alg/sequence.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //  This file is part of the Mussa source distribution.
  12 //  http://mussa.caltech.edu/
  13 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
  14
  15 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
  16 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
  17 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  18 // file for more information, or contact Tristan directly.
  19
  20
  21 //                        ----------------------------------------
  22 //                           ---------- sequence.cc -----------
  23 //                        ----------------------------------------
  24 #include <boost/filesystem/fstream.hpp>
  25 namespace fs = boost::filesystem;
  26
  27 #include <boost/spirit/core.hpp>
  28 #include <boost/spirit/actor/push_back_actor.hpp>
  29 #include <boost/spirit/iterator/file_iterator.hpp>
  30 #include <boost/spirit/utility/chset.hpp>
  31 namespace spirit = boost::spirit;
  32
  33 #include "alg/sequence.hpp"
  34 #include "mussa_exceptions.hpp"
  35
  36 #include <string>
  37 #include <iostream>
  38 #include <sstream>
  39
  40 annot::annot()
  41  : begin(0),
  42    end(0),
  43    type(""),
  44    name("")
  45 {
  46 }
  47
  48 annot::annot(int begin, int end, std::string type, std::string name)
  49  : begin(begin),
  50    end(end),
  51    type(type),
  52    name(name)
  53 {
  54 }
  55
  56 annot::~annot()
  57 {
  58 }
  59
  60 bool operator==(const annot& left, const annot& right)
  61 {
  62   return ((left.begin== right.begin) and
  63           (left.end == right.end) and
  64           (left.type == right.type) and
  65           (left.name == right.name));
  66 }
  67
  68 motif::motif(int begin, std::string motif)
  69  : annot(begin, begin+motif.size(), "motif", motif),
  70    sequence(motif)
  71 {
  72 }
  73
  74 motif::~motif()
  75 {
  76 }
  77
  78 const std::string Sequence::dna_alphabet("AaCcGgTtNn\012\015");
  79 const std::string Sequence::rna_alphabet("AaCcGgNnUu\012\015");
  80   //! this is the general iupac alphabet for nucleotides
  81 const std::string Sequence::nucleic_iupac_alphabet("AaCcGgTtUuRrYyMmKkSsWwBbDdHhVvNn\012\015");
  82   //! the protein alphabet
  83 const std::string Sequence::protein_alphabet("AaCcDdEeFfGgHhIiKkLlMmNnPpQqRrSsTtVvWwYy\012\015");
  84
  85 Sequence::Sequence()
  86 {
  87 }
  88
  89 Sequence::~Sequence()
  90 {
  91 }
  92
  93 Sequence::Sequence(const char *seq)
  94   : header(""),
  95     species("")
  96 {
  97   set_filtered_sequence(seq);
  98 }
  99
 100 Sequence::Sequence(const std::string& seq)
 101   : header(""),
 102     species("")
 103 {
 104   set_filtered_sequence(seq);
 105 }
 106
 107 Sequence::Sequence(const Sequence& o)
 108   : seq(o.seq),
 109     header(o.header),
 110     species(o.species),
 111     annots(o.annots),
 112     motif_list(o.motif_list)
 113 {
 114 }
 115
 116 Sequence &Sequence::operator=(const Sequence& s)
 117 {
 118   if (this != &s) {
 119     //sequence = s.sequence;
 120     seq = s.seq;
 121     header = s.header;
 122     species = s.species;
 123     annots = s.annots;
 124     motif_list = s.motif_list;
 125   }
 126   return *this;
 127 }
 128
 129 static void multiplatform_getline(std::istream& in, std::string& line)
 130 {
 131   line.clear();
 132   char c;
 133   in.get(c);
 134   while(in.good() and !(c == '\012' or c == '\015') ) {
 135     line.push_back(c);
 136     in.get(c);
 137   }
 138   // if we have cr-lf eat it
 139   c = in.peek();
 140   if (c=='\012' or c == '\015') {
 141     in.get();
 142   }
 143 }
 144
 145 //! load a fasta file into a sequence
 146 /*!
 147  * \param file_path the location of the fasta file in the filesystem
 148  * \param seq_num which sequence in the file to load
 149  * \param start_index starting position in the fasta sequence, 0 for beginning
 150  * \param end_index ending position in the fasta sequence, 0 for end
 151  * \return error message, empty string if no error. (gag!)
 152  */
 153 void Sequence::load_fasta(fs::path file_path, int seq_num,
 154                           int start_index, int end_index)
 155 {
 156   fs::fstream data_file;
 157   data_file.open(file_path, std::ios::in);
 158
 159   if (!data_file.good())
 160   {
 161     throw mussa_load_error("Sequence File: "+file_path.string()+" not found");
 162   } else {
 163     try {
 164       load_fasta(data_file, seq_num, start_index, end_index);
 165     } catch(sequence_empty_error e) {
 166       // there doesn't appear to be any sequence
 167       // catch and rethrow to include the filename
 168       std::stringstream msg;
 169       msg << "The selected sequence in "
 170           << file_path.native_file_string()
 171           << " appears to be empty";
 172       throw sequence_empty_error(msg.str());
 173     } catch(sequence_empty_file_error e) {
 174       std::stringstream errormsg;
 175       errormsg << file_path.native_file_string()
 176                << " did not have any fasta sequences" << std::endl;
 177       throw sequence_empty_file_error(errormsg.str());
 178     }
 179   }
 180 }
 181
 182 void
 183 Sequence::load_fasta(std::iostream& data_file, int seq_num,
 184                      int start_index, int end_index)
 185 {
 186   std::string file_data_line;
 187   int header_counter = 0;
 188   bool read_seq = true;
 189   std::string rev_comp;
 190   std::string sequence_raw;
 191   std::string seq_tmp;             // holds sequence during basic filtering
 192
 193   if (seq_num == 0) {
 194     throw mussa_load_error("fasta sequence number is 1 based (can't be 0)");
 195   }
 196
 197   // search for the header of the fasta sequence we want
 198   while ( (!data_file.eof()) && (header_counter < seq_num) )
 199   {
 200     multiplatform_getline(data_file, file_data_line);
 201     if (file_data_line.substr(0,1) == ">")
 202       header_counter++;
 203   }
 204
 205   if (header_counter > 0) {
 206     header = file_data_line.substr(1);
 207
 208     sequence_raw = "";
 209
 210     while ( !data_file.eof() && read_seq ) {
 211       multiplatform_getline(data_file,file_data_line);
 212       if (file_data_line.substr(0,1) == ">")
 213         read_seq = false;
 214       else sequence_raw += file_data_line;
 215     }
 216
 217     // Lastly, if subselection of the sequence was specified we keep cut out
 218     // and only keep that part
 219     // end_index = 0 means no end was specified, so cut to the end
 220     if (end_index == 0)
 221       end_index = sequence_raw.size();
 222
 223     // sequence filtering for upcasing agctn and convert non AGCTN to N
 224     if (end_index-start_index <= 0) {
 225       std::string msg("The selected sequence appears to be empty");
 226       throw sequence_empty_error(msg);
 227     }
 228     set_filtered_sequence(sequence_raw, start_index, end_index-start_index);
 229   } else {
 230     std::string errormsg("There were no fasta sequences");
 231     throw sequence_empty_file_error(errormsg);
 232   }
 233 }
 234
 235 void Sequence::set_filtered_sequence(const std::string &old_seq,
 236                                      std::string::size_type start,
 237                                      std::string::size_type count)
 238 {
 239   char conversionTable[257];
 240
 241   if ( count == 0)
 242     count = old_seq.size() - start;
 243   boost::shared_ptr<seq_string> new_seq(new seq_string);
 244   new_seq->reserve(count);
 245
 246   // Make a conversion table
 247
 248   // everything we don't specify below will become 'N'
 249   for(int table_i=0; table_i < 256; table_i++)
 250   {
 251     conversionTable[table_i] = 'N';
 252   }
 253   // add end of string character for printing out table for testing purposes
 254   conversionTable[256] = '\0';
 255
 256   // we want these to map to themselves - ie not to change
 257   conversionTable[(int)'A'] = 'A';
 258   conversionTable[(int)'T'] = 'T';
 259   conversionTable[(int)'G'] = 'G';
 260   conversionTable[(int)'C'] = 'C';
 261   // this is to upcase
 262   conversionTable[(int)'a'] = 'A';
 263   conversionTable[(int)'t'] = 'T';
 264   conversionTable[(int)'g'] = 'G';
 265   conversionTable[(int)'c'] = 'C';
 266
 267   // finally, the actual conversion loop
 268   for(std::string::size_type seq_index = 0; seq_index < count; seq_index++)
 269   {
 270     new_seq->append(1, conversionTable[ (int)old_seq[seq_index+start]]);
 271   }
 272   seq = new_seq;
 273 }
 274
 275 void
 276 Sequence::load_annot(fs::path file_path, int start_index, int end_index)
 277 {
 278   fs::fstream data_stream(file_path, std::ios::in);
 279   if (!data_stream)
 280   {
 281     throw mussa_load_error("Sequence File: " + file_path.string() + " not found");
 282   }
 283
 284   // so i should probably be passing the parse function some iterators
 285   // but the annotations files are (currently) small, so i think i can
 286   // get away with loading the whole file into memory
 287   std::string data;
 288   char c;
 289   while(data_stream.good()) {
 290     data_stream.get(c);
 291     data.push_back(c);
 292   }
 293   data_stream.close();
 294
 295   parse_annot(data, start_index, end_index);
 296 }
 297
 298 /* If this works, yikes, this is some brain hurting code.
 299  *
 300  * what's going on is that when pb_annot is instantiated it stores references
 301  * to begin, end, name, type, declared in the parse function, then
 302  * when operator() is called it grabs values from those references
 303  * and uses that to instantiate an annot object and append that to our
 304  * annotation list.
 305  *
 306  * This weirdness is because the spirit library requires that actions
 307  * conform to a specific prototype operator()(IteratorT, IteratorT)
 308  * which doesn't provide any useful opportunity for me to actually
 309  * grab the results of our parsing.
 310  *
 311  * so I instantiate this structure in order to have a place to grab
 312  * my data from.
 313  */
 314
 315 struct push_back_annot {
 316   std::list<annot>& annot_list;
 317   int& begin;
 318   int& end;
 319   std::string& name;
 320   std::string& type;
 321
 322   push_back_annot(std::list<annot>& annot_list_,
 323                   int& begin_,
 324                   int& end_,
 325                   std::string& name_,
 326                   std::string& type_)
 327   : annot_list(annot_list_),
 328     begin(begin_),
 329     end(end_),
 330     name(name_),
 331     type(type_)
 332   {
 333   }
 334
 335   void operator()(std::string::const_iterator,
 336                   std::string::const_iterator) const
 337   {
 338     //std::cout << "adding annot: " << begin << "|" << end << "|" << name << "|" << type << std::endl;
 339     annot_list.push_back(annot(begin, end, name, type));
 340   };
 341 };
 342
 343 struct push_back_seq {
 344   std::list<Sequence>& seq_list;
 345   std::string& name;
 346   std::string& seq;
 347
 348   push_back_seq(std::list<Sequence>& seq_list_,
 349                 std::string& name_,
 350                 std::string& seq_)
 351   : seq_list(seq_list_),
 352     name(name_),
 353     seq(seq_)
 354   {
 355   }
 356
 357   void operator()(std::string::const_iterator,
 358                   std::string::const_iterator) const
 359   {
 360     // filter out newlines from our sequence
 361     std::string new_seq;
 362     for(std::string::const_iterator seq_i = seq.begin();
 363         seq_i != seq.end();
 364         ++seq_i)
 365     {
 366       if (*seq_i != '\015' && *seq_i != '\012') new_seq += *seq_i;
 367     }
 368     //std::cout << "adding seq: " << name << " " << new_seq << std::endl;
 369
 370     Sequence s(new_seq);
 371     s.set_fasta_header(name);
 372     seq_list.push_back(s);
 373   };
 374 };
 375
 376 bool
 377 Sequence::parse_annot(std::string data, int start_index, int end_index)
 378 {
 379   int start=0;
 380   int end=0;
 381   std::string name;
 382   std::string type;
 383   std::string seq;
 384   std::list<Sequence> query_seqs;
 385
 386   bool status = spirit::parse(data.begin(), data.end(),
 387                 (
 388                  //begin grammar
 389                    !(
 390                       (
 391                         spirit::alpha_p >>
 392                         +(spirit::graph_p)
 393                       )[spirit::assign_a(species)] >>
 394                       +(spirit::space_p)
 395                     ) >>
 396                     *(
 397                        ( // ignore html tags
 398                          *(spirit::space_p) >>
 399                          spirit::ch_p('<') >>
 400                          +(~spirit::ch_p('>')) >>
 401                          spirit::ch_p('>') >>
 402                          *(spirit::space_p)
 403                        )
 404                      |
 405                       ( // parse an absolute location name
 406                        (spirit::uint_p[spirit::assign_a(start)] >>
 407                         +spirit::space_p >>
 408                         spirit::uint_p[spirit::assign_a(end)] >>
 409                         +spirit::space_p >>
 410                         (
 411                            spirit::alpha_p >>
 412                            *spirit::graph_p
 413                         )[spirit::assign_a(name)] >>
 414                         // optional type
 415                         !(
 416                             +spirit::space_p >>
 417                             (
 418                               spirit::alpha_p >>
 419                               *spirit::graph_p
 420                             )[spirit::assign_a(type)]
 421                         )
 422                         // to understand how this group gets set
 423                         // read the comment above struct push_back_annot
 424                        )[push_back_annot(annots, start, end, type, name)]
 425                      |
 426                       ((spirit::ch_p('>')|spirit::str_p("&gt;")) >>
 427                          (*(spirit::print_p))[spirit::assign_a(name)] >>
 428                          spirit::eol_p >>
 429                          (+(spirit::chset<>(nucleic_iupac_alphabet.c_str())))[spirit::assign_a(seq)]
 430                        )[push_back_seq(query_seqs, name, seq)]
 431                       ) >>
 432                       *spirit::space_p
 433                      )
 434                 //end grammar
 435                 ) /*,
 436                 spirit::space_p*/).full;
 437
 438   // go seearch for query sequences
 439   find_sequences(query_seqs.begin(), query_seqs.end());
 440   return status;
 441 }
 442
 443 void Sequence::add_annotation(const annot& a)
 444 {
 445   annots.push_back(a);
 446 }
 447
 448 const std::list<annot>& Sequence::annotations() const
 449 {
 450   return annots;
 451 }
 452
 453 Sequence
 454 Sequence::subseq(int start, int count) const
 455 {
 456   // there might be an off by one error with start+count > size()
 457   if ( count == npos || start+count > size()) {
 458     count = size()-start;
 459   }
 460   Sequence new_seq(seq->substr(start, count));
 461   new_seq.set_fasta_header(get_fasta_header());
 462   new_seq.set_species(get_species());
 463
 464   new_seq.motif_list = motif_list;
 465   // attempt to copy & reannotate position based annotations
 466   int end = start+count;
 467
 468   for(std::list<annot>::const_iterator annot_i = annots.begin();
 469       annot_i != annots.end();
 470       ++annot_i)
 471   {
 472     int annot_begin= annot_i->begin;
 473     int annot_end = annot_i->end;
 474
 475     if (annot_begin < end) {
 476       if (annot_begin >= start) {
 477         annot_begin -= start;
 478       } else {
 479         annot_begin = 0;
 480       }
 481
 482       if (annot_end < end) {
 483         annot_end -= start;
 484       } else {
 485         annot_end = count;
 486       }
 487
 488       annot new_annot(annot_begin, annot_end, annot_i->type, annot_i->name);
 489       new_seq.annots.push_back(new_annot);
 490     }
 491   }
 492
 493   return new_seq;
 494 }
 495
 496 std::string
 497 Sequence::rev_comp() const
 498 {
 499   std::string rev_comp;
 500   char conversionTable[257];
 501   int seq_i, table_i, len;
 502
 503   len = length();
 504   rev_comp.reserve(len);
 505   // make a conversion table
 506   // init all parts of conversion table to '~' character
 507   // '~' I doubt will ever appear in a sequence file (jeez, I hope)
 508   // and may the fleas of 1000 camels infest the genitals of any biologist (and
 509   // seven generations of their progeny) who decides to make it mean
 510   // something special!!!
 511   // PS - double the curse for any smartass non-biologist who tries it as well
 512   for(table_i=0; table_i < 256; table_i++)
 513   {
 514     conversionTable[table_i] = '~';
 515   }
 516   // add end of string character for printing out table for testing purposes
 517   conversionTable[256] = '\0';
 518
 519   // add in the characters for the bases we want to convert
 520   conversionTable[(int)'A'] = 'T';
 521   conversionTable[(int)'T'] = 'A';
 522   conversionTable[(int)'G'] = 'C';
 523   conversionTable[(int)'C'] = 'G';
 524   conversionTable[(int)'N'] = 'N';
 525
 526   // finally, the actual conversion loop
 527   for(seq_i = len - 1; seq_i >= 0; seq_i--)
 528   {
 529     table_i = (int) seq->at(seq_i);
 530     rev_comp += conversionTable[table_i];
 531   }
 532
 533   return rev_comp;
 534 }
 535
 536 void Sequence::set_fasta_header(std::string header_)
 537 {
 538   header = header_;
 539 }
 540
 541 void Sequence::set_species(const std::string& name)
 542 {
 543   species = name;
 544 }
 545
 546 std::string Sequence::get_species() const
 547 {
 548   return species;
 549 }
 550
 551
 552 std::string
 553 Sequence::get_fasta_header() const
 554 {
 555   return header;
 556 }
 557
 558 std::string
 559 Sequence::get_name() const
 560 {
 561   if (header.size() > 0)
 562     return header;
 563   else if (species.size() > 0)
 564     return species;
 565   else
 566     return "";
 567 }
 568
 569 void Sequence::set_sequence(const std::string& s)
 570 {
 571   set_filtered_sequence(s);
 572 }
 573
 574 std::string Sequence::get_sequence() const
 575 {
 576   return *seq;
 577 }
 578
 579 Sequence::const_reference Sequence::operator[](Sequence::size_type i) const
 580 {
 581   return seq->at(i);
 582 }
 583
 584 Sequence::const_reference Sequence::at(Sequence::size_type i) const
 585 {
 586   return seq->at(i);
 587 }
 588
 589 void
 590 Sequence::clear()
 591 {
 592   seq.reset();
 593   header.clear();
 594   species.clear();
 595   annots.clear();
 596   motif_list.clear();
 597 }
 598
 599 const char *Sequence::c_str() const
 600 {
 601   if (seq)
 602     return seq->c_str();
 603   else
 604     return 0;
 605 }
 606
 607 Sequence::const_iterator Sequence::begin() const
 608 {
 609   if (seq)
 610     return seq->begin();
 611   else
 612     return Sequence::const_iterator(0);
 613 }
 614
 615 Sequence::const_iterator Sequence::end() const
 616 {
 617   if (seq)
 618     return seq->end();
 619   else
 620     return Sequence::const_iterator(0);
 621 }
 622
 623 bool Sequence::empty() const
 624 {
 625   if (seq)
 626     return seq->empty();
 627   else
 628     return true;
 629 }
 630
 631 Sequence::size_type Sequence::size() const
 632 {
 633   if (seq)
 634     return seq->size();
 635   else
 636     return 0;
 637 }
 638
 639 Sequence::size_type Sequence::length() const
 640 {
 641   return size();
 642 }
 643 void
 644 Sequence::save(fs::fstream &save_file)
 645                //std::string save_file_path)
 646 {
 647   //fstream save_file;
 648   std::list<annot>::iterator annots_i;
 649
 650   // not sure why, or if i'm doing something wrong, but can't seem to pass
 651   // file pointers down to this method from the mussa control class
 652   // so each call to save a sequence appends to the file started by mussa_class
 653   //save_file.open(save_file_path.c_str(), std::ios::app);
 654
 655   save_file << "<Sequence>" << std::endl;
 656   save_file << *this << std::endl;
 657   save_file << "</Sequence>" << std::endl;
 658
 659   save_file << "<Annotations>" << std::endl;
 660   save_file << species << std::endl;
 661   for (annots_i = annots.begin(); annots_i != annots.end(); ++annots_i)
 662   {
 663     save_file << annots_i->begin << " " << annots_i->end << " " ;
 664     save_file << annots_i->name << " " << annots_i->type << std::endl;
 665   }
 666   save_file << "</Annotations>" << std::endl;
 667   //save_file.close();
 668 }
 669
 670 void
 671 Sequence::load_museq(fs::path load_file_path, int seq_num)
 672 {
 673   fs::fstream load_file;
 674   std::string file_data_line;
 675   int seq_counter;
 676   annot an_annot;
 677   std::string::size_type space_split_i;
 678   std::string annot_value;
 679
 680   annots.clear();
 681   load_file.open(load_file_path, std::ios::in);
 682
 683   seq_counter = 0;
 684   // search for the seq_num-th sequence
 685   while ( (!load_file.eof()) && (seq_counter < seq_num) )
 686   {
 687     getline(load_file,file_data_line);
 688     if (file_data_line == "<Sequence>")
 689       seq_counter++;
 690   }
 691   getline(load_file, file_data_line);
 692   // looks like the sequence is written as a single line
 693   set_filtered_sequence(file_data_line);
 694   getline(load_file, file_data_line);
 695   getline(load_file, file_data_line);
 696   if (file_data_line == "<Annotations>")
 697   {
 698     getline(load_file, file_data_line);
 699     species = file_data_line;
 700     while ( (!load_file.eof())  && (file_data_line != "</Annotations>") )
 701     {
 702       getline(load_file,file_data_line);
 703       if ((file_data_line != "") && (file_data_line != "</Annotations>"))
 704       {
 705         // need to get 4 values...almost same code 4 times...
 706         // get annot start index
 707         space_split_i = file_data_line.find(" ");
 708         annot_value = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 709         an_annot.begin = atoi (annot_value.c_str());
 710         file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 711         // get annot end index
 712         space_split_i = file_data_line.find(" ");
 713         annot_value = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 714         an_annot.end = atoi (annot_value.c_str());
 715
 716         if (space_split_i == std::string::npos)  // no entry for type or name
 717         {
 718           std::cout << "seq, annots - no type or name\n";
 719           an_annot.type = "";
 720           an_annot.name = "";
 721         }
 722         else   // else get annot type
 723         {
 724           file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 725           space_split_i = file_data_line.find(" ");
 726           annot_value = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 727           an_annot.type = annot_value;
 728           if (space_split_i == std::string::npos)  // no entry for name
 729           {
 730             std::cout << "seq, annots - no name\n";
 731             an_annot.name = "";
 732           }
 733           else          // get annot name
 734           {
 735             file_data_line = file_data_line.substr(space_split_i+1);
 736             space_split_i = file_data_line.find(" ");
 737             annot_value = file_data_line.substr(0,space_split_i);
 738             an_annot.type = annot_value;
 739           }
 740         }
 741         annots.push_back(an_annot);  // don't forget to actually add the annot
 742       }
 743       //std::cout << "seq, annots: " << an_annot.start << ", " << an_annot.end
 744       //     << "-->" << an_annot.type << "::" << an_annot.name << std::endl;
 745     }
 746   }
 747   load_file.close();
 748 }
 749
 750 std::string
 751 Sequence::rc_motif(std::string a_motif) const
 752 {
 753   std::string rev_comp;
 754   char conversionTable[257];
 755   int seq_i, table_i, len;
 756
 757   len = a_motif.length();
 758   rev_comp.reserve(len);
 759
 760   for(table_i=0; table_i < 256; table_i++)
 761   {
 762     conversionTable[table_i] = '~';
 763   }
 764   // add end of std::string character for printing out table for testing purposes
 765   conversionTable[256] = '\0';
 766
 767   // add in the characters for the bases we want to convert (IUPAC)
 768   conversionTable[(int)'A'] = 'T';
 769   conversionTable[(int)'T'] = 'A';
 770   conversionTable[(int)'G'] = 'C';
 771   conversionTable[(int)'C'] = 'G';
 772   conversionTable[(int)'N'] = 'N';
 773   conversionTable[(int)'M'] = 'K';
 774   conversionTable[(int)'R'] = 'Y';
 775   conversionTable[(int)'W'] = 'W';
 776   conversionTable[(int)'S'] = 'S';
 777   conversionTable[(int)'Y'] = 'R';
 778   conversionTable[(int)'K'] = 'M';
 779   conversionTable[(int)'V'] = 'B';
 780   conversionTable[(int)'H'] = 'D';
 781   conversionTable[(int)'D'] = 'H';
 782   conversionTable[(int)'B'] = 'V';
 783
 784   // finally, the actual conversion loop
 785   for(seq_i = len - 1; seq_i >= 0; seq_i--)
 786   {
 787     //std::cout << "** i = " << seq_i << " bp = " <<
 788     table_i = (int) a_motif[seq_i];
 789     rev_comp += conversionTable[table_i];
 790   }
 791
 792   //std::cout << "seq: " << a_motif << std::endl;
 793   //std::cout << "rc:  " << rev_comp << std::endl;
 794
 795   return rev_comp;
 796 }
 797
 798 std::string
 799 Sequence::motif_normalize(const std::string& a_motif)
 800 {
 801   std::string valid_motif;
 802   int seq_i, len;
 803
 804   len = a_motif.length();
 805   valid_motif.reserve(len);
 806
 807   // this just upcases IUPAC symbols.  Eventually should return an error if non IUPAC is present.
 808   // current nonIUPAC symbols are omitted, which is not reported atm
 809   for(seq_i = 0; seq_i < len; seq_i++)
 810   {
 811     if ((a_motif[seq_i] == 'a') || (a_motif[seq_i] == 'A'))
 812       valid_motif += 'A';
 813     else if ((a_motif[seq_i] == 't') || (a_motif[seq_i] == 'T'))
 814       valid_motif += 'T';
 815     else if ((a_motif[seq_i] == 'g') || (a_motif[seq_i] == 'G'))
 816       valid_motif += 'G';
 817     else if ((a_motif[seq_i] == 'c') || (a_motif[seq_i] == 'C'))
 818       valid_motif += 'C';
 819     else if ((a_motif[seq_i] == 'n') || (a_motif[seq_i] == 'N'))
 820       valid_motif += 'N';
 821     else if ((a_motif[seq_i] == 'm') || (a_motif[seq_i] == 'M'))
 822       valid_motif += 'M';
 823     else if ((a_motif[seq_i] == 'r') || (a_motif[seq_i] == 'R'))
 824       valid_motif += 'R';
 825     else if ((a_motif[seq_i] == 'w') || (a_motif[seq_i] == 'W'))
 826       valid_motif += 'W';
 827     else if ((a_motif[seq_i] == 's') || (a_motif[seq_i] == 'S'))
 828       valid_motif += 'S';
 829     else if ((a_motif[seq_i] == 'y') || (a_motif[seq_i] == 'Y'))
 830       valid_motif += 'Y';
 831     else if ((a_motif[seq_i] == 'k') || (a_motif[seq_i] == 'K'))
 832       valid_motif += 'G';
 833     else if ((a_motif[seq_i] == 'v') || (a_motif[seq_i] == 'V'))
 834       valid_motif += 'V';
 835     else if ((a_motif[seq_i] == 'h') || (a_motif[seq_i] == 'H'))
 836       valid_motif += 'H';
 837     else if ((a_motif[seq_i] == 'd') || (a_motif[seq_i] == 'D'))
 838       valid_motif += 'D';
 839     else if ((a_motif[seq_i] == 'b') || (a_motif[seq_i] == 'B'))
 840       valid_motif += 'B';
 841     else {
 842       std::string msg = "Letter ";
 843       msg += a_motif[seq_i];
 844       msg += " is not a valid IUPAC symbol";
 845       throw motif_normalize_error(msg);
 846     }
 847   }
 848   //std::cout << "valid_motif is: " << valid_motif << std::endl;
 849   return valid_motif;
 850 }
 851
 852 void Sequence::add_motif(const Sequence& a_motif)
 853 {
 854   std::vector<int> motif_starts = find_motif(a_motif);
 855
 856   for(std::vector<int>::iterator motif_start_i = motif_starts.begin();
 857       motif_start_i != motif_starts.end();
 858       ++motif_start_i)
 859   {
 860     motif_list.push_back(motif(*motif_start_i, a_motif.get_sequence()));
 861   }
 862 }
 863
 864 void Sequence::clear_motifs()
 865 {
 866   motif_list.clear();
 867 }
 868
 869 const std::list<motif>& Sequence::motifs() const
 870 {
 871   return motif_list;
 872 }
 873
 874 std::vector<int>
 875 Sequence::find_motif(const std::string& a_motif) const
 876 {
 877   std::vector<int> motif_match_starts;
 878   std::string norm_motif_rc;
 879
 880   motif_match_starts.clear();
 881
 882   //std::cout << "motif is: " << a_motif << std::endl;
 883   std::string norm_motif = motif_normalize(a_motif);
 884   //std::cout << "motif is: " << a_motif << std::endl;
 885
 886   if (norm_motif.size() > 0)
 887   {
 888     //std::cout << "Sequence: none blank motif\n";
 889     motif_scan(norm_motif, &motif_match_starts);
 890
 891     norm_motif_rc = rc_motif(a_motif);
 892     // make sure not to do search again if it is a palindrome
 893     if (norm_motif_rc != norm_motif) {
 894       motif_scan(norm_motif_rc, &motif_match_starts);
 895     }
 896   }
 897   return motif_match_starts;
 898 }
 899
 900 std::vector<int>
 901 Sequence::find_motif(const Sequence& a_motif) const
 902 {
 903   return find_motif(a_motif.get_sequence());
 904 }
 905
 906 void
 907 Sequence::motif_scan(std::string a_motif, std::vector<int> * motif_match_starts) const
 908 {
 909   std::string::const_iterator seq_c = seq->begin();
 910   std::string::size_type seq_i;
 911   int motif_i, motif_len;
 912
 913   //std::cout << "Sequence: motif, seq len = " << sequence.length() << std::endl;
 914   motif_len = a_motif.length();
 915
 916   //std::cout << "motif_length: " << motif_len << std::endl;
 917   //std::cout << "RAAARRRRR\n";
 918
 919   motif_i = 0;
 920
 921   //std::cout << "motif: " << a_motif << std::endl;
 922
 923   //std::cout << "Sequence: motif, length= " << length << std::endl;
 924   seq_i = 0;
 925   while (seq_i < length())
 926   {
 927     //std::cout << seq_c[seq_i];
 928     //std::cout << seq_c[seq_i] << "?" << a_motif[motif_i] << ":" << motif_i << " ";
 929     // this is pretty much a straight translation of Nora's python code
 930     // to match iupac letter codes
 931     if (a_motif[motif_i] =='N')
 932       motif_i++;
 933     else if (a_motif[motif_i] == seq_c[seq_i])
 934       motif_i++;
 935     else if ((a_motif[motif_i] =='M') &&
 936              ((seq_c[seq_i]=='A') || (seq_c[seq_i]=='C')))
 937       motif_i++;
 938     else if ((a_motif[motif_i] =='R') &&
 939              ((seq_c[seq_i]=='A') || (seq_c[seq_i]=='G')))
 940       motif_i++;
 941     else if ((a_motif[motif_i] =='W') &&
 942              ((seq_c[seq_i]=='A') || (seq_c[seq_i]=='T')))
 943       motif_i++;
 944     else if ((a_motif[motif_i] =='S') &&
 945              ((seq_c[seq_i]=='C') || (seq_c[seq_i]=='G')))
 946       motif_i++;
 947     else if ((a_motif[motif_i] =='Y') &&
 948              ((seq_c[seq_i]=='C') || (seq_c[seq_i]=='T')))
 949       motif_i++;
 950     else if ((a_motif[motif_i] =='K') &&
 951              ((seq_c[seq_i]=='G') || (seq_c[seq_i]=='T')))
 952       motif_i++;
 953     else if ((a_motif[motif_i] =='V') &&
 954              ((seq_c[seq_i]=='A') || (seq_c[seq_i]=='C') ||
 955               (seq_c[seq_i]=='G')))
 956       motif_i++;
 957     else if ((a_motif[seq_i] =='H') &&
 958              ((seq_c[seq_i]=='A') || (seq_c[seq_i]=='C') ||
 959               (seq_c[seq_i]=='T')))
 960       motif_i++;
 961     else if ((a_motif[motif_i] =='D') &&
 962              ((seq_c[seq_i]=='A') || (seq_c[seq_i]=='G') ||
 963               (seq_c[seq_i]=='T')))
 964       motif_i++;
 965     else if ((a_motif[motif_i] =='B') &&
 966              ((seq_c[seq_i]=='C') || (seq_c[seq_i]=='G') ||
 967               (seq_c[seq_i]=='T')))
 968       motif_i++;
 969
 970     else
 971     {
 972       seq_i -= motif_i;
 973       motif_i = 0;
 974     }
 975
 976     // end Nora stuff, now we see if a match is found this pass
 977     if (motif_i == motif_len)
 978     {
 979       //std::cout << "!!";
 980       annot new_motif;
 981       motif_match_starts->push_back(seq_i - motif_len + 1);
 982       motif_i = 0;
 983     }
 984
 985     seq_i++;
 986   }
 987   //std::cout << std::endl;
 988 }
 989
 990 void Sequence::add_string_annotation(std::string a_seq,
 991                                      std::string name)
 992 {
 993   std::vector<int> seq_starts = find_motif(a_seq);
 994
 995   //std::cout << "searching for " << a_seq << " found " << seq_starts.size() << std::endl;
 996
 997   for(std::vector<int>::iterator seq_start_i = seq_starts.begin();
 998       seq_start_i != seq_starts.end();
 999       ++seq_start_i)
1000   {
1001     annots.push_back(annot(*seq_start_i,
1002                            *seq_start_i+a_seq.size(),
1003                            "",
1004                            name));
1005   }
1006 }
1007
1008 void Sequence::find_sequences(std::list<Sequence>::iterator start,
1009                               std::list<Sequence>::iterator end)
1010 {
1011   while (start != end) {
1012     add_string_annotation(start->get_sequence(), start->get_fasta_header());
1013     ++start;
1014   }
1015 }
1016
1017
1018 std::ostream& operator<<(std::ostream& out, const Sequence& s)
1019 {
1020   for(Sequence::const_iterator s_i = s.begin(); s_i != s.end(); ++s_i) {
1021     out << *s_i;
1022   }
1023   return out;
1024 }
1025
1026 bool operator<(const Sequence& x, const Sequence& y)
1027 {
1028   Sequence::const_iterator x_i = x.begin();
1029   Sequence::const_iterator y_i = y.begin();
1030
1031   while(1) {
1032     if( x_i == x.end() and y_i == y.end() ) {
1033       return false;
1034     } else if ( x_i == x.end() ) {
1035       return true;
1036     } else if ( y_i == y.end() ) {
1037       return false;
1038     } else if ( (*x_i) < (*y_i)) {
1039       return true;
1040     } else if ( (*x_i) > (*y_i) ) {
1041       return false;
1042     } else {
1043       ++x_i;
1044       ++y_i;
1045     }
1046   }
1047 }
1048
1049 bool operator==(const Sequence& x, const Sequence& y)
1050 {
1051   if (x.empty() and y.empty()) {
1052     // if there's no sequence in either sequence structure, they're equal
1053     return true;
1054   } else if (x.empty() or y.empty()) {
1055     // if we fail the first test, and we discover one is empty,
1056     // we know they can't be equal. (and we need to do this
1057     // to prevent dereferencing an empty pointer)
1058     return false;
1059   } else if ( *(x.seq) == *(y.seq)) {
1060     // and x.annots == y.annots and x.motif_list == y.motif_list) {
1061     return true;
1062   } else {
1063     return false;
1064   }
1065 }