alg/test/test_glseqbrowser.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <boost/assign/std/vector.hpp>
   3 using namespace boost::assign;
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <string>
   8 #include <list>
   9 #include <vector>
  10
  11 #include "alg/annotation_colors.hpp"
  12 #include "alg/glseqbrowser.hpp"
  13 #include "alg/sequence.hpp"
  14
  15 using namespace std;
  16
  17 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( gltracks_connect )
  18 {
  19   string s0("AAGGCCTT");
  20   string s1("TTGGCCAA");
  21   string s2("GATTACAA");
  22   Sequence seq0(s0);
  23   Sequence seq1(s1);
  24   Sequence seq2(s2);
  25
  26   GlSeqBrowser gt;
  27   gt.push_sequence(seq0);
  28   gt.push_sequence(seq1);
  29   gt.push_sequence(seq2);
  30
  31   // make up some sample data
  32   vector<bool> rc;
  33   rc += false, false, false;
  34   vector<int> path;
  35                 path += 1,1,1; gt.link(path, rc, 1);
  36   path.clear(); path += 1,1,3; gt.link(path, rc, 1);
  37   path.clear(); path += 2,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  38   path.clear(); path += 3,3,3; gt.link(path, rc, 1);
  39
  40   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 2 );
  41   GlSeqBrowser::segment_key p(1, 1);
  42   GlSeqBrowser::pair_segment_map::iterator psm_i = gt.path_segments[0].find(p);
  43   BOOST_CHECK( psm_i != gt.path_segments[0].end() );
  44   BOOST_CHECK_EQUAL( psm_i->second.path_ids.size(), 2 );
  45
  46   gt.clear();
  47   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.path_segments.size(), 0 );
  48 }
  49
  50 BOOST_AUTO_TEST_CASE( glseqbrowser_center )
  51 {
  52   string s0("AAGGCCTT");
  53   string s1("TTGGCCAA");
  54   string s2("GATTACAA");
  55   boost::shared_ptr<Sequence> seq0(new Sequence(s0));
  56   boost::shared_ptr<Sequence> seq1(new Sequence(s1));
  57   boost::shared_ptr<Sequence> seq2(new Sequence(s2));
  58   boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(new AnnotationColors);
  59   GlSequence glseq0(seq0, cm);
  60   GlSequence glseq1(seq1, cm);
  61   GlSequence glseq2(seq2, cm);
  62
  63   GlSeqBrowser gt;
  64   gt.push_sequence(glseq0);
  65   gt.push_sequence(glseq1);
  66   gt.push_sequence(glseq2);
  67
  68   vector<int> path;
  69   path += 0,3,7;
  70
  71   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.left(), -gt.border() );
  72   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.right(), s0.size() + gt.border() );
  73
  74   gt.centerOnPath(path);
  75
  76   // I didn't bother to compute how the path should shift things
  77   // by the magic number 3, i just ran the test and saw how it failed
  78   // and hard coded this in.
  79   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.left(), -18-gt.border() );
  80   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.right(), s0.size() + gt.border()-11 );
  81
  82   // aparently we end up with a different glsequence in the seqbrowser
  83   BOOST_CHECK( glseq1.x() != gt.sequences()[1]->x() );
  84
  85   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[0]->x(), (gt.viewportCenter()-15)-path[0] );
  86   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[1]->x(), (gt.viewportCenter()-15)-path[1] );
  87   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.sequences()[2]->x(), (gt.viewportCenter()-15)-path[2] );
  88 }
  89
  90 BOOST_AUTO_TEST_CASE( setSelectedPaths )
  91 {
  92   string s0("AAGGCCTT");
  93   string s1("TTGGCCAA");
  94   string s2("GATTACAA");
  95   Sequence seq0(s0);
  96   Sequence seq1(s1);
  97   Sequence seq2(s2);
  98
  99   GlSeqBrowser gt;
 100   gt.push_sequence(seq0);
 101   gt.push_sequence(seq1);
 102   gt.push_sequence(seq2);
 103
 104   // make up some sample data
 105   vector<bool> rc;
 106   rc += false, false, false;
 107   vector<int> path;
 108                 path += 1,1,1; gt.link(path, rc, 1);
 109   path.clear(); path += 1,1,3; gt.link(path, rc, 1);
 110   path.clear(); path += 2,3,3; gt.link(path, rc, 1);
 111   path.clear(); path += 3,3,3; gt.link(path, rc, 1);
 112
 113   vector<int> selected;
 114   selected += 1,4;
 115   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), 0 );
 116   gt.setSelectedPaths(selected);
 117   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), selected.size() );
 118   gt.clear_selection();
 119   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), 0);
 120 }
 121
 122 BOOST_AUTO_TEST_CASE( setSelectedTracks )
 123 {
 124   string s0("AAGGCCTT");
 125   string s1("TTGGCCAA");
 126   string s2("GATTACAA");
 127   Sequence seq0(s0);
 128   Sequence seq1(s1);
 129   Sequence seq2(s2);
 130
 131   GlSeqBrowser gt;
 132   gt.push_sequence(seq0);
 133   gt.push_sequence(seq1);
 134   gt.push_sequence(seq2);
 135
 136
 137   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedTracks().size(), 0 );
 138   gt.appendSelectedTrack(0, 0, seq0.size());
 139   gt.appendSelectedTrack(2, 0, seq2.size());
 140   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedTracks().size(), 2 );
 141
 142   list<Sequence> selected_sequence;
 143   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.size(), 0);
 144   gt.copySelectedTracksAsSequences(selected_sequence);
 145   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.size(), 2);
 146   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.front(), seq0);
 147   BOOST_CHECK_EQUAL(selected_sequence.back(), seq2);
 148
 149   gt.clear_selection();
 150   BOOST_CHECK_EQUAL( gt.selectedPaths().size(), 0);
 151
 152   gt.appendSelectedTrack(0, 0, 2);
 153   list<SequenceLocation> seq_locs;
 154   gt.copySelectedTracksAsSeqLocation(seq_locs);
 155   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.size(), 1);
 156   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.front().getSequence(), seq0);
 157   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.front().getLeft(), 0);
 158   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_locs.front().getRight(), 2);
 159
 160 }