alg/test/test_mussa.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   3 namespace fs = boost::filesystem;
   4
   5 #include <string>
   6 #include <sstream>
   7 #include <vector>
   8
   9 #include "alg/mussa.hpp"
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 //! can we initialize a mussa object?
  14 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_simple )
  15 {
  16   Mussa m;
  17   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "" );
  18   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 0);
  19   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 0);
  20   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::TransitiveNway);
  21   m.set_name( "hello" );
  22   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "hello" );
  23   m.set_window(30);
  24   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 30);
  25   m.set_threshold(21);
  26   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 21);
  27   m.set_analysis_mode(Mussa::RadialNway);
  28   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::RadialNway);
  29
  30   m.clear();
  31   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "" );
  32   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 0);
  33   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 0);
  34   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::TransitiveNway);
  35 }
  36
  37 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_analysis_name )
  38 {
  39   Mussa m;
  40   m.set_analysis_mode( Mussa::TransitiveNway );
  41   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Transitive" );
  42   m.set_analysis_mode( Mussa::RadialNway );
  43   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Radial" );
  44   m.set_analysis_mode( Mussa::EntropyNway );
  45   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Entropy" );
  46   m.set_analysis_mode( Mussa::RecursiveNway);
  47   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "[deprecated] Recursive" );
  48 }
  49
  50 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_sequences )
  51 {
  52   std::string s0("AAAANNNN");
  53   std::string s1("GGGGNNNN");
  54   std::string s2("TTTTNNNN");
  55
  56   Mussa analysis;
  57   analysis.add_a_seq(s0);
  58   analysis.add_a_seq(s1);
  59   analysis.add_a_seq(s2);
  60
  61   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences().size(), 3 );
  62   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[0].get_seq(), s0);
  63   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[1].get_seq(), s1);
  64   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[2].get_seq(), s2);
  65 }
  66
  67 // for some reason we can call nway once safely but it
  68 // somehow changed things and caused a segfault
  69 // fixed by adding a return statement in trans_path_search
  70 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( empty_mussa_set_threshold )
  71 {
  72   Mussa m;
  73   m.set_soft_thres(15);
  74   m.nway();
  75
  76   m.set_soft_thres(25);
  77   m.nway();
  78 }
  79
  80 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_mupa )
  81 {
  82   fs::path mupa_path(EXAMPLE_DIR);
  83   mupa_path /= "mck3test.mupa";
  84
  85   Mussa m1;
  86   m1.load_mupa_file( mupa_path );
  87   m1.analyze(0, 0);
  88   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_name(), std::string("mck3test") );
  89   BOOST_CHECK( m1.size() > 0 );
  90
  91   Mussa m2;
  92   fs::path result_path = fs::initial_path() / "mck3test_w30_t20";
  93   m2.load( result_path );
  94   BOOST_CHECK_EQUAL( m2.get_name(), result_path.leaf() );
  95   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.size(), m2.size() );
  96
  97 }
  98
  99 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_full_path )
 100 {
 101   Mussa m1;
 102   fs::path full_path(fs::path(EXAMPLE_DIR) / "mck3test.mupa");
 103   m1.load_mupa_file( full_path );
 104   m1.analyze(0, 0);
 105
 106   BOOST_CHECK( m1.size() > 0);
 107   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_window(), 30 );
 108   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_threshold(), 20);
 109 }
 110
 111 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_analysis )
 112 {
 113   fs::path example_dir(EXAMPLE_DIR);
 114   Mussa m1;
 115   m1.load_mupa_file( example_dir / "mck3test.mupa" );
 116   m1.analyze(0, 0);
 117
 118   Mussa m2;
 119   m2.load( example_dir / "mck3test_w30_t20");
 120
 121   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.size(), m2.size() );
 122   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_window(), m2.get_window() );
 123   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_threshold(), m2.get_threshold() );
 124 }
 125
 126 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_motif )
 127 {
 128   string data = "AAGG 1.0 1.0 0.0\n"
 129                 "GGTT 0.0 0.1 1.0\n"
 130                 "ZXY 2 1.9 0\n";
 131
 132   istringstream test_istream(data);
 133
 134   Mussa m1;
 135   m1.add_a_seq("AAAAGGGGTTTT");
 136   m1.add_a_seq("GGGCCCCTTGGTT");
 137   m1.load_motifs(test_istream);
 138
 139   for (vector<Sequence>::const_iterator seq_i = m1.sequences().begin();
 140        seq_i != m1.sequences().end();
 141        ++seq_i)
 142   {
 143     BOOST_CHECK( seq_i->motifs().size() > 0 );
 144   }
 145 }
 146
 147 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_add_motif )
 148 {
 149   vector<string> motifs;
 150   motifs.push_back("AAGG");
 151   vector<Color> colors;
 152   colors.push_back(Color(1.0, 0.0, 0.0));
 153
 154   Mussa m1;
 155   m1.add_a_seq("AAAAGGGGTTTT");
 156   m1.add_a_seq("GGGCCCCTTGGTT");
 157   m1.add_motifs(motifs, colors);
 158   int first_size = m1.motifs().size();
 159   BOOST_CHECK_EQUAL( first_size, 1 );
 160   m1.add_motifs(motifs, colors);
 161   BOOST_CHECK_EQUAL( first_size, m1.motifs().size() );
 162 }