alg/test/test_flp.cpp

   1 #include <iostream>
   2 #include <list>
   3
   4 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   5 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   6 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   7 namespace fs = boost::filesystem;
   8
   9 #include "alg/flp.hpp"
  10 #include "alg/sequence.hpp"
  11 #include <iostream>
  12 #include <list>
  13
  14 #include "mussa_exceptions.hpp"
  15
  16 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_simple )
  17 {
  18   FLPs f;
  19   f.setup(5, 4);
  20   f.seqcomp("AAGGTAAGGT", "AAGGTAAGGT", false);
  21
  22   // are the match_locations correct?
  23   for (int i=0; i != f.size(); i++)
  24   {
  25     std::list<int> window_locations = f.match_locations(i);
  26     std::list<FLPs::match> window_matches   = f.matches(i);
  27     std::list<int>::iterator loc_i   = window_locations.begin();
  28     std::list<FLPs::match>::iterator match_i = window_matches.begin();
  29     for (; loc_i != window_locations.end(); ++loc_i, ++match_i)
  30     {
  31       // I'm missing pythons easy lists and in operator here.
  32       if (i == 0) BOOST_CHECK( *loc_i == 0 || *loc_i == 5);
  33       else if (i == 1) BOOST_CHECK( *loc_i == 1 || *loc_i == 6);
  34       else if (i == 2) BOOST_CHECK( *loc_i == 2 );
  35       else if (i == 3) BOOST_CHECK( *loc_i == 3 );
  36       else if (i == 4) BOOST_CHECK( *loc_i == 4 );
  37       else if (i == 6) BOOST_CHECK( *loc_i == 5 || *loc_i == 0);
  38       BOOST_CHECK_EQUAL( *loc_i, match_i->index );
  39     }
  40   }
  41 }
  42
  43 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_save )
  44 {
  45   std::string seq("AAGGCCTTAAGGCCTT");
  46   int win_size = 4;
  47   FLPs f1;
  48   FLPs f2;
  49   f1.setup(win_size,3);
  50   f1.seqcomp(seq, seq, false);
  51   std::string fname("flp_save_this_is_a_horrible_filename_because_"
  52                     "im_too_lazy_to_write_a_portable_mktmp.flp");
  53
  54   f1.save(fname);
  55   f2.load(fname);
  56   boost::filesystem::remove( boost::filesystem::path(fname) );
  57
  58   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), seq.size()-win_size+1);
  59   BOOST_CHECK_EQUAL( f2.size(), seq.size()-win_size+1);
  60   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
  61   for (int win=0; win < f1.size(); ++win)
  62   {
  63     std::list<FLPs::match> f1_matches = f1.matches(win);
  64     std::list<FLPs::match> f2_matches = f2.matches(win);
  65     std::list<FLPs::match>::const_iterator f1_match_i = f1_matches.begin();
  66     std::list<FLPs::match>::const_iterator f2_match_i = f2_matches.begin();
  67     for( ;
  68          f1_match_i != f1_matches.end() && f2_match_i != f2_matches.end();
  69          ++f1_match_i, ++f2_match_i)
  70     {
  71       BOOST_CHECK_EQUAL( *f1_match_i, *f2_match_i);
  72     }
  73   }
  74 }
  75
  76 /*! Apparently when we run multiple seqcomps we want to
  77  *  save all the FLPs generated
  78  */
  79 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_reverse_compliment )
  80 {
  81   FLPs f1;
  82   Sequence s1("AAAATTTT");
  83   Sequence s2("AACAGGGG");
  84   f1.setup(4,3);
  85   f1.seqcomp(s1.get_seq(), s2.get_seq(), false);
  86   f1.seqcomp(s1.get_seq(), s2.rev_comp(), true);
  87
  88   FLPs f2;
  89   f2.setup(4,3);
  90   f2.seqcomp(s1.get_seq(), s2.rev_comp(), true);
  91   f2.seqcomp(s1.get_seq(), s2.get_seq(), false);
  92
  93   // The order of doing the reverse compliment search shouldn't matter
  94   // when we're using exactly the same sequence
  95   BOOST_CHECK_EQUAL( f1.size(), f2.size() );
  96   for (int i = 0; i < f1.size(); ++i )
  97   {
  98     BOOST_CHECK_EQUAL( f1.matches(i).size(), f2.matches(i).size() );
  99     // FIXME: should we test the individual lists?
 100   }
 101 }
 102
 103 BOOST_AUTO_TEST_CASE( flp_file_check )
 104 {
 105   fs::path filename = "Thy_micturations_are_to_me_as_plurdled_gabbleblotchits";
 106   FLPs f1;
 107   BOOST_CHECK_THROW( f1.load(filename), mussa_load_error);
 108 }