alg/test/test_flp.cpp

   1 #include <iostream>
   2 #include <list>
   3
   4 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   5 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   6 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   7 namespace fs = boost::filesystem;
   8
   9 #include "alg/flp.hpp"
  10 #include "alg/sequence.hpp"
  11 #include <iostream>
  12 #include <list>
  13
  14 #include "mussa_exceptions.hpp"
  15
  16 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_simple )
  17 {
  18   FLPs f;
  19   f.setup(5, 4);
  20   // when we first setup progress should be equal to -1
  21   // aka FLPs::seqcomp_not_running
  22   BOOST_CHECK_EQUAL( f.progress(), -1 );
  23   f.seqcomp("AAGGTAAGGT", "AAGGTAAGGT", false);
  24   // now that we're done we should be equal to not running again.
  25   // yeah it'd be nice to make a thread test
  26   BOOST_CHECK_EQUAL( f.progress(), -1 );
  27
  28   // are the match_locations correct?
  29   for (int i=0; i != f.size(); i++)
  30   {
  31     std::list<int> window_locations = f.match_locations(i);
  32     std::list<FLPs::match> window_matches   = f.matches(i);
  33     std::list<int>::iterator loc_i   = window_locations.begin();
  34     std::list<FLPs::match>::iterator match_i = window_matches.begin();
  35     for (; loc_i != window_locations.end(); ++loc_i, ++match_i)
  36     {
  37       // I'm missing pythons easy lists and in operator here.
  38       if (i == 0) BOOST_CHECK( *loc_i == 0 || *loc_i == 5);
  39       else if (i == 1) BOOST_CHECK( *loc_i == 1 || *loc_i == 6);
  40       else if (i == 2) BOOST_CHECK( *loc_i == 2 );
  41       else if (i == 3) BOOST_CHECK( *loc_i == 3 );
  42       else if (i == 4) BOOST_CHECK( *loc_i == 4 );
  43       else if (i == 6) BOOST_CHECK( *loc_i == 5 || *loc_i == 0);
  44       BOOST_CHECK_EQUAL( *loc_i, match_i->index );
  45     }
  46   }
  47 }
  48
  49 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_save )
  50 {
  51   std::string seq("AAGGCCTTAAGGCCTT");
  52   int win_size = 4;
  53   FLPs f1;
  54   FLPs f2;
  55   f1.setup(win_size,3);
  56   f1.seqcomp(seq, seq, false);
  57   std::string fname("flp_save_this_is_a_horrible_filename_because_"
  58                     "im_too_lazy_to_write_a_portable_mktmp.flp");
  59
  60   f1.save(fname);
  61   f2.load(fname);
  62   boost::filesystem::remove( boost::filesystem::path(fname) );
  63
  64   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), seq.size()-win_size+1);
  65   BOOST_CHECK_EQUAL( f2.size(), seq.size()-win_size+1);
  66   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
  67   for (int win=0; win < f1.size(); ++win)
  68   {
  69     std::list<FLPs::match> f1_matches = f1.matches(win);
  70     std::list<FLPs::match> f2_matches = f2.matches(win);
  71     std::list<FLPs::match>::const_iterator f1_match_i = f1_matches.begin();
  72     std::list<FLPs::match>::const_iterator f2_match_i = f2_matches.begin();
  73     for( ;
  74          f1_match_i != f1_matches.end() && f2_match_i != f2_matches.end();
  75          ++f1_match_i, ++f2_match_i)
  76     {
  77       BOOST_CHECK_EQUAL( *f1_match_i, *f2_match_i);
  78     }
  79   }
  80 }
  81
  82 /*! Apparently when we run multiple seqcomps we want to
  83  *  save all the FLPs generated
  84  */
  85 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_reverse_compliment )
  86 {
  87   FLPs f1;
  88   Sequence s1("AAAATTTT");
  89   Sequence s2("AACAGGGG");
  90   f1.setup(4,3);
  91   f1.seqcomp(s1, s2, false);
  92   f1.seqcomp(s1, s2.rev_comp(), true);
  93
  94   FLPs f2;
  95   f2.setup(4,3);
  96   f2.seqcomp(s1, s2.rev_comp(), true);
  97   f2.seqcomp(s1, s2, false);
  98
  99   // The order of doing the reverse compliment search shouldn't matter
 100   // when we're using exactly the same sequence
 101   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
 102   for (int i = 0; i < f1.size(); ++i )
 103   {
 104     BOOST_CHECK_EQUAL( f1.matches(i).size(), f2.matches(i).size() );
 105     // FIXME: should we test the individual lists?
 106   }
 107 }
 108
 109 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_file_check )
 110 {
 111   fs::path filename = "Thy_micturations_are_to_me_as_plurdled_gabbleblotchits";
 112   FLPs f1;
 113   BOOST_CHECK_THROW( f1.load(filename), mussa_load_error);
 114 }