alg/test/test_seq.cpp

   1 #define BOOST_TEST_DYN_LINK
   2 #define BOOST_TEST_MODULE test_seq
   3 #include <boost/test/unit_test.hpp>
   4
   5 #include "seq.hpp"
   6
   7 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_default_alphabet )
   8 {
   9   SeqString s;
  10   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), reduced_nucleic_alphabet);
  11   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::reduced_nucleic_alphabet());
  12   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 0);
  13 }
  14
  15 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_string )
  16 {
  17   SeqString s("AGCT");
  18
  19   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), reduced_nucleic_alphabet);
  20   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::reduced_nucleic_alphabet());
  21   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 4);
  22 }
  23
  24 // such an exciting unit test, making sure that a=b; a==b
  25 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_string_nucleic_alphabet )
  26 {
  27   SeqString s("AGCT", nucleic_alphabet);
  28
  29   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), nucleic_alphabet);
  30   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::nucleic_alphabet());
  31   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 4);
  32 }
  33
  34 // such an exciting unit test, making sure that a=b; a==b
  35 BOOST_AUTO_TEST_CASE( seqstring_string_dna_alphabet )
  36 {
  37   SeqString s("AGCT", dna_alphabet);
  38
  39   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet_ref(), dna_alphabet);
  40   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_alphabet(), Alphabet::dna_alphabet());
  41   BOOST_CHECK_EQUAL(s.size(), 4);
  42 }