builds_summary.txt

   1 build 015
   2  - added GPL notification to all modules
   3  - added LICENSE.txt (the GPL) and beginnings of a README.txt
   4  - bug fixes
   5    - fixed motif searching not working on sub-analyses
   6      (length of sub-analysis sequence not set...)
   7    - ...that other bug...
   8    - added code for compile under OS X so analyses dir created in
   9 same directory as the .mupa file when using "Do Analysis" option
  10
  11 build 014
  12  - added Annotations window
  13    - displays all unique annots
  14      (Only uses the first column of annot ids after start & end indices)
  15    - allows selecting display colors each annot listed
  16    - available under View menu
  17  - added Sequence Copy window
  18    - enter seq #, start and end indices to display sequence
  19    - sequence buffer can selected and copied from
  20    - available under View menu
  21  - bug fixes
  22    - Analysis->Do/Load/Setup/Sub no longer crashes if cancelled/window closed
  23    - fixed file path issues with loading .mupa or analysis saves
  24      - mainly problem with OS X, which "runs" from harddrive root directory
  25        (note, still saves analyses at the root dir...)
  26      - problem on linux in some cases when switched build 013 save method
  27        (tho I didn't realize since I could run from any directory)
  28
  29 build 013/build 012
  30  - finished seqcomp pairwise saving/loading code
  31  - can now set a higher threshold than initial analysis hard threshold
  32  - changed save format so all file go in a directory of analysis name
  33
  34
  35 build 011
  36  - added Sub Analysis window
  37    - can choose sub regions of the sequences
  38    - can set new window and threshold settings
  39    - available under Analysis menu
  40  - new menu - 'View'
  41    - moved bar/line toggle here as radio buttons
  42    - add simple motif search entry as well (can still middle click for it)
  43  - made sequence view resizable and scale correctly
  44
  45
  46 build 010
  47  - added Analysis setup window to interactively create analysis without needing to make a .mupa configuration file
  48  - added Analysis setup window under file menu
  49  - Mussa windows now include the name of the analysis in title bar
  50  - Sequence window clears previous scroll offset when new alignment choosen
  51
  52
  53 build 009 and earlier
  54  - occurred before writing was invented...