alg/test/test_alphabet.cpp

   1 #define BOOST_TEST_DYN_LINK
   2 #define BOOST_TEST_MODULE test_alphabet
   3 #include <boost/test/unit_test.hpp>
   4
   5 #include <boost/archive/text_oarchive.hpp>
   6 #include <boost/archive/text_iarchive.hpp>
   7 #include <boost/archive/xml_oarchive.hpp>
   8 #include <boost/archive/xml_iarchive.hpp>
   9
  10 #include "alg/alphabet.hpp"
  11 #include "mussa_exceptions.hpp"
  12
  13 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_simple )
  14 {
  15   Alphabet a(Alphabet::reduced_dna_alphabet());
  16   // exists is case insensitive
  17   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('a'), true);
  18   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('A'), true);
  19   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('Q'), false);
  20   BOOST_CHECK_EQUAL( a.exists('q'), false);
  21
  22   // copied from alphabet.cpp
  23   BOOST_CHECK_EQUAL( Alphabet::reduced_dna_cstr, "AaCcGgTtNn\012\015");
  24 }
  25
  26 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_equality)
  27 {
  28   Alphabet a(Alphabet::reduced_dna_alphabet());
  29   BOOST_CHECK_EQUAL( a, Alphabet::reduced_dna_alphabet() );
  30 }
  31
  32 /*
  33 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_invalid )
  34 {
  35   Alphabet a1 = Alphabet::get_alphabet(empty_alphabet);
  36   BOOST_CHECK_THROW(a1.get_complement_map(), mussa_error);
  37
  38   Alphabet a2 = Alphabet::get_alphabet(protein_alphabet);
  39   BOOST_CHECK_THROW(a2.create_complement_map(), mussa_error);
  40 }
  41 */
  42
  43 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_reduced_dna)
  44 {
  45   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_dna_alphabet);
  46
  47   std::string rc_map = a.get_complement_map();
  48   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'T');
  49   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 't');
  50   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], 'A');
  51   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], 'a');
  52   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
  53   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
  54   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
  55   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
  56   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], '~');
  57   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], '~');
  58   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
  59   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
  60 }
  61
  62 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_reduced_rna)
  63 {
  64   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_rna_alphabet);
  65
  66   std::string rc_map = a.get_complement_map();
  67   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'U');
  68   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 'u');
  69   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
  70   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
  71   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
  72   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
  73   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], '~');
  74   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], '~');
  75   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], 'A');
  76   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], 'a');
  77   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
  78   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
  79 }
  80
  81 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_dna)
  82 {
  83   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(dna_alphabet);
  84
  85   std::string rc_map = a.get_complement_map();
  86   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'T');
  87   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 't');
  88   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
  89   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
  90   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
  91   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
  92   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], 'A');
  93   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], 'a');
  94   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['R'], 'Y');
  95   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['r'], 'y');
  96   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Y'], 'R');
  97   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['y'], 'r');
  98   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['S'], 'S');
  99   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['s'], 's');
 100   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['W'], 'W');
 101   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['w'], 'w');
 102   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['K'], 'M');
 103   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['k'], 'm');
 104   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['M'], 'K');
 105   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['m'], 'k');
 106   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['B'], 'V');
 107   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['b'], 'v');
 108   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['V'], 'B');
 109   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['v'], 'b');
 110   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['D'], 'H');
 111   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['d'], 'h');
 112   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['H'], 'D');
 113   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['h'], 'd');
 114   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['N'], 'N');
 115   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['n'], 'n');
 116
 117   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], '~');
 118   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], '~');
 119   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
 120   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
 121 }
 122
 123 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_rc_rna)
 124 {
 125   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(rna_alphabet);
 126
 127   std::string rc_map = a.get_complement_map();
 128   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['A'], 'U');
 129   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['a'], 'u');
 130   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['C'], 'G');
 131   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['c'], 'g');
 132   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['G'], 'C');
 133   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['g'], 'c');
 134   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['U'], 'A');
 135   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['u'], 'a');
 136   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['R'], 'Y');
 137   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['r'], 'y');
 138   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Y'], 'R');
 139   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['y'], 'r');
 140   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['S'], 'S');
 141   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['s'], 's');
 142   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['W'], 'W');
 143   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['w'], 'w');
 144   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['K'], 'M');
 145   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['k'], 'm');
 146   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['M'], 'K');
 147   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['m'], 'k');
 148   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['B'], 'V');
 149   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['b'], 'v');
 150   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['V'], 'B');
 151   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['v'], 'b');
 152   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['D'], 'H');
 153   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['d'], 'h');
 154   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['H'], 'D');
 155   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['h'], 'd');
 156   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['N'], 'N');
 157   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['n'], 'n');
 158
 159   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['T'], '~');
 160   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['t'], '~');
 161   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['Q'], '~');
 162   BOOST_CHECK_EQUAL(rc_map['*'], '~');
 163 }
 164
 165
 166 //enum AlphabetRef { reduced_nucleic_alphabet,   nucleic_alphabet, };
 167 BOOST_AUTO_TEST_CASE( alphabet_reverse_complement )
 168 {
 169   Alphabet a = Alphabet::get_alphabet(reduced_dna_alphabet);
 170   std::string seq("AAAAGCT");
 171   std::string known_rc_seq("AGCTTTT");
 172   boost::shared_ptr<std::string> new_seq(a.reverse_complement(seq));
 173
 174   BOOST_CHECK_EQUAL(*new_seq, known_rc_seq);
 175
 176 }