flp.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                            ---------- flp.cc  -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include "flp.hh"
  16
  17
  18 FLPs::FLPs()
  19 {
  20 }
  21
  22 void
  23 FLPs::setup(string type, int win_size, int hard_thres, int len1, int len2)
  24 {
  25   list<match> empty_match_list;
  26   int i;
  27
  28   window_size = win_size;
  29   hard_threshold = hard_thres;
  30   seq1_length = len1;
  31   seq2_length = len2;
  32   ana_type = type;
  33   seq1_win_num = seq1_length - win_size + 1;
  34   seq2_win_num = seq2_length - win_size + 1;
  35   all_matches.reserve(seq1_win_num);
  36
  37   empty_match_list.clear();
  38   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
  39     all_matches.push_back(empty_match_list);
  40 }
  41
  42 int
  43 FLPs::win_num()
  44 {
  45   return seq1_win_num;
  46 }
  47
  48 /*
  49 bool
  50 FLPs::match_less(match *match1, match *match2)
  51 {
  52   if (match1->score < match2->score)
  53     return true;
  54   else if ( (match1->score == match2->score) &&
  55             (match1->index < match2->index) )
  56     return true;
  57   else
  58     return false;
  59 }
  60
  61 void
  62 FLPs::sort()
  63 {
  64   int i;
  65
  66   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
  67     if (!all_matches[i].empty())
  68       all_matches[i].sort(&FLPs::match_less);
  69 }
  70 */
  71
  72 list<int>
  73 FLPs::matches(int index)
  74 {
  75   list<int> these_matches;
  76   list<match>::iterator list_i, list_end;
  77
  78   index = abs(index);
  79   list_i = all_matches[index].begin();
  80   list_end = all_matches[index].end();
  81   //if (list_i == list_end)
  82   //cout << "its fuckin empty!!!!";
  83   while (list_i != list_end)
  84   {
  85     these_matches.push_back(list_i->index);
  86     //cout << list_i->index << " ";
  87     ++list_i;
  88   }
  89   //cout << endl;
  90
  91   return these_matches;
  92 }
  93
  94 list<int>
  95 FLPs::thres_matches(int index, int thres)
  96 {
  97   list<int> thres_matches;
  98   list<match>::iterator list_i, list_end;
  99
 100   index = abs(index);
 101   list_i = all_matches[index].begin();
 102   list_end = all_matches[index].end();
 103   thres_matches.clear();
 104
 105   //if (list_i == list_end)
 106   //cout << "its fuckin empty!!!!";
 107   while (list_i != list_end)
 108   {
 109     if (list_i->score >= thres)
 110       thres_matches.push_back(list_i->index);
 111     //cout << list_i->index << " ";
 112
 113     ++list_i;
 114   }
 115   //cout << endl;
 116
 117   return thres_matches;
 118 }
 119
 120
 121 void
 122 FLPs::file_save(string save_file_path)
 123 {
 124   fstream save_file;
 125   list<match>::iterator match_i, match_list_end;
 126   int i;
 127
 128   save_file.open(save_file_path.c_str(), ios::out);
 129
 130   save_file << "<Seqcomp type=" << ana_type << " win=" << window_size;
 131   save_file << " thres=" << hard_threshold << ">\n";
 132
 133   for(i = 0; i < seq1_win_num; i++)
 134   {
 135     if (!all_matches[i].empty())
 136     {
 137       match_i = all_matches[i].begin();
 138       match_list_end = all_matches[i].end();
 139       while (match_i != match_list_end)
 140       {
 141         save_file << match_i->index << "," << match_i->score << " ";
 142         ++match_i;
 143       }
 144     }
 145     save_file << endl;
 146   }
 147
 148   save_file << "</Seqcomp>\n";
 149
 150   save_file.close();
 151 }
 152
 153 void
 154 FLPs::file_load(string file_path)
 155 {
 156   fstream data_file;
 157   string file_data, file_data_line, pair_data, index_data, score_data;
 158   int type, window, hard_thres;
 159   match a_match;
 160   string::size_type split_index, comma_index;
 161   bool tag_open = false;
 162   list<match> a_match_list;
 163   int i;
 164
 165
 166
 167
 168
 169
 170   data_file.open(file_path.c_str(), ios::in);
 171
 172   getline(data_file,file_data_line);
 173   // parse seqcomp open tag and parameters
 174   // eg <Seqcomp type=mussa win=30 thres=21>
 175   // if parse successful...
 176   tag_open = true;
 177
 178   while ((!data_file.eof()) && tag_open)
 179   {
 180     // intialize list to empty
 181     a_match_list.clear();
 182
 183     getline(data_file,file_data_line);
 184
 185     if (file_data_line == "</Seqcomp>")
 186       tag_open = false;
 187     // parse line of matches
 188     else if (file_data_line == "")
 189     {
 190       //cout << "empty line\n";
 191       all_matches.push_back(a_match_list);
 192     }
 193     else
 194     {
 195       split_index = file_data_line.find(" ");
 196
 197       while (split_index != string::npos)
 198       {
 199         pair_data = file_data_line.substr(0,split_index);
 200         file_data_line = file_data_line.substr(split_index+1);
 201         //cout << "pair_data = " << pair_data << "...";
 202         // parse out the 2 pieces of data, index and score of pair match
 203         comma_index = pair_data.find(",");
 204         index_data = pair_data.substr(0, comma_index);
 205         a_match.index = atoi(index_data.c_str() );
 206         score_data = pair_data.substr(comma_index+1);
 207         a_match.score = atoi(score_data.c_str() );
 208
 209         //cout << a_match.index << "," << a_match.score << " ";
 210
 211         a_match_list.push_back(a_match);
 212
 213         split_index = file_data_line.find(" ");
 214       }
 215       //cout << "\n";
 216       all_matches.push_back(a_match_list);
 217     }
 218   }
 219   seq1_win_num = all_matches.size();
 220   cout << "windows in flp = " << all_matches.size() << endl;
 221   data_file.close();
 222 }
 223
 224 /*
 225       cout << "fee\n";
 226       cout << "fie\n";
 227       cout << "foe  ";
 228       cout << "fum\n";
 229 */
 230
 231