alg/test/test_sequence.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   3 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   4 namespace fs=boost::filesystem;
   5
   6 #include <list>
   7 #include <iostream>
   8 #include <sstream>
   9
  10 #include <boost/archive/text_oarchive.hpp>
  11 #include <boost/archive/text_iarchive.hpp>
  12 #include <boost/archive/xml_oarchive.hpp>
  13 #include <boost/archive/xml_iarchive.hpp>
  14
  15 #include "alg/sequence.hpp"
  16 #include "mussa_exceptions.hpp"
  17
  18 using namespace std;
  19
  20 //! when we try to load a missing file, do we get an error?
  21 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load_exception )
  22 {
  23   Sequence s;
  24   // there should be errors when we try to load something that doesn't exist
  25   BOOST_CHECK_THROW( s.load_fasta("alkejralk", 1, 0, 0), mussa_load_error);
  26   BOOST_CHECK_THROW( s.load_annot("alkejralk", 0, 0), mussa_load_error);
  27 }
  28
  29 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_eol_conventions )
  30 {
  31   string header(">Header");
  32   string line1("AAAAGGGGCCCCTTTTT");
  33   string line2("AAAAGGGGCCCCTTTTT");
  34   int seq_len = line1.size() + line2.size();
  35
  36   stringstream cr;
  37   cr << header << "\015" << line1 << "\015" << line2 << "\015";
  38   Sequence seq_cr;
  39   seq_cr.load_fasta(cr);
  40
  41   stringstream crlf;
  42   crlf << header << "\015\012" << line1 << "\015\012" << line2 << "\015\012";
  43   Sequence seq_crlf;
  44   seq_crlf.load_fasta(crlf);
  45
  46   stringstream lf;
  47   lf << header << "\012" << line1 << "\012" << line2 << "\012";
  48   Sequence seq_lf;
  49   seq_lf.load_fasta(lf);
  50
  51   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_cr.size(),   seq_len);
  52   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_crlf.size(), seq_len);
  53   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_cr.size(),   seq_len);
  54 }
  55
  56
  57 //! Do simple operations work correctly?
  58 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_filter )
  59 {
  60   const char *core_seq = "AATTGGCC";
  61   Sequence s1(core_seq);
  62   BOOST_CHECK_EQUAL(s1, core_seq);
  63
  64   Sequence s2("aattggcc");
  65   BOOST_CHECK_EQUAL(s2, "AATTGGCC");
  66   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.rev_comp(), "GGCCAATT");
  67   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.size(), s2.size());
  68   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.get_sequence(), core_seq);
  69
  70   Sequence s3("asdfg");
  71   BOOST_CHECK_EQUAL(s3, "ANNNG");
  72   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.subseq(0,2), "AN");
  73
  74   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 0, 2);
  75   BOOST_CHECK_EQUAL(s3, "AA");
  76   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 2, 2);
  77   BOOST_CHECK_EQUAL( s3, "GG");
  78   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 4);
  79   BOOST_CHECK_EQUAL( s3, "CCTT");
  80
  81   s3 = "AAGGFF";
  82   BOOST_CHECK_EQUAL(s3, "AAGGNN");
  83 }
  84
  85 BOOST_AUTO_TEST_CASE( subseq_names )
  86 {
  87   Sequence s1("AAGGCCTT");
  88   s1.set_species("species");
  89   s1.set_fasta_header("a fasta header");
  90   Sequence s2 = s1.subseq(2,2);
  91   BOOST_CHECK_EQUAL(s2, "GG");
  92   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.get_species(), s1.get_species());
  93   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.get_fasta_header(), s1.get_fasta_header());
  94 }
  95
  96 //! Can we load data from a file
  97 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load )
  98 {
  99   fs::path seq_path(fs::path(EXAMPLE_DIR, fs::native)/ "seq");
 100   seq_path /=  "human_mck_pro.fa";
 101   Sequence s;
 102   s.load_fasta(seq_path);
 103   BOOST_CHECK_EQUAL(s.subseq(0, 5), "GGATC"); // first few chars of fasta file
 104   BOOST_CHECK_EQUAL(s.subseq(2, 3), "ATC");
 105   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_fasta_header(), "gi|180579|gb|M21487.1|HUMCKMM1 Human "
 106                                     "muscle creatine kinase gene (CKMM), "
 107                                     "5' flank");
 108 }
 109
 110 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annotation_load )
 111 {
 112   string annot_data = "human\n"
 113                       "0 10 name   type\n"
 114                       "10 20 myf7\n"
 115                       "20 30 myod\n"
 116                       "50\t55 anothername\n"
 117                       "60 50 backward\n"
 118                       ">ident3 asdf\n"
 119                       "GCT\n"
 120                       "gCTn\n"
 121                       "75\t90\tname2\ttype2\n"
 122                       "100 120 name-asdf type!@#$%\n"
 123                       ;
 124   string s(100, 'A');
 125   s += "GCTGCTAATT";
 126   Sequence seq(s);
 127
 128   //istringstream annot_stream(annot_data);
 129   seq.parse_annot(annot_data, 0, 0);
 130   std::list<annot> annots_list = seq.annotations();
 131   std::vector<annot> annots(annots_list.begin(), annots_list.end());
 132   BOOST_REQUIRE_EQUAL( annots.size(), 8);
 133   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].begin, 0 );
 134   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].end, 10 );
 135   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].type, "type");
 136   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].name, "name");
 137   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[1].name, "myf7");
 138   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[2].name, "myod");
 139   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[3].name, "anothername");
 140   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[4].name, "backward");
 141   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[5].name, "name2");
 142   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[5].end, 90);
 143   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[6].begin, 100);
 144   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[6].end, 120);
 145   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[6].name, "name-asdf");
 146   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[6].type, "type!@#$%");
 147   // sequence defined annotations will always be after the
 148   // absolute positions
 149   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[7].name, "ident3 asdf");
 150   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[7].begin, 100);
 151
 152   //BOOST_CHECK_EQUAL( annots
 153 }
 154
 155
 156 BOOST_AUTO_TEST_CASE(annotation_ucsc_html_load)
 157 {
 158   // this actually is basically what's returned by UCSC
 159   // (well actually with some of the sequence and copies of fasta blocks
 160   // removed to make the example shorter
 161   string annot_data = "\n"
 162     "<PRE>\n"
 163     ">hg17_knownGene_NM_001824_0 range=chr19:50517919-50517974 5'pad=0 3'pad=0 revComp=TRUE strand=- repeatMasking=none\n"
 164     "GGGTCAGTGTCACCTCCAGGATACAGACAG\n"
 165     "&gt;hg17_knownGene_NM_001824_3 range=chr19:50510563-50510695 5'pad=0 3'pad=0 revComp=TRUE strand=- repeatMasking=none\n"
 166     "GGTGGAGACGACCTGGACCCTAACTACGT\n"
 167     "</PRE>\n"
 168     "\n"
 169     "</BODY>\n"
 170     "</HTML>\n"
 171     ;
 172
 173   string s =
 174     "TGGGTCAGTGTCACCTCCAGGATACAGACAGCCCCCCTTCAGCCCAGCCCAGCCAG"
 175     "AAAAA"
 176     "GGTGGAGACGACCTGGACCCTAACTACGTGCTCAGCAGCCGCGTCCGCAC";
 177   Sequence seq(s);
 178   seq.parse_annot(annot_data);
 179   std::list<annot> annots = seq.annotations();
 180   BOOST_CHECK_EQUAL( annots.size(), 2);
 181 }
 182
 183 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annotation_load_no_species_name )
 184 {
 185   string annot_data = "0 10 name   type\n"
 186                       "10 20 myf7\n"
 187                       "20 30 myod\n"
 188                       "50\t55 anothername\n"
 189                       "60 50 backward\n"
 190                       ">ident3 asdf\n"
 191                       "GCT\n"
 192                       "gCTn\n"
 193                       "75\t90\tname2\ttype2\n"
 194                       "100 120 name-asdf type!@#$%\n"
 195                       ;
 196   string s(100, 'A');
 197   s += "GCTGCTAATT";
 198   Sequence seq(s);
 199
 200   //istringstream annot_stream(annot_data);
 201   seq.parse_annot(annot_data, 0, 0);
 202   std::list<annot> annots_list = seq.annotations();
 203   std::vector<annot> annots(annots_list.begin(), annots_list.end());
 204   BOOST_REQUIRE_EQUAL( annots.size(), 8);
 205   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].begin, 0 );
 206   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].end, 10 );
 207   BOOST_CHECK_EQUAL( annots[0].type, "type");
 208 }
 209
 210 // ticket:83 when you try to load a sequence from a file that doesn't
 211 // have fasta headers it crashes.
 212 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_past_end )
 213 {
 214   fs::path seq_path(fs::path(EXAMPLE_DIR, fs::native)/ "seq" );
 215   seq_path /=  "misformated_seq.fa";
 216   Sequence s;
 217   BOOST_CHECK_THROW( s.load_fasta(seq_path), mussa_load_error );
 218 }
 219
 220 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_empty )
 221 {
 222
 223   Sequence s;
 224   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), true );
 225   s = "AAAGGG";
 226   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), false );
 227   s.clear();
 228   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), true);
 229   s = "";
 230   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), true);
 231 }
 232
 233 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_size )
 234 {
 235
 236   Sequence s;
 237   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), 0);
 238   std::string seq_string("AAAGGG");
 239   s = seq_string;
 240   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), seq_string.size() );
 241   s.clear();
 242   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), 0);
 243   s = "";
 244   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), 0);
 245 }
 246
 247 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_empty_equality )
 248 {
 249   Sequence szero("");
 250   BOOST_CHECK_EQUAL(szero.empty(), true);
 251   BOOST_CHECK_EQUAL(szero, szero);
 252   BOOST_CHECK_EQUAL(szero, "");
 253
 254   Sequence sclear("AGCT");
 255   sclear.clear();
 256   BOOST_CHECK_EQUAL(sclear.empty(), true);
 257   BOOST_CHECK_EQUAL(sclear, sclear);
 258   BOOST_CHECK_EQUAL(sclear, szero);
 259   BOOST_CHECK_EQUAL(sclear, "");
 260
 261 }
 262 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_iterators )
 263 {
 264   std::string seq_string = "AAGGCCTTNNTATA";
 265   Sequence s(seq_string);
 266   const Sequence cs(s);
 267   std::string::size_type count = 0;
 268
 269   std::string::iterator str_itor;
 270   Sequence::const_iterator s_itor;
 271   Sequence::const_iterator cs_itor;
 272
 273   for( str_itor = seq_string.begin(),
 274        s_itor   = s.begin(),
 275        cs_itor  = cs.begin();
 276        str_itor != seq_string.end() and
 277        s_itor   != s.end() and
 278        cs_itor  != cs.end();
 279        ++str_itor, ++s_itor, ++cs_itor, ++count)
 280   {
 281     BOOST_CHECK_EQUAL ( *str_itor, *s_itor );
 282     BOOST_CHECK_EQUAL ( *s_itor, *cs_itor );
 283     BOOST_CHECK_EQUAL ( *cs_itor, *str_itor );
 284   }
 285   BOOST_CHECK_EQUAL( seq_string.size(), count );
 286   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), count );
 287   BOOST_CHECK_EQUAL( cs.size(), count );
 288 }
 289
 290 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_motifs )
 291 {
 292   string m("AAAA");
 293   string bogus("AATTGGAA");
 294   Sequence s1("AAAAGGGGCCCCTTTT");
 295
 296   list<motif>::const_iterator motif_i = s1.motifs().begin();
 297   list<motif>::const_iterator motif_end = s1.motifs().end();
 298
 299   // do our iterators work?
 300   BOOST_CHECK( motif_i == s1.motifs().begin() );
 301   BOOST_CHECK( motif_end == s1.motifs().end() );
 302   BOOST_CHECK( motif_i == motif_end );
 303
 304   // this shouldn't show up
 305   s1.add_motif(bogus);
 306   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() == s1.motifs().end() );
 307   BOOST_CHECK_EQUAL( s1.motifs().size(), 0 );
 308
 309   s1.add_motif(m);
 310   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() != s1.motifs().end() );
 311   BOOST_CHECK_EQUAL( s1.motifs().size(), 2 );
 312
 313   for(motif_i = s1.motifs().begin();
 314       motif_i != s1.motifs().end();
 315       ++motif_i)
 316   {
 317     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->type, "motif" );
 318     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->name, m);
 319     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->sequence, m);
 320   }
 321
 322   s1.clear_motifs();
 323   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() == s1.motifs().end() );
 324
 325   /* FIXME: enable this when i find a way of passing storing the motif name
 326   // does our annotation travel?
 327   Sequence motif_seq(m);
 328   motif_seq.set_fasta_header("hi");
 329   s1.add_motif(motif_seq);
 330
 331   BOOST_CHECK_EQUAL(s1.motifs().size(), 2);
 332   for(motif_i = s1.motifs().begin();
 333       motif_i != s1.motifs().end();
 334       ++motif_i)
 335   {
 336     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->type, "motif" );
 337     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->name, "hi");
 338     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->sequence, m);
 339   }
 340   */
 341 }
 342
 343 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annot_test )
 344 {
 345   annot a(0, 10, "test", "thing");
 346
 347   BOOST_CHECK_EQUAL( a.begin, 0 );
 348   BOOST_CHECK_EQUAL( a.end,   10 );
 349   BOOST_CHECK_EQUAL( a.type,  "test" );
 350   BOOST_CHECK_EQUAL( a.name,  "thing" );
 351
 352   motif m(10, "AAGGCC");
 353   BOOST_CHECK_EQUAL( m.begin, 10 );
 354   BOOST_CHECK_EQUAL( m.type, "motif" );
 355   BOOST_CHECK_EQUAL( m.name, "AAGGCC" );
 356   BOOST_CHECK_EQUAL( m.end,  10+6 );
 357 }
 358
 359 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annotate_from_sequence )
 360 {
 361   string s("CCGCCCCCCATCATCGCGGCTCTCCGAGAGTCCCGCGCCCCACTCCCGGC"
 362            "ACCCACCTGACCGCGGGCGGCTCCGGCCCCGCTTCGCCCCACTGCGATCA"
 363            "GTCGCGTCCCGCAGGCCAGGCACGCCCCGCCGCTCCCGCTGCGCCGGGCG"
 364            "TCTGGGACCTCGGGCGGCTCCTCCGAGGGGCGGGGCAGCCGGGAGCCACG"
 365            "CCCCCGCAGGTGAGCCGGCCACGCCCACCGCCCGTGGGAAGTTCAGCCTC"
 366            "GGGGCTCCAGCCCCGCGGGAATGGCAGAACTTCGCACGCGGAACTGGTAA"
 367            "CCTCCAGGACACCTCGAATCAGGGTGATTGTAGCGCAGGGGCCTTGGCCA"
 368            "AGCTAAAACTTTGGAAACTTTAGATCCCAGACAGGTGGCTTTCTTGCAGT");
 369   string gc("GCCCCC");
 370   string gga("GGACACCTC");
 371   Sequence seq(s);
 372
 373   std::list<Sequence> query_list;
 374   std::list<string> string_list;
 375   query_list.push_back(Sequence(gc));
 376   string_list.push_back(gc);
 377   query_list.push_back(Sequence(gga));
 378   string_list.push_back(gga);
 379
 380   BOOST_CHECK_EQUAL( seq.annotations().size(), 0 );
 381   seq.find_sequences(query_list.begin(), query_list.end());
 382
 383   int count = 0;
 384   for(list<string>::iterator string_i = string_list.begin();
 385       string_i != string_list.end();
 386       ++string_i)
 387   {
 388     string::size_type pos=0;
 389     while(pos != string::npos) {
 390       pos = s.find(*string_i, pos);
 391       if (pos != string::npos) {
 392         ++count;
 393         ++pos;
 394       }
 395     }
 396   }
 397   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.annotations().size(), count);
 398 }
 399
 400 BOOST_AUTO_TEST_CASE( subseq_annotation_test )
 401 {
 402   string s("CCGCCCCCCATCATCGCGGCTCTCCGAGAGTCCCGCGCCCCACTCCCGGC"
 403            "ACCCACCTGACCGCGGGCGGCTCCGGCCCCGCTTCGCCCCACTGCGATCA"
 404            "GTCGCGTCCCGCAGGCCAGGCACGCCCCGCCGCTCCCGCTGCGCCGGGCG"
 405            "TCTGGGACCTCGGGCGGCTCCTCCGAGGGGCGGGGCAGCCGGGAGCCACG"
 406            "CCCCCGCAGGTGAGCCGGCCACGCCCACCGCCCGTGGGAAGTTCAGCCTC"
 407            "GGGGCTCCAGCCCCGCGGGAATGGCAGAACTTCGCACGCGGAACTGGTAA"
 408            "CCTCCAGGACACCTCGAATCAGGGTGATTGTAGCGCAGGGGCCTTGGCCA"
 409            "AGCTAAAACTTTGGAAACTTTAGATCCCAGACAGGTGGCTTTCTTGCAGT");
 410   Sequence seq(s);
 411
 412
 413   seq.add_annotation(annot(0, 10, "0-10", "0-10"));
 414   seq.add_annotation(annot(10, 20, "10-20", "10-20"));
 415   seq.add_annotation(annot(0, 20, "0-20", "0-20"));
 416   seq.add_annotation(annot(8, 12, "8-12", "8-12"));
 417   seq.add_annotation(annot(100, 5000, "100-5000", "100-5000"));
 418
 419   Sequence subseq = seq.subseq(5, 10);
 420   const list<annot> annots = subseq.annotations();
 421   // generate some ground truth
 422   list<annot> correct;
 423   correct.push_back(annot(0, 5, "0-10",  "0-10"));
 424   correct.push_back(annot(5,10, "10-20", "10-20"));
 425   correct.push_back(annot(0,10, "0-20",  "0-20"));
 426   correct.push_back(annot(3, 7, "8-12",  "8-12"));
 427   BOOST_REQUIRE_EQUAL( annots.size(), correct.size() );
 428
 429   list<annot>::iterator correct_i = correct.begin();
 430   list<annot>::const_iterator annot_i = annots.begin();
 431   for(; annot_i != annots.end(); ++annot_i, ++correct_i)
 432   {
 433     BOOST_CHECK( *annot_i == *correct_i );
 434   }
 435 }
 436
 437 BOOST_AUTO_TEST_CASE( motif_annotation_update )
 438 {
 439   string s("CCGTCCCCCATCATCGCGGCTCTCCGAGAGTCCCGCGCCCCACTCCCGGC"
 440            "ACCCACCTGACCGCGGGCGGCTCCGGCCCCGCTTCGCCCCACTGCGATCA"
 441            "GTCGCGTCCCGCAGGCCAGGCACGCCCCGCCGCTCCCGCTGCGCCGGGCG"
 442            "TCTGGGACCTCGGGCGGCTCCTCCGAGGGGCGGGGCAGCCGGGAGCCACG"
 443            "CCCCCGCAGGTGAGCCGGCCACGCCCACCGCCCGTGGGAAGTTCAGCCTC"
 444            "GGGGCTCCAGCCCCGCGGGAATGGCAGAACTTCGCACGCGGAACTGGTAA"
 445            "CCTCCAGGACACCTCGAATCAGGGTGATTGTAGCGCAGGGGCCTTGGCCA"
 446            "AGCTAAAACTTTGGAAACTTTAGATCCCAGACAGGTGGCTTTCTTGCAGT");
 447   Sequence seq(s);
 448
 449   // starting conditions
 450   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.annotations().size(), 0);
 451   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.motifs().size(), 0);
 452   seq.add_annotation(annot(0, 10, "0-10", "0-10"));
 453   seq.add_annotation(annot(10, 20, "10-20", "10-20"));
 454   seq.add_annotation(annot(0, 20, "0-20", "0-20"));
 455   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.annotations().size(), 3);
 456   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.motifs().size(), 0);
 457   seq.add_motif("CCGTCCC");
 458   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.annotations().size(), 3);
 459   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.motifs().size(), 1);
 460   seq.clear_motifs();
 461   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.annotations().size(), 3);
 462   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.motifs().size(), 0);
 463 }
 464
 465 BOOST_AUTO_TEST_CASE( out_operator )
 466 {
 467   string s("AAGGCCTT");
 468   Sequence seq(s);
 469
 470   ostringstream buf;
 471   buf << s;
 472   BOOST_CHECK_EQUAL( s, buf.str() );
 473 }
 474
 475 BOOST_AUTO_TEST_CASE( get_name )
 476 {
 477   Sequence seq("AAGGCCTT");
 478
 479   BOOST_CHECK_EQUAL( seq.get_name(), "" );
 480   seq.set_species("hooman"); // anyone remember tradewars?
 481   BOOST_CHECK_EQUAL( seq.get_name(), "hooman");
 482   seq.set_fasta_header("fasta human");
 483   BOOST_CHECK_EQUAL( seq.get_name(), "fasta human");
 484 }
 485 /*
 486 BOOST_AUTO_TEST_CASE( serialize_simple )
 487 {
 488   std::string seq_string = "AAGGCCTT";
 489   Sequence seq(seq_string);
 490   seq.set_species("ribbet");
 491   std::ostringstream oss;
 492   // allocate/deallocate serialization components
 493   {
 494     boost::archive::text_oarchive oarchive(oss);
 495     const Sequence& const_seq(seq);
 496     BOOST_CHECK_EQUAL(seq, const_seq);
 497     oarchive << const_seq;
 498   }
 499
 500   Sequence seq_loaded;
 501   {
 502     std::istringstream iss(oss.str());
 503     boost::archive::text_iarchive iarchive(iss);
 504     iarchive >> seq_loaded;
 505   }
 506   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_loaded, seq);
 507   BOOST_CHECK_EQUAL(seq.get_species(), "ribbet");
 508 }
 509
 510 BOOST_AUTO_TEST_CASE( serialize_tree )
 511 {
 512   std::string seq_string = "AAGGCCTT";
 513   Sequence seq(seq_string);
 514   seq.set_species("ribbet");
 515   seq.add_motif("AA");
 516   seq.add_motif("GC");
 517   annot a1(6,7,"t","t");
 518   seq.add_annotation(a1);
 519
 520   std::ostringstream oss;
 521   // allocate/deallocate serialization components
 522   {
 523     boost::archive::text_oarchive oarchive(oss);
 524     const Sequence& const_seq(seq);
 525     BOOST_CHECK_EQUAL(seq, const_seq);
 526     oarchive << const_seq;
 527   }
 528
 529   Sequence seq_loaded;
 530   {
 531     std::istringstream iss(oss.str());
 532     boost::archive::text_iarchive iarchive(iss);
 533     iarchive >> seq_loaded;
 534   }
 535   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_loaded, seq);
 536 }
 537
 538 BOOST_AUTO_TEST_CASE( serialize_xml_tree )
 539 {
 540   std::string seq_string = "AAGGCCTT";
 541   Sequence seq(seq_string);
 542   seq.set_species("ribbet");
 543   seq.add_motif("AA");
 544   seq.add_motif("GC");
 545   annot a1(6,7,"t","t");
 546   seq.add_annotation(a1);
 547
 548   std::ostringstream oss;
 549   // allocate/deallocate serialization components
 550   {
 551     boost::archive::xml_oarchive oarchive(oss);
 552     const Sequence& const_seq(seq);
 553     BOOST_CHECK_EQUAL(seq, const_seq);
 554     oarchive << boost::serialization::make_nvp("seq", const_seq);
 555   }
 556
 557   Sequence seq_loaded;
 558   {
 559     std::istringstream iss(oss.str());
 560     boost::archive::xml_iarchive iarchive(iss);
 561     iarchive >> boost::serialization::make_nvp("seq", seq_loaded);
 562   }
 563   BOOST_CHECK_EQUAL(seq_loaded, seq);
 564 }
 565 */