gui/ConnWindow.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "gui/ConnWindow.hpp"
  12 #include "mussa_exceptions.hpp"
  13
  14 #include <iostream>
  15 using namespace std;
  16
  17 void
  18 load_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  19 {
  20   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  21   T->real_load_ana_cb();
  22 }
  23
  24
  25 void
  26 ConnWindow::real_load_ana_cb()
  27 {
  28   char *picked_file;
  29   string a_file_path;
  30   string err_msg;
  31
  32   cout << "Load!  Load!  Load, ye yellow-bellied seadogs!\n";
  33   //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  34   picked_file = fl_dir_chooser("Find an Analysis", "", 1);
  35   if (picked_file != NULL)
  36   {
  37     a_file_path = picked_file;
  38     cout << "doo wah diddy diddy dum diddy doo\n";
  39     cout << a_file_path << endl;
  40
  41     // load the analysis
  42     an_analysis = new Mussa();
  43     try {
  44       an_analysis->load(a_file_path);
  45     } catch (mussa_load_error e) {
  46       fl_alert(e.what());
  47       return;
  48     }
  49     //.substr(0,a_file_path.find(".mu")));
  50
  51     // relabel window with the analysis name
  52     window_name = "Mussa: " + an_analysis->get_name();
  53     label((const char*)window_name.c_str());
  54     // show the user the analysis
  55     conn_box->setup(an_analysis->get_name(), an_analysis->size(),
  56                     an_analysis->get_window(), &(an_analysis->the_seqs),
  57                     &(an_analysis->the_paths));
  58     conn_box->scale_paths();
  59   }
  60 }
  61
  62
  63 void
  64 do_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
  65 {
  66   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
  67   T->real_do_ana_cb();
  68 }
  69
  70
  71 void
  72 ConnWindow::real_do_ana_cb()
  73 {
  74   char *picked_file;
  75   string a_file_path;
  76   string err_msg;
  77
  78   picked_file = fl_file_chooser("Analysis Config File", "", "", 1);
  79   if (picked_file != NULL)
  80   {
  81     a_file_path = picked_file;
  82
  83     an_analysis = new Mussa();
  84     try {
  85       an_analysis->load_mupa_file(a_file_path);
  86     } catch (mussa_load_error e) {
  87       fl_alert(e.what());
  88       return;
  89     }
  90
  91     try {
  92       an_analysis->analyze(0, 0, Mussa::TransitiveNway, 0.0);
  93       // relabel window with the analysis name
  94       window_name = "Mussa: " + an_analysis->get_name();
  95       label((const char*)window_name.c_str());
  96       // show the user the analysis
  97       conn_box->setup(an_analysis->get_name(), an_analysis->size(),
  98                       an_analysis->get_window(), &(an_analysis->the_seqs),
  99                       &(an_analysis->the_paths));
 100       conn_box->scale_paths();
 101     } catch (mussa_analysis_error e) {
 102       fl_alert(e.what());
 103     }
 104   }
 105   conn_box->redraw();
 106 }
 107
 108
 109 void
 110 setup_ana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 111 {
 112   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 113   T->real_setup_ana_cb();
 114 }
 115
 116 void
 117 ConnWindow::real_setup_ana_cb()
 118 {
 119   an_analysis = new Mussa();
 120   setup_win = new SetupWindow(650,700,"Analysis Setup", an_analysis);
 121
 122   while(setup_win->visible())
 123     Fl::wait(.1);
 124   cout << "Like a warm summer day\n";
 125
 126   if (setup_win->done())
 127   {
 128     // relabel window with the analysis name
 129     window_name = "Mussa: " + an_analysis->get_name();
 130     label((const char*)window_name.c_str());
 131     // is it this easy?  what if setup window encounters an error...??
 132     conn_box->setup(an_analysis->get_name(), an_analysis->size(),
 133                     an_analysis->get_window(), &(an_analysis->the_seqs),
 134                     &(an_analysis->the_paths));
 135
 136     conn_box->scale_paths();
 137   }
 138 }
 139
 140
 141 void
 142 subana_cb(Fl_Button* o, void* v)
 143 {
 144   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 145   T->real_subana_cb();
 146 }
 147
 148 void
 149 ConnWindow::real_subana_cb()
 150 {
 151   string subana_name;
 152
 153   if (an_analysis == 0 || an_analysis->the_seqs.size() == 0) {
 154     fl_message("please load an analysis before creating a subanalysis");
 155     return;
 156   }
 157
 158   sub_analysis = new Mussa();
 159   subana_win = new SubAnalysisWindow(500,400,"Sub Analysis Setup", sub_analysis,
 160                                 an_analysis->the_seqs);
 161
 162   while(subana_win->visible())
 163     Fl::wait(.1);
 164   cout << "Like a warm summer day\n";
 165
 166   if (subana_win->done())
 167   {
 168     subana_name = "SubMussa: " + sub_analysis->get_name();
 169     sub_conn_win = new ConnWindow(w(), h(), (const char*) subana_name.c_str());
 170     cout << "Like a warm day in may\n";
 171     sub_conn_win->add_ana(sub_analysis);
 172     //Fl::visual(FL_DOUBLE|FL_INDEX);
 173     //sub_conn_box->show();
 174   }
 175 }
 176
 177
 178 void
 179 seq_show_cb(Fl_Button* o, void* v)
 180 {
 181   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 182   T->real_seq_show_cb();
 183 }
 184
 185 void
 186 ConnWindow::real_seq_show_cb()
 187 {
 188   show_seq_win = new SeqTextWindow(500,400,"Seq Show", an_analysis->the_seqs);
 189 }
 190
 191 void
 192 seq_win_spawn_cb(Fl_Button* o, void* v)
 193 {
 194   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 195   T->real_seq_win_spawn_cb();
 196 }
 197
 198 void
 199 ConnWindow::real_seq_win_spawn_cb()
 200 {
 201   conn_box->spawnSeq();
 202 }
 203
 204 void
 205 motif_find_cb(Fl_Button* o, void* v)
 206 {
 207   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 208   T->real_motif_find_cb();
 209 }
 210
 211 void
 212 ConnWindow::real_motif_find_cb()
 213 {
 214   conn_box->find_motifs();
 215 }
 216
 217 void
 218 annot_win_cb(Fl_Button* o, void* v)
 219 {
 220   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 221   T->real_annot_win_cb();
 222 }
 223
 224 void
 225 ConnWindow::real_annot_win_cb()
 226 {
 227   conn_box->annot_win();
 228 }
 229
 230
 231 // all the crap needed for dealing with the scale bars
 232 void
 233 toggle_scale_bars_cb(Fl_Button* o, void* v)
 234 {
 235   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 236   T->real_toggle_bars_cb();
 237 }
 238
 239 void
 240 ConnWindow::real_toggle_bars_cb()
 241 {
 242   conn_box->toggle_bars();
 243 }
 244
 245 void
 246 set_bar_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 247 {
 248   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 249   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 250   T->real_set_bar_len_cb(o);
 251 }
 252
 253 void
 254 ConnWindow::real_set_bar_len_cb(Fl_Input* o)
 255 {
 256   int new_bar_len;
 257
 258   new_bar_len = atoi(o->value());
 259   cout << "new bar len = " << new_bar_len << endl;
 260   conn_box->set_bar_interval(new_bar_len);
 261 }
 262
 263
 264 // all the crap needed for dealing with the scale lines
 265 void
 266 toggle_scale_lines_cb(Fl_Button* o, void* v)
 267 {
 268   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 269   T->real_toggle_lines_cb();
 270 }
 271
 272 void
 273 ConnWindow::real_toggle_lines_cb()
 274 {
 275   conn_box->toggle_lines();
 276 }
 277
 278 void
 279 set_line_len_cb(Fl_Input* o, void* v)
 280 {
 281   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 282   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 283   T->real_set_line_len_cb(o);
 284 }
 285
 286 void
 287 ConnWindow::real_set_line_len_cb(Fl_Input* o)
 288 {
 289   int new_line_len;
 290
 291   new_line_len = atoi(o->value());
 292   cout << "new line len = " << new_line_len << endl;
 293   conn_box->set_line_interval(new_line_len);
 294 }
 295
 296
 297 // setting new soft threshold
 298
 299 void
 300 set_soft_thres_cb(Fl_Input* o, void* v)
 301 {
 302   ConnWindow* T=(ConnWindow*)v;
 303   cout << "WAAAAAAAAA\n";
 304   T->real_set_soft_thres_cb(o);
 305 }
 306
 307 void
 308 ConnWindow::real_set_soft_thres_cb(Fl_Input* o)
 309 {
 310   int new_soft_thres;
 311
 312   new_soft_thres = atoi(o->value());
 313   cout << "new soft thres = " << new_soft_thres << endl;
 314
 315   an_analysis->set_soft_thres(new_soft_thres);
 316   an_analysis->set_analysis_mode(Mussa::TransitiveNway);
 317   an_analysis->nway();
 318   conn_box->scale_paths();
 319   conn_box->redraw();
 320
 321   // hacked in stuff to save muway files at different thresholds
 322   string save_path;
 323   ostringstream append_info;
 324
 325   save_path = an_analysis->get_name() + "/"
 326     + an_analysis->get_name().substr(0,an_analysis->get_name().find("_t"));
 327   append_info.str("");
 328   append_info << "_t" << new_soft_thres << ".muway";
 329   //<<  "_w" << an_analysis->window
 330   save_path += append_info.str();
 331   cout << "saving as: " << save_path << endl;
 332   an_analysis->save_muway(save_path);
 333 }
 334
 335
 336
 337
 338 ConnWindow::ConnWindow(int w, int h, const char* title):
 339   Fl_Double_Window(w,h,title)
 340 {
 341   int button_len = 120;
 342   Fl_Color a_color = fl_rgb_color(150, 200, 255);
 343
 344   padding = 5;
 345
 346   begin();
 347   //fl_color(150,200,255);
 348   color(FL_WHITE);
 349   resizable(this);
 350
 351
 352   // create file menu button
 353   file_menu = new Fl_Menu_Button(padding, 2, button_len, 30, "Analysis");
 354   file_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 355   file_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 356   file_menu->clear();
 357
 358   // add menu items
 359   file_menu->add("Do Analysis", 0, (Fl_Callback *) do_ana_cb, this);
 360   file_menu->add("Load Analysis", 0, (Fl_Callback *) load_ana_cb, this);
 361   file_menu->add("Setup Analysis", 0, (Fl_Callback *) setup_ana_cb, this);
 362   file_menu->add("Sub Analysis", 0, (Fl_Callback *) subana_cb, this);
 363
 364
 365   view_menu = new Fl_Menu_Button(padding+button_len,2, button_len, 30, "View");
 366   view_menu->color(FL_WHITE,a_color);
 367   view_menu->box(FL_BORDER_BOX);
 368   view_menu->clear();
 369   view_menu->add("Sequence Zoom", 0, (Fl_Callback*) seq_win_spawn_cb, this);
 370   view_menu->add("Motif Finder", 0, (Fl_Callback*) motif_find_cb, this);
 371   view_menu->add("Annotations", 0, (Fl_Callback*) annot_win_cb, this);
 372   view_menu->add("Copy Seq", 0, (Fl_Callback*) seq_show_cb, this);
 373   view_menu->add("Toggle Bars", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_bars_cb, this,
 374                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 375   view_menu->add("Toggle Lines", 0, (Fl_Callback*) toggle_scale_lines_cb, this,
 376                  FL_MENU_TOGGLE|FL_MENU_VALUE);
 377
 378   bar_input = new Fl_Input(padding+3*button_len, 2, button_len, 30, "Bar Length (bp)");
 379   bar_input->value("");
 380   bar_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 381   bar_input->callback((Fl_Callback*)set_bar_len_cb, this);
 382
 383   line_input = new Fl_Input(padding+5*button_len, 2, button_len, 30, "Line Interval (bp)");
 384   line_input->value("");
 385   line_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 386   line_input->callback((Fl_Callback*)set_line_len_cb, this);
 387
 388
 389   thres_input = new Fl_Input(padding+7*button_len, 2, button_len, 30, "Threshold");
 390   thres_input->value("");
 391   thres_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 392   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_soft_thres_cb, this);
 393
 394
 395   // create the connections box
 396   conn_box = new ConnView(padding, padding + 30, w-2*padding, h-2*padding-30);
 397   //conn_box = new ConnView(padding, padding, w-2*padding, h-2*padding);
 398
 399   end();
 400   show();
 401 }
 402
 403
 404 ConnWindow::~ConnWindow()
 405 {}
 406
 407
 408 void
 409 ConnWindow::add_ana(Mussa *the_ana)
 410 {
 411   an_analysis = the_ana;
 412
 413   // relabel window with the analysis name
 414   window_name = "Mussa: " + an_analysis->get_name();
 415   label((const char*)window_name.c_str());
 416
 417   conn_box->setup(an_analysis->get_name(), an_analysis->size(),
 418                   an_analysis->get_window(), &(an_analysis->the_seqs),
 419                   &(an_analysis->the_paths));
 420   conn_box->scale_paths();
 421 }