alg/tsf/trivial_filter.hpp

   1 #ifndef _TRIVIAL_FILTER_HPP_
   2 #define _TRIVIAL_FILTER_HPP_
   3
   4 #include <vector>
   5
   6 //! symbolic constants used to inidicate numeric values for nucleotides
   7 /*! the ordering comes from the very simple bit-wise operator
   8  *  used to convert ascii values to the range 0..7
   9  */
  10 enum nucleotide { X, A, C=3, T, U, N, G };
  11
  12 //! convert a nucleotide ascii encoding to value in the range 0..7
  13 inline enum nucleotide nt_map(char c)
  14 {
  15   return static_cast<nucleotide>(c & 0x07);
  16 }
  17
  18 //! generates our transition table
  19 class TSFLookupTable {
  20   public:
  21     //! create transition table using DNA symbols
  22     /*! generate all the dna patterns of n base pairs and
  23      * require length copies of the pattern.
  24      *
  25      * e.g. n=2, length=2 would match things like
  26      * ATAT *(AT),
  27      */
  28
  29     TSFLookupTable(int n, int length);
  30
  31     //! return the next state
  32     int next(int current, enum nucleotide symbol);
  33
  34     //! how many states are there in our table?
  35     int states() { return table.size(); }
  36
  37     static const int start_state = 0;
  38     static const int accept_state = -1;
  39     static const int failed_state = -2;
  40
  41   private:
  42     typedef std::vector<enum nucleotide> symbol_vec;
  43
  44     //! generate length copies of a pattern n bases long
  45     void generate_dna_pattern(int n, int length);
  46
  47     std::vector<std::vector<int> > table;
  48
  49 };
  50
  51 class TrivialSequenceFilter {
  52   public:
  53   private:
  54     TSFLookupTable table;
  55 };
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  57
  58 #endif // _TRIVIAL_FILTER_HPP_