alg/sequence_location.cpp

   1 #include "alg/sequence_location.hpp"
   2
   3 #include <cstdlib>
   4
   5 SequenceLocation::SequenceLocation(
   6     const boost::shared_ptr<Sequence> s,
   7     int l,
   8     int r
   9 ) : sequence(s),
  10     left(l),
  11     right(r)
  12 {
  13 }
  14
  15 SequenceLocation::SequenceLocation(
  16     const Sequence& s,
  17     int l,
  18     int r
  19 ) : left(l),
  20     right(r)
  21 {
  22   boost::shared_ptr<Sequence> copy(new Sequence(s));
  23   sequence = copy;
  24 }
  25
  26
  27 SequenceLocation::SequenceLocation(const SequenceLocation& o)
  28   : sequence(o.sequence),
  29     left(o.left),
  30     right(o.right)
  31 {
  32 }
  33
  34 SequenceLocation& SequenceLocation::operator=(const SequenceLocation& o)
  35 {
  36   if (this != &o) {
  37     sequence = o.sequence;
  38     left = o.getLeft();
  39     right = o.getRight();
  40   }
  41   return *this;
  42 }
  43
  44
  45 const Sequence& SequenceLocation::getSequence() const
  46 {
  47   return *sequence;
  48 }
  49
  50 Sequence SequenceLocation::getSelectedSequence() const
  51 {
  52   return sequence->subseq(getLeft(), getCount());
  53 }
  54
  55 void SequenceLocation::setLeft(int l)
  56 {
  57   left = l;
  58 }
  59
  60 int SequenceLocation::getLeft() const
  61 {
  62   return left;
  63 }
  64
  65 void SequenceLocation::setCount(SequenceLocation::size_type c)
  66 {
  67   right = left + c;
  68 }
  69
  70 SequenceLocation::size_type SequenceLocation::getCount() const
  71 {
  72   return std::max(right - left, 0);
  73 }
  74
  75 void SequenceLocation::setRight(int r)
  76 {
  77   right = r;
  78 }
  79
  80 int SequenceLocation::getRight() const
  81 {
  82   return right;
  83 }
  84
  85 SequenceLocation::size_type SequenceLocation::size() const
  86 {
  87   return getCount();
  88 }