alg/test/test_sequence.cpp

   1 #include <boost/test/auto_unit_test.hpp>
   2 #include <boost/filesystem/path.hpp>
   3 #include <boost/filesystem/operations.hpp>
   4 namespace fs=boost::filesystem;
   5
   6 #include <list>
   7 #include <iostream>
   8
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10 #include "mussa_exceptions.hpp"
  11
  12 using namespace std;
  13
  14 //! when we try to load a missing file, do we get an error?
  15 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load_exception )
  16 {
  17   Sequence s;
  18   // there should be errors when we try to load something that doesn't exist
  19   BOOST_CHECK_THROW( s.load_fasta("alkejralk", 1, 0, 0), mussa_load_error);
  20   BOOST_CHECK_THROW( s.load_annot("alkejralk", 0, 0), mussa_load_error);
  21 }
  22
  23 //! Do simple operations work correctly?
  24 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_filter )
  25 {
  26   Sequence s1("AATTGGCC");
  27   BOOST_CHECK_EQUAL(s1.get_seq(), "AATTGGCC");
  28
  29   Sequence s2("aattggcc");
  30   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.get_seq(), "AATTGGCC");
  31   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.rev_comp(), "GGCCAATT");
  32   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.size(), s2.get_seq().size());
  33   BOOST_CHECK_EQUAL(s2.c_seq(), s2.get_seq().c_str());
  34
  35   Sequence s3("asdfg");
  36   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "ANNNG");
  37   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.subseq(0,2), "AN");
  38
  39   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 0, 2);
  40   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "AA");
  41   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 2, 2);
  42   BOOST_CHECK_EQUAL( s3.get_seq(), "GG");
  43   s3.set_filtered_sequence("AAGGCCTT", 4);
  44   BOOST_CHECK_EQUAL( s3.get_seq(), "CCTT");
  45
  46   s3.clear();
  47   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "");
  48
  49   s3.set_seq("AAGGFF");
  50   BOOST_CHECK_EQUAL(s3.get_seq(), "AAGGNN");
  51 }
  52
  53 //! Can we load data from a file
  54 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_load )
  55 {
  56   fs::path seq_path(fs::path(EXAMPLE_DIR)/ "seq" );
  57   seq_path /=  "human_mck_pro.fa";
  58   Sequence s;
  59   s.load_fasta(seq_path);
  60   BOOST_CHECK_EQUAL(s.subseq(0, 5), "GGATC"); // first few chars of fasta file
  61   BOOST_CHECK_EQUAL(s.get_header(), "gi|180579|gb|M21487.1|HUMCKMM1 Human "
  62                                     "muscle creatine kinase gene (CKMM), "
  63                                     "5' flank");
  64 }
  65
  66 // ticket:83 when you try to load a sequence from a file that doesn't
  67 // have fasta headers it crashes.
  68 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_past_end )
  69 {
  70   fs::path seq_path(fs::path(EXAMPLE_DIR)/ "seq" );
  71   seq_path /=  "misformated_seq.fa";
  72   Sequence s;
  73   BOOST_CHECK_THROW( s.load_fasta(seq_path), mussa_load_error );
  74 }
  75
  76 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_empty )
  77 {
  78   Sequence s;
  79   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), true );
  80   s = "AAAGGG";
  81   BOOST_CHECK_EQUAL( s.empty(), false );
  82 }
  83
  84 BOOST_AUTO_TEST_CASE ( sequence_iterators )
  85 {
  86   std::string seq_string = "AAGGCCTTNNTATA";
  87   Sequence s(seq_string);
  88   const Sequence cs(s);
  89   std::string::size_type count = 0;
  90
  91   std::string::iterator str_itor;
  92   Sequence::iterator s_itor;
  93   Sequence::const_iterator cs_itor;
  94
  95   for( str_itor = seq_string.begin(),
  96        s_itor   = s.begin(),
  97        cs_itor  = cs.begin();
  98        str_itor != seq_string.end() and
  99        s_itor   != s.end() and
 100        cs_itor  != cs.end();
 101        ++str_itor, ++s_itor, ++cs_itor, ++count)
 102   {
 103     BOOST_CHECK_EQUAL ( *str_itor, *s_itor );
 104     BOOST_CHECK_EQUAL ( *s_itor, *cs_itor );
 105     BOOST_CHECK_EQUAL ( *cs_itor, *str_itor );
 106   }
 107   BOOST_CHECK_EQUAL( seq_string.size(), count );
 108   BOOST_CHECK_EQUAL( s.size(), count );
 109   BOOST_CHECK_EQUAL( cs.size(), count );
 110 }
 111
 112 BOOST_AUTO_TEST_CASE( sequence_motifs )
 113 {
 114   string m("AAAA");
 115   string bogus("AATTGGAA");
 116   Sequence s1("AAAAGGGGCCCCTTTT");
 117
 118   list<motif>::const_iterator motif_i = s1.motifs().begin();
 119   list<motif>::const_iterator motif_end = s1.motifs().end();
 120
 121   // do our iterators work?
 122   BOOST_CHECK( motif_i == s1.motifs().begin() );
 123   BOOST_CHECK( motif_end == s1.motifs().end() );
 124   BOOST_CHECK( motif_i == motif_end );
 125
 126
 127   s1.add_motif(bogus);
 128   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() == s1.motifs().end() );
 129   s1.add_motif(m);
 130   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() != s1.motifs().end() );
 131   BOOST_CHECK_EQUAL( s1.motifs().size(), 2 );
 132
 133   for(motif_i = s1.motifs().begin();
 134       motif_i != s1.motifs().end();
 135       ++motif_i)
 136   {
 137     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->type, "motif" );
 138     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->name, m);
 139     BOOST_CHECK_EQUAL( motif_i->sequence, m);
 140   }
 141
 142   s1.clear_motifs();
 143   BOOST_CHECK( s1.motifs().begin() == s1.motifs().end() );
 144 }
 145
 146 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annot_test )
 147 {
 148   annot a(0, 10, "test", "thing");
 149
 150   BOOST_CHECK_EQUAL( a.start, 0 );
 151   BOOST_CHECK_EQUAL( a.end,   10 );
 152   BOOST_CHECK_EQUAL( a.type,  "test" );
 153   BOOST_CHECK_EQUAL( a.name,  "thing" );
 154
 155   motif m(10, "AAGGCC");
 156   BOOST_CHECK_EQUAL( m.start, 10 );
 157   BOOST_CHECK_EQUAL( m.type, "motif" );
 158   BOOST_CHECK_EQUAL( m.name, "AAGGCC" );
 159   BOOST_CHECK_EQUAL( m.end,  10+6 );
 160 }
 161
 162 BOOST_AUTO_TEST_CASE( annotate_from_sequence )
 163 {
 164   Sequence s("CCGCCCCCCATCATCGCGGCTCTCCGAGAGTCCCGCGCCCCACTCCCGGC"
 165              "ACCCACCTGACCGCGGGCGGCTCCGGCCCCGCTTCGCCCCACTGCGATCA"
 166              "GTCGCGTCCCGCAGGCCAGGCACGCCCCGCCGCTCCCGCTGCGCCGGGCG"
 167              "TCTGGGACCTCGGGCGGCTCCTCCGAGGGGCGGGGCAGCCGGGAGCCACG"
 168              "CCCCCGCAGGTGAGCCGGCCACGCCCACCGCCCGTGGGAAGTTCAGCCTC"
 169              "GGGGCTCCAGCCCCGCGGGAATGGCAGAACTTCGCACGCGGAACTGGTAA"
 170              "CCTCCAGGACACCTCGAATCAGGGTGATTGTAGCGCAGGGGCCTTGGCCA"
 171              "AGCTAAAACTTTGGAAACTTTAGATCCCAGACAGGTGGCTTTCTTGCAGT");
 172
 173   std::list<Sequence> query_list;
 174   query_list.push_back(Sequence("GCCCCC"));
 175   query_list.push_back(Sequence("GGACACCTC"));
 176
 177   BOOST_CHECK_EQUAL( s.annotations().size(), 0 );
 178   s.find_sequences(query_list.begin(), query_list.end());
 179   BOOST_CHECK_EQUAL( s.annotations().size(), 4 );
 180 }
 181