doc/manual/mussagl_manual.rst

   1 ==============
   2 Mussagl Manual
   3 ==============
   4 ---------------
   5 Brandon W. King
   6 ---------------
   7
   8 Last updated: May 23th, 2006
   9
  10 Updated to Mussagl build: 200 (Update to 230 in progress)
  11
  12
  13 .. contents::
  14
  15 Introduction
  16 ============
  17
  18
  19 What is Mussagl?
  20 ----------------
  21
  22
  23 Short History of Mussa
  24 ----------------------
  25
  26
  27 Mussa Python/PMW Prototype
  28 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  29
  30
  31 Mussa C++/FLTK
  32 ~~~~~~~~~~~~~~
  33
  34
  35 Mussagl C++/Qt/OpenGL
  36 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  37
  38
  39 Getting Mussagl
  40 ===============
  41
  42 License
  43 -------
  44
  45 Mussagl has been released open source under the `GPL v2
  46 license`__.
  47
  48 __ GPL_
  49
  50 Platforms
  51 ---------
  52
  53 You have the option of building from source or downloading prebuilt
  54 binaries. Most people will want the prebuilt versions.
  55
  56 Supported Platforms:
  57
  58  * Mac OS X (binary or source)
  59  * Windows XP (binary or source)
  60  * Linux (source)
  61
  62 Download
  63 --------
  64
  65 Mussagl in binary form for OS X and Windows and/or source can be
  66 downloaded from http://mussa.caltech.edu/.
  67
  68 Install
  69 -------
  70
  71 Mac OS X
  72 ~~~~~~~~
  73 Once you have downloaded the .dmg file, double click on it and follow
  74 the install instructions.
  75
  76 FIXME: Mention how to launch the program.
  77
  78
  79 Windows XP
  80 ~~~~~~~~~~
  81 Once you have downloaded the Mussagl installer, double click on the
  82 installer and follow the install instructions.
  83
  84 To start Mussagl, launch the program from Start > Programs > Mussagl >
  85 Mussagl.
  86
  87
  88 Linux
  89 ~~~~~
  90 Currently we do not have a binary installer for Linux. You will have
  91 to build from source. See the 'build from source' section below.
  92
  93
  94 Build from Source
  95 ~~~~~~~~~~~~~~~~~
  96
  97 Instructions for building from source can be found `build page
  98 <http://woldlab.caltech.edu/cgi-bin/mussa/wiki/MussaglBuild>`_ on the
  99 `Mussa wiki`__.
 100
 101 __ wiki_
 102
 103
 104 Obtaining Input Data
 105 ====================
 106
 107 If you already have your data, you can skip ahead to the the `Using
 108 Mussagl`_ section.
 109
 110 Lets say you have a gene of interest called 'SMN1' and you want to
 111 know how the sequence surrounding the gene in multiple species is
 112 conserved. Guess what, that's what we are going to do, retrieve the
 113 DNA sequence for SMN1 and prepare it for using in Mussa.
 114
 115 For more information about SMN1 visit `NCBI's OMIM
 116 <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=609682>`_.
 117
 118 UCSC Genome Browser Method
 119 --------------------------
 120
 121 There are many methods of retrieving DNA sequence, but for this
 122 example we will retrieve SMN1 through the UCSC genome broswer located
 123 at http://genome.ucsc.edu/.
 124
 125 .. image:: images/ucsc_genome_browser_home.png
 126    :alt: UCSC Genome Broswer
 127    :align: center
 128
 129 Step 1 - Find SMN1
 130 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 131
 132 The first step in finding SMN1 is to use the **Gene Sorter** menu
 133 option which I have highlighted in orange below:
 134
 135 .. image:: images/ucsc_menu_bar_gene_sorter.png
 136    :alt: Gene Sorter Menu Option
 137    :align: center
 138
 139 Gene Sorter page:
 140
 141 .. image:: images/ucsc_gene_sorter.png
 142    :alt: Gene Sorter
 143    :align: center
 144
 145 We will start by looking for SMN1 in the **Human Genome** and **sorting by name similarity**.
 146
 147 .. image:: images/ucsc_gs_sort_name_sim.png
 148    :alt: Gene Sorter - Name Similarity
 149    :align: center
 150
 151 After you have selected **Human Genome** and **sorting by name similarity**, type *SMN1* into the search box.
 152
 153 .. image:: images/ucsc_gs_smn1.png
 154    :alt: Gene
 155    :align: center
 156
 157 Press **Go!** and you should see the following page:
 158
 159 .. image:: images/ucsc_gs_found.png
 160    :alt: Found SMN1
 161    :align: center
 162
 163 Click on **SMN1** and you will be taking the gene expression atlas
 164 page.
 165
 166 .. image:: images/ucsc_gs_genome_position.png
 167    :alt: Gene expression atlas
 168    :align: center
 169
 170 Click on **chr5 70,270,558** found in the **SMN1 row**, **Genome
 171 position column**.
 172
 173 Now we have found the location of SMN1 on human!
 174
 175 .. image:: images/ucsc_gb_smn1_human.png
 176    :alt: Genome Browser - SMN1 (human)
 177    :align: center
 178
 179 FIXME: continue here.
 180
 181 Using Mussagl
 182 =============
 183
 184
 185 Launch Mussagl
 186 --------------
 187 Launch Mussagl... It should look similar to the screen shot below.
 188
 189 .. image:: images/opened.png
 190    :alt: Launch Mussa
 191    :align: center
 192
 193
 194
 195 Create/Load Analysis
 196 ----------------------
 197
 198 Currently there are three ways to load a Mussa experiment.
 199
 200  1. `Create a new analysis`_
 201  2. `Load a mussa parameter file`_ (.mupa)
 202  3. `Load an analysis`_
 203
 204 .. _createnew:
 205
 206 Create a new analysis
 207 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 208
 209 To create a new analysis select 'Define analysis' from the 'File'
 210 menu. You should see a dialog box similar to the one below. For this
 211 demo we will use the example sequences that come with Mussagl.
 212
 213 .. image:: images/define_analysis.png
 214    :alt: Define Analysis
 215    :align: center
 216
 217 Instructions:
 218
 219  1. **Give the experiment a name**, for this demo, we'll use
 220     'demo_w30_t20'. Mussa will create a folder with this name to store
 221     the analysis files in once it has been run.
 222
 223  2. Choose a `window size`_. For this demo **choose 30**.
 224
 225  3. Choose a threshold_... for this demo **choose 20**. See the
 226     Threshold_ section for more detailed information.
 227
 228  4. Choose the number of sequences_ you would like. For this demo
 229     **choose 3**.
 230
 231 .. image:: images/define_analysis_step1a.png
 232    :alt: Steps 1-4
 233    :align: center
 234
 235 Now click on the 'Browse' button next to the sequence input box and
 236 then select /examples/seq/human_mck_pro.fa file. Do the same in the
 237 next two sequence input boxes selecting mouse_mck_pro.fa and
 238 rabbit_mck_pro.fa as shown below. Note that you can create annotation
 239 files using the mussa `Annotation File Format`_ to add annotations to
 240 your sequence.
 241
 242 .. image:: images/define_analysis_step2.png
 243    :alt: Choose sequences
 244    :align: center
 245
 246 Click the **create** button and in a few moments you should see
 247 something similar to the following screen shot.
 248
 249 .. image:: images/demo.png
 250    :alt: Mussagl Demo
 251    :align: center
 252
 253 This analysis is now saved in a directory called **demo_w30_t20** in
 254 the current working directory. If you close and reopen Mussagl, you
 255 can reload the saved analysis. See `Load an analysis`_ section below
 256 for details.
 257
 258
 259 Load a mussa parameter file
 260 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 261
 262 If you prefer, you can define your Mussa analysis using the Mussa
 263 parameter file. See the `Parameter File Format`_ section for details
 264 on creating a .mupa file.
 265
 266 Once you have a .mupa file created, load Mussagl and select the **File >
 267 Load Mussa Parameters** menu option. Select the .mupa file and click
 268 open.
 269
 270 .. image:: images/load_mupa_menu.png
 271    :alt: Load Mussa Parameters
 272    :align: center
 273
 274 If you would like to see an example, you can load the
 275 **mck3test.mupa** file in the examples directory that comes with
 276 Mussagl.
 277
 278 .. image:: images/load_mupa_dialog.png
 279    :alt: Load Mussa Parameters Dialog
 280    :align: center
 281
 282
 283 Load an analysis
 284 ~~~~~~~~~~~~~~~~
 285
 286 To load a previously run analysis open Mussagl and select the **File >
 287 Load Analysis** menu option. Select an analysis **directory** and
 288 click open.
 289
 290 .. image:: images/load_analysis_menu.png
 291    :alt: Load Analysis Menu
 292    :align: center
 293
 294
 295 Main Window
 296 -----------
 297
 298 Overview
 299 ~~~~~~~~
 300 .. Screen-shot with numbers showing features.
 301
 302 .. image:: images/window_overview.png
 303    :alt: Mussa Window
 304    :align: center
 305
 306 Legend:
 307
 308  1. `DNA Sequence (Black bars)`_
 309
 310  2. Annotation_
 311
 312  3. Motif_
 313
 314  4. `Conservation tracks`_
 315
 316  5. `Motif Toggle`_
 317
 318  6. `Zoom Factor`_ (Base pairs per pixel)
 319
 320  7. `Dynamic Threshold`_
 321
 322  8. `Sequence Information Bar`_
 323
 324  9. `Sequence Scroll Bar`_
 325
 326
 327 DNA Sequence (black bars)
 328 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 329
 330 .. image:: images/sequence_bar.png
 331    :alt: Sequence Bar
 332    :align: center
 333
 334 Each of the black bars represents one of the loaded sequences, in this
 335 case the sequence around the gene 'MCK' in human, mouse, and rabbit.
 336
 337 FIXME: Should I mention the repeats here?
 338
 339
 340 Annotation
 341 ~~~~~~~~~~
 342
 343 .. figure:: images/annotation.png
 344    :alt: Annotation
 345    :align: center
 346
 347    Annotation shown in green on sequence bar.
 348
 349
 350 Annotations can be included on any of the sequences using the `Load a
 351 mussa parameter file`_ method of loading your sequences. You can
 352 define annotations by location or using an exact sub-sequence and you
 353 may also choose any color for display of the annotation; see the
 354 `Annotation File Format`_ section for details.
 355
 356 Note: Currently there is no way to add annotations using the GUI (only
 357 via the .mupa file). We plan to add this feature in the future, but it
 358 likely will not make it into the first release.
 359
 360
 361 Motif
 362 ~~~~~
 363
 364 .. figure:: images/motif.png
 365    :alt: Motif
 366    :align: center
 367
 368    Motif shown in light blue on sequence bar.
 369
 370 The only real difference between an annotation and motif in Mussagl is
 371 that you can define motifs from within the GUI. See the `Motifs`_
 372 section for more information.
 373
 374
 375 Conservation tracks
 376 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 377
 378 .. figure:: images/conservation_tracks.png
 379    :alt: Conservation Tracks
 380    :align: center
 381
 382    Conservations tracks shown as red and blue lines between sequence
 383    bars.
 384
 385 The **red lines** between the sequence bars represent conservation
 386 between the sequences and **blue lines** represent **reverse
 387 complement** conservation. The amount of sequence conservation shown
 388 will depend on the relatedness of your sequences and the `dynamic
 389 threshold` you are using. Sequences with lots of repeats will cause
 390 major slow downs in calculating the matches.
 391
 392
 393 Motif Toggle
 394 ~~~~~~~~~~~~
 395
 396 .. image:: images/motif_toggle.png
 397    :alt: Motif Toggle
 398    :align: center
 399
 400 Toggles motifs on and off. This will not turn on and off annotations.
 401
 402 Note: As of the current build (#200), this feature hasn't been
 403 implemented.
 404
 405
 406 Zoom Factor
 407 ~~~~~~~~~~~
 408
 409 .. image:: images/zoom_factor.png
 410    :alt: Zoom Factor
 411    :align: center
 412
 413 The zoom factor represents the number of base pairs represented per
 414 pixel. When you zoom in far enough the sequence will switch from
 415 seeing a black bar, representing the sequence, to the actual sequence
 416 (well, ASCII representation of sequence).
 417
 418
 419 Dynamic Threshold
 420 ~~~~~~~~~~~~~~~~~
 421
 422 .. image:: images/dynamic_threshold.png
 423    :alt: Dynamic Threshold
 424    :align: center
 425
 426 You can dynamically change the threshold for how strong of match you
 427 consider the conservation to be with one of two options:
 428
 429  1. Number of base pair matches out of window size.
 430
 431  2. Percent base pair conservation.
 432
 433 See the Threshold_ section for more information.
 434
 435
 436 Sequence Information Bar
 437 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 438
 439 .. image:: images/seq_info_bar.png
 440    :alt: Sequence Information Bar
 441    :align: center
 442
 443 The sequence information bars can be found to the left and right sides
 444 of Mussagl. Next to each sequence you will find the following
 445 information:
 446
 447  1. Species (If it has been defined)
 448  2. Total Size of Sequence
 449  3. Current base pair position
 450
 451
 452 Sequence Scroll Bar
 453 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 454
 455 .. image:: images/scroll_bar.png
 456    :alt: Sequence Scroll Bar
 457    :align: center
 458
 459 The scroll bar allows you to scroll through the sequence which is
 460 useful when you have zoomed in using the `zoom factor`_.
 461
 462
 463 Annotations / Motifs
 464 --------------------
 465
 466 Annotations
 467 ~~~~~~~~~~~
 468
 469 Currently annotations can be added to a sequence using the mussa
 470 `annotation file format`_ and can be loaded by selecting the
 471 annotation file when defining a new analysis (see `Create a new
 472 analysis`_ section) or by defining a .mupa file pointing to your
 473 annotation file (see `Load a mussa parameter file`_ section).
 474
 475 Motifs
 476 ~~~~~~
 477
 478 Load Motifs from File
 479 *********************
 480
 481 It is possible to load motifs from a file which was saved from a
 482 previous run or by defining your own motif file. See the `Motif File
 483 Format`_ section for details.
 484
 485 To load a motif file, select **Load Motif List** item from the
 486 **File** menu and select a motif list file.
 487
 488 .. image:: images/load_motif.png
 489    :alt: Load Motif List
 490    :align: center
 491
 492
 493 Save Motifs to File
 494 *******************
 495
 496 Note: Currently not implemented
 497
 498
 499 Motif Dialog
 500 ************
 501
 502 Mussa has the ability to find lab motifs using the `IUPAC Nucleotide
 503 Code`_ for defining a motif. To define a motif, select **View > Edit
 504 Motifs** menu item as shown below.
 505
 506 .. image:: images/view_edit_motifs.png
 507    :alt: "View > Edit Motifs" Menu
 508    :align: center
 509
 510 You will see a dialog box appear with a "set motifs" button and 10
 511 rows for defining motifs and the color that will be displayed on the
 512 sequence. By default all 10 motifs start off as with white as the
 513 color. In the image below, I changed the color from white to blue to
 514 make it easier to see.
 515
 516 .. image:: images/motif_dialog_start.png
 517    :alt: Motif Dialog
 518    :align: center
 519
 520 Now lets make a motif **'AT[C or G]CT'**. Using the `IUPAC Nucleotide
 521 Code`_, type in **'ATSCT'** into the first box as shown below.
 522
 523 .. image:: images/motif_dialog_enter_motif.png
 524    :alt: Enter Motif
 525    :align: center
 526
 527 Now choose a color for your motif by clicking on the colored area to
 528 the left of the motif. In the image above, you would click on the blue
 529 square, but by default the squares will be white. Remember to choose a
 530 color that will show up well with a black bar as the background.
 531
 532 .. image:: images/color_chooser.png
 533    :alt: Color Chooser
 534    :align: center
 535
 536 Once you have selected the color for your motif, click on the 'set
 537 motifs' button. Notice that if Mussa finds matches to your motif will
 538 now show up in the main Mussagl window.
 539
 540 Before Motif:
 541
 542 .. image:: images/motif_dialog_bar_before.png
 543    :alt: Sequence bar before motif
 544    :align: center
 545
 546 After Motif:
 547
 548 .. image:: images/motif_dialog_bar_after.png
 549    :alt: Sequence bar after motif
 550    :align: center
 551
 552
 553 View Mussa Alignements
 554 ----------------------
 555
 556 Mussagl allows you to zoom in on Mussa alignments by selecting the set
 557 of alignment(s) of interest. To do this, move the mouse near the
 558 alignment you are interested in viewing and then **PRESS** and
 559 **HOLD** the **LEFT mouse button** and **drag the mouse** to the other
 560 side of the conservation track so that you see a bounding box
 561 overlaping the alienment(s) of interest and then **let go** of the
 562 *left mouse button*.
 563
 564 In the example below, I started by left clicking on the area marked by
 565 a red dot (upper left corner of bounding box) and draging the mouse to
 566 the area marked by a blue dot (lower right corner of the bounding box)
 567 and letting go of the left mouse button.
 568
 569 .. image:: images/select_sequence.png
 570    :alt: Select Sequence
 571    :align: center
 572
 573 All of the lines which were not selected should be washed out as shown
 574 below:
 575
 576 .. image:: images/washed_out.png
 577    :alt: Tracks washed out
 578    :align: center
 579
 580 With a selection made, goto the **View** menu and select **View mussa alignment**.
 581
 582 .. image:: images/view_mussa_alignment.png
 583    :alt: View mussa alignment
 584    :align: center
 585
 586 You should see the alignment at the base-pair level as shown below.
 587
 588 .. image:: images/mussa_alignment.png
 589    :alt: Mussa alignment
 590    :align: center
 591
 592
 593
 594
 595 Saving to an Image
 596 ---------------------------------
 597
 598 FIXME: Need to write this section
 599
 600
 601 Detailed Information
 602 --------------------
 603
 604 Threshold
 605 ~~~~~~~~~
 606
 607 The threshold of an analysis is in minimum number of base pair matches
 608 must be meet to in order to be kept as a match. Note that you can vary
 609 the threshold from within Mussagl. For example, if you choose a
 610 `window size`_ of **30** and a **threshold** of **20** the mussa nway
 611 transitive algorithm will store all matches that are 20 out of 30 bp
 612 matches or better and pass it on to Mussagl. Mussagl will then allow
 613 you to dynamically choose a threshold from 20 to 30 base pairs. A
 614 threshold of 30 bps would only show 30 out of 30 bp matches. A
 615 threshold of 20 bps would show all matches of 20 out of 30 bps or
 616 better. If you would like to see results for matches lower than 20 out
 617 of 30, you will need to rerun the analysis with a lower threshold.
 618
 619 Window Size
 620 ~~~~~~~~~~~
 621
 622 The typical sizes people tend to choose are between 20 and 30. You
 623 will likely need to experiment with this setting depending on your
 624 needs and input sequence.
 625
 626
 627 Sequences
 628 ~~~~~~~~~
 629
 630 Mussa reads in sequences which are formatted in the fasta_
 631 format. Mussa may take a long time to run (>10 minutes) if the total
 632 bp length near 280Kb. Once mussa has run once, you can reload
 633 previously run analyzes.
 634
 635 FIXME: We have learned more about how much sequence and how many to
 636 put in Mussagl, this information should be documented here.
 637
 638
 639 Mussa File Formats
 640 ------------------
 641
 642 .. _param:
 643
 644 Parameter File Format
 645 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 646
 647 **File Format (.mupa):**
 648
 649 ::
 650
 651   # name of analysis directory and stem for associated files
 652   ANA_NAME <analysis_name>
 653
 654   # if APPEND vars true, a _wXX and/or _tYY added to analysis name
 655   # where XX = WINDOW and YY = THRESHOLD
 656   # Highly recommeded with use of command line override of WINDOW or THRESHOLD
 657   APPEND_WIN <true/false>
 658   APPEND_THRES <true/false>
 659
 660   # how many sequences are being analyzed
 661   SEQUENCE_NUM <num>
 662
 663   # first sequence info
 664   SEQUENCE <fasta_file_path>
 665   ANNOTATION <annotation_file_path>
 666   SEQ_START <sequence_start>
 667
 668   # the second sequence info
 669   SEQUENCE <fasta_file_path>
 670   # ANNOTATION <annotation_file_path>
 671   SEQ_START <sequence_start>
 672   # SEQ_END <sequence_end>
 673
 674   # third sequence info
 675   SEQUENCE <fasta_file_path>
 676   # ANNOTATION <annotation_file_path>
 677
 678   # analyzes parameters: command line args -w -t will override these
 679   WINDOW <num>
 680   THRESHOLD <num>
 681
 682 .. csv-table:: Parameter File Options:
 683    :header: "Option Name", "Value", "Default", "Required", "Description"
 684    :widths: 30 30 30 30 60
 685
 686    "ANA_NAME", "string", "N/A", "true", "Name of analysis (Also
 687    name of directory where analysis will be saved."
 688    "APPEND_WIN", "true/false", "?", "?", "Appends _w## to ANA_NAME"
 689    "APPEND_THRES", "true or false", "?", "?", "Appends _t## to ANA_NAME"
 690    "SEQUENCE_NUM", "integer", "N/A", "true", "The number of sequences
 691    to analyze"
 692    "SEQUENCE", "/fasta/filepath.fa", "N/A", "true", "Must define one
 693    sequence per SEQUENCE_NUM."
 694    "ANNOTATION", "/annotation/filepath.txt", "N/A", "false", "Optional
 695    annotation file. See `annotation file format`_ section for more
 696    information."
 697    "SEQ_START", "integer", "1", "false", "Optional index into fasta file"
 698    "SEQ_END", "integer", "1", "false", "Optional index into fasta file"
 699    "WINDOW", "integer", "N/A", "true", "`Window Size`_"
 700    "THRESHOLD", "integer", "N/A", "true", "`Threshold`_"
 701
 702 .. _annot:
 703
 704 Annotation File Format
 705 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 706
 707 The first line in the file is the sequence name. Each line there after
 708 is a **space** separated annotation.
 709
 710 New as of build 198:
 711
 712  * The annotation format now supports fasta sequences embedded in the
 713    annotation file as shown in the format example below. Mussagl will
 714    take this sequence and look for an exact match of this sequence in
 715    your sequences. If a match is found, it will label it with the name
 716    of from the fasta header.
 717
 718 Format:
 719
 720 ::
 721
 722   <species/sequence_name>
 723   <start> <stop> <annotation_name> <annotation_type>
 724   <start> <stop> <annotation_name> <annotation_type>
 725   <start> <stop> <annotation_name> <annotation_type>
 726   <start> <stop> <annotation_name> <annotation_type>
 727   >Fasta Header
 728   ACTGACTGACGTACGTAGCTAGCTAGCTAGCACG
 729   ACGTACGTACGTACGTAGCTGTCATACGCTAGCA
 730   TGCGTAGAGGATCTCGGATGCTAGCGCTATCGAT
 731   ACGTACGGCAGTACGCGGTCAGA
 732   <start> <stop> <annotation_name> <annotation_type>
 733   ...
 734
 735 Example:
 736
 737 ::
 738
 739   Mouse
 740   251 500 Glorp Glorptype
 741   751 1000 Glorp Glorptype
 742   1251 1500 Glorp Glorptype
 743   >My favorite DNA sequence
 744   GATTACA
 745   1751 2000 Glorp Glorptype
 746
 747
 748 .. _motif_file_format:
 749
 750 Motif File Format
 751 ~~~~~~~~~~~~~~~~~
 752
 753 Format:
 754
 755   <motif> <red> <green> <blue>
 756
 757 Example:
 758
 759   GGCC 0.0 1 1
 760
 761
 762
 763 IUPAC Nucleotide Code
 764 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 765
 766 For your convenience, below is a table of the IUPAC Nucleotide Code.
 767
 768 The following table is table 1 from "Nomenclature for Incompletely
 769 Specified Bases in Nucleic Acid Sequences" which can be found at
 770 http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/misc/naseq.html.
 771
 772 ======  =================  ===================================
 773 Symbol  Meaning            Origin of designation
 774 ======  =================  ===================================
 775 G       G                  Guanine
 776 A       A                  Adenine
 777 T       T                  Thymine
 778 C       C                  Cytosine
 779 R       G or A             puRine
 780 Y       T or C             pYrimidine
 781 M       A or C             aMino
 782 K       G or T             Keto
 783 S       G or C             Strong interaction (3 H bonds)
 784 W       A or T             Weak interaction (2 H bonds)
 785 H       A or C or T        not-G, H follows G in the alphabet
 786 B       G or T or C        not-A, B follows A
 787 V       G or C or A        not-T (not-U), V follows U
 788 D       G or A or T        not-C, D follows C
 789 N       G or A or T or C   aNy
 790 ======  =================  ===================================
 791
 792
 793 .. Define links below
 794    ------------------
 795
 796 .. _GPL: http://www.opensource.org/licenses/gpl-license.php
 797 .. _wiki: http://mussa.caltech.edu
 798 .. _build: http://woldlab.caltech.edu/cgi-bin/mussa/wiki/MussaglBuild
 799 .. _fasta: http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format
 800 .. _wpDnaMotif: http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_motif