alg/test/test_sequence.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2
   3 #include "alg/sequence.hpp"
   4 #include "mussa_exceptions.hpp"
   5
   6 //! when we try to load a missing file, do we get an error?
   7 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load_exception )
   8 {
   9   Sequence s;
  10   // there should be errors when we try to load something that doesn't exist
  11   BOOST_CHECK_THROW( s.load_fasta("alkejralk", 1, 0, 0), mussa_load_error);
  12   BOOST_CHECK_THROW( s.load_annot("alkejralk", 0, 0), mussa_load_error);
  13 }
  14
  15 //! Do simple operations work correctly?
  16 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_filter )
  17 {
  18   Sequence s1("AATTGGCC");
  19   BOOST_CHECK_EQUAL(s1.get_seq(), "AATTGGCC");
  20
  21   Sequence s2("aattggcc");
  22   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.get_seq(), "AATTGGCC");
  23   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.rev_comp(), "GGCCAATT");
  24   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.size(), s2.get_seq().size());
  25   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.c_seq(), s2.get_seq().c_str());
  26
  27   Sequence s3("asdfg");
  28   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "ANNNG");
  29   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.subseq(0,2), "AN");
  30
  31   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 0, 2);
  32   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "AA");
  33   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 2, 2);
  34   BOOST_CHECK_EQUAL( s3.get_seq(), "GG");
  35   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 4);
  36   BOOST_CHECK_EQUAL( s3.get_seq(), "CCTT");
  37
  38   s3.clear();
  39   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "");
  40
  41   s3.set_seq("AAGGFF");
  42   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "AAGGNN");
  43 }
  44
  45 //! Can we load data from a file
  46 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load )
  47 {
  48   Sequence s;
  49   s.load_fasta("examples/seq/human_mck_pro.fa");
  50   BOOST_CHECK_EQUAL(s.subseq(0, 5), "GGATC"); // first few chars of fasta file
  51   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_header(), "gi|180579|gb|M21487.1|HUMCKMM1 Human "
  52                                     "muscle creatine kinase gene (CKMM), "
  53                                     "5' flank");
  54 }
  55
  56 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_empty )
  57 {
  58   Sequence s;
  59   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), true );
  60   s = "AAAGGG";
  61   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), false );
  62 }
  63
  64 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_iterators )
  65 {
  66   std::string seq_string = "AAGGCCTTNNTATA";
  67   Sequence s(seq_string);
  68   const Sequence cs(s);
  69   std::string::size_type count = 0;
  70
  71   std::string::iterator str_itor;
  72   Sequence::iterator s_itor;
  73   Sequence::const_iterator cs_itor;
  74
  75   for( str_itor = seq_string.begin(),
  76        s_itor   = s.begin(),
  77        cs_itor  = cs.begin();
  78        str_itor != seq_string.end() and
  79        s_itor   != s.end() and
  80        cs_itor  != cs.end();
  81        ++str_itor, ++s_itor, ++cs_itor, ++count)
  82   {
  83     BOOST_CHECK_EQUAL ( *str_itor, *s_itor );
  84     BOOST_CHECK_EQUAL ( *s_itor, *cs_itor );
  85     BOOST_CHECK_EQUAL ( *cs_itor, *str_itor );
  86   }
  87   BOOST_CHECK_EQUAL( seq_string.size(), count );
  88   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), count );
  89   BOOST_CHECK_EQUAL( cs.size(), count );
  90 }