alg/test/test_mussa.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2
   3 #include <string>
   4
   5 #include "alg/mussa.hpp"
   6
   7 //! can we initialize a mussa object?
   8 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_simple )
   9 {
  10   Mussa m;
  11   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "" );
  12   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 0);
  13   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 0);
  14   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::TransitiveNway);
  15   m.set_name( "hello" );
  16   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "hello" );
  17   m.set_window(30);
  18   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 30);
  19   m.set_threshold(21);
  20   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 21);
  21   m.set_analysis_mode(Mussa::RadialNway);
  22   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::RadialNway);
  23
  24   m.clear();
  25   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "" );
  26   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 0);
  27   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 0);
  28   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::TransitiveNway);
  29 }
  30
  31 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_analysis_name )
  32 {
  33   Mussa m;
  34   m.set_analysis_mode( Mussa::TransitiveNway );
  35   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Transitive" );
  36   m.set_analysis_mode( Mussa::RadialNway );
  37   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Radial" );
  38   m.set_analysis_mode( Mussa::EntropyNway );
  39   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Entropy" );
  40   m.set_analysis_mode( Mussa::RecursiveNway);
  41   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "[deprecated] Recursive" );
  42 }
  43
  44 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_sequences )
  45 {
  46   std::string s0("AAAANNNN");
  47   std::string s1("GGGGNNNN");
  48   std::string s2("TTTTNNNN");
  49
  50   Mussa analysis;
  51   analysis.add_a_seq(s0);
  52   analysis.add_a_seq(s1);
  53   analysis.add_a_seq(s2);
  54
  55   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences().size(), 3 );
  56   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[0].get_seq(), s0);
  57   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[1].get_seq(), s1);
  58   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[2].get_seq(), s2);
  59 }
  60
  61 // for some reason we can call nway once safely but it
  62 // somehow changed things and caused a segfault
  63 // fixed by adding a return statement in trans_path_search
  64 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( empty_mussa_set_threshold )
  65 {
  66   Mussa m;
  67   m.set_soft_thres(15);
  68   m.nway();
  69
  70   m.set_soft_thres(25);
  71   m.nway();
  72 }
  73
  74 #include <unistd.h>
  75 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_mupa )
  76 {
  77   Mussa m1;
  78   chdir( "examples" );
  79   m1.load_mupa_file( "mck3test.mupa" );
  80   m1.analyze(0, 0);
  81   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_name(), std::string("mck3test") );
  82   BOOST_CHECK( m1.size() > 0 );
  83
  84   Mussa m2;
  85   std::string saved_analysis_path("mck3test_w30_t20");
  86   m2.load( saved_analysis_path  );
  87   chdir( ".." );
  88
  89   BOOST_CHECK_EQUAL( m2.get_name(), saved_analysis_path );
  90   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.size(), m2.size() );
  91
  92 }
  93
  94 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_full_path )
  95 {
  96   Mussa m1;
  97   chdir( "examples" );
  98   const int bufsize = 1024;
  99   char path_buf[bufsize];
 100   getcwd(path_buf, bufsize);
 101   std::string path(path_buf);
 102   chdir( ".." );
 103   path += "/mck3test.mupa";
 104   m1.load_mupa_file( path );
 105   m1.analyze(0, 0);
 106
 107   BOOST_CHECK( m1.size() > 0);
 108 }