alg/test/test_nway.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   3 namespace fs = boost::filesystem;
   4
   5 #include <string>
   6 #include <iostream>
   7
   8 #include "alg/mussa.hpp"
   9 #include "alg/nway_paths.hpp"
  10 #include "alg/sequence.hpp"
  11
  12 using namespace std;
  13
  14 //! there should be no matches
  15 BOOST_AUTO_TEST_CASE( nway_null )
  16 {
  17   string s0("AAAANNNN");
  18   string s1("GGGGNNNN");
  19   string s2("TTTTNNNN");
  20
  21   Mussa analysis;
  22   analysis.add_a_seq(s0);
  23   analysis.add_a_seq(s1);
  24   analysis.add_a_seq(s2);
  25   analysis.analyze(4,3);
  26   NwayPaths npath = analysis.paths();
  27   // there should be no paths for these sequences
  28   for (std::list<ConservedPath >::iterator pathz_i = npath.pathz.begin();
  29        pathz_i != npath.pathz.end();
  30        ++pathz_i)
  31   {
  32     BOOST_CHECK_EQUAL( pathz_i->size(), 0);
  33   }
  34 }
  35
  36 BOOST_AUTO_TEST_CASE( nway_test )
  37 {
  38   string s0("ATATGCGC");
  39   string s1("GGGGGGGC");
  40   Sequence seq1(s1);
  41
  42   Mussa analysis;
  43   analysis.add_a_seq(s0);
  44   analysis.add_a_seq(s1);
  45   analysis.analyze(4,3);
  46   NwayPaths npath = analysis.paths();
  47   for (std::list<ConservedPath >::iterator pathz_i = npath.pathz.begin();
  48        pathz_i != npath.pathz.end();
  49        ++pathz_i)
  50   {
  51     for( ConservedPath::iterator path_i = pathz_i->begin();
  52          path_i != pathz_i->end();
  53          ++path_i)
  54     {
  55       BOOST_CHECK( *path_i == 4 || *path_i == -4);
  56     }
  57   }
  58 }
  59
  60 BOOST_AUTO_TEST_CASE( nway_refine )
  61 {
  62   fs::path mupa_path( EXAMPLE_DIR );
  63   mupa_path /= "mck3test.mupa";
  64   Mussa m1;
  65   m1.load_mupa_file( mupa_path );
  66   m1.analyze(0, 0);
  67   const NwayPaths& npath = m1.paths();
  68   BOOST_CHECK_EQUAL (npath.path_size(), npath.refined_path_size());
  69   size_t first_refined_size = npath.refined_path_size();
  70   BOOST_CHECK( first_refined_size > 0 );
  71
  72   // we're using a window size 30 (threshold 20) example
  73   m1.set_soft_thres(22);
  74   m1.nway();
  75   BOOST_CHECK( npath.refined_path_size() > 0);
  76   BOOST_CHECK( npath.refined_path_size() < first_refined_size);
  77
  78   m1.set_soft_thres(20);
  79   m1.nway();
  80   BOOST_CHECK_EQUAL(npath.refined_path_size(), first_refined_size);
  81 }