flp.hh

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                            ---------- flp.hh  -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15 #include "sequence.hh"
  16
  17
  18 // FLP = Fixed Length Pairs (Data)
  19 // vector of linked lists of the match type struct
  20 class FLPs
  21 {
  22   private:
  23     int window_size;
  24     int hard_threshold;
  25     int seq1_length, seq2_length, seq1_win_num, seq2_win_num;
  26     string ana_type;
  27
  28
  29     struct match
  30     {
  31       int index;
  32       int score;
  33     };
  34
  35
  36
  37
  38   public:
  39     FLPs();
  40     void setup(string type, int win_size, int hard_thres, int len1, int len2);
  41     inline void add(int seq1_i, int seq2_i, int a_score, int i2_offset);
  42     void seqcomp(string seq1, string seq2, bool is_RC);
  43   //bool FLPs::match_less(match *match1, match *match2);
  44   //void FLPs::sort();
  45     list<int> matches(int index);
  46   //version with int threshold
  47     list<int> thres_matches(int index, int thres);
  48     int win_num();
  49     void file_save(string save_file_path);
  50     void file_load(string file_path);
  51
  52     vector<list<match> > all_matches;
  53 };