alg/test/test_mussa.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2
   3 #include <string>
   4 #include <sstream>
   5 #include <vector>
   6
   7 #include "alg/mussa.hpp"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 //! can we initialize a mussa object?
  12 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_simple )
  13 {
  14   Mussa m;
  15   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "" );
  16   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 0);
  17   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 0);
  18   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::TransitiveNway);
  19   m.set_name( "hello" );
  20   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "hello" );
  21   m.set_window(30);
  22   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 30);
  23   m.set_threshold(21);
  24   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 21);
  25   m.set_analysis_mode(Mussa::RadialNway);
  26   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::RadialNway);
  27
  28   m.clear();
  29   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_name(), "" );
  30   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_window(), 0);
  31   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_threshold(), 0);
  32   BOOST_CHECK_EQUAL(m.get_analysis_mode(), Mussa::TransitiveNway);
  33 }
  34
  35 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_analysis_name )
  36 {
  37   Mussa m;
  38   m.set_analysis_mode( Mussa::TransitiveNway );
  39   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Transitive" );
  40   m.set_analysis_mode( Mussa::RadialNway );
  41   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Radial" );
  42   m.set_analysis_mode( Mussa::EntropyNway );
  43   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "Entropy" );
  44   m.set_analysis_mode( Mussa::RecursiveNway);
  45   BOOST_CHECK_EQUAL( m.get_analysis_mode_name(), "[deprecated] Recursive" );
  46 }
  47
  48 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_sequences )
  49 {
  50   std::string s0("AAAANNNN");
  51   std::string s1("GGGGNNNN");
  52   std::string s2("TTTTNNNN");
  53
  54   Mussa analysis;
  55   analysis.add_a_seq(s0);
  56   analysis.add_a_seq(s1);
  57   analysis.add_a_seq(s2);
  58
  59   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences().size(), 3 );
  60   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[0].get_seq(), s0);
  61   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[1].get_seq(), s1);
  62   BOOST_CHECK_EQUAL( analysis.sequences()[2].get_seq(), s2);
  63 }
  64
  65 // for some reason we can call nway once safely but it
  66 // somehow changed things and caused a segfault
  67 // fixed by adding a return statement in trans_path_search
  68 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( empty_mussa_set_threshold )
  69 {
  70   Mussa m;
  71   m.set_soft_thres(15);
  72   m.nway();
  73
  74   m.set_soft_thres(25);
  75   m.nway();
  76 }
  77
  78 #include <unistd.h>
  79 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_mupa )
  80 {
  81   Mussa m1;
  82   chdir( "examples" );
  83   m1.load_mupa_file( "mck3test.mupa" );
  84   m1.analyze(0, 0);
  85   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.get_name(), std::string("mck3test") );
  86   BOOST_CHECK( m1.size() > 0 );
  87
  88   Mussa m2;
  89   std::string saved_analysis_path("mck3test_w30_t20");
  90   m2.load( saved_analysis_path  );
  91   chdir( ".." );
  92
  93   BOOST_CHECK_EQUAL( m2.get_name(), saved_analysis_path );
  94   BOOST_CHECK_EQUAL( m1.size(), m2.size() );
  95
  96 }
  97
  98 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_full_path )
  99 {
 100   Mussa m1;
 101   chdir( "examples" );
 102   const int bufsize = 1024;
 103   char path_buf[bufsize];
 104   getcwd(path_buf, bufsize);
 105   std::string path(path_buf);
 106   chdir( ".." );
 107   path += "/mck3test.mupa";
 108   m1.load_mupa_file( path );
 109   m1.analyze(0, 0);
 110
 111   BOOST_CHECK( m1.size() > 0);
 112 }
 113
 114 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_load_motif )
 115 {
 116   string data = "AAGG 1.0 1.0 0.0\n"
 117                 "GGTT 0.0 0.1 1.0\n"
 118                 "ZXY 2 1.9 0\n";
 119
 120   istringstream test_istream(data);
 121
 122   Mussa m1;
 123   m1.add_a_seq("AAAAGGGGTTTT");
 124   m1.add_a_seq("GGGCCCCTTGGTT");
 125   m1.load_motifs(test_istream);
 126
 127   for (vector<Sequence>::const_iterator seq_i = m1.sequences().begin();
 128        seq_i != m1.sequences().end();
 129        ++seq_i)
 130   {
 131     BOOST_CHECK( seq_i->motifs().size() > 0 );
 132   }
 133 }
 134
 135 BOOST_AUTO_TEST_CASE( mussa_add_motif )
 136 {
 137   vector<string> motifs;
 138   motifs.push_back("AAGG");
 139   vector<Color> colors;
 140   colors.push_back(Color(1.0, 0.0, 0.0));
 141
 142   Mussa m1;
 143   m1.add_a_seq("AAAAGGGGTTTT");
 144   m1.add_a_seq("GGGCCCCTTGGTT");
 145   m1.add_motifs(motifs, colors);
 146   int first_size = m1.motifs().size();
 147   BOOST_CHECK_EQUAL( first_size, 1 );
 148   m1.add_motifs(motifs, colors);
 149   BOOST_CHECK_EQUAL( first_size, m1.motifs().size() );
 150 }