alg/test/test_nway.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2
   3 #include <string>
   4 #include <iostream>
   5
   6 #include "alg/mussa.hpp"
   7 #include "alg/nway_paths.hpp"
   8 #include "alg/sequence.hpp"
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 //! there should be no matches
  13 BOOST_AUTO_TEST_CASE( nway_null )
  14 {
  15   string s0("AAAANNNN");
  16   string s1("GGGGNNNN");
  17   string s2("TTTTNNNN");
  18
  19   Mussa analysis;
  20   analysis.add_a_seq(s0);
  21   analysis.add_a_seq(s1);
  22   analysis.add_a_seq(s2);
  23   analysis.analyze(4,3);
  24   NwayPaths npath = analysis.paths();
  25   // there should be no paths for these sequences
  26   for (std::list<ConservedPath >::iterator pathz_i = npath.pathz.begin();
  27        pathz_i != npath.pathz.end();
  28        ++pathz_i)
  29   {
  30     BOOST_CHECK_EQUAL( pathz_i->size(), 0);
  31   }
  32 }
  33
  34 BOOST_AUTO_TEST_CASE( nway_test )
  35 {
  36   string s0("ATATGCGC");
  37   string s1("GGGGGGGC");
  38   Sequence seq1(s1);
  39
  40   Mussa analysis;
  41   analysis.add_a_seq(s0);
  42   analysis.add_a_seq(s1);
  43   analysis.analyze(4,3);
  44   NwayPaths npath = analysis.paths();
  45   for (std::list<ConservedPath >::iterator pathz_i = npath.pathz.begin();
  46        pathz_i != npath.pathz.end();
  47        ++pathz_i)
  48   {
  49     for( ConservedPath::iterator path_i = pathz_i->begin();
  50          path_i != pathz_i->end();
  51          ++path_i)
  52     {
  53       BOOST_CHECK( *path_i == 4 || *path_i == -4);
  54     }
  55   }
  56 }
  57
  58 #include <unistd.h>
  59 BOOST_AUTO_TEST_CASE( nway_refine )
  60 {
  61   Mussa m1;
  62   m1.load_mupa_file( "examples/mck3test.mupa" );
  63   m1.analyze(0, 0);
  64   const NwayPaths& npath = m1.paths();
  65   BOOST_CHECK_EQUAL (npath.path_size(), npath.refined_path_size());
  66   size_t first_refined_size = npath.refined_path_size();
  67   BOOST_CHECK( first_refined_size > 0 );
  68
  69   // we're using a window size 30 (threshold 20) example
  70   m1.set_soft_thres(22);
  71   m1.nway();
  72   BOOST_CHECK( npath.refined_path_size() > 0);
  73   BOOST_CHECK( npath.refined_path_size() < first_refined_size);
  74
  75   m1.set_soft_thres(20);
  76   m1.nway();
  77   BOOST_CHECK_EQUAL(npath.refined_path_size(), first_refined_size);
  78 }