alg/mussa.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                          ---------- mussa_class.cc -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
  16 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  17 namespace fs = boost::filesystem;
  18
  19 #include <iostream>
  20 #include <sstream>
  21
  22 #include "mussa_exceptions.hpp"
  23 #include "alg/mussa.hpp"
  24 #include "alg/flp.hpp"
  25
  26 using namespace std;
  27
  28
  29 Mussa::Mussa()
  30   : color_mapper(new AnnotationColors)
  31 {
  32   clear();
  33   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  34           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  35 }
  36
  37 Mussa::Mussa(const Mussa& m)
  38   : analysis_name(m.analysis_name),
  39     window(m.window),
  40     threshold(m.threshold),
  41     soft_thres(m.soft_thres),
  42     ana_mode(m.ana_mode),
  43     win_append(m.win_append),
  44     thres_append(m.thres_append),
  45     motif_sequences(m.motif_sequences),
  46     color_mapper(m.color_mapper),
  47     analysis_path(m.analysis_path),
  48     dirty(m.dirty)
  49 {
  50   connect(&the_paths, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)),
  51           this, SIGNAL(progress(const std::string&, int, int)));
  52 }
  53
  54 boost::filesystem::path Mussa::get_analysis_path() const
  55 {
  56   return analysis_path;
  57 }
  58
  59 // set all parameters to null state
  60 void
  61 Mussa::clear()
  62 {
  63   analysis_name = "";
  64   ana_mode = TransitiveNway;
  65   window = 0;
  66   threshold = 0;
  67   soft_thres = 0;
  68   win_append = false;
  69   thres_append = false;
  70   motif_sequences.clear();
  71   if(color_mapper) color_mapper->clear();
  72   the_seqs.clear();
  73   the_paths.clear();
  74   analysis_path = fs::path();
  75   dirty = false;
  76 }
  77
  78 bool Mussa::is_dirty() const
  79 {
  80   return dirty;
  81 }
  82
  83 bool Mussa::empty() const
  84 {
  85   return the_seqs.empty();
  86 }
  87
  88
  89 // these 5 simple methods manually set the parameters for doing an analysis
  90 // used so that the gui can take input from user and setup the analysis
  91 // note - still need a set_append(bool, bool) method...
  92 void
  93 Mussa::set_name(string a_name)
  94 {
  95   analysis_name = a_name;
  96   dirty = true;
  97 }
  98
  99 string Mussa::get_name()
 100 {
 101   return analysis_name;
 102 }
 103
 104 int
 105 Mussa::size() const
 106 {
 107   if (the_seqs.size() > 0)
 108     return the_seqs.size();
 109   else
 110     return 0;
 111 }
 112
 113 void
 114 Mussa::set_window(int a_window)
 115 {
 116   window = a_window;
 117   dirty = true;
 118 }
 119
 120 int Mussa::get_window() const
 121 {
 122   return window;
 123 }
 124
 125 void
 126 Mussa::set_threshold(int a_threshold)
 127 {
 128   threshold = a_threshold;
 129   dirty = true;
 130   if (a_threshold > soft_thres) {
 131     soft_thres = a_threshold;
 132   }
 133 }
 134
 135 int Mussa::get_threshold() const
 136 {
 137   return threshold;
 138 }
 139
 140 void
 141 Mussa::set_soft_threshold(int new_threshold)
 142 {
 143   if (new_threshold < threshold) {
 144     soft_thres = threshold;
 145   } else if (new_threshold > window) {
 146     soft_thres = window;
 147   } else {
 148     soft_thres = new_threshold;
 149   }
 150 }
 151
 152 int Mussa::get_soft_threshold() const
 153 {
 154   return soft_thres;
 155 }
 156
 157 void
 158 Mussa::set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode)
 159 {
 160   ana_mode = new_ana_mode;
 161   dirty = true;
 162 }
 163
 164 enum Mussa::analysis_modes Mussa::get_analysis_mode() const
 165 {
 166   return ana_mode;
 167 }
 168
 169 string Mussa::get_analysis_mode_name() const
 170 {
 171   switch (ana_mode)
 172   {
 173   case TransitiveNway:
 174     return string("Transitive");
 175     break;
 176   case RadialNway:
 177     return string("Radial");
 178     break;
 179   case EntropyNway:
 180     return string("Entropy");
 181     break;
 182   case RecursiveNway:
 183     return string("[deprecated] Recursive");
 184     break;
 185   default:
 186     throw runtime_error("invalid analysis mode type");
 187     break;
 188   }
 189 }
 190
 191 const NwayPaths& Mussa::paths() const
 192 {
 193   return the_paths;
 194 }
 195
 196 //template <class IteratorT>
 197 //void Mussa::createLocalAlignment(IteratorT begin, IteratorT end)
 198 void Mussa::createLocalAlignment(std::list<ConservedPath>::iterator begin,
 199                                  std::list<ConservedPath>::iterator end,
 200                                  std::list<ConservedPath::path_type>& result,
 201                                  std::list<std::vector<bool> >& reversed)
 202 {
 203   const vector_sequence_type& raw_seq = the_seqs;
 204   ConservedPath::path_type aligned_path;
 205   size_t i2, i3;
 206   int x_start, x_end;
 207   int window_length, win_i;
 208   int rc_1 = 0;
 209   int rc_2 = 0;
 210   vector<bool> rc_list;
 211   bool full_match;
 212   vector<bool> matched;
 213   int align_counter;
 214
 215   align_counter = 0;
 216   for(std::list<ConservedPath>::iterator pathz_i=begin; pathz_i != end; ++pathz_i)
 217   {
 218     ConservedPath& a_path = *pathz_i;
 219     window_length = a_path.window_size;
 220     // determine which parts of the path are RC relative to first species
 221     rc_list = a_path.reverseComplimented();
 222
 223     // loop over each bp in the conserved region for all sequences
 224     for(win_i = 0; win_i < window_length; win_i++)
 225     {
 226       aligned_path.clear();
 227       // determine which exact base pairs match between the sequences
 228       full_match = true;
 229       for(i2 = 0; i2 < a_path.size()-1; i2++)
 230       {
 231         // assume not rc as most likely, adjust below
 232         rc_1 = 0;
 233         rc_2 = 0;
 234         // no matter the case, any RC node needs adjustments
 235         if (a_path[i2] < 0)
 236           rc_1 = window_length-1;
 237         if (a_path[i2+1] < 0)
 238           rc_2 = window_length-1;
 239
 240         x_start = (abs(a_path[i2]-rc_1+win_i));
 241         x_end =   (abs(a_path[i2+1]-rc_2+win_i));
 242
 243         boost::shared_ptr<Sequence> cur(raw_seq[i2]) ;
 244         boost::shared_ptr<Sequence> next(raw_seq[i2+1]);
 245         // RC case handling
 246         // ugh, and xor...only want rc coloring if just one of the nodes is rc
 247         // if both nodes are rc, then they are 'normal' relative to each other
 248         if((rc_list[i2] || rc_list[i2+1] )&&!(rc_list[i2] && rc_list[i2+1]))
 249         { //the hideous rc matching logic - not complex, but annoying
 250           if(!(( ((*cur)[x_start]=='A')&&((*next)[x_end]=='T')) ||
 251                 (((*cur)[x_start]=='T')&&((*next)[x_end]=='A')) ||
 252                 (((*cur)[x_start]=='G')&&((*next)[x_end]=='C')) ||
 253                 (((*cur)[x_start]=='C')&&((*next)[x_end]=='G'))) )
 254           {
 255             full_match = false;
 256           } else {
 257             aligned_path.push_back(x_start);
 258           }
 259         }
 260         else
 261         { // forward match
 262           if (!( ((*cur)[x_start] == (*next)[x_end]) &&
 263                 ((*cur)[x_start] != 'N') && ((*next)[x_end] != 'N') ) ) {
 264             full_match = false;
 265           } else {
 266             aligned_path.push_back(x_start);
 267           }
 268         }
 269       }
 270       // grab the last part of our path, assuming we matched
 271       if (full_match)
 272         aligned_path.push_back(x_end);
 273
 274       if (aligned_path.size() == a_path.size()) {
 275         result.push_back(aligned_path);
 276         reversed.push_back(rc_list);
 277       }
 278     }
 279     align_counter++;
 280   }
 281 }
 282
 283
 284 void Mussa::append_sequence(const Sequence& a_seq)
 285 {
 286   boost::shared_ptr<Sequence> seq_copy(new Sequence(a_seq));
 287   the_seqs.push_back(seq_copy);
 288   dirty = true;
 289 }
 290
 291 void Mussa::append_sequence(boost::shared_ptr<Sequence> a_seq)
 292 {
 293   the_seqs.push_back(a_seq);
 294   dirty = true;
 295 }
 296
 297
 298 const vector<boost::shared_ptr<Sequence> >&
 299 Mussa::sequences() const
 300 {
 301   return the_seqs;
 302 }
 303
 304 void Mussa::load_sequence(fs::path seq_file, fs::path annot_file,
 305                           int fasta_index, int sub_seq_start, int sub_seq_end,
 306                           std::string *name)
 307 {
 308   boost::shared_ptr<Sequence> aseq(new Sequence);
 309   aseq->load_fasta(seq_file, fasta_index, sub_seq_start, sub_seq_end);
 310   if ( not annot_file.empty() ) {
 311     aseq->load_annot(annot_file, sub_seq_start, sub_seq_end);
 312   }
 313   if (name != 0 and name->size() > 0 ) {
 314     aseq->set_species(*name);
 315   }
 316   the_seqs.push_back(aseq);
 317   dirty = true;
 318 }
 319
 320 void
 321 Mussa::load_mupa_file(fs::path para_file_path)
 322 {
 323   fs::ifstream para_file;
 324   string file_data_line;
 325   string param, value;
 326   fs::path annot_file;
 327   int split_index, fasta_index;
 328   int sub_seq_start, sub_seq_end;
 329   bool seq_params, did_seq;
 330   string err_msg;
 331   bool parsing_path;
 332   string::size_type new_index, dir_index;
 333
 334   // initialize values
 335   clear();
 336
 337   // if file was opened, read the parameter values
 338   if (not fs::exists(para_file_path))
 339   {
 340     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " not found");
 341   } else if (fs::is_directory(para_file_path)) {
 342     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is a directory.");
 343   } else if (fs::is_empty(para_file_path)) {
 344     throw mussa_load_error("Config File: " + para_file_path.string() + " is empty");
 345   } else  {
 346     para_file.open(para_file_path, ios::in);
 347
 348     // what directory is the mupa file in?
 349     fs::path file_path_base = para_file_path.branch_path();
 350
 351     // setup loop by getting file's first line
 352     getline(para_file,file_data_line);
 353     split_index = file_data_line.find(" ");
 354     param = file_data_line.substr(0,split_index);
 355     value = file_data_line.substr(split_index+1);
 356
 357     while (para_file)
 358     {
 359       did_seq = false;
 360       if (param == "ANA_NAME")
 361         analysis_name = value;
 362       else if (param == "APPEND_WIN")
 363         win_append = true;
 364       else if (param == "APPEND_THRES")
 365         thres_append = true;
 366       else if (param == "SEQUENCE_NUM")
 367         ; // ignore sequence_num now
 368       else if (param == "WINDOW")
 369         window = atoi(value.c_str());
 370       else if (param == "THRESHOLD")
 371         threshold = atoi(value.c_str());
 372       else if (param == "SEQUENCE")
 373       {
 374         fs::path seq_file = file_path_base / value;
 375         //cout << "seq_file_name " << seq_files.back() << endl;
 376         fasta_index = 1;
 377         annot_file = "";
 378         sub_seq_start = 0;
 379         sub_seq_end = 0;
 380         seq_params = true;
 381
 382         while (para_file && seq_params)
 383         {
 384           getline(para_file,file_data_line);
 385           split_index = file_data_line.find(" ");
 386           param = file_data_line.substr(0,split_index);
 387           value = file_data_line.substr(split_index+1);
 388
 389           if (param == "FASTA_INDEX")
 390             fasta_index = atoi(value.c_str());
 391           else if (param == "ANNOTATION")
 392             annot_file = file_path_base / value;
 393           else if (param == "SEQ_START")
 394             sub_seq_start = atoi(value.c_str());
 395           else if (param == "SEQ_END")
 396           {
 397             sub_seq_end = atoi(value.c_str());
 398           }
 399           //ignore empty lines or that start with '#'
 400           else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 401           else seq_params = false;
 402         }
 403         load_sequence(seq_file, annot_file, fasta_index, sub_seq_start,
 404                       sub_seq_end);
 405         did_seq = true;
 406       }
 407       //ignore empty lines or that start with '#'
 408       else if ((param == "") || (param == "#")) {}
 409       else
 410       {
 411         clog << "Illegal/misplaced mussa parameter in file\n";
 412         clog << param << "\n";
 413       }
 414
 415       if (!did_seq)
 416       {
 417         getline(para_file,file_data_line);
 418         split_index = file_data_line.find(" ");
 419         param = file_data_line.substr(0,split_index);
 420         value = file_data_line.substr(split_index+1);
 421         did_seq = false;
 422       }
 423     }
 424
 425     para_file.close();
 426
 427     soft_thres = threshold;
 428     //cout << "nway mupa: analysis_name = " << analysis_name
 429     //     << " window = " << window
 430     //     << " threshold = " << threshold << endl;
 431   }
 432   // no file was loaded, signal error
 433   dirty = true;
 434 }
 435
 436
 437 void
 438 Mussa::analyze()
 439 {
 440   if (the_seqs.size() < 2) {
 441     throw mussa_analysis_error("you need to have at least 2 sequences to "
 442                                "do an analysis.");
 443   }
 444   //cout << "nway ana: seq_num = " << the_seqs.size() << endl;
 445
 446   seqcomp();
 447   the_paths.setup(window, threshold);
 448   nway();
 449   // FIXME: once we implement a save feature we should remove this
 450   if (not analysis_name.empty()) {
 451     save();
 452   }
 453 }
 454
 455 void
 456 Mussa::seqcomp()
 457 {
 458   vector<int> seq_lens;
 459   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 460   FLPs dummy_comp;
 461   string save_file_string;
 462
 463   empty_FLP_vector.clear();
 464   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 465   {
 466     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 467     for(vector<Sequence>::size_type i2 = 0; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 468       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 469   }
 470   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 471     seq_lens.push_back(the_seqs[i]->size());
 472   }
 473   int seqcomps_done = 0;
 474   int seqcomps_todo = (the_seqs.size() * (the_seqs.size()-1)) / 2;
 475   emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 476
 477   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 478     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 479     {
 480       //cout << "seqcomping: " << i << " v. " << i2 << endl;
 481       all_comps[i][i2].setup(window, threshold);
 482       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], *the_seqs[i2], false);
 483       all_comps[i][i2].seqcomp(*the_seqs[i], the_seqs[i2]->rev_comp(),true);
 484       ++seqcomps_done;
 485       emit progress("seqcomp", seqcomps_done, seqcomps_todo);
 486     }
 487 }
 488
 489 void
 490 Mussa::nway()
 491 {
 492
 493   the_paths.set_soft_threshold(soft_thres);
 494
 495   if (ana_mode == TransitiveNway) {
 496     the_paths.trans_path_search(all_comps);
 497   }
 498   else if (ana_mode == RadialNway) {
 499     the_paths.radiate_path_search(all_comps);
 500   }
 501   else if (ana_mode == EntropyNway)
 502   {
 503     vector<Sequence> some_Seqs;
 504     //unlike other methods, entropy needs to look at the sequence at this stage
 505     some_Seqs.clear();
 506     for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 507     {
 508       some_Seqs.push_back(*the_seqs[i]);
 509     }
 510
 511     the_paths.setup_ent(ent_thres, some_Seqs); // ent analysis extra setup
 512     the_paths.entropy_path_search(all_comps);
 513   }
 514
 515   // old recursive transitive analysis function
 516   else if (ana_mode == RecursiveNway)
 517     the_paths.find_paths_r(all_comps);
 518
 519   the_paths.simple_refine();
 520 }
 521
 522 void
 523 Mussa::save(fs::path save_path)
 524 {
 525   fs::path flp_filepath;
 526   fs::fstream save_file;
 527   ostringstream append_info;
 528   int dir_create_status;
 529
 530   if (save_path.empty()) {
 531     if (not analysis_name.empty()) {
 532       std::string save_name = analysis_name;
 533        // gotta do bit with adding win & thres if to be appended
 534        if (win_append) {
 535         append_info.str("");
 536         append_info <<  "_w" << window;
 537         save_name += append_info.str();
 538       }
 539
 540       if (thres_append) {
 541         append_info.str("");
 542         append_info <<  "_t" << threshold;
 543         save_name += append_info.str();
 544       }
 545       save_path = save_name;
 546     } else {
 547       throw mussa_save_error("Need filename or analysis name to save");
 548     }
 549   }
 550
 551   if (not fs::exists(save_path)) {
 552     fs::create_directory(save_path);
 553   }
 554   // save sequence and annots to a special mussa file
 555   save_file.open(save_path / (save_path.leaf()+".museq"), ios::out);
 556   save_file << "<Mussa_Sequence>" << endl;
 557
 558   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 559   {
 560     the_seqs[i]->save(save_file);
 561   }
 562
 563   save_file << "</Mussa_Sequence>" << endl;
 564   save_file.close();
 565
 566   // save nway paths to its mussa save file
 567   the_paths.save(save_path / (save_path.leaf()+ ".muway"));
 568
 569   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++) {
 570     for(vector<Sequence>::size_type i2 = i+1; i2 < the_seqs.size(); i2++)
 571     {
 572       append_info.str("");
 573       append_info <<  "_sp_" << i << "v" << i2;
 574       all_comps[i][i2].save(save_path/(save_path.leaf()+append_info.str()+".flp"));
 575     }
 576   }
 577   dirty = false;
 578   analysis_path = save_path;
 579 }
 580
 581 void
 582 Mussa::save_muway(fs::path save_path)
 583 {
 584   the_paths.save(save_path);
 585 }
 586
 587 void
 588 Mussa::load(fs::path ana_file)
 589 {
 590   int i, i2;
 591   fs::path file_path_base;
 592   fs::path a_file_path;
 593   fs::path ana_path(ana_file);
 594   bool parsing_path;
 595   string err_msg;
 596   ostringstream append_info;
 597   vector<FLPs> empty_FLP_vector;
 598   FLPs dummy_comp;
 599
 600   analysis_path = ana_file;
 601   //clog << "ana_file name " << ana_file.string() << endl;
 602   analysis_name = ana_path.leaf();
 603   //clog << " ana_name " << analysis_name << endl;
 604   file_path_base =  ana_path.branch_path() / analysis_name;
 605   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".muway");
 606   //clog << " loading museq: " << a_file_path.string() << endl;
 607   the_paths.load(a_file_path);
 608   // perhaps this could be more elegent, but at least this'll let
 609   // us know what our threshold and window sizes were when we load a muway
 610   window = the_paths.get_window();
 611   threshold = the_paths.get_threshold();
 612   soft_thres = threshold;
 613
 614   int seq_num = the_paths.sequence_count();
 615
 616   a_file_path = file_path_base / (analysis_name + ".museq");
 617
 618   // this is a bit of a hack due to C++ not acting like it should with files
 619   for (i = 1; i <= seq_num; i++)
 620   {
 621     boost::shared_ptr<Sequence> tmp_seq(new Sequence);
 622     //clog << "mussa_class: loading museq frag... " << a_file_path.string() << endl;
 623     tmp_seq->load_museq(a_file_path, i);
 624     the_seqs.push_back(tmp_seq);
 625   }
 626
 627   empty_FLP_vector.clear();
 628   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 629   {
 630     all_comps.push_back(empty_FLP_vector);
 631     for(i2 = 0; i2 < seq_num; i2++)
 632       all_comps[i].push_back(dummy_comp);
 633   }
 634
 635   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 636   {
 637     for(i2 = i+1; i2 < seq_num; i2++)
 638     {
 639       append_info.str("");
 640       append_info << analysis_name <<  "_sp_" << i << "v" << i2 << ".flp";
 641       //clog << append_info.str() << endl;
 642       a_file_path = file_path_base / append_info.str();
 643       //clog << "path " << a_file_path.string() << endl;
 644       all_comps[i][i2].load(a_file_path);
 645       //clog << "real size = " << all_comps[i][i2].size() << endl;
 646     }
 647   }
 648 }
 649
 650
 651 void
 652 Mussa::save_old()
 653 {
 654   fs::fstream save_file;
 655
 656   save_file.open(analysis_name, ios::out);
 657
 658   for(vector<Sequence>::size_type i = 0; i < the_seqs.size(); i++)
 659     save_file << *(the_seqs[i]) << endl;
 660
 661   save_file << window << endl;
 662   save_file.close();
 663   //note more complex eventually since analysis_name may need to have
 664   //window size, threshold and other stuff to modify it...
 665   the_paths.save_old(analysis_name);
 666 }
 667
 668
 669 void
 670 Mussa::load_old(char * load_file_path, int s_num)
 671 {
 672   fstream save_file;
 673   string file_data_line;
 674   int i, space_split_i, comma_split_i;
 675   vector<int> loaded_path;
 676   string node_pair, node;
 677   Sequence a_seq;
 678
 679   int seq_num = s_num;
 680   the_paths.setup(0, 0);
 681   save_file.open(load_file_path, ios::in);
 682
 683   // currently loads old mussa format
 684
 685   // get sequences
 686   for(i = 0; i < seq_num; i++)
 687   {
 688     getline(save_file, file_data_line);
 689     boost::shared_ptr<Sequence> a_seq(new Sequence(file_data_line));
 690     the_seqs.push_back(a_seq);
 691   }
 692
 693   // get window size
 694   getline(save_file, file_data_line);
 695   window = atoi(file_data_line.c_str());
 696   // get paths
 697
 698   while (!save_file.eof())
 699   {
 700     loaded_path.clear();
 701     getline(save_file, file_data_line);
 702     if (file_data_line != "")
 703     for(i = 0; i < seq_num; i++)
 704     {
 705       space_split_i = file_data_line.find(" ");
 706       node_pair = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 707       //cout << "np= " << node_pair;
 708       comma_split_i = node_pair.find(",");
 709       node = node_pair.substr(comma_split_i+1);
 710       //cout << "n= " << node << " ";
 711       loaded_path.push_back(atoi (node.c_str()));
 712       file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 713     }
 714     //cout << endl;
 715     // FIXME: do we have any information about what the threshold should be?
 716     the_paths.add_path(0, loaded_path);
 717   }
 718   save_file.close();
 719
 720   //the_paths.save("tmp.save");
 721 }
 722
 723 void Mussa::add_motif(const Sequence& motif, const Color& color)
 724 {
 725   motif_sequences.insert(motif);
 726   color_mapper->appendInstanceColor("motif", motif.get_sequence(), color);
 727 }
 728
 729 void Mussa::set_motifs(const vector<Sequence>& motifs,
 730                        const vector<Color>& colors)
 731 {
 732   if (motifs.size() != colors.size()) {
 733     throw mussa_error("motif and color vectors must be the same size");
 734   }
 735
 736   motif_sequences.clear();
 737   for(size_t i = 0; i != motifs.size(); ++i)
 738   {
 739     add_motif(motifs[i], colors[i]);
 740   }
 741   update_sequences_motifs();
 742 }
 743
 744 // I mostly split the ifstream out so I can use a stringstream to test it.
 745 void Mussa::load_motifs(std::istream &in)
 746 {
 747   string seq;
 748   float red;
 749   float green;
 750   float blue;
 751
 752   while(in.good())
 753   {
 754     in >> seq >> red >> green >> blue;
 755     // if we couldn't read this line 'cause we're like at the end of the file
 756     // try to exit the loop
 757     if (!in.good())
 758       break;
 759     try {
 760       seq = Sequence::motif_normalize(seq);
 761     } catch(motif_normalize_error e) {
 762       clog << "unable to parse " << seq << " skipping" << endl;
 763       clog << e.what() << endl;
 764       continue;
 765     }
 766     if (red < 0.0 or red > 1.0) {
 767       clog << "invalid red value " << red << ". must be in range [0..1]"
 768            << endl;
 769       continue;
 770     }
 771     if (green < 0.0 or green > 1.0) {
 772       clog << "invalid green value " << green << ". must be in range [0..1]"
 773            << endl;
 774       continue;
 775     }
 776     if (blue < 0.0 or blue > 1.0) {
 777       clog << "invalid blue value " << blue << ". must be in range [0..1]"
 778            << endl;
 779       continue;
 780     }
 781     if (motif_sequences.find(seq) == motif_sequences.end()) {
 782       // sequence wasn't found
 783       motif_sequences.insert(seq);
 784       Color c(red, green, blue);
 785       color_mapper->appendInstanceColor("motif", seq, c);
 786     } else {
 787       clog << "sequence " << seq << " was already defined skipping"
 788            << endl;
 789       continue;
 790     }
 791   }
 792   update_sequences_motifs();
 793 }
 794
 795 void Mussa::load_motifs(fs::path filename)
 796 {
 797   fs::ifstream f;
 798   f.open(filename, ifstream::in);
 799   load_motifs(f);
 800 }
 801
 802 void Mussa::update_sequences_motifs()
 803 {
 804   // once we've loaded all the motifs from the file,
 805   // lets attach them to the sequences
 806   for(vector<boost::shared_ptr<Sequence> >::iterator seq_i = the_seqs.begin();
 807       seq_i != the_seqs.end();
 808       ++seq_i)
 809   {
 810     // clear out old motifs
 811     (*seq_i)->clear_motifs();
 812     // for all the motifs in our set, attach them to the current sequence
 813     for(set<Sequence>::iterator motif_i = motif_sequences.begin();
 814         motif_i != motif_sequences.end();
 815         ++motif_i)
 816     {
 817       (*seq_i)->add_motif(*motif_i);
 818     }
 819   }
 820 }
 821
 822 const set<Sequence>& Mussa::motifs() const
 823 {
 824   return motif_sequences;
 825 }
 826
 827 boost::shared_ptr<AnnotationColors> Mussa::colorMapper()
 828 {
 829   return color_mapper;
 830 }