alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  17 namespace fs = boost::filesystem;
  18
  19 #include <iostream>
  20 #include <sstream>
  21
  22 #include "mussa_exceptions.hpp"
  23 #include "alg/mussa.hpp"
  24 #include "alg/flp.hpp"
  25
  26 using namespace std;
  27
  28
  29 Mussa::Mussa()
  30   : color_mapper(new AnnotationColors)
  31 {
  32   clear();
  33   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  34           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  35 }
  36
  37 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  38   : analysis_name(m.analysis_name),
  39     window(m.window),
  40     threshold(m.threshold),
  41     soft_thres(m.soft_thres),
  42     ana_mode(m.ana_mode),
  43     win_append(m.win_append),
  44     thres_append(m.thres_append),
  45     motif_sequences(m.motif_sequences),
  46     color_mapper(m.color_mapper),
  47     dirty(m.dirty)
  48 {
  49   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  50           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  51 }
  52
  53 // set all parameters to null state
  54 void
  55 Mussa::clear()
  56 {
  57   analysis_name = "";
  58   ana_mode = TransitiveNway;
  59   window = 0;
  60   threshold = 0;
  61   soft_thres = 0;
  62   win_append = false;
  63   thres_append = false;
  64   motif_sequences.clear();
  65   if(color_mapper) color_mapper->clear();
  66   the_paths.clear();
  67   dirty = false;
  68 }
  69
  70 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
  71 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
  72 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
  73 void
  74 Mussa::set_name(string a_name)
  75 {
  76   analysis_name = a_name;
  77   dirty = true;
  78 }
  79
  80 string Mussa::get_name()
  81 {
  82   return analysis_name;
  83 }
  84
  85 int
  86 Mussa::size() const
  87 {
  88   if (the_seqs.size() > 0)
  89     return the_seqs.size();
  90   else
  91     return 0;
  92 }
  93
  94 void
  95 Mussa::set_window(int a_window)
  96 {
  97   window = a_window;
  98   dirty = true;
  99 }
 100
 101 int Mussa::get_window() const
 102 {
 103   return window;
 104 }
 105
 106 void
 107 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 108 {
 109   threshold = a_threshold;
 110   dirty = true;
 111   if (a_threshold > soft_thres) {
 112     soft_thres = a_threshold;
 113   }
 114 }
 115
 116 int Mussa::get_threshold() const
 117 {
 118   return threshold;
 119 }
 120
 121 void
 122 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 123 {
 124   if (new_threshold < threshold) {
 125     soft_thres = threshold;
 126   } else if (new_threshold > window) {
 127     soft_thres = window;
 128   } else {
 129     soft_thres = new_threshold;
 130   }
 131 }
 132
 133 int Mussa::get_soft_threshold() const
 134 {
 135   return soft_thres;
 136 }
 137
 138 void
 139 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 140 {
 141   ana_mode = new_ana_mode;
 142   dirty = true;
 143 }
 144
 145 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 146 {
 147   return ana_mode;
 148 }
 149
 150 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 151 {
 152   switch (ana_mode)
 153   {
 154   case TransitiveNway:
 155     return string("Transitive");
 156     break;
 157   case RadialNway:
 158     return string("Radial");
 159     break;
 160   case EntropyNway:
 161     return string("Entropy");
 162     break;
 163   case RecursiveNway:
 164     return string("[deprecated] Recursive");
 165     break;
 166   default:
 167     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 168     break;
 169   }
 170 }
 171
 172 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 173 {
 174   return the_paths;
 175 }
 176
 177 //template <class IteratorT>
 178 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 179 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 180                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 181                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 182                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 183 {
 184   const vector_sequence_type& raw_seq = the_seqs;
 185   ConservedPath::path_type aligned_path;
 186   size_t i2, i3;
 187   int x_start, x_end;
 188   int window_length, win_i;
 189   int rc_1 = 0;
 190   int rc_2 = 0;
 191   vector<bool> rc_list;
 192   bool full_match;
 193   vector<bool> matched;
 194   int align_counter;
 195
 196   align_counter = 0;
 197   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 198   {
 199     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 200     window_length = a_path.window_size;
 201     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 202     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 203
 204     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 205     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 206     {
 207       aligned_path.clear();
 208       // determine which exact base pairs match between the sequences
 209       full_match = true;
 210       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 211       {
 212         // assume not rc as most likely, adjust below
 213         rc_1 = 0;
 214         rc_2 = 0;
 215         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 216         if (a_path[i2] < 0)
 217           rc_1 = window_length-1;
 218         if (a_path[i2+1] < 0)
 219           rc_2 = window_length-1;
 220
 221         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 222         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 223
 224         boost::shared_ptr<Sequence> cur(raw_seq[i2]) ;
 225         boost::shared_ptr<Sequence> next(raw_seq[i2+1]);
 226         // RC case handling
 227         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 228         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 229         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 230         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 231           if(!(( ((*cur)[x_start]=='A')&&((*next)[x_end]=='T')) ||
 232                 (((*cur)[x_start]=='T')&&((*next)[x_end]=='A')) ||
 233                 (((*cur)[x_start]=='G')&&((*next)[x_end]=='C')) ||
 234                 (((*cur)[x_start]=='C')&&((*next)[x_end]=='G'))) )
 235           {
 236             full_match = false;
 237           } else {
 238             aligned_path.push_back(x_start);
 239           }
 240         }
 241         else
 242         { // forward match
 243           if (!( ((*cur)[x_start] == (*next)[x_end]) &&
 244                 ((*cur)[x_start] != 'N') && ((*next)[x_end] != 'N') ) ) {
 245             full_match = false;
 246           } else {
 247             aligned_path.push_back(x_start);
 248           }
 249         }
 250       }
 251       // grab the last part of our path, assuming we matched
 252       if (full_match)
 253         aligned_path.push_back(x_end);
 254
 255       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 256         result.push_back(aligned_path);
 257         reversed.push_back(rc_list);
 258       }
 259     }
 260     align_counter++;
 261   }
 262 }
 263
 264
 265 void Mussa::append_sequence(const Sequence& a_seq)
 266 {
 267   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(a_seq));
 268   the_seqs.push_back(seq_copy);
 269   dirty = true;
 270 }
 271
 272 void Mussa::append_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> a_seq)
 273 {
 274   the_seqs.push_back(a_seq);
 275   dirty = true;
 276 }
 277
 278
 279 const vector<boost::shared_ptr<Sequence> >&
 280 Mussa::sequences() const
 281 {
 282   return the_seqs;
 283 }
 284
 285 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 286                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end,
 287                           std::string *name)
 288 {
 289   boost::shared_ptr<Sequence> aseq(new Sequence);
 290   aseq->load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 291   if ( not annot_file.empty() ) {
 292     aseq->load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 293   }
 294   if (name != 0 and name->size() > 0 ) {
 295     aseq->set_species(*name);
 296   }
 297   the_seqs.push_back(aseq);
 298   dirty = true;
 299 }
 300
 301 void
 302 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 303 {
 304   fs::ifstream para_file;
 305   string file_data_line;
 306   string param, value;
 307   fs::path annot_file;
 308   int split_index, fasta_index;
 309   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 310   bool seq_params, did_seq;
 311   string err_msg;
 312   bool parsing_path;
 313   string::size_type new_index, dir_index;
 314
 315   // initialize values
 316   clear();
 317
 318   // if file was opened, read the parameter values
 319   if (fs::exists(para_file_path))
 320   {
 321     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 322
 323     // what directory is the mupa file in?
 324     fs::path file_path_base = para_file_path.branch_path();
 325
 326     // setup loop by getting file's first line
 327     getline(para_file,file_data_line);
 328     split_index = file_data_line.find(" ");
 329     param = file_data_line.substr(0,split_index);
 330     value = file_data_line.substr(split_index+1);
 331
 332     while (!para_file.eof())
 333     {
 334       did_seq = false;
 335       if (param == "ANA_NAME")
 336         analysis_name = value;
 337       else if (param == "APPEND_WIN")
 338         win_append = true;
 339       else if (param == "APPEND_THRES")
 340         thres_append = true;
 341       else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 342         ; // ignore sequence_num now
 343       else if (param == "WINDOW")
 344         window = atoi(value.c_str());
 345       else if (param == "THRESHOLD")
 346         threshold = atoi(value.c_str());
 347       else if (param == "SEQUENCE")
 348       {
 349         fs::path seq_file = file_path_base / value;
 350         //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 351         fasta_index = 1;
 352         annot_file = "";
 353         sub_seq_start = 0;
 354         sub_seq_end = 0;
 355         seq_params = true;
 356
 357         while ((!para_file.eof()) && seq_params)
 358         {
 359           getline(para_file,file_data_line);
 360           split_index = file_data_line.find(" ");
 361           param = file_data_line.substr(0,split_index);
 362           value = file_data_line.substr(split_index+1);
 363
 364           if (param == "FASTA_INDEX")
 365             fasta_index = atoi(value.c_str());
 366           else if (param == "ANNOTATION")
 367             annot_file = file_path_base / value;
 368           else if (param == "SEQ_START")
 369             sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 370           else if (param == "SEQ_END")
 371           {
 372             sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 373           }
 374           //ignore empty lines or that start with '#'
 375           else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 376           else seq_params = false;
 377         }
 378         load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 379                       sub_seq_end);
 380         did_seq = true;
 381       }
 382       //ignore empty lines or that start with '#'
 383       else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 384       else
 385       {
 386         clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 387         clog << param << "\n";
 388       }
 389
 390       if (!did_seq)
 391       {
 392         getline(para_file,file_data_line);
 393         split_index = file_data_line.find(" ");
 394         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 395         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 396         did_seq = false;
 397       }
 398     }
 399
 400     para_file.close();
 401
 402     soft_thres = threshold;
 403     //cout << "nway mupa: analysis_name = " << analysis_name
 404     //     << " window = " << window
 405     //     << " threshold = " << threshold << endl;
 406   }
 407   // no file was loaded, signal error
 408   else
 409   {
 410     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 411   }
 412   dirty = true;
 413 }
 414
 415
 416 void
 417 Mussa::analyze()
 418 {
 419   if (the_seqs.size() < 2) {
 420     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 421                                "do an analysis.");
 422   }
 423   //cout << "nway ana: seq_num = " << the_seqs.size() << endl;
 424
 425   seqcomp();
 426   the_paths.setup(window, threshold);
 427   nway();
 428   // FIXME: once we implement a save feature we should remove this
 429   if (not analysis_name.empty()) {
 430     save();
 431   }
 432 }
 433
 434 void
 435 Mussa::seqcomp()
 436 {
 437   vector<int> seq_lens;
 438   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 439   FLPs dummy_comp;
 440   string save_file_string;
 441
 442   empty_FLP_vector.clear();
 443   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 444   {
 445     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 446     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 447       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 448   }
 449   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 450     seq_lens.push_back(the_seqs[i]->size());
 451   }
 452   int seqcomps_done = 0;
 453   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 454   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 455
 456   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 457     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 458     {
 459       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 460       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 461       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], *the_seqs[i2], false);
 462       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], the_seqs[i2]->rev_comp(),true);
 463       ++seqcomps_done;
 464       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 465     }
 466 }
 467
 468 void
 469 Mussa::nway()
 470 {
 471
 472   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 473
 474   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 475     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 476   }
 477   else if (ana_mode == RadialNway) {
 478     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 479   }
 480   else if (ana_mode == EntropyNway)
 481   {
 482     vector<string> some_Seqs;
 483     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 484     some_Seqs.clear();
 485     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 486     {
 487       some_Seqs.push_back(*the_seqs[i]);
 488     }
 489
 490     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 491     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 492   }
 493
 494   // old recursive transitive analysis function
 495   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 496     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 497
 498   the_paths.simple_refine();
 499 }
 500
 501 void
 502 Mussa::save(fs::path save_path)
 503 {
 504   fs::path flp_filepath;
 505   fs::fstream save_file;
 506   ostringstream append_info;
 507   int dir_create_status;
 508
 509   if (save_path.empty()) {
 510     if (not analysis_name.empty()) {
 511       std::string save_name = analysis_name;
 512        // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 513        if (win_append) {
 514         append_info.str("");
 515         append_info <<  "_w" << window;
 516         save_name += append_info.str();
 517       }
 518
 519       if (thres_append) {
 520         append_info.str("");
 521         append_info <<  "_t" << threshold;
 522         save_name += append_info.str();
 523       }
 524       save_path = save_name;
 525     } else {
 526       throw mussa_save_error("Need filename or analysis name to save");
 527     }
 528   }
 529
 530   if (not fs::exists(save_path)) {
 531     fs::create_directory(save_path);
 532   }
 533   // save sequence and annots to a special mussa file
 534   save_file.open(save_path / (save_path.leaf()+".museq"), ios::out);
 535   save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 536
 537   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 538   {
 539     the_seqs[i]->save(save_file);
 540   }
 541
 542   save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 543   save_file.close();
 544
 545   // save nway paths to its mussa save file
 546   the_paths.save(save_path / (save_path.leaf()+ ".muway"));
 547
 548   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 549     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 550     {
 551       append_info.str("");
 552       append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 553       all_comps[i][i2].save(save_path/(save_path.leaf()+append_info.str()+".flp"));
 554     }
 555   }
 556   dirty = false;
 557 }
 558
 559 void
 560 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 561 {
 562   the_paths.save(save_path);
 563 }
 564
 565 void
 566 Mussa::load(fs::path ana_file)
 567 {
 568   int i, i2;
 569   fs::path file_path_base;
 570   fs::path a_file_path;
 571   fs::path ana_path(ana_file);
 572   bool parsing_path;
 573   string err_msg;
 574   ostringstream append_info;
 575   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 576   FLPs dummy_comp;
 577
 578   //clog << "ana_file name " << ana_file.string() << endl;
 579   analysis_name = ana_path.leaf();
 580   //clog << " ana_name " << analysis_name << endl;
 581   file_path_base =  ana_path.branch_path() / analysis_name;
 582   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".muway");
 583   //clog << " loading museq: " << a_file_path.string() << endl;
 584   the_paths.load(a_file_path);
 585   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 586   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 587   window = the_paths.get_window();
 588   threshold = the_paths.get_threshold();
 589   soft_thres = threshold;
 590
 591   int seq_num = the_paths.sequence_count();
 592
 593   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".museq");
 594
 595   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 596   for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 597   {
 598     boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq(new Sequence);
 599     //clog << "mussa_class: loading museq frag... " << a_file_path.string() << endl;
 600     tmp_seq->load_museq(a_file_path, i);
 601     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 602   }
 603
 604   empty_FLP_vector.clear();
 605   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 606   {
 607     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 608     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 609       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 610   }
 611
 612   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 613   {
 614     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 615     {
 616       append_info.str("");
 617       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 618       //clog << append_info.str() << endl;
 619       a_file_path = file_path_base / append_info.str();
 620       //clog << "path " << a_file_path.string() << endl;
 621       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 622       //clog << "real size = " << all_comps[i][i2].size() << endl;
 623     }
 624   }
 625 }
 626
 627
 628 void
 629 Mussa::save_old()
 630 {
 631   fs::fstream save_file;
 632
 633   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 634
 635   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 636     save_file << *(the_seqs[i]) << endl;
 637
 638   save_file << window << endl;
 639   save_file.close();
 640   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 641   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 642   the_paths.save_old(analysis_name);
 643 }
 644
 645
 646 void
 647 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 648 {
 649   fstream save_file;
 650   string file_data_line;
 651   int i, space_split_i, comma_split_i;
 652   vector<int> loaded_path;
 653   string node_pair, node;
 654   Sequence a_seq;
 655
 656   int seq_num = s_num;
 657   the_paths.setup(0, 0);
 658   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 659
 660   // currently loads old mussa format
 661
 662   // get sequences
 663   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 664   {
 665     getline(save_file, file_data_line);
 666     boost::shared_ptr<Sequence> a_seq(new Sequence(file_data_line));
 667     the_seqs.push_back(a_seq);
 668   }
 669
 670   // get window size
 671   getline(save_file, file_data_line);
 672   window = atoi(file_data_line.c_str());
 673   // get paths
 674
 675   while (!save_file.eof())
 676   {
 677     loaded_path.clear();
 678     getline(save_file, file_data_line);
 679     if (file_data_line != "")
 680     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 681     {
 682       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 683       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 684       //cout << "np= " << node_pair;
 685       comma_split_i = node_pair.find(",");
 686       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 687       //cout << "n= " << node << " ";
 688       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 689       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 690     }
 691     //cout << endl;
 692     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 693     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 694   }
 695   save_file.close();
 696
 697   //the_paths.save("tmp.save");
 698 }
 699
 700 void Mussa::add_motif(const Sequence& motif, const Color& color)
 701 {
 702   motif_sequences.insert(motif);
 703   color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif, color);
 704 }
 705
 706 void Mussa::set_motifs(const vector<Sequence>& motifs,
 707                        const vector<Color>& colors)
 708 {
 709   if (motifs.size() != colors.size()) {
 710     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 711   }
 712
 713   motif_sequences.clear();
 714   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 715   {
 716     add_motif(motifs[i], colors[i]);
 717   }
 718   update_sequences_motifs();
 719 }
 720
 721 // I mostly split the ifstream out so I can use a stringstream to test it.
 722 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 723 {
 724   string seq;
 725   float red;
 726   float green;
 727   float blue;
 728
 729   while(in.good())
 730   {
 731     in >> seq >> red >> green >> blue;
 732     // if we couldn't read this line 'cause we're like at the end of the file
 733     // try to exit the loop
 734     if (!in.good())
 735       break;
 736     try {
 737       seq = Sequence::motif_normalize(seq);
 738     } catch(motif_normalize_error e) {
 739       clog << "unable to parse " << seq << " skipping" << endl;
 740       clog << e.what() << endl;
 741       continue;
 742     }
 743     if (red < 0.0 or red > 1.0) {
 744       clog << "invalid red value " << red << ". must be in range [0..1]"
 745            << endl;
 746       continue;
 747     }
 748     if (green < 0.0 or green > 1.0) {
 749       clog << "invalid green value " << green << ". must be in range [0..1]"
 750            << endl;
 751       continue;
 752     }
 753     if (blue < 0.0 or blue > 1.0) {
 754       clog << "invalid blue value " << blue << ". must be in range [0..1]"
 755            << endl;
 756       continue;
 757     }
 758     if (motif_sequences.find(seq) == motif_sequences.end()) {
 759       // sequence wasn't found
 760       motif_sequences.insert(seq);
 761       Color c(red, green, blue);
 762       color_mapper->appendInstanceColor("motif", seq, c);
 763     } else {
 764       clog << "sequence " << seq << " was already defined skipping"
 765            << endl;
 766       continue;
 767     }
 768   }
 769   update_sequences_motifs();
 770 }
 771
 772 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 773 {
 774   fs::ifstream f;
 775   f.open(filename, ifstream::in);
 776   load_motifs(f);
 777 }
 778
 779 void Mussa::update_sequences_motifs()
 780 {
 781   // once we've loaded all the motifs from the file,
 782   // lets attach them to the sequences
 783   for(vector<boost::shared_ptr<Sequence> >::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 784       seq_i != the_seqs.end();
 785       ++seq_i)
 786   {
 787     // clear out old motifs
 788     (*seq_i)->clear_motifs();
 789     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 790     for(set<Sequence>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 791         motif_i != motif_sequences.end();
 792         ++motif_i)
 793     {
 794       (*seq_i)->add_motif(*motif_i);
 795     }
 796   }
 797 }
 798
 799 const set<Sequence>& Mussa::motifs() const
 800 {
 801   return motif_sequences;
 802 }
 803
 804 boost::shared_ptr<AnnotationColors> Mussa::colorMapper()
 805 {
 806   return color_mapper;
 807 }