alg/parse_options.cpp

   1 #include <boost/program_options.hpp>
   2 namespace po = boost::program_options;
   3 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   4 namespace fs = boost::filesystem;
   5
   6 #include <string>
   7 #include <iostream>
   8
   9 #include "alg/mussa.hpp"
  10 #include "alg/parse_options.hpp"
  11
  12 MussaOptions::MussaOptions()
  13   : useGUI(true),
  14     runAsPythonInterpeter(false)
  15 {
  16 }
  17
  18 void initialize_mussa(MussaOptions& opts, int argc, char **argv)
  19 {
  20   po::options_description options("Mussa options");
  21   po::positional_options_description pos_options;
  22   pos_options.add("run-analysis", -1);
  23
  24   options.add_options()
  25     ("help", "help message")
  26     ("run-analysis,p", po::value<std::string>(),
  27      "run an analysis defined by the mussa parameter file")
  28     ("view-analysis", po::value<std::string>(),
  29      "load a previously run analysis")
  30     ("motifs", po::value<std::string>(),
  31      "annotate analysis with motifs from this file")
  32     ("no-gui", "terminate without running an analysis")
  33     ("python", "launch as a python interpreter")
  34   ;
  35
  36   po::variables_map vm;
  37   po::store(po::command_line_parser(argc, argv).options(options).positional(pos_options).run(), vm);
  38   po::notify(vm);
  39
  40   if (vm.count("help")) {
  41     std::cout << options << std::endl;
  42     return;
  43   }
  44
  45   opts.analysis = Mussa::init();
  46
  47   // currently we can only have one analysis loaded, so
  48   // running trumps viewing.
  49   if (vm.count("run-analysis")) {
  50     fs::path analysis_path(vm["run-analysis"].as< std::string >(), fs::native);
  51     opts.analysis->load_mupa_file( analysis_path );
  52     std::cout << "I apologize for blocking the gui while running the analysis"
  53               << std::endl;
  54     opts.analysis->analyze();
  55     if (opts.analysis->is_dirty())
  56       opts.analysis->save();
  57   }
  58   else if (vm.count("view-analysis")) {
  59     fs::path analysis_path(vm["view-analysis"].as< std::string >(), fs::native);
  60     opts.analysis->load( analysis_path );
  61   }
  62   if (vm.count("motifs") and opts.analysis) {
  63     fs::path motif_path(vm["motifs"].as< std::string >(), fs::native);
  64     opts.analysis->load_motifs( motif_path );
  65   }
  66   if (vm.count("no-gui")) {
  67     opts.useGUI=false;
  68   }
  69   if (vm.count("python")) {
  70     opts.runAsPythonInterpeter = true;
  71   }
  72 }