alg/test/test_paircomp.cpp

   1 #define BOOST_AUTO_TEST_MAIN
   2 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   3 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   4 namespace fs = boost::filesystem;
   5
   6 #include <string>
   7 #include <iostream>
   8
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10 #include "paircomp.hh"
  11 #include "Match.hh"
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 BOOST_AUTO_TEST_CASE( simple_nxn_comparison )
  16 {
  17   std::string s(10, 'A');
  18   Sequence s1(s);
  19   Sequence s2(s);
  20
  21   paircomp::ImmutableComparison *cmp;
  22   // Make sure we called the string constructor correctly
  23   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s1.size(), 10 );
  24   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s2.size(), 10 );
  25   cmp = paircomp::simple_nxn_comparison<Sequence>(s1, s2, 10, 0.10);
  26
  27   BOOST_CHECK_EQUAL( cmp->is_empty(), false);
  28   const paircomp::_MatchContainer *matches = cmp->get_matches(0);
  29   BOOST_REQUIRE( matches != 0);
  30   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->num, 1 );
  31 }
  32
  33 BOOST_AUTO_TEST_CASE( simple_nxn_comparison_mixed_case )
  34 {
  35   Sequence s1("AtGGcT");
  36   Sequence s2("aTggCt");
  37
  38   paircomp::ImmutableComparison *cmp;
  39   // Make sure we called the string constructor correctly
  40   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s1.size(), 6 );
  41   BOOST_REQUIRE_EQUAL( s2.size(), 6 );
  42   cmp = paircomp::simple_nxn_comparison<Sequence>(s1, s2, 6, 1.0);
  43
  44   BOOST_CHECK_EQUAL( cmp->is_empty(), false);
  45   const paircomp::_MatchContainer *matches = cmp->get_matches(0);
  46   BOOST_REQUIRE( matches != 0);
  47   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->num, 1 );
  48   paircomp::Match *m = &(matches->block[ 0 ]);
  49   BOOST_CHECK_EQUAL( m->get_top_pos(), 0 );
  50   BOOST_CHECK_EQUAL( m->get_bot_pos(), 0 );
  51   BOOST_CHECK_EQUAL( m->get_length(), 6 );
  52 }
  53
  54 //! there should be no matches
  55 BOOST_AUTO_TEST_CASE( paircomp_3way_null )
  56 {
  57   Sequence s0("AAAANNNN");
  58   Sequence s1("GGGGNNNN");
  59   Sequence s2("TTTTNNNN");
  60
  61   paircomp::NwayComparison<Sequence> cmp(4, 0.75);
  62   cmp.add_sequence(s0);
  63   cmp.add_sequence(s1);
  64   cmp.add_sequence(s2);
  65   BOOST_CHECK_EQUAL( cmp.size(), cmp.n_sequences() );
  66   BOOST_CHECK_EQUAL( cmp.size(), 3 );
  67   std::vector<paircomp::NwayPath> paths = cmp.filter();
  68
  69   BOOST_CHECK_EQUAL( paths.size(), 0 );
  70 }
  71
  72 //! there should be no matches
  73 BOOST_AUTO_TEST_CASE( paircomp_3way_one_match )
  74 {
  75   Sequence s0("AAAANNNN");
  76   Sequence s1("AAAAGGGG");
  77   Sequence s2("NNNNTTTT");
  78
  79   paircomp::NwayComparison<Sequence> nway(4, 1.0);
  80   nway.add_sequence(s0);
  81   nway.add_sequence(s1);
  82   nway.add_sequence(s2);
  83   std::vector<paircomp::NwayPath> paths = nway.filter();
  84
  85   // check the comparisons hidden within the nway to make sure they still make sense
  86   paircomp::ImmutableComparison *cmp_0_1 = nway.get_comparison(0,1);
  87   const paircomp::_MatchContainer *matches = cmp_0_1->get_matches(0);
  88   BOOST_REQUIRE( matches != 0 );
  89   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->num, 1 );
  90   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->block[0].get_top_pos(), 0 );
  91   BOOST_CHECK_EQUAL( matches->block[0].get_bot_pos(), 0 );
  92
  93   BOOST_REQUIRE_EQUAL( paths.size(), 1 );
  94   std::stringstream result;
  95   result << paths;
  96   BOOST_CHECK_EQUAL( result.str(), "[[0(+), 0(-), 4(+)]]");
  97
  98   BOOST_CHECK_EQUAL( paths[0][0].pos, 0 );
  99   BOOST_CHECK_EQUAL( paths[0][0].orient, 1 );
 100
 101   BOOST_CHECK_EQUAL( paths[0][1].pos, 0 );
 102   BOOST_CHECK_EQUAL( paths[0][1].orient, -1 );
 103
 104   BOOST_CHECK_EQUAL( paths[0][2].pos, 4 );
 105   BOOST_CHECK_EQUAL( paths[0][2].orient, 1 );
 106 }