alg/mussa.hpp

   1 #ifndef _MUSSA_CLASS_H_
   2 #define _MUSSA_CLASS_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12
  13 //                        ----------------------------------------
  14 //                          ---------- mussa_class.hh -----------
  15 //                        ----------------------------------------
  16
  17 #include <list>
  18 #include <string>
  19 #include <vector>
  20 #include <set>
  21 #include <istream>
  22
  23 #include "alg/annotation_colors.hpp"
  24 #include "alg/nway_paths.hpp"
  25 #include "alg/sequence.hpp"
  26
  27 std::string int_to_str(int an_int);
  28
  29 class Mussa
  30 {
  31   friend class ConnWindow;
  32   public:
  33     enum analysis_modes { TransitiveNway, RadialNway, EntropyNway,
  34                           RecursiveNway };
  35
  36     Mussa();
  37     Mussa(const Mussa &);
  38
  39     void save();
  40     void save_muway(std::string save_path);
  41     //! load a saved analysis directory
  42     void load(std::string ana_path);
  43
  44     //! clear parameters and initialize data lists
  45     void clear();
  46
  47     // set parameters from a file - 'mupa' ~ mussa parameters
  48     void load_mupa_file(std::string para_file_path);
  49
  50     // set parameters individually (eg from user input into gui classes)
  51     //! set analysis name
  52     void set_name(std::string a_name);
  53     //! return name for this analysis
  54     std::string get_name();
  55
  56     //! return number of sequences in this analyzis
  57     /*! this returns either the_seqs.size() or seq_files.size()
  58      *  depending on which has data loaded in
  59      *  (silly delayed loading of sequence data)
  60      */
  61     int size() const;
  62     //! set number of bases for this window size
  63     void set_window(int a_window);
  64     //! get number of bases for the sliding window
  65     int get_window() const;
  66     //! set number of bases that must match for a window to be saved
  67     void set_threshold(int a_threshold);
  68     //! get number of bases that must match for a window to be saved
  69     int get_threshold() const;
  70     void set_soft_thres(int sft_thres);
  71     int get_soft_thres() const;
  72
  73     void set_analysis_mode(enum analysis_modes new_ana_mode);
  74     enum analysis_modes get_analysis_mode() const;
  75     //! return a string name for an analysis mode
  76     std::string get_analysis_mode_name() const;
  77
  78     //! return the refined paths found by the nway analysis.
  79     const NwayPaths& paths() const;
  80
  81     //! run seqcomp and the nway filtering algorithm.
  82     /*!analyze will run seqcomp and then the nway algorithm
  83      * on whatever sequences have been loaded into this mussa instance.
  84      * w & t are for command line override functionality, set to 0 to ignore
  85      * \throws mussa_analysis_error
  86      */
  87     void analyze(int w=0, int t=0,
  88                  enum analysis_modes ana_mode=TransitiveNway,
  89                  double ent_thres=0.0);
  90     /*! Run the nway filtering algorithm,
  91      *  this might be used when changing the soft threshhold?
  92      */
  93     void nway();
  94
  95     //! appends a string sequence to the list of the_seqs
  96     void add_a_seq(std::string a_seq);
  97     //! Load a sequence from a fasta file and any annotations
  98     /*! \param[in] seq_file the full path to the fasta file
  99      *  \param[in] annot_file the full path to an annotation file,
 100      *             if is an empty string, we won't bother loading anything
 101      *  \param[in] fasta_index specify which sequence in a multisequence fasta
 102      *             file
 103      *  \param[in] sub_seq_start starting slice index to select a subsequence
 104      *             use 0 start from the beginning.
 105      *  \param[in] sub_seq_end ending slice index to select a subsequence
 106      *             use 0 to go to the end.
 107      */
 108     void load_sequence(std::string seq_file, std::string annot_file,
 109                        int fasta_index, int sub_seq_start=0, int sub_seq_end=0);
 110     //! allow examining the sequences we have loaded
 111     const std::vector<Sequence>& sequences() const;
 112
 113     // deprecated - support bridge for python version of mussa
 114     // these save & load from the old file format
 115     void save_old();
 116     void load_old(char * load_file_path, int s_num);
 117
 118     // manage motif lists
 119     //! load motifs from an ifstream
 120     /*! The file should look something like
 121      *  <sequence> <red> <green> <blue>
 122      *  where sequence is a string of IUPAC symbols
 123      *  and red,green,blue are a white space separated list of floats
 124      *  in the range [0.0, 1.0]
 125      */
 126     void load_motifs(std::istream &);
 127     //! load a list of motifs from a file named filename
 128     void load_motifs(std::string filename);
 129
 130     //! return color mapper
 131     AnnotationColors& colorMapper();
 132
 133   private:
 134     // Private variables
 135     // parameters needed for a mussa analysis
 136     //! name of this analysis. (will also be used when saving an analysis)
 137     std::string analysis_name;
 138     //! how many base pairs to include in a sliding window
 139     int window;
 140     //! how many base pairs need to match order to record a window as conserved
 141     int threshold;
 142     int soft_thres;
 143     //! which nway comparison algorithm to use.
 144     enum analysis_modes ana_mode;
 145     double ent_thres;
 146     //! should we append _w<window_size> to the saved analysis
 147     bool win_append;
 148     //! should we append _t<threshold> to the saved analysis
 149     bool thres_append;
 150
 151     //! sequence data
 152     std::vector<Sequence> the_seqs;
 153     //! the seqcomp data
 154     std::vector<std::vector<FLPs> > all_comps;
 155     //! N-way data, ie the mussa results
 156     NwayPaths the_paths;
 157
 158     //! motif list
 159     std::set<std::string> motif_sequences;
 160     //! color manager
 161     AnnotationColors color_mapper;
 162
 163     // Private methods
 164     //! loads sequence and annotations from fasta and annotation file
 165     void seqcomp();
 166
 167 };
 168 #endif