alg/test/test_flp.cpp

   1 #define BOOST_TEST_DYN_LINK
   2 #define BOOST_TEST_MODULE test_flp
   3 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   4
   5 #include <iostream>
   6 #include <list>
   7
   8 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   9 #include <boost/filesystem/path.hpp>
  10 namespace fs = boost::filesystem;
  11
  12 #include "alg/flp.hpp"
  13 #include "alg/sequence.hpp"
  14 #include <iostream>
  15 #include <list>
  16
  17 #include "mussa_exceptions.hpp"
  18
  19 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_simple )
  20 {
  21   FLPs f;
  22   f.setup(5, 4);
  23   // when we first setup progress should be equal to -1
  24   // aka FLPs::seqcomp_not_running
  25   BOOST_CHECK_EQUAL( f.progress(), -1 );
  26   f.seqcomp("AAGGTAAGGT", "AAGGTAAGGT", false);
  27   // now that we're done we should be equal to not running again.
  28   // yeah it'd be nice to make a thread test
  29   BOOST_CHECK_EQUAL( f.progress(), -1 );
  30
  31   // are the match_locations correct?
  32   for (int i=0; i != f.size(); i++)
  33   {
  34     std::list<int> window_locations = f.match_locations(i);
  35     std::list<FLPs::match> window_matches   = f.matches(i);
  36     std::list<int>::iterator loc_i   = window_locations.begin();
  37     std::list<FLPs::match>::iterator match_i = window_matches.begin();
  38     for (; loc_i != window_locations.end(); ++loc_i, ++match_i)
  39     {
  40       // I'm missing pythons easy lists and in operator here.
  41       if (i == 0) BOOST_CHECK( *loc_i == 0 || *loc_i == 5);
  42       else if (i == 1) BOOST_CHECK( *loc_i == 1 || *loc_i == 6);
  43       else if (i == 2) BOOST_CHECK( *loc_i == 2 );
  44       else if (i == 3) BOOST_CHECK( *loc_i == 3 );
  45       else if (i == 4) BOOST_CHECK( *loc_i == 4 );
  46       else if (i == 6) BOOST_CHECK( *loc_i == 5 || *loc_i == 0);
  47       BOOST_CHECK_EQUAL( *loc_i, match_i->index );
  48     }
  49   }
  50 }
  51
  52 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_save )
  53 {
  54   std::string seq("AAGGCCTTAAGGCCTT");
  55   int win_size = 4;
  56   FLPs f1;
  57   FLPs f2;
  58   f1.setup(win_size,3);
  59   f1.seqcomp(seq, seq, false);
  60   std::string fname("flp_save_this_is_a_horrible_filename_because_"
  61                     "im_too_lazy_to_write_a_portable_mktmp.flp");
  62
  63   f1.save(fname);
  64   f2.load(fname);
  65   boost::filesystem::remove( boost::filesystem::path(fname) );
  66
  67   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), seq.size()-win_size+1);
  68   BOOST_CHECK_EQUAL( f2.size(), seq.size()-win_size+1);
  69   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
  70   for (int win=0; win < f1.size(); ++win)
  71   {
  72     std::list<FLPs::match> f1_matches = f1.matches(win);
  73     std::list<FLPs::match> f2_matches = f2.matches(win);
  74     std::list<FLPs::match>::const_iterator f1_match_i = f1_matches.begin();
  75     std::list<FLPs::match>::const_iterator f2_match_i = f2_matches.begin();
  76     for( ;
  77          f1_match_i != f1_matches.end() && f2_match_i != f2_matches.end();
  78          ++f1_match_i, ++f2_match_i)
  79     {
  80       BOOST_CHECK_EQUAL( *f1_match_i, *f2_match_i);
  81     }
  82   }
  83 }
  84
  85 /*! Apparently when we run multiple seqcomps we want to
  86  *  save all the FLPs generated
  87  */
  88 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_reverse_compliment )
  89 {
  90   FLPs f1;
  91   Sequence s1("AAAATTTT");
  92   Sequence s2("AACAGGGG");
  93   f1.setup(4,3);
  94   f1.seqcomp(s1, s2, false);
  95   f1.seqcomp(s1, s2.rev_comp(), true);
  96
  97   FLPs f2;
  98   f2.setup(4,3);
  99   f2.seqcomp(s1, s2.rev_comp(), true);
 100   f2.seqcomp(s1, s2, false);
 101
 102   // The order of doing the reverse compliment search shouldn't matter
 103   // when we're using exactly the same sequence
 104   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
 105   for (int i = 0; i < f1.size(); ++i )
 106   {
 107     BOOST_CHECK_EQUAL( f1.matches(i).size(), f2.matches(i).size() );
 108     // FIXME: should we test the individual lists?
 109   }
 110 }
 111
 112 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_file_check )
 113 {
 114   fs::path filename = "Thy_micturations_are_to_me_as_plurdled_gabbleblotchits";
 115   FLPs f1;
 116   BOOST_CHECK_THROW( f1.load(filename), mussa_load_error);
 117 }