl;
 638       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 639       //cout << "real size = " << all_comps[i][i2].size() << endl;
 640     }
 641   }
 642 }
 643
 644
 645 void
 646 Mussa::save_old()
 647 {
 648   fs::fstream save_file;
 649
 650   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 651
 652   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 653     save_file << *(the_seqs[i]) << endl;
 654
 655   save_file << window << endl;
 656   save_file.close();
 657   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 658   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 659   the_paths.save_old(analysis_name);
 660 }
 661
 662
 663 void
 664 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 665 {
 666   fstream save_file;
 667   string file_data_line;
 668   int i, space_split_i, comma_split_i;
 669   vector<int> loaded_path;
 670   string node_pair, node;
 671   Sequence a_seq;
 672
 673   int seq_num = s_num;
 674   the_paths.setup(0, 0);
 675   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 676
 677   // currently loads old mussa format
 678
 679   // get sequences
 680   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 681   {
 682     getline(save_file, file_data_line);
 683     boost::shared_ptr<Sequence> a_seq(new Sequence(file_data_line));
 684     the_seqs.push_back(a_seq);
 685   }
 686
 687   // get window size
 688   getline(save_file, file_data_line);
 689   window = atoi(file_data_line.c_str());
 690   // get paths
 691
 692   while (!save_file.eof())
 693   {
 694     loaded_path.clear();
 695     getline(save_file, file_data_line);
 696     if (file_data_line != "")
 697     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 698     {
 699       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 700       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 701       //cout << "np= " << node_pair;
 702       comma_split_i = node_pair.find(",");
 703       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 704       //cout << "n= " << node << " ";
 705       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 706       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 707     }
 708     //cout << endl;
 709     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 710     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 711   }
 712   save_file.close();
 713
 714   //the_paths.save("tmp.save");
 715 }
 716
 717 void Mussa::add_motif(const string& motif, const Color& color)
 718 {
 719   motif_sequences.insert(motif);
 720   color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif, color);
 721 }
 722
 723 void Mussa::add_motifs(const vector<string>& motifs,
 724                        const vector<Color>& colors)
 725 {
 726   if (motifs.size() != colors.size()) {
 727     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 728   }
 729
 730   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 731   {
 732     add_motif(motifs[i], colors[i]);
 733   }
 734   update_sequences_motifs();
 735 }
 736
 737 // I mostly split the ifstream out so I can use a stringstream to test it.
 738 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 739 {
 740   string seq;
 741   float red;
 742   float green;
 743   float blue;
 744
 745   while(in.good())
 746   {
 747     in >> seq >> red >> green >> blue;
 748     // if we couldn't read this line 'cause we're like at the end of the file
 749     // try to exit the loop
 750     if (!in.good())
 751       break;
 752     try {
 753       seq = Sequence::motif_normalize(seq);
 754     } catch(motif_normalize_error e) {
 755       clog << "unable to parse " << seq << " skipping" << endl;
 756       clog << e.what() << endl;
 757       continue;
 758     }
 759     if (red < 0.0 or red > 1.0) {
 760       clog << "invalid red value " << red << ". must be in range [0..1]"
 761            << endl;
 762       continue;
 763     }
 764     if (green < 0.0 or green > 1.0) {
 765       clog << "invalid green value " << green << ". must be in range [0..1]"
 766            << endl;
 767       continue;
 768     }
 769     if (blue < 0.0 or blue > 1.0) {
 770       clog << "invalid blue value " << blue << ". must be in range [0..1]"
 771            << endl;
 772       continue;
 773     }
 774     if (motif_sequences.find(seq) == motif_sequences.end()) {
 775       // sequence wasn't found
 776       motif_sequences.insert(seq);
 777       Color c(red, green, blue);
 778       color_mapper->appendInstanceColor("motif", seq, c);
 779     } else {
 780       clog << "sequence " << seq << " was already defined skipping"
 781            << endl;
 782       continue;
 783     }
 784   }
 785   update_sequences_motifs();
 786 }
 787
 788 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 789 {
 790   fs::ifstream f;
 791   f.open(filename, ifstream::in);
 792   load_motifs(f);
 793 }
 794
 795 void Mussa::update_sequences_motifs()
 796 {
 797   // once we've loaded all the motifs from the file,
 798   // lets attach them to the sequences
 799   for(vector<boost::shared_ptr<Sequence> >::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 800       seq_i != the_seqs.end();
 801       ++seq_i)
 802   {
 803     // clear out old motifs
 804     (*seq_i)->clear_motifs();
 805     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 806     for(set<string>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 807         motif_i != motif_sequences.end();
 808         ++motif_i)
 809     {
 810       (*seq_i)->add_motif(*motif_i);
 811     }
 812   }
 813 }
 814
 815 const set<string>& Mussa::motifs() const
 816 {
 817   return motif_sequences;
 818 }
 819
 820 boost::shared_ptr<AnnotationColors> Mussa::colorMapper()
 821 {
 822   return color_mapper;
 823 }