alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  17 namespace fs = boost::filesystem;
  18
  19 #include <iostream>
  20 #include <sstream>
  21
  22 #include "mussa_exceptions.hpp"
  23 #include "alg/mussa.hpp"
  24 #include "alg/flp.hpp"
  25
  26 using namespace std;
  27
  28
  29 Mussa::Mussa()
  30   : color_mapper(new AnnotationColors)
  31 {
  32   clear();
  33   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  34           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  35 }
  36
  37 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  38   : analysis_name(m.analysis_name),
  39     window(m.window),
  40     threshold(m.threshold),
  41     soft_thres(m.soft_thres),
  42     ana_mode(m.ana_mode),
  43     win_append(m.win_append),
  44     thres_append(m.thres_append),
  45     motif_sequences(m.motif_sequences),
  46     color_mapper(m.color_mapper),
  47     dirty(m.dirty)
  48 {
  49   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  50           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  51 }
  52
  53 // set all parameters to null state
  54 void
  55 Mussa::clear()
  56 {
  57   analysis_name = "";
  58   ana_mode = TransitiveNway;
  59   window = 0;
  60   threshold = 0;
  61   soft_thres = 0;
  62   win_append = false;
  63   thres_append = false;
  64   motif_sequences.clear();
  65   if(color_mapper) color_mapper->clear();
  66   the_paths.clear();
  67   dirty = false;
  68 }
  69
  70 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
  71 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
  72 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
  73 void
  74 Mussa::set_name(string a_name)
  75 {
  76   analysis_name = a_name;
  77   dirty = true;
  78 }
  79
  80 string Mussa::get_name()
  81 {
  82   return analysis_name;
  83 }
  84
  85 int
  86 Mussa::size() const
  87 {
  88   if (the_seqs.size() > 0)
  89     return the_seqs.size();
  90   else
  91     return 0;
  92 }
  93
  94 void
  95 Mussa::set_window(int a_window)
  96 {
  97   window = a_window;
  98   dirty = true;
  99 }
 100
 101 int Mussa::get_window() const
 102 {
 103   return window;
 104 }
 105
 106 void
 107 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 108 {
 109   threshold = a_threshold;
 110   dirty = true;
 111   if (a_threshold > soft_thres) {
 112     soft_thres = a_threshold;
 113   }
 114 }
 115
 116 int Mussa::get_threshold() const
 117 {
 118   return threshold;
 119 }
 120
 121 void
 122 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 123 {
 124   if (new_threshold < threshold) {
 125     soft_thres = threshold;
 126   } else if (new_threshold > window) {
 127     soft_thres = window;
 128   } else {
 129     soft_thres = new_threshold;
 130   }
 131 }
 132
 133 int Mussa::get_soft_threshold() const
 134 {
 135   return soft_thres;
 136 }
 137
 138 void
 139 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 140 {
 141   ana_mode = new_ana_mode;
 142   dirty = true;
 143 }
 144
 145 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 146 {
 147   return ana_mode;
 148 }
 149
 150 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 151 {
 152   switch (ana_mode)
 153   {
 154   case TransitiveNway:
 155     return string("Transitive");
 156     break;
 157   case RadialNway:
 158     return string("Radial");
 159     break;
 160   case EntropyNway:
 161     return string("Entropy");
 162     break;
 163   case RecursiveNway:
 164     return string("[deprecated] Recursive");
 165     break;
 166   default:
 167     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 168     break;
 169   }
 170 }
 171
 172 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 173 {
 174   return the_paths;
 175 }
 176
 177 //template <class IteratorT>
 178 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 179 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 180                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 181                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 182                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 183 {
 184   const vector_sequence_type& raw_seq = the_seqs;
 185   ConservedPath::path_type aligned_path;
 186   size_t i2, i3;
 187   int x_start, x_end;
 188   int window_length, win_i;
 189   int rc_1 = 0;
 190   int rc_2 = 0;
 191   vector<bool> rc_list;
 192   bool full_match;
 193   vector<bool> matched;
 194   int align_counter;
 195
 196   align_counter = 0;
 197   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 198   {
 199     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 200     window_length = a_path.window_size;
 201     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 202     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 203
 204     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 205     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 206     {
 207       aligned_path.clear();
 208       // determine which exact base pairs match between the sequences
 209       full_match = true;
 210       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 211       {
 212         // assume not rc as most likely, adjust below
 213         rc_1 = 0;
 214         rc_2 = 0;
 215         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 216         if (a_path[i2] < 0)
 217           rc_1 = window_length-1;
 218         if (a_path[i2+1] < 0)
 219           rc_2 = window_length-1;
 220
 221         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 222         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 223
 224         boost::shared_ptr<Sequence> cur(raw_seq[i2]) ;
 225         boost::shared_ptr<Sequence> next(raw_seq[i2+1]);
 226         // RC case handling
 227         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 228         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 229         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 230         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 231           if(!(( ((*cur)[x_start]=='A')&&((*next)[x_end]=='T')) ||
 232                 (((*cur)[x_start]=='T')&&((*next)[x_end]=='A')) ||
 233                 (((*cur)[x_start]=='G')&&((*next)[x_end]=='C')) ||
 234                 (((*cur)[x_start]=='C')&&((*next)[x_end]=='G'))) )
 235           {
 236             full_match = false;
 237           } else {
 238             aligned_path.push_back(x_start);
 239           }
 240         }
 241         else
 242         { // forward match
 243           if (!( ((*cur)[x_start] == (*next)[x_end]) &&
 244                 ((*cur)[x_start] != 'N') && ((*next)[x_end] != 'N') ) ) {
 245             full_match = false;
 246           } else {
 247             aligned_path.push_back(x_start);
 248           }
 249         }
 250       }
 251       // grab the last part of our path, assuming we matched
 252       if (full_match)
 253         aligned_path.push_back(x_end);
 254
 255       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 256         result.push_back(aligned_path);
 257         reversed.push_back(rc_list);
 258       }
 259     }
 260     align_counter++;
 261   }
 262 }
 263
 264
 265 void Mussa::append_sequence(const Sequence& a_seq)
 266 {
 267   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(a_seq));
 268   the_seqs.push_back(seq_copy);
 269   dirty = true;
 270 }
 271
 272 void Mussa::append_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> a_seq)
 273 {
 274   the_seqs.push_back(a_seq);
 275   dirty = true;
 276 }
 277
 278
 279 const vector<boost::shared_ptr<Sequence> >&
 280 Mussa::sequences() const
 281 {
 282   return the_seqs;
 283 }
 284
 285 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 286                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end,
 287                           std::string *name)
 288 {
 289   boost::shared_ptr<Sequence> aseq(new Sequence);
 290   aseq->load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 291   if ( not annot_file.empty() ) {
 292     aseq->load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 293   }
 294   if (name != 0 and name->size() > 0 ) {
 295     aseq->set_species(*name);
 296   }
 297   the_seqs.push_back(aseq);
 298   dirty = true;
 299 }
 300
 301 void
 302 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 303 {
 304   fs::ifstream para_file;
 305   string file_data_line;
 306   string param, value;
 307   fs::path annot_file;
 308   int split_index, fasta_index;
 309   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 310   bool seq_params, did_seq;
 311   string err_msg;
 312   bool parsing_path;
 313   string::size_type new_index, dir_index;
 314
 315   // initialize values
 316   clear();
 317
 318   // if file was opened, read the parameter values
 319   if (not fs::exists(para_file_path))
 320   {
 321     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 322   } else if (fs::is_directory(para_file_path)) {
 323     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is a directory.");
 324   } else if (fs::is_empty(para_file_path)) {
 325     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is empty");
 326   } else  {
 327     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 328
 329     // what directory is the mupa file in?
 330     fs::path file_path_base = para_file_path.branch_path();
 331
 332     // setup loop by getting file's first line
 333     getline(para_file,file_data_line);
 334     split_index = file_data_line.find(" ");
 335     param = file_data_line.substr(0,split_index);
 336     value = file_data_line.substr(split_index+1);
 337
 338     while (para_file)
 339     {
 340       did_seq = false;
 341       if (param == "ANA_NAME")
 342         analysis_name = value;
 343       else if (param == "APPEND_WIN")
 344         win_append = true;
 345       else if (param == "APPEND_THRES")
 346         thres_append = true;
 347       else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 348         ; // ignore sequence_num now
 349       else if (param == "WINDOW")
 350         window = atoi(value.c_str());
 351       else if (param == "THRESHOLD")
 352         threshold = atoi(value.c_str());
 353       else if (param == "SEQUENCE")
 354       {
 355         fs::path seq_file = file_path_base / value;
 356         //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 357         fasta_index = 1;
 358         annot_file = "";
 359         sub_seq_start = 0;
 360         sub_seq_end = 0;
 361         seq_params = true;
 362
 363         while (para_file && seq_params)
 364         {
 365           getline(para_file,file_data_line);
 366           split_index = file_data_line.find(" ");
 367           param = file_data_line.substr(0,split_index);
 368           value = file_data_line.substr(split_index+1);
 369
 370           if (param == "FASTA_INDEX")
 371             fasta_index = atoi(value.c_str());
 372           else if (param == "ANNOTATION")
 373             annot_file = file_path_base / value;
 374           else if (param == "SEQ_START")
 375             sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 376           else if (param == "SEQ_END")
 377           {
 378             sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 379           }
 380           //ignore empty lines or that start with '#'
 381           else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 382           else seq_params = false;
 383         }
 384         load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 385                       sub_seq_end);
 386         did_seq = true;
 387       }
 388       //ignore empty lines or that start with '#'
 389       else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 390       else
 391       {
 392         clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 393         clog << param << "\n";
 394       }
 395
 396       if (!did_seq)
 397       {
 398         getline(para_file,file_data_line);
 399         split_index = file_data_line.find(" ");
 400         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 401         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 402         did_seq = false;
 403       }
 404     }
 405
 406     para_file.close();
 407
 408     soft_thres = threshold;
 409     //cout << "nway mupa: analysis_name = " << analysis_name
 410     //     << " window = " << window
 411     //     << " threshold = " << threshold << endl;
 412   }
 413   // no file was loaded, signal error
 414   dirty = true;
 415 }
 416
 417
 418 void
 419 Mussa::analyze()
 420 {
 421   if (the_seqs.size() < 2) {
 422     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 423                                "do an analysis.");
 424   }
 425   //cout << "nway ana: seq_num = " << the_seqs.size() << endl;
 426
 427   seqcomp();
 428   the_paths.setup(window, threshold);
 429   nway();
 430   // FIXME: once we implement a save feature we should remove this
 431   if (not analysis_name.empty()) {
 432     save();
 433   }
 434 }
 435
 436 void
 437 Mussa::seqcomp()
 438 {
 439   vector<int> seq_lens;
 440   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 441   FLPs dummy_comp;
 442   string save_file_string;
 443
 444   empty_FLP_vector.clear();
 445   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 446   {
 447     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 448     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 449       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 450   }
 451   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 452     seq_lens.push_back(the_seqs[i]->size());
 453   }
 454   int seqcomps_done = 0;
 455   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 456   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 457
 458   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 459     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 460     {
 461       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 462       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 463       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], *the_seqs[i2], false);
 464       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], the_seqs[i2]->rev_comp(),true);
 465       ++seqcomps_done;
 466       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 467     }
 468 }
 469
 470 void
 471 Mussa::nway()
 472 {
 473
 474   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 475
 476   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 477     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 478   }
 479   else if (ana_mode == RadialNway) {
 480     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 481   }
 482   else if (ana_mode == EntropyNway)
 483   {
 484     vector<Sequence> some_Seqs;
 485     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 486     some_Seqs.clear();
 487     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 488     {
 489       some_Seqs.push_back(*the_seqs[i]);
 490     }
 491
 492     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 493     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 494   }
 495
 496   // old recursive transitive analysis function
 497   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 498     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 499
 500   the_paths.simple_refine();
 501 }
 502
 503 void
 504 Mussa::save(fs::path save_path)
 505 {
 506   fs::path flp_filepath;
 507   fs::fstream save_file;
 508   ostringstream append_info;
 509   int dir_create_status;
 510
 511   if (save_path.empty()) {
 512     if (not analysis_name.empty()) {
 513       std::string save_name = analysis_name;
 514        // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 515        if (win_append) {
 516         append_info.str("");
 517         append_info <<  "_w" << window;
 518         save_name += append_info.str();
 519       }
 520
 521       if (thres_append) {
 522         append_info.str("");
 523         append_info <<  "_t" << threshold;
 524         save_name += append_info.str();
 525       }
 526       save_path = save_name;
 527     } else {
 528       throw mussa_save_error("Need filename or analysis name to save");
 529     }
 530   }
 531
 532   if (not fs::exists(save_path)) {
 533     fs::create_directory(save_path);
 534   }
 535   // save sequence and annots to a special mussa file
 536   save_file.open(save_path / (save_path.leaf()+".museq"), ios::out);
 537   save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 538
 539   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 540   {
 541     the_seqs[i]->save(save_file);
 542   }
 543
 544   save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 545   save_file.close();
 546
 547   // save nway paths to its mussa save file
 548   the_paths.save(save_path / (save_path.leaf()+ ".muway"));
 549
 550   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 551     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 552     {
 553       append_info.str("");
 554       append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 555       all_comps[i][i2].save(save_path/(save_path.leaf()+append_info.str()+".flp"));
 556     }
 557   }
 558   dirty = false;
 559 }
 560
 561 void
 562 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 563 {
 564   the_paths.save(save_path);
 565 }
 566
 567 void
 568 Mussa::load(fs::path ana_file)
 569 {
 570   int i, i2;
 571   fs::path file_path_base;
 572   fs::path a_file_path;
 573   fs::path ana_path(ana_file);
 574   bool parsing_path;
 575   string err_msg;
 576   ostringstream append_info;
 577   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 578   FLPs dummy_comp;
 579
 580   //clog << "ana_file name " << ana_file.string() << endl;
 581   analysis_name = ana_path.leaf();
 582   //clog << " ana_name " << analysis_name << endl;
 583   file_path_base =  ana_path.branch_path() / analysis_name;
 584   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".muway");
 585   //clog << " loading museq: " << a_file_path.string() << endl;
 586   the_paths.load(a_file_path);
 587   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 588   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 589   window = the_paths.get_window();
 590   threshold = the_paths.get_threshold();
 591   soft_thres = threshold;
 592
 593   int seq_num = the_paths.sequence_count();
 594
 595   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".museq");
 596
 597   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 598   for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 599   {
 600     boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq(new Sequence);
 601     //clog << "mussa_class: loading museq frag... " << a_file_path.string() << endl;
 602     tmp_seq->load_museq(a_file_path, i);
 603     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 604   }
 605
 606   empty_FLP_vector.clear();
 607   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 608   {
 609     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 610     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 611       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 612   }
 613
 614   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 615   {
 616     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 617     {
 618       append_info.str("");
 619       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 620       //clog << append_info.str() << endl;
 621       a_file_path = file_path_base / append_info.str();
 622       //clog << "path " << a_file_path.string() << endl;
 623       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 624       //clog << "real size = " << all_comps[i][i2].size() << endl;
 625     }
 626   }
 627 }
 628
 629
 630 void
 631 Mussa::save_old()
 632 {
 633   fs::fstream save_file;
 634
 635   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 636
 637   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 638     save_file << *(the_seqs[i]) << endl;
 639
 640   save_file << window << endl;
 641   save_file.close();
 642   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 643   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 644   the_paths.save_old(analysis_name);
 645 }
 646
 647
 648 void
 649 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 650 {
 651   fstream save_file;
 652   string file_data_line;
 653   int i, space_split_i, comma_split_i;
 654   vector<int> loaded_path;
 655   string node_pair, node;
 656   Sequence a_seq;
 657
 658   int seq_num = s_num;
 659   the_paths.setup(0, 0);
 660   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 661
 662   // currently loads old mussa format
 663
 664   // get sequences
 665   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 666   {
 667     getline(save_file, file_data_line);
 668     boost::shared_ptr<Sequence> a_seq(new Sequence(file_data_line));
 669     the_seqs.push_back(a_seq);
 670   }
 671
 672   // get window size
 673   getline(save_file, file_data_line);
 674   window = atoi(file_data_line.c_str());
 675   // get paths
 676
 677   while (!save_file.eof())
 678   {
 679     loaded_path.clear();
 680     getline(save_file, file_data_line);
 681     if (file_data_line != "")
 682     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 683     {
 684       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 685       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 686       //cout << "np= " << node_pair;
 687       comma_split_i = node_pair.find(",");
 688       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 689       //cout << "n= " << node << " ";
 690       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 691       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 692     }
 693     //cout << endl;
 694     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 695     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 696   }
 697   save_file.close();
 698
 699   //the_paths.save("tmp.save");
 700 }
 701
 702 void Mussa::add_motif(const Sequence& motif, const Color& color)
 703 {
 704   motif_sequences.insert(motif);
 705   color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif.get_sequence(), color);
 706 }
 707
 708 void Mussa::set_motifs(const vector<Sequence>& motifs,
 709                        const vector<Color>& colors)
 710 {
 711   if (motifs.size() != colors.size()) {
 712     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 713   }
 714
 715   motif_sequences.clear();
 716   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 717   {
 718     add_motif(motifs[i], colors[i]);
 719   }
 720   update_sequences_motifs();
 721 }
 722
 723 // I mostly split the ifstream out so I can use a stringstream to test it.
 724 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 725 {
 726   string seq;
 727   float red;
 728   float green;
 729   float blue;
 730
 731   while(in.good())
 732   {
 733     in >> seq >> red >> green >> blue;
 734     // if we couldn't read this line 'cause we're like at the end of the file
 735     // try to exit the loop
 736     if (!in.good())
 737       break;
 738     try {
 739       seq = Sequence::motif_normalize(seq);
 740     } catch(motif_normalize_error e) {
 741       clog << "unable to parse " << seq << " skipping" << endl;
 742       clog << e.what() << endl;
 743       continue;
 744     }
 745     if (red < 0.0 or red > 1.0) {
 746       clog << "invalid red value " << red << ". must be in range [0..1]"
 747            << endl;
 748       continue;
 749     }
 750     if (green < 0.0 or green > 1.0) {
 751       clog << "invalid green value " << green << ". must be in range [0..1]"
 752            << endl;
 753       continue;
 754     }
 755     if (blue < 0.0 or blue > 1.0) {
 756       clog << "invalid blue value " << blue << ". must be in range [0..1]"
 757            << endl;
 758       continue;
 759     }
 760     if (motif_sequences.find(seq) == motif_sequences.end()) {
 761       // sequence wasn't found
 762       motif_sequences.insert(seq);
 763       Color c(red, green, blue);
 764       color_mapper->appendInstanceColor("motif", seq, c);
 765     } else {
 766       clog << "sequence " << seq << " was already defined skipping"
 767            << endl;
 768       continue;
 769     }
 770   }
 771   update_sequences_motifs();
 772 }
 773
 774 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 775 {
 776   fs::ifstream f;
 777   f.open(filename, ifstream::in);
 778   load_motifs(f);
 779 }
 780
 781 void Mussa::update_sequences_motifs()
 782 {
 783   // once we've loaded all the motifs from the file,
 784   // lets attach them to the sequences
 785   for(vector<boost::shared_ptr<Sequence> >::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 786       seq_i != the_seqs.end();
 787       ++seq_i)
 788   {
 789     // clear out old motifs
 790     (*seq_i)->clear_motifs();
 791     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 792     for(set<Sequence>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 793         motif_i != motif_sequences.end();
 794         ++motif_i)
 795     {
 796       (*seq_i)->add_motif(*motif_i);
 797     }
 798   }
 799 }
 800
 801 const set<Sequence>& Mussa::motifs() const
 802 {
 803   return motif_sequences;
 804 }
 805
 806 boost::shared_ptr<AnnotationColors> Mussa::colorMapper()
 807 {
 808   return color_mapper;
 809 }